8yrs

Crystal structure of human RECQ1 helicase containing a flexible linker in complex with tailed duplex DNA

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 150.7 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8yrs
沉积日期 deposition_date	2024-03-21
结构标题 title	Crystal structure of human RECQ1 helicase containing a flexible linker in complex with tailed duplex DNA
关键词 keywords	Helicase, zinc-binding domain, winged-helix, tailed-duplex DNA, DNA BINDING PROTEIN; DNA BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	37.95 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	36.52 Å
零角强度 I(0) i0	293117000.00
分子量 molecular_weight	131850.0 kDa
排除体积 excluded_volume	162350 Å³
包络体积 envelope_volume	220760 Å³
水化壳体积 shell_volume	50360 Å³
包络直径 envelope_diameter	155.5 Å
壳层 Rg shell_rg	42.38 Å
包络 Rg envelope_rg	37.08 Å
形状 Rg shape_rg	36.46 Å
总 Rg total_rg	37.10 Å
总原子数 total_atoms	9189
残基数 n_residues	1097
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	150.7 Å
Rg (实空间) rg_real	38.15 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.87 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.9310e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.4390e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	38.03 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	293100000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8034
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	43.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.555
峰度 Kurtosis kurtosis	0.299
角度范围 angular_range	— – 0.2100 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	37190000.0000
实空间数据点数 n_real_points	43
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.525; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.878; Smooth: 0.988

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	ATP-dependent DNA helicase Q1
分子量 formula_weight	67408.0 kDa
EC 编号 ec_number	3.6.4.12
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	9835

MGSSHHHHHHSSGLVPRGSHMCLEDSDAGASNEYDSSPAAWNKEDFPWSGKVKDILQNVFKLEKFRPLQLETINVTMAGKEVFLVMPTGGGKSLCYQLPALCSDGFTLVICPLISLMEDQLMVLKQLGISATMLNASSSKEHVKWVHAEMVNKNSELKLIYVTPEKIAKSKMFMSRLEKAYEARRFTRIAVDEVHCCSQWGHDFRPDYKALGILKRQFPNASLIGLTATATNHVLTDAQKILCIEKCFTFTASFNRPNLYYEVRQKPSNTEDFIEDIVKLINGRYKGQSGIIYCFSQKDSEQVTVSLQNLGIHAGAYHANLEPEDKTTVHRKWSANEIQVVVATVAFGMGIDKPDVRFVIHHSMSKSMENYYQESGRAGRDDMKADCILYYGFGDIFRISSMVVMENVGQQKLYEMVSYCQNISKCRRVLMAQHFDEVWNSEACNKMCDNCCKGGGGSGGGGSDSAFERKNITEYCRDLIKILKQAEELNEKLTPLKLIDSWMGKGAAKLRVAGVVAPTLPREDLEKIIAHFLIQQYLKEDYSFTAYATISYLKIGPKANLLNNEAHAITMQVTKSTQNSFRAESSQTCHSEQGDKKME

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(APGPCPGPTPCPGPAPGPAPTPCP*C)-3') ;
分子量 formula_weight	3976.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	C,P

AGCGTCGAGATCC

Entity 3 polymer

描述 description	DNA (27-MER)
分子量 formula_weight	8210.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	D,Q

CGGTATTGGATCTCGACGCTCTCCCTT

Entity 4 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	83.323 Å
晶胞边长 b length_b	96.573 Å
晶胞边长 c length_c	96.806 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	106.88 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.430 Å
最低分辨率 resolution_low	46.640 Å
R 因子 r_factor	0.2386
R_work r_work	0.2375
R_free r_free	0.2571

fit	/app/data/saxs_computation/yr/8yrs/8yrs.fit
pddf	/app/data/pr_computation/yr/8yrs/8yrs.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/yr/8yrs/8yrs.dat

Crystal structure of human RECQ1 helicase containing a flexible linker in complex with tailed duplex DNA

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)