8yuh

X-ray Crystal structure of glycoside hydrolase family 18 chitinase from Serratia marcescens hexahistigine-tagged SmChiB with allosamidin

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Chitinase B

Serratia marcescens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	单体	蛋白 1 其他聚合物 2	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-allopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-allopyranose × 2 GLYCEROL × 25 PHOSPHATE ION × 4 ACETATE ION × 27 ALLOSAMIZOLINE × 2 water × 1	与蛋白数一致
2	其他组合	单体	蛋白 1 其他聚合物 2	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-allopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-allopyranose × 2 GLYCEROL × 27 PHOSPHATE ION × 2 ACETATE ION × 21 ALLOSAMIZOLINE × 2 water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CHIB_SERMA
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 3–500； UniProt 2–499 作者链 B； PDB构建体 3–500； UniProt 2–499

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8yuh
沉积日期 deposition_date	2024-03-27
最后修订 last_revision	2025-04-02
结构标题 title	X-ray Crystal structure of glycoside hydrolase family 18 chitinase from Serratia marcescens hexahistigine-tagged SmChiB with allosamidin
关键词 keywords	glycoside hydrolase family 18 GH18 chitinase hexahistigine-tag allosamidin, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

8yuh__assembly_2__model_1

Assembly 2 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

8yuh__assembly_2__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

8yuh__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	24.70 Å
Rg（电子密度）	23.75 Å
总 Rg	24.51 Å
原子数	4260
残基数	499
排除体积	75462 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`8yuh__assembly_1__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`8yuh__assembly_2__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Chitinase B
分子量 formula_weight	56912.5 kDa
EC 编号 ec_number	3.2.1.14
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	10930

MDSTRKAVIGYYFIPTNQINNYTETDTSVVPFPVSNITPAKAKQLTHINFSFLDINSNLECAWDPATNDAKARDVVNRLTALKAHNPSLRIMFSIGGWYYSNDLGVSHANYVNAVKTPAARTKFAQSCVRIMKDYGFDGVDIDWEYPQAAEVDGFIAALQEIRTLLNQQTIADGRQALPYQLTIAGAGGAFFLSRYYSKLAQIVAPLDYINLMTYDLAGPWEKITNHQAALFGDAAGPTFYNALREANLGWSWEELTRAFPSPFSLTVDAAVQQHLMMEGVPSAKIVMGVPFYGRAFKGVSGGNGGQYSSHSTPGEDPYPNADYWLVGCDECVRDKDPRIASYRQLEQMLQGNYGYQRLWNDKTKTPYLYHAQNGLFVTYDDAESFKYKAKYIKQQQLGGVMFWHLGQDNRNGDLLAALDRYFNAADYDDSQLDMGTGLRYTGVGPGNLPIMTAPAYVPGTTYAQGALVSYQGYVWQTKWGYITSAPGSDSAWLKVGRLAAAALEHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Serratia marcescens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	615
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-allopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-allopyranose
分子量 formula_weight	424.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	52

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	PHOSPHATE ION
分子量 formula_weight	95.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	ACETATE ION
分子量 formula_weight	59.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	48

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	ALLOSAMIZOLINE
分子量 formula_weight	216.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 7 Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1572

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晶胞边长 a length_a	97.850 Å
晶胞边长 b length_b	97.850 Å
晶胞边长 c length_c	196.678 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 43
空间群编号 int_tables_number	78
晶系 crystal_system	tetragonal

分辨率 resolution	1.730 Å
最低分辨率 resolution_low	47.590 Å
R 因子 r_factor	0.1538
R_work r_work	0.1536
R_free r_free	0.1699

X-ray Crystal structure of glycoside hydrolase family 18 chitinase from Serratia marcescens hexahistigine-tagged SmChiB with allosamidin

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Chitinase B

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

8yuh__assembly_2__model_1

8yuh__assembly_2__model_1 | I(q)

8yuh__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 branched

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

7. 引用文献 (1)

X-ray Crystal structure of glycoside hydrolase family 18 chitinase from Serratia marcescens hexahistigine-tagged SmChiB with allosamidin

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Chitinase B

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

8yuh__assembly_2__model_1

8yuh__assembly_2__model_1 | I(q)

8yuh__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 branched

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

7. 引用文献 (1)