8ywu

Human PPAR alpha ligand binding domain in complex with a 1H-pyrazolo[3,4-b]pyridine-derived compound

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 62.7 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Peroxisome proliferator-activated receptor alpha

Homo sapiens

UniProt Q07869

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 200–468 未记录 Peroxisome proliferator-activated receptor gamma coactivator 1-alpha × 1 (Q9UBK2) A1LZ9 1-(4-fluorophenyl)-6-[2-[(5-methyl-2-phenyl-1,3-oxazol-4-yl)methoxy]ethyl]-3-pentan-3-yl-pyrazolo[3,4-b]pyridine-4-carboxylic acid × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7.4;293 K;100 mM HEPES-NaOH, 19-23% PEG 4000, 19-23% 1,2-propanediol 分辨率 1.77 Å R-free 0.230

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 78 个其他 PDB 条目、106 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PPARA_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 4–272; UniProt 200–468

Peroxisome proliferator-activated receptor gamma coactivator 1-alpha

物种未注明

UniProt Q9UBK2

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 135–156 未记录 Peroxisome proliferator-activated receptor alpha × 1 (Q07869) A1LZ9 1-(4-fluorophenyl)-6-[2-[(5-methyl-2-phenyl-1,3-oxazol-4-yl)methoxy]ethyl]-3-pentan-3-yl-pyrazolo[3,4-b]pyridine-4-carboxylic acid × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7.4;293 K;100 mM HEPES-NaOH, 19-23% PEG 4000, 19-23% 1,2-propanediol 分辨率 1.77 Å R-free 0.230

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 39 个其他 PDB 条目、44 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PRGC1_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–22; UniProt 135–156

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8ywu

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8ywu
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id8ywu
沉积日期 deposition_date2024-04-01
最后修订 last_revision2025-04-09
结构标题 titleHuman PPAR alpha ligand binding domain in complex with a 1H-pyrazolo[3,4-b]pyridine-derived compound
关键词 keywordsAgonist, Complex, Nuclear receptor, TRANSCRIPTION; TRANSCRIPTION
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier19.46
回转半径 Rg (电子) rg_electron18.49
零角强度 I(0) i028872200.00
分子量 molecular_weight28137.0 kDa
排除体积 excluded_volume27528 ų
包络体积 envelope_volume44045 ų
水化壳体积 shell_volume19782 ų
包络直径 envelope_diameter63.0
壳层 Rg shell_rg24.95
包络 Rg envelope_rg18.73
形状 Rg shape_rg18.47
总 Rg total_rg19.23
总原子数 total_atoms2128
残基数 n_residues262
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax62.7
Rg (实空间) rg_real19.36
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.29
I(0) (实空间) i0_real2.8870e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.6940e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal19.38
I(0) (倒空间) i0_reciprocal28870000.0000
解质量估计 total_estimate0.8918
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary23.8
偏度 Skewness skewness0.229
峰度 Kurtosis kurtosis-0.400
角度范围 angular_range— – 0.4100 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha8373000.0000
实空间数据点数 n_real_points72
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.870; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.980

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)