SAXSdb — 8yx8

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ligand-gated cation channel ZACN

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	其他组合同源多聚体蛋白 × 5 其他聚合物 5 PDB 声明：pentameric（5）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–412 链 B； UniProt 1–412 链 C； UniProt 1–412 链 D； UniProt 1–412 链 E； UniProt 1–412	未记录	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.80 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 8YX8	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
8YX6 Structure of a Cys-loop Receptor in Zinc Binding State 提交 2024-04-02	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 1–412（412 aa）链 B 1–412（412 aa）链 C 1–412（412 aa）链 D 1–412（412 aa）链 E 1–412（412 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 ZN ZINC ION × 10	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.90 Å
8YX7 Structure of a Cys-loop Receptor under Acidic Condition 提交 2024-04-02	当前字段一致	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 1–412（412 aa）链 B 1–412（412 aa）链 C 1–412（412 aa）链 D 1–412（412 aa）链 E 1–412（412 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.80 Å
9LET Cryo-EM structure of human ZAC in zinc Binding State 提交 2025-01-07	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 1–412（412 aa）链 B 1–412（412 aa）链 C 1–412（412 aa）链 D 1–412（412 aa）链 E 1–412（412 aa）	突变：A152T 突变：A152T 突变：A152T 突变：A152T 突变：A152T	ZN ZINC ION × 5	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.62 Å
9LEU Cryo-EM structure of human ZAC with A152 mutant in zinc binding state 提交 2025-01-07	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 1–412（412 aa）链 B 1–412（412 aa）链 C 1–412（412 aa）链 D 1–412（412 aa）链 E 1–412（412 aa）	突变：A152T 突变：A152T 突变：A152T 突变：A152T 突变：A152T	ZN ZINC ION × 5	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.63 Å
9LEV Cryo-EM structure of human ZAC in nanodisc in apo state 提交 2025-01-07	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 1–412（412 aa）链 B 1–412（412 aa）链 C 1–412（412 aa）链 D 1–412（412 aa）链 E 1–412（412 aa）	突变：A152T 突变：A152T 突变：A152T 突变：A152T 突变：A152T	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.35 Å
9LEX Cryo-EM structure of human ZAC in zinc partially binding state in nanodisc 提交 2025-01-07	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 1–412（412 aa）链 B 1–412（412 aa）链 C 1–412（412 aa）链 D 1–412（412 aa）链 E 1–412（412 aa）	突变：A152T 突变：A152T 突变：A152T 突变：A152T 突变：A152T	ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.85 Å
9LEY Cryo-EM structure of human ZAC in complex with d-tubocurarine 提交 2025-01-07	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 1–412（412 aa）链 B 1–412（412 aa）链 C 1–412（412 aa）链 D 1–412（412 aa）链 E 1–412（412 aa）	突变：A152T 突变：A152T 突变：A152T 突变：A152T 突变：A152T	TC9 D-TUBOCURARINE × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.97 Å
9LEZ Cryo-EM structure of human ZAC in complex with N-(4-(tert-butyl)thiazol-2-yl)-3-fluorobenzamide (TTFB) 提交 2025-01-07	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 1–412（412 aa）链 B 1–412（412 aa）链 C 1–412（412 aa）链 D 1–412（412 aa）链 E 1–412（412 aa）	突变：A152T 突变：A152T 突变：A152T 突变：A152T 突变：A152T	A1EKJ ~{N}-(4-~{tert}-butyl-1,3-thiazol-2-yl)-3-fluoranyl-benzamide × 5 ZN ZINC ION × 5	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.54 Å

共 8 个其他 PDB 条目、8 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ZACN_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–420； UniProt 1–412 作者链 B； PDB构建体 1–420； UniProt 1–412 作者链 C； PDB构建体 1–420； UniProt 1–412 作者链 D； PDB构建体 1–420； UniProt 1–412 作者链 E； PDB构建体 1–420； UniProt 1–412

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8yx8
沉积日期 deposition_date	2024-04-02
结构标题 title	Structure of a Cys-loop Receptor in Apo State
关键词 keywords	Cys-loop Receptor, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	37.35 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	36.59 Å
零角强度 I(0) i0	459041000.00
分子量 molecular_weight	185250.0 kDa
排除体积 excluded_volume	236460 Å³
包络体积 envelope_volume	297450 Å³
水化壳体积 shell_volume	65693 Å³
包络直径 envelope_diameter	124.2 Å
壳层 Rg shell_rg	44.48 Å
包络 Rg envelope_rg	36.44 Å
形状 Rg shape_rg	36.59 Å
总 Rg total_rg	37.10 Å
总原子数 total_atoms	13070
残基数 n_residues	1620
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	122.3 Å
Rg (实空间) rg_real	37.25 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.92 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.5900e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	7.5930e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	37.31 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	459100000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8709
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	46.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.333
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.240
角度范围 angular_range	— – 0.2100 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	94100000.0000
实空间数据点数 n_real_points	43
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.809; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.987; Smooth: 0.904

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Ligand-gated cation channel ZACN
分子量 formula_weight	46858.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	5

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E
原子数 atom_count	13070

MMALWSLLHLTFLGFSITLLLVHGQGFQGTAAIWPSDYKDDDDKLFNVNLSKKVQESIQIPNNGSAPLLVDVRVFVSNVFNVDILRYTMSSMLLLRLSWLDTRLAWNTSAHPRHAITLPWESLWTPRLTILEALWVDWRDQSPQARVDQDGHVKLNLALATETNCNFELLHFPRDHSNCSLSFYALSNTAMELEFQAHVVNEIVSVKREYVVYDLKTQVPPQQLVPCFQVTLRLKNTALKSIIALLVPAEALLLADVCGGLLPLRAIERIGYKVTLLLSYLVLHSSLVQALPSSSSCNPLLIYYFTILLLLLFLSTIETVLLAGLLARGNLGAKSGPSPAPRGEQREHGNPGPHPAEEPSRGVKGSQRSWPETADRIFFLVYVVGVLCTQFVFAGIWMWAACKSDAAPGEAAPHGRRPRL

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 2 Entity 2 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	424.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	5

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.80 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	38022

fit	/app/data/saxs_computation/yx/8yx8/8yx8.fit
pddf	/app/data/pr_computation/yx/8yx8/8yx8.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/yx/8yx8/8yx8.dat

Structure of a Cys-loop Receptor in Apo State

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ligand-gated cation channel ZACN

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D