8yt8

Cryo-EM structure of the dystrophin glycoprotein complex

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 229.6 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8yt8
沉积日期 deposition_date	2024-03-25
结构标题 title	Cryo-EM structure of the dystrophin glycoprotein complex
关键词 keywords	complex membrane stability signaling, STRUCTURAL PROTEIN; STRUCTURAL PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	75.93 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	75.86 Å
零角强度 I(0) i0	753916000.00
分子量 molecular_weight	232170.0 kDa
排除体积 excluded_volume	291600 Å³
包络体积 envelope_volume	526030 Å³
水化壳体积 shell_volume	66126 Å³
包络直径 envelope_diameter	253.9 Å
壳层 Rg shell_rg	55.22 Å
包络 Rg envelope_rg	75.84 Å
形状 Rg shape_rg	75.94 Å
总 Rg total_rg	75.08 Å
总原子数 total_atoms	16309
残基数 n_residues	2092
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	229.6 Å
Rg (实空间) rg_real	76.64 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	2.03 Å
I(0) (实空间) i0_real	7.5270e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.5750e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	71.77 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	745900000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7048
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	43.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.514
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.840
角度范围 angular_range	— – 0.1050 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0078
最高正则化参数 α highest_alpha	25730000.0000
实空间数据点数 n_real_points	22
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.553; Stabil: 0.998; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.502; Smooth: 0.001

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (18)

Entity 1 polymer

描述 description	Alpha-sarcoglycan
分子量 formula_weight	32539.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	16309

QQTTLHLLVGRVFVHPLEHATFLRLPEHVAVPPTVRLTYHAHLQGHPDLPRWLHYTQRSPYNPGFLYGSPTPEDRGYQVIEVTAYNRDSFDTTRQRLLLLIGDPEGPRLPYQAEFLVRSHDVEEVLPTTPANRFLTALGGLWEPGELQLLNITSALDRGGRVPLPIEGRKEGVYIKVGSATPFSTCLKMVASPDSYARCAQGQPPLLSCYDTLAPHFRVDWCNVSLVDKSVPEPLDEVPTPGDGILEHDPFFCPPTEATDRDFLTDALVTLLVPLLVALLLTLLLAYIMCF

Entity 2 polymer

描述 description	Beta-sarcoglycan
分子量 formula_weight	28730.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

HKTGLRGRKGNLAICVIVLLFILAVINLLITLVIWAVIRIGPNGCDSMEFHESGLLRFKQVSDMGVIHPLYKSTVGGRRNENLVITGNNQPIVFQQGTTKLSVEKNKTSITSDIGMQFFDPRTHNILFSTDYETHEFHLPSGVKSLNVQKASTERITSNATSDLNIKVDGRAIVRGNEGVFIMGKTIEFHMGGDVELKAENSIILNGTVMVSPTRLPSSSSGDQSGSGDWVRYKLCMCADGTLFKVQVTGHNMGCQVSDNPCG

Entity 3 polymer

描述 description	Dystrobrevin alpha
分子量 formula_weight	23363.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

LSTYRTACKLRFVQKKCNLHLVDIWNVIEALRENALNNLDPNIELNVARLEAVLSTIFYQLNKRMPTTHQIHVEQSISLLLNFLLAAFDPEGHGKISVFAVKMALATLCGGKIMDKLRYIFSMISDSSGVMVYGRYDQFLREVLKLPTAVFEGPSFGYTEQSARSCFSQQKKVTLNGFLDTLMSDPPPQCLVWLPLLHRLANVENV

Entity 4 polymer

描述 description	Delta-sarcoglycan
分子量 formula_weight	29191.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

YGWRKRCLYFFVLLLMILILVNLAMTIWILKVMNFTIDGMGNLRITEKGLKLEGDSEFLQPLYAKEIKSRPGNALYFKSARNVTVNILNDQTKVLTQLVTGPKAVEAYGKRFEVKTVSGKLLFSADDSEVVVGAERLRVLGAEGTVFPKSIETPNVRADPFKELRLESPTRSLVMEAPKGVEINAEAGNMEAICRSELRLESKDGEIKLDAAKIKLPRLPRGSYTPTGTRQKVFEVCVCANGRLFLSQAGTGSTCQINTSVCL

Entity 5 polymer

描述 description	Dystrophin
分子量 formula_weight	38371.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E

YYINHETQTTCWDHPKMTELYQSLADLNNVRFSAYRTAMKLRRLQKALCLDLLSLSAACDALDQHNLKQNDQPMDILQIINCLTTIYDRLEQEHNNLVNVPLCVDMCLNWLLNVYDTGRTGRIRVLSFKTGIISLCKAHLEDKYRYLFKQVASSTGFCDQRRLGLLLHDSIQIPRQLGEVASFGGSNIEPSVRSCFQFANNKPEIEAALFLDWMRLEPQSMVWLPVLHRVAAAETAKHQAKCNICKECPIIGFRYRSLKHFNYDICQSCFFSGRVAKGHKMHYPMVEYCTPTTSGEDVRDFAKVLKNKFRTKRYFAKHPRMGYLPVQTVLE

Entity 6 polymer

描述 description	Gamma-sarcoglycan
分子量 formula_weight	28956.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G

GIYGWRKRCLYLFVLLLLAILVVNLALTIWILKVMWFSPIGMGHLHVTADGLRLEGESEFLFPLYAKEIRSRVDSSLLLQSTQNVTVSARNSEGEVTGRVKVGAQMVEVQSQHFQINSEDGKPLFSAEEQDVVVGTGRLRVTGPEGALFEHSVETPLVRADPFQDLRLESPTRSLSMDAPRGVHVKANAGKLEALSQMDIILQSSEGVLVLDAETVGLTKLKQGTQGPAGSSNGFYEICACPDGKLYLSMAGEVTTCEEHSHVCL

Entity 7 polymer

描述 description	unknown segment
分子量 formula_weight	559.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I

ALPKM

Entity 8 polymer

描述 description	Beta-dystroglycan
分子量 formula_weight	31934.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	O

NQRPELKNHIDRVDAWVGTYFEVKIPSDTFYDNEDTTTDKLKLTLKLREQQLVGEKSWVQFNSNSQLMYGLPDSSHVGKHEYFMHATDKGGLSAVDAFEIHVHKRPQGDKAPARFKARLAGDPAPVVNDIHKKIALVKKLAFAFGDRNCSSITLQNITRGSIVVEWTNNTLPLEPCPKEQIIGLSRRIADENGKPRPAFSNALEPDFKALSIAVTGSGSCRHLQFIPVAPPSPGSSAAPATEVPDRDPEKSSEDDVYLHTVIPAVVVAAILLIAGIIAMICYRKKRKGK

Entity 9 polymer

描述 description	Sarcospan
分子量 formula_weight	19918.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	S

CRFPLLLALLQLALGIAVTVLGFLMASISPSLLVRDTPFWAGSIVCVVAYLGLFMLCVSYQVDERTCVQFSMKVFYFLLSALGLMVCMLAVAFAAHHYSLLAQFTCETSLDSCQCKLPSSEPLSRAFVYRDVTDCTSVTGTFKLFLIIQMVLNLVCGLVCLLACFVMWKHRYQVFYVGV

Entity 10 branched

描述 description	beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	586.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	5

Entity 11 branched

描述 description	beta-D-mannopyranose-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	586.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

Entity 12 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	424.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

Entity 13 branched

描述 description	beta-D-mannopyranose-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	586.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

Entity 14 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

Entity 15 non-polymer

描述 description	CHOLESTEROL
分子量 formula_weight	386.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

Entity 16 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

Entity 17 non-polymer

描述 description	O-[(R)-{[(2R)-2,3-bis(octadecanoyloxy)propyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]-L-serine
分子量 formula_weight	792.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

Entity 18 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.50 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	499658

fit	/app/data/saxs_computation/yt/8yt8/8yt8.fit
pddf	/app/data/pr_computation/yt/8yt8/8yt8.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/yt/8yt8/8yt8.dat

Cryo-EM structure of the dystrophin glycoprotein complex

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (18)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

Entity 6 polymer

聚合体 Polymer

Entity 7 polymer

聚合体 Polymer

Entity 8 polymer

聚合体 Polymer

Entity 9 polymer

聚合体 Polymer

Entity 10 branched

Entity 11 branched

Entity 12 branched

Entity 13 branched

Entity 14 non-polymer

Entity 15 non-polymer

Entity 16 non-polymer

Entity 17 non-polymer

Entity 18 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)