SAXSdb — 8z4o

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Spike protein S2

Betacoronavirus England 1

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 752–1290 链 B； UniProt 752–1290 链 C； UniProt 752–1290	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 16	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 8 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.79 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 8Z4O	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
4XAK Crystal structure of potent neutralizing antibody m336 in complex with MERS Co-V RBD 提交 2014-12-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 367–601（235 aa）片段：Receptor-binding domain (UNP residues 367-601)	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；20% PEG 2000MME, 100 mM HEPES, pH7.5	分辨率 2.45 Å R-free 0.249
4XAK Crystal structure of potent neutralizing antibody m336 in complex with MERS Co-V RBD 提交 2014-12-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 367–601（235 aa）片段：Receptor-binding domain (UNP residues 367-601)	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；20% PEG 2000MME, 100 mM HEPES, pH7.5	分辨率 2.45 Å R-free 0.249
4ZPT Structure of MERS-Coronavirus Spike Receptor-binding Domain (England1 Strain) in Complex with Vaccine-Elicited Murine Neutralizing Antibody D12 (Crystal Form 1) 提交 2015-05-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 R 381–588（208 aa）片段：receptor-binging domain, UNP residues 381-588	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293 K；0.1 M sodium acetate pH 5.5, 50 mM sodium chloride, 10 % PEG 400, 11 % PEG 8,000	分辨率 2.59 Å R-free 0.244
4ZPT Structure of MERS-Coronavirus Spike Receptor-binding Domain (England1 Strain) in Complex with Vaccine-Elicited Murine Neutralizing Antibody D12 (Crystal Form 1) 提交 2015-05-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 S 381–588（208 aa）片段：receptor-binging domain, UNP residues 381-588	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293 K；0.1 M sodium acetate pH 5.5, 50 mM sodium chloride, 10 % PEG 400, 11 % PEG 8,000	分辨率 2.59 Å R-free 0.244
4ZPV Structure of MERS-Coronavirus Spike Receptor-binding Domain (England1 Strain) in Complex with Vaccine-Elicited Murine Neutralizing Antibody D12 (Crystal Form 2) 提交 2015-05-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 R 381–588（208 aa）片段：UNP residues 381-588	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；0.1 M sodium cacodylate pH 6.5, 80 mM magnesium acetate, 14.5 % PEG 8,000	分辨率 3.20 Å R-free 0.281
4ZPV Structure of MERS-Coronavirus Spike Receptor-binding Domain (England1 Strain) in Complex with Vaccine-Elicited Murine Neutralizing Antibody D12 (Crystal Form 2) 提交 2015-05-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 S 381–588（208 aa）片段：UNP residues 381-588	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；0.1 M sodium cacodylate pH 6.5, 80 mM magnesium acetate, 14.5 % PEG 8,000	分辨率 3.20 Å R-free 0.281
4ZPW Structure of unbound MERS-CoV spike receptor-binding domain (England1 strain). 提交 2015-05-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 R 381–588（208 aa）片段：receptor-binding domain, UNP residues 381-588	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；0.1 M Tris-HCl pH 8.5, 10 % MPD, 29 % PEG 1,500	分辨率 3.02 Å R-free 0.259
4ZPW Structure of unbound MERS-CoV spike receptor-binding domain (England1 strain). 提交 2015-05-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 S 381–588（208 aa）片段：receptor-binding domain, UNP residues 381-588	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；0.1 M Tris-HCl pH 8.5, 10 % MPD, 29 % PEG 1,500	分辨率 3.02 Å R-free 0.259
6C6Y Crystal structure of Middle-East Respiratory Syndrome (MERS) coronavirus neutralizing antibody JC57-14 isolated from a vaccinated rhesus macaque in complex with MERS Receptor Binding Domain 提交 2018-01-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 S 381–588（208 aa）片段：Receptor Binding Domain residues 381-588	未记录	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9.5；293 K；90 mM CHES pH 9.5, 18% PEG 8,000	分辨率 3.32 Å R-free 0.267
6C6Y Crystal structure of Middle-East Respiratory Syndrome (MERS) coronavirus neutralizing antibody JC57-14 isolated from a vaccinated rhesus macaque in complex with MERS Receptor Binding Domain 提交 2018-01-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 R 381–588（208 aa）片段：Receptor Binding Domain residues 381-588	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9.5；293 K；90 mM CHES pH 9.5, 18% PEG 8,000	分辨率 3.32 Å R-free 0.267
7M55 B6 Fab fragment bound to the MERS-CoV spike stem helix peptide 提交 2021-03-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1230–1244（15 aa）片段：residues 1230-1244 of the spike glycoprotein	未记录	GOL GLYCEROL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.2 M Magnesium Chloride and 20% (w/v) PEG3350	分辨率 1.40 Å R-free 0.200
7X27 MERS-CoV spike complex 提交 2022-02-25	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 G 19–1229（1211 aa）链 I 19–1229（1211 aa）链 J 19–1229（1211 aa）	突变：H1020Q, V1060P, L1061P 突变：H1020Q, V1060P, L1061P 突变：H1020Q, V1060P, L1061P	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.49 Å
8DGV Crystal structure of MERS-CoV spike stem helix peptide in complex with Fab of broadly neutralizing antibody CC99.103 isolated from a vaccinated COVID-19 convalescent 提交 2022-06-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1221–1247（27 aa）片段：stem helix domain, residues 1221-1247	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；295.15 K；19% (v/v) Isopropanol, 19% (w/v) PEG 4000, 5% (v/v) Glycerol, 0.095 M Sodium citrate pH 5.6	分辨率 2.30 Å R-free 0.249
8DGX Crystal structure of MERS-CoV spike stem helix peptide in complex with Fab of broadly neutralizing antibody CC68.109 isolated from a vaccinated COVID-19 convalescent 提交 2022-06-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 1221–1247（27 aa）片段：Stem helix domain, residues 1221-1247	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293.15 K；0.17 M Sodium acetate, 25.5% (w/v) PEG 4000, 15% (v/v) Glycerol, 0.085 M Tris pH 8.5	分辨率 2.89 Å R-free 0.280
8DGX Crystal structure of MERS-CoV spike stem helix peptide in complex with Fab of broadly neutralizing antibody CC68.109 isolated from a vaccinated COVID-19 convalescent 提交 2022-06-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 1221–1247（27 aa）片段：Stem helix domain, residues 1221-1247	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293.15 K；0.17 M Sodium acetate, 25.5% (w/v) PEG 4000, 15% (v/v) Glycerol, 0.085 M Tris pH 8.5	分辨率 2.89 Å R-free 0.280
8XZ6 MERS-CoV S and radixin complex structure 提交 2024-01-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 H 1334–1346（13 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；0.1 M Tris, pH 8.5, and 6% PEG 8000	分辨率 2.12 Å R-free 0.256
8XZ6 MERS-CoV S and radixin complex structure 提交 2024-01-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 G 1334–1346（13 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；0.1 M Tris, pH 8.5, and 6% PEG 8000	分辨率 2.12 Å R-free 0.256
8XZ6 MERS-CoV S and radixin complex structure 提交 2024-01-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 1334–1346（13 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；0.1 M Tris, pH 8.5, and 6% PEG 8000	分辨率 2.12 Å R-free 0.256
8XZ6 MERS-CoV S and radixin complex structure 提交 2024-01-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 F 1334–1346（13 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；0.1 M Tris, pH 8.5, and 6% PEG 8000	分辨率 2.12 Å R-free 0.256
8Z4T MERS-CoV S ectodomain trimer in complex with receptor DPP4-750E 提交 2024-04-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 19–1224（1206 aa）链 B 19–1224（1206 aa）链 C 19–1224（1206 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.93 Å
9IXV Cryo-EM structure of MERS-CoV S1-NTD bound with KNIH-88 Fab 提交 2024-07-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–350（350 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.11 Å

共 12 个其他 PDB 条目、21 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SPIKE_MERS1
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–539； UniProt 752–1290 作者链 B； PDB构建体 1–539； UniProt 752–1290 作者链 C； PDB构建体 1–539； UniProt 752–1290

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8z4o
沉积日期 deposition_date	2024-04-17
结构标题 title	MERS-CoV post-fusion S ectodomain trimer
关键词 keywords	MERS-CoV, spike, VIRAL PROTEIN; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	56.50 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	58.62 Å
零角强度 I(0) i0	185592000.00
分子量 molecular_weight	106400.0 kDa
排除体积 excluded_volume	130430 Å³
包络体积 envelope_volume	205210 Å³
水化壳体积 shell_volume	38213 Å³
包络直径 envelope_diameter	206.3 Å
壳层 Rg shell_rg	41.40 Å
包络 Rg envelope_rg	60.38 Å
形状 Rg shape_rg	58.58 Å
总 Rg total_rg	58.05 Å
总原子数 total_atoms	7515
残基数 n_residues	1073
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	112.8 Å
Rg (实空间) rg_real	39.86 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.32 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.4980e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.9540e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	55.13 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	184800000.0000
解质量估计 total_estimate	0.5846
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	32.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.318
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.833
角度范围 angular_range	— – 0.1400 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	2.9330
最高正则化参数 α highest_alpha	3747000.0000
实空间数据点数 n_real_points	29
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.040; Oscil: 0.985; Stabil: 0.926; Sysdev: 0.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.868; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Spike protein S2
分子量 formula_weight	58814.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C
原子数 atom_count	7515

SVPGEMRLASIAFNHPIQVDQLNSSYFKLSIPTNFSFGVTQEYIQTTIQKVTVDCKQYVCNGFQKCEQLLREYGQFCSKINQALHGANLRQDDSVRNLFASVKSSQSSPIIPGFGGDFNLTLLEPVSISTGSRSARSAIEDLLFDKVTIADPGYMQGYDDCMQQGPASARDLICAQYVAGYKVLPPLMDVNMEAAYTSSLLGSIAGVGWTAGLSSFAAIPFAQSIFYRLNGVGITQQVLSENQKLIANKFNQALGAMQTGFTTTNEAFQKVQDAVNNNAQALSKLASELSNTFGAISASIGDIIQRLDVLEQDAQIDRLINGRLTTLNAFVAQQLVRSESAALSAQLAKDKVNECVKAQSKRSGFCGQGTHIVSFVVNAPNGLYFMHVGYYPSNHIEVVSAYGLCDAANPTNCIAPVNGYFIKTNNTRIVDEWSYTGSSFYAPEPITSLNTKYVAPQVTYQNISTNLPPPLLGNSTGIDFQDELDEFFKNVSTSIPNFGSLTQINTTLLDLTYEMLSLQQVVKALNESYIDLKELGNYT

来源 Source

来源生物 organism	Betacoronavirus England 1
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1263720
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	16

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8. 引用文献 (1)

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分辨率 resolution	3.79 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	36570

fit	/app/data/saxs_computation/z4/8z4o/8z4o.fit
pddf	/app/data/pr_computation/z4/8z4o/8z4o.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/z4/8z4o/8z4o.dat

MERS-CoV post-fusion S ectodomain trimer