8yq3

Structure of cyclohexanone monooxygenase mutant from Acinetobacter calcoaceticus

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 79.5 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8yq3
沉积日期 deposition_date	2024-03-19
最后修订 last_revision	2025-03-19
结构标题 title	Structure of cyclohexanone monooxygenase mutant from Acinetobacter calcoaceticus
关键词 keywords	Complex, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	24.88 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	23.83 Å
零角强度 I(0) i0	57883500.00
分子量 molecular_weight	58839.0 kDa
排除体积 excluded_volume	73319 Å³
包络体积 envelope_volume	85702 Å³
水化壳体积 shell_volume	29410 Å³
包络直径 envelope_diameter	79.7 Å
壳层 Rg shell_rg	31.58 Å
包络 Rg envelope_rg	23.92 Å
形状 Rg shape_rg	23.82 Å
总 Rg total_rg	24.70 Å
总原子数 total_atoms	4145
残基数 n_residues	509
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	79.5 Å
Rg (实空间) rg_real	24.75 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.35 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.7880e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	6.8310e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	24.78 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	57880000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9000
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	30.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.206
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.464
角度范围 angular_range	— – 0.3200 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha	12950000.0000
实空间数据点数 n_real_points	64
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.901; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.995

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	Putative flavin-binding monooxygenase
分子量 formula_weight	62032.1 kDa
突变 mutation	L143P/A145S/A146S/N148H/K151V/F246Y/K326C/N386S/I388K/M390I/L426F/F432L/T433A/L435S/S438I/E488K/S489C/W490R/F505L
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	4463

MHHHHHHTQKMDFDAIIIGAGFGGLYSLKKLRDDFNLKVRAFDRATEVGGTWFWNQYPGALSDSETHLYCYSWDKELLQEMEIKRKYISQPDVLAYLKRVADKHDLRKDIQFETGIRSAYFDEENSFWNVTTENDEKFTARFLITALGPLSSPHLPVIKGIETFKGELHHTSRWPKDVTFSGKRVGVIGTGSTGVQVITAIASQVKHLTVFQRSAQYSVPIGNVVMSETDVAKIKENYDQIWENVWNSALGYGLNESTLPTMSVSAEERDKIFEKAWQEGGGFRFMFETFGDIAVDETANIEAQNFIKKKISEIVKDPFVAKKLTPTDLYACRPLCDSGYYEIFNRDNVSLEDVKANPIVEIKEDCVVTADGVEHKLDMLICATGFDAVDGSYKRIDIRGKDGISIKDHWKDGPNSYLGMMVSNFPNMFMVFGPNGPLANSPPIIETQVRWIADLIGYAEDHQINQIEATKDAVDNWTNTCSDIANKTLFAKAKCRIFGANVPGKKNTVYLYMGGLKEYRNQISEVSNNNYKGCLLKQSVKKTNLIES

来源 Source

来源生物 organism	Acinetobacter calcoaceticus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	471
宿主生物 host_organism	;Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' ;

Entity 2 non-polymer

描述 description	FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE
分子量 formula_weight	785.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 3 non-polymer

描述 description	1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE
分子量 formula_weight	665.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	318

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	52.184 Å
晶胞边长 b length_b	53.052 Å
晶胞边长 c length_c	101.643 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	96.97 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	2

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.520 Å
最低分辨率 resolution_low	100.891 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2177
R_free r_free	0.3216

fit	/app/data/saxs_computation/yq/8yq3/8yq3.fit
pddf	/app/data/pr_computation/yq/8yq3/8yq3.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/yq/8yq3/8yq3.dat

Structure of cyclohexanone monooxygenase mutant from Acinetobacter calcoaceticus

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction