8ypz

Crystal strcture of human phosphoribosyl pyrophosphate synthetase 1 (PRPS1) in complex with GDP

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 121.2 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8ypz
沉积日期 deposition_date	2024-03-18
结构标题 title	Crystal strcture of human phosphoribosyl pyrophosphate synthetase 1 (PRPS1) in complex with GDP
关键词 keywords	Purine biosynthesis, BIOSYNTHETIC PROTEIN; BIOSYNTHETIC PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	37.93 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	37.24 Å
零角强度 I(0) i0	697921000.00
分子量 molecular_weight	207550.0 kDa
排除体积 excluded_volume	256670 Å³
包络体积 envelope_volume	319290 Å³
水化壳体积 shell_volume	68606 Å³
包络直径 envelope_diameter	119.4 Å
壳层 Rg shell_rg	45.28 Å
包络 Rg envelope_rg	37.19 Å
形状 Rg shape_rg	37.24 Å
总 Rg total_rg	37.65 Å
总原子数 total_atoms	14463
残基数 n_residues	1835
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	121.2 Å
Rg (实空间) rg_real	37.74 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.92 Å
I(0) (实空间) i0_real	6.9790e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.1460e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	37.86 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	698000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8929
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	46.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.203
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.461
角度范围 angular_range	— – 0.2100 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	188300000.0000
实空间数据点数 n_real_points	43
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.897; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.983; Smooth: 0.931

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	Ribose-phosphate pyrophosphokinase 1
分子量 formula_weight	34835.1 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.6.1
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F
原子数 atom_count	14526

SPNIKIFSGSSHQDLSQKIADRLGLELGKVVTKKFSNQETCVEIGESVRGEDVYIVQSGCGEINDNLMELLIMINACKIASASRVTAVIPCFPYARQDKKDKSRAPISAKLVANMLSVAGADHIITMDLHASQIQGFFDIPVDNLYAEPAVLKWIRENISEWRNCTIVSPDAGGAKRVTSIADRLNVDFALIHKERKKANEVDRMVLVGDVKDRVAILVDDMADTCGTICHAADKLLSAGATRVYAILTHGIFSGPAISRINNACFEAVVVTNTIPQEDKMKHCSKIQVIDISMILAEAIRRTHNGESVSYLFSHVPL

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 non-polymer

描述 description	DIPHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENOSYL ESTER
分子量 formula_weight	505.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

Entity 3 non-polymer

描述 description	5-O-phosphono-alpha-D-ribofuranose
分子量 formula_weight	230.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

Entity 4 non-polymer

描述 description	GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	443.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

Entity 5 non-polymer

描述 description	PHOSPHATE ION
分子量 formula_weight	95.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	63

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	186.876 Å
晶胞边长 b length_b	186.876 Å
晶胞边长 c length_c	160.641 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	36

空间群 space_group	P 65
空间群编号 int_tables_number	170
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.000 Å
最低分辨率 resolution_low	48.700 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2600
R_free r_free	0.3100

fit	/app/data/saxs_computation/yp/8ypz/8ypz.fit
pddf	/app/data/pr_computation/yp/8ypz/8ypz.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/yp/8ypz/8ypz.dat