SAXSdb — 8z1w

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Dipeptide transport system permease protein DppB

Escherichia coli K-12

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Dipeptide transport system permease protein DppC × 1 （P0AEG1） Dipeptide transport ATP-binding protein DppD × 1 （P0AAG0） Dipeptide transport ATP-binding protein DppF × 1 （P37313） IRON/SULFUR CLUSTER × 2 PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	DPPB_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–339； UniProt 1–339

Dipeptide transport system permease protein DppC

Escherichia coli K-12

UniProt P0AEG1

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Dipeptide transport system permease protein DppB × 1 （P0AEF8） Dipeptide transport ATP-binding protein DppD × 1 （P0AAG0） Dipeptide transport ATP-binding protein DppF × 1 （P37313） IRON/SULFUR CLUSTER × 2 PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	DPPC_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–300； UniProt 1–300

Dipeptide transport ATP-binding protein DppD

Escherichia coli K-12

UniProt P0AAG0

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Dipeptide transport system permease protein DppB × 1 （P0AEF8） Dipeptide transport system permease protein DppC × 1 （P0AEG1） Dipeptide transport ATP-binding protein DppF × 1 （P37313） IRON/SULFUR CLUSTER × 2 PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	DPPD_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–327； UniProt 1–327

Dipeptide transport ATP-binding protein DppF

Escherichia coli K-12

UniProt P37313

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Dipeptide transport system permease protein DppB × 1 （P0AEF8） Dipeptide transport system permease protein DppC × 1 （P0AEG1） Dipeptide transport ATP-binding protein DppD × 1 （P0AAG0） IRON/SULFUR CLUSTER × 2 PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	DPPF_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–334； UniProt 1–334

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8z1w
沉积日期 deposition_date	2024-04-12
结构标题 title	Cryo-EM structure of Escherichia coli DppBCDF complex bound to ATPgammaS
关键词 keywords	ABC importer, Peptide transporter, TRANSPORT PROTEIN; TRANSPORT PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

8z1w__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

8z1w__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

8z1w__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	37.10 Å
Rg（电子密度）	36.25 Å
总 Rg	36.62 Å
原子数	9619
残基数	1237
排除体积	173860 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`8z1w__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Dipeptide transport system permease protein DppB
分子量 formula_weight	37531.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	9619

MLQFILRRLGLVIPTFIGITLLTFAFVHMIPGDPVMIMAGERGISPERHAQLLAELGLDKPMWQQYLHYIWGVMHGDLGISMKSRIPVWEEFVPRFQATLELGVCAMIFATAVGIPVGVLAAVKRGSIFDHTAVGLALTGYSMPIFWWGMMLIMLVSVHWNLTPVSGRVSDMVFLDDSNPLTGFMLIDTAIWGEDGNFIDAVAHMILPAIVLGTIPLAVIVRMTRSSMLEVLGEDYIRTARAKGLTRMRVIIVHALRNAMLPVVTVIGLQVGTLLAGAILTETIFSWPGLGRWLIDALQRRDYPVVQGGVLLVATMIILVNLLVDLLYGVVNPRIRHKK

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli K-12
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	83333
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Dipeptide transport system permease protein DppC
分子量 formula_weight	32328.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MSQVTENKVISAPVPMTPLQEFWHYFKRNKGAVVGLVYVVIVLFIAIFANWIAPYNPAEQFRDALLAPPAWQEGGSMAHLLGTDDVGRDVLSRLMYGARLSLLVGCLVVVLSLIMGVILGLIAGYFGGLVDNIIMRVVDIMLALPSLLLALVLVAIFGPSIGNAALALTFVALPHYVRLTRAAVLVEVNRDYVTASRVAGAGAMRQMFINIFPNCLAPLIVQASLGFSNAILDMAALGFLGMGAQPPTPEWGTMLSDVLQFAQSAWWVVTFPGLAILLTVLAFNLMGDGLRDALDPKLKQ

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli K-12
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	83333
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Dipeptide transport ATP-binding protein DppD
分子量 formula_weight	35886.4 kDa
EC 编号 ec_number	7.4.2.9
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MALLNVDKLSVHFGDESAPFRAVDRISYSVKQGEVVGIVGESGSGKSVSSLAIMGLIDYPGRVMAEKLEFNGQDLQRISEKERRNLVGAEVAMIFQDPMTSLNPCYTVGFQIMEAIKVHQGGNKSTRRQRAIDLLNQVGIPDPASRLDVYPHQLSGGMSQRVMIAMAIACRPKLLIADQPTTALDVTIQAQIIELLLELQQKENMALVLITHDLALVAEAAHKIIVMYAGQVVETGDAHAIFHAPRHPYTQALLRALPEFAQDKERLASLPGVVPGKYDRPNGCLLNPRCPYATDRCRAEEPALNMLADGRQSKCHYPLDDAGRPTL

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli K-12
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	83333
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Dipeptide transport ATP-binding protein DppF
分子量 formula_weight	37610.5 kDa
EC 编号 ec_number	7.4.2.9
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

MSTQEATLQQPLLQAIDLKKHYPVKKGMFAPERLVKALDGVSFNLERGKTLAVVGESGCGKSTLGRLLTMIEMPTGGELYYQGQDLLKHDPQAQKLRRQKIQIVFQNPYGSLNPRKKVGQILEEPLLINTSLSKEQRREKALSMMAKVGLKTEHYDRYPHMFSGGQRQRIAIARGLMLDPDVVIADQPVSALDVSVRAQVLNLMMDLQQELGLSYVFISHDLSVVEHIADEVMVMYLGRCVEKGTKDQIFNNPRHPYTQALLSATPRLNPDDRRERIKLSGELPSPLNPPPGCAFNARCRRRFGPCTQLQPQLKDYGGQLVACFAVDQDENPQR

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli K-12
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	83333
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	IRON/SULFUR CLUSTER
分子量 formula_weight	351.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER
分子量 formula_weight	523.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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分辨率 resolution	3.00 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	350910

Cryo-EM structure of Escherichia coli DppBCDF complex bound to ATPgammaS

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Dipeptide transport system permease protein DppB

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Dipeptide transport system permease protein DppC

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Dipeptide transport ATP-binding protein DppD

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Dipeptide transport ATP-binding protein DppF

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

8z1w__assembly_1__model_1

8z1w__assembly_1__model_1 | I(q)

8z1w__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

7. 引用文献 (1)

Cryo-EM structure of Escherichia coli DppBCDF complex bound to ATPgammaS

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Dipeptide transport system permease protein DppB

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Dipeptide transport system permease protein DppC

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Dipeptide transport ATP-binding protein DppD

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Dipeptide transport ATP-binding protein DppF

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

8z1w__assembly_1__model_1

8z1w__assembly_1__model_1 | I(q)

8z1w__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

7. 引用文献 (1)