8z9d

cryo-EM structure of PSII-LHCII megacomplex from spinach

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 309.6 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8z9d
沉积日期 deposition_date	2024-04-23
结构标题 title	cryo-EM structure of PSII-LHCII megacomplex from spinach
关键词 keywords	PSII, LHCII, megacomplex, photosynthesis; PHOTOSYNTHESIS
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	— Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	117.30 Å
零角强度 I(0) i0	53962000000.00
分子量 molecular_weight	2405800.0 kDa
排除体积 excluded_volume	3158000 Å³
包络体积 envelope_volume	4884300 Å³
水化壳体积 shell_volume	340090 Å³
包络直径 envelope_diameter	416.7 Å
壳层 Rg shell_rg	106.90 Å
包络 Rg envelope_rg	115.40 Å
形状 Rg shape_rg	117.40 Å
总 Rg total_rg	116.90 Å
总原子数 total_atoms	339330
残基数 n_residues	17260
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	309.6 Å
Rg (实空间) rg_real	112.00 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.11 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.1660e+10
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.0640e+09
Rg (倒空间) rg_reciprocal	111.20 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	52830000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9144
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	119.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.220
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.754
角度范围 angular_range	— – 0.0650 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.9674
最高正则化参数 α highest_alpha	3342000000.0000
实空间数据点数 n_real_points	14
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.001; Oscil: 0.999; Stabil: 0.974; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.970; Smooth: 0.000

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (46)

Entity 1 polymer

描述 description	Photosystem II protein D1
分子量 formula_weight	38804.2 kDa
EC 编号 ec_number	1.10.3.9
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,a,AA,Aa
原子数 atom_count	339330

MTAILERRESESLWGRFCNWITSTENRLYIGWFGVLMIPTLLTATSVFIIAFIAAPPVDIDGIREPVSGSLLYGNNIISGAIIPTSAAIGLHFYPIWEAASVDEWLYNGGPYELIVLHFLLGVACYMGREWELSFRLGMRPWIAVAYSAPVAAATAVFLIYPIGQGSFSDGMPLGISGTFNFMIVFQAEHNILMHPFHMLGVAGVFGGSLFSAMHGSLVTSSLIRETTENESANEGYRFGQEEETYNIVAAHGYFGRLIFQYASFNNSRSLHFFLAAWPVVGIWFTALGISTMAFNLNGFNFNQSVVDSQGRVINTWADIINRANLGMEVMHERNAHNFPLDLAAIEAPST

Entity 2 polymer

描述 description	Oxygen-evolving enhancer protein 1, chloroplastic
分子量 formula_weight	35207.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Oo,O,o,OO

MAASLQASTTFLQPTKVASRNTLQLRSTQNVCKAFGVESASSGGRLSLSLQSDLKELANKCVDATKLAGLALATSALIASGANAEGGKRLTYDEIQSKTYLEVKGTGTANQCPTVEGGVDSFAFKPGKYTAKKFCLEPTKFAVKAEGISKNSGPDFQNTKLMTRLTYTLDEIEGPFEVSSDGTVKFEEKDGIDYAAVTVQLPGGERVPFLFTIKQLVASGKPESFSGDFLVPSYRGSSFLDPKGRGGSTGYDNAVALPAGGRGDEEELQKENNKNVASSKGTITLSVTSSKPETGEVIGVFQSLQPSDTDLGAKVPKDVKIEGVWYAQLEQQ

Entity 3 polymer

描述 description	Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
分子量 formula_weight	31046.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Rr,R,r,RR

MASASASAAATSSFIGTRLTEVPSNSGKVTCRFGFGAKKVAKKAQPKSGFSTDRPLWYPGAKAPEYLDGSLVGDYGFDPFGLGKPAEYLQYDYDGLDQNLAKNLAGDIIGTRTESADVKSTSLQPYSEVFGLQRFRECELIHGRWAMLATLGALTVEGLTGITWQDAGKVELIEGSSYLGQPLPFSMTTLIWIEVLVIGYIEFQRNAELDTEKRLYPGGTFDPLGLASDPEKKPILQLAEIKHARLAMVGFLGFAVQAAVTGKGPLNNWVTHLSDPLHTTILDRFL

Entity 4 polymer

描述 description	Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
分子量 formula_weight	31341.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Ss,S,s,SS

MASVAASTAAACLGKSELLGNSLNLRSATSAPCSTPSVGPCKIVALFNFGKKAATPPAKSKAKVAVASPADDELAKWYGPDRRIFLPDGLLDRDDIPEYLNGEVPGDYGYDPFGLGKKPEDFAKYQAFELIHARWAMLGAAGCVIPEAFNKFGANCGPEAVWFKTGALLLDGNTLNYFGKNIPINLVLAVVAEVVLLGGAEYYRITNGLDFEDKLHPGGPFDPLGLAKDPDQAALLKVKEIKNGRLAMFSMFAFFIQAYVTGQGPVENLSAHLSDPFGNNLLTVIGGAAERVPTL

Entity 5 polymer

描述 description	Photosystem II reaction center protein T
分子量 formula_weight	3825.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Tt,T,t,TT

MEALVYTFLLVSTLGIIFFAIFFREPPKISTKK

Entity 6 polymer

描述 description	Photosystem II 5 kDa protein, chloroplastic
分子量 formula_weight	10676.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Uu,U,u,UU

MASITMTASFLGTTVSKQPPTHHLRRGVVMAKAMPETTTTTKEETSSKRRDLVFAVAAAAACSVARIAMAEEPKRGTPEAKKKYAPVCVTMPSARICYK

Entity 7 polymer

描述 description	Photosystem II reaction center W protein, chloroplastic
分子量 formula_weight	14186.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Ww,W,w,WW

MATITASSSASLVARASLVHNSRVGVSSSPILGLPSMTKRSKVTCSIENKPSTTETTTTTNKSMGASLLAAAAAATISNPAMALVDERMSTEGTGLPFGLSNNLLGWILFGVFGLIWALYFVYASGLEEDEESGLSL

Entity 8 polymer

描述 description	Photosystem II reaction center X protein, chloroplastic
分子量 formula_weight	11958.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Xx,X,x,XX

MASISAVSMATPITTTTTKTTFFSPLPVVKPQRATLMGQKPRAMGLKVQASLKEKAVTGLTAAALTASMMVPDVAEAAELAPSLKNFLFSIAAGGVVLTAIVGAVVAVSNFDPVKRA

Entity 9 polymer

描述 description	Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
分子量 formula_weight	28433.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	12

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Yy,G,N,Y,g,n,y,GG,NN,YY,Gg,Nn

MASSTMALSSPSLAGKAVKLGPTASEIIGEGRITMRKTAGKPKTVQSSSPWYGPDRVKYLGPFSGEAPSYLTGEFPGDYGWDTAGLSADPETFAKNRELEVIHCRWAMLGALGCVFPELLARNGVKFGEAVWFKAGSQIFSEGGLDYLGNPSLVHAQSILAIWACQVILMGAVEGYRIAGGPLGEVVDPLYPGGSFDPLGLADDPEAFAELKVKEIKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLADPVNNNAWNFATNFVPGK

Entity 10 polymer

描述 description	Photosystem II reaction center protein Z
分子量 formula_weight	6541.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Zz,Z,z,ZZ

MTIAFQLAVFALIATSSILLISVPVVFASPDGWSSNKNIVFSGTSLWLGLVFLVGILNSLIS

Entity 11 polymer

描述 description	Chlorophyll a-b binding protein CP24, chloroplastic
分子量 formula_weight	27693.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	44,4

MAAATSATAIVNGFTSPFLSGGKKSSQSLLFVNSKVGAGVSTTSRKLVVVAAAAAPKKSWIPAVKGGGNFLDPEWLDGSLPGDFGFDPLGLGKDPAFLKWYREAELIHGRWAMLAVLGIFVGQAWTGIPWFEAGADPGAVAPFSFGTLLGTQLLLMGWVESKRWVDFFDPDSQSVEWATPWSRTAENFSNSTGEQGYPGGKFFDPLSLAGTISNGVYNPDTDKLERLKLAEIKHARLAMLAMLIFYFEAGQGKTPLGAL

Entity 12 polymer

描述 description	Oxygen-evolving enhancer protein 2, chloroplastic
分子量 formula_weight	28495.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Pp,p,P,PP

MASTACFLHHHAAISSPAAGRGSAAQRYQAVSIKPNQIVCKAQKQDDNEANVLNSGVSRRLALTVLIGAAAVGSKVSPADAAYGEAANVFGKPKKNTEFMPYNGDGFKLLVPSKWNPSKEKEFPGQVLRYEDNFDATSNLSVLVQPTDKKSITDFGSPEDFLSQVDYLLGKQAYFGKTDSEGGFDSGVVASANVLESSTPVVDGKQYYSITVLTRTADGDEGGKHQVIAATVKDGKLYICKAQAGDKRWFKGAKKFVESATSSFSVA

Entity 13 polymer

描述 description	Oxygen-evolving enhancer protein 3, chloroplastic
分子量 formula_weight	24884.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Qq,q,Q,QQ

MAQAMASMAGLRGASQAVLEGSLQISGSNRLSGPTTSRVAVPKMGLNIRAQQVSAEAETSRRAMLGFVAAGLASGSFVKAVLAEARPIVVGPPPPLSGGLPGTENSDQARDGTLPYTKDRFYLQPLPPTEAAQRAKVSASEILNVKQFIDRKAWPSLQNDLRLRASYLRYDLKTVISAKPKDEKKSLQELTSKLFSSIDNLDHAAKIKSPTEAEKYYGQTVSNINEVLAKLG

Entity 14 polymer

描述 description	Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
分子量 formula_weight	28429.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	11,22,1,2

MASSTMALSSPAFGGKAVKLNPSTSDMIGEGRISMRKSAGKPKNVSSGSPWYGPDRVKYLGPFSGEAPSYLTGEFPGDYGWDTAGLSADPETFSKNRELEVIHCRWAMLGALGCVFPELLARNGVKFGEAVWFKAGSQIFSEGGLDYLGNPSLVHAQSILAIWACQVILMGAVEGYRVAGGPLGEVVDPLYPGGSFDPLGLAEDPEAFAELKVKEIKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLADPVNNNAWNFATNFVPGN

Entity 15 polymer

描述 description	Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
分子量 formula_weight	28512.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	33,3

MATMVSSSTVLTPNPFVGQGKGANGNTLRDVVPMGSGKFTMGNDLWYGPDRVKYLGPFSAQTPSYLTGEFPGDYGWDTAGLSADPEAFARNRALEVIHGRWAMLGALGCLTPEVLEKWVKVDFKEPVWFKAGAQIFSEGGLDYLGNPNLVHAQSILAVLGFQVLLMGLVESFRINGLDGVGDGNDLYPGGQYFDPLGLADDPVTFAELKVKEIKNGRLAMFSMFGFFVQAIITGKGPLENLLDHLDNPVANNAWVYATKFVPGS

Entity 16 polymer

描述 description	Photosystem II 10 kDa polypeptide, chloroplastic
分子量 formula_weight	14409.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	0,00

MATSVMSSLSLKPSSFGVDTKSAVKGLPSLSRSSASFTVRASGVKKIKVDKPLGIGGGMKLRDGVDSSGRKPTGKGVYQFVDKYGANVDGYSPIYNEEEWAPTGDVYAGGTTGLLIWAVTLAGLLAGGALLVYNTSALAQ

Entity 17 polymer

描述 description	Photosystem II reaction center proteins PsbY, chloroplastic
分子量 formula_weight	20678.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	5,55

MAATMATTMAVLNTKCLTLNTNKTTSTSPKPTSKPISLSPLGLSNSKLPMGLSPIITAPAIAGAVFATLGSVDPAFAVQQLADIAAEAGTSDNRGLALLLPIIPALGWVLFNILQPALNQINKMRNEKKAFIVGLGLSGLATSGLLLATPEAQAASEEIARGSDNRGTLLLLVVLPAIGWVLFNILQPALNQLNKMRSQ

Entity 18 polymer

描述 description	Photosystem II CP43 reaction center protein
分子量 formula_weight	51880.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,c,CC,Cc

MKTLYSLRRFYPVETLFNGTLTLAGRDQETTGFAWWAGNARLINLSGKLLGAHVAHAGLIVFWAGAMNLFEVAHFVPEKPMYEQGLILLPHLATLGWGVGPGGEVIDTFPYFVSGVLHLISSAVLGFGGIYHALLGPETLEESFPFFGYVWKDRNKMTTILGIHLILLGIGAFLLVFKALYFGGVYDTWAPGGGDVRKITNVTLSPSIIFGCLLKSPFGGEGWIVSVDDLEDIIGGHVWIGVICILGGIWHILTKPFAWARRALVWSGEAYLSYSLAALSVFGFIACCFVWFNNTAYPSEFYGPTGPEASQAQAFTFLVRDQRLGANVGSAQGPTGLGKYLMRSPTGEVIFGGETMRFWDLRAPWLEPLRGPNGLDLSRLKKDIQPWQERRSAEYMTHAPLGSLNSVGGVATEINAVNYVSPRSWLSTSHFVLGFFLFVGHLWHAGRARAAAAGFEKGIDRDFEPVLSMTPLN

Entity 19 polymer

描述 description	Photosystem II D2 protein
分子量 formula_weight	39422.0 kDa
EC 编号 ec_number	1.10.3.9
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,d,DD,Dd

MTIAVGKFTKDEKDLFDSMDDWLRRDRFVFVGWSGLLLFPCAYFALGGWFTGTTFVTSWYTHGLASSYLEGCNFLTAAVSTPANSLAHSLLLLWGPEAQGDFTRWCQLGGLWAFVALHGAFALIGFMLRQFELARSVQLRPYNAIAFSGPIAVFVSVFLIYPLGQSGWFFAPSFGVAAIFRFILFFQGFHNWTLNPFHMMGVAGVLGAALLCAIHGATVENTLFEDGDGANTFRAFNPTQAEETYSMVTANRFWSQIFGVAFSNKRWLHFFMLFVPVTGLWMSALGVVGLALNLRAYDFVSQEIRAAEDPEFETFYTKNILLNEGIRAWMAAQDQPHENLIFPEEVLPRGNA

Entity 20 polymer

描述 description	Cytochrome b559 subunit alpha
分子量 formula_weight	9393.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,e,EE,Ee

MSGSTGERSFADIITSIRYWVIHSITIPSLFIAGWLFVSTGLAYDVFGSPRPNEYFTESRQGIPLITGRFDSLEQLDEFSRSF

Entity 21 polymer

描述 description	Cytochrome b559 subunit beta
分子量 formula_weight	4502.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F,f,FF,Ff

MTIDRTYPIFTVRWLAIHGLAVPTVFFLGSISAMQFIQR

Entity 22 polymer

描述 description	Photosystem II reaction center protein H
分子量 formula_weight	7735.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H,h,HH,Hh

MATQTVESSSRSRPKPTTVGALLKPLNSEYGKVAPGWGTTPLMGVAMALFAVFLSIILEIYNSSVLLDGISMN

Entity 23 polymer

描述 description	Photosystem II reaction center protein I
分子量 formula_weight	4170.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I,i,II,Ii

MLTLKLFVYTVVIFFVSLFIFGFLSNDPGRNPGREE

Entity 24 polymer

描述 description	Photosystem II reaction center protein J
分子量 formula_weight	4117.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	J,j,JJ,Jj

MADTTGRIPLWIIGTVAGILVIGLVGIFFYGSYSGLGSSL

Entity 25 polymer

描述 description	Photosystem II reaction center protein K
分子量 formula_weight	6751.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	K,k,KK,Kk

MLNIFSLICLNSALYSSSFFFGKLPEAYAFLSPIVDFMPVIPLFFFLLAFVWQAAVSFR

Entity 26 polymer

描述 description	Photosystem II reaction center protein L
分子量 formula_weight	4498.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L,l,LL,Ll

MTQSNPNEQNVELNRTSLYWGLLLIFVLAVLFSNYFFN

Entity 27 polymer

描述 description	Photosystem II reaction center protein M
分子量 formula_weight	3783.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	M,m,MM,Mm

MEVNILAFIATALFILVPTAFLLIIYVKTVSQND

Entity 28 polymer

描述 description	Photosystem II CP47 reaction center protein
分子量 formula_weight	56207.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	b,BB,B,Bb

MGLPWYRVHTVVLNDPGRLISVHIMHTALVAGWAGSMALYELAVFDPSDPVLDPMWRQGMFVIPFMTRLGITNSWGGWSITGGTITDPGIWSYEGVAGAHIMFSGLCFLAAIWHWVYWDLEIFSDERTGKPSLDLPKIFGIHLFLSGVACFGFGAFHVTGLYGPGIWVSDPYGLTGKVQPVSPAWGVEGFDPFVPGGIASHHIAAGTLGILAGLFHLSVRPPQRLYKGLRMGNIETVLSSSIAAVFFAAFVVAGTMWYGSATTPIELFGPTRYQWDQGYFQQEIYRRVSAGLAENQSFSEAWSKIPEKLAFYDYIGNNPAKGGLFRAGSMDNGDGIAVGWLGHPIFRDKEGRELFVRRMPTFFETFPVVLIDGDGIVRADVPFRRAESKYSVEQVGVTVEFYGGELNGVSYSDPATVKKYARRAQLGEIFELDRATLKSDGVFRSSPRGWFTFGHASFALLFFFGHIWHGSRTLFRDVFAGIDPDLDVQVEFGAFQKIGDPTTRRQGV

Entity 29 non-polymer

描述 description	CA-MN4-O5 CLUSTER
分子量 formula_weight	339.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 30 non-polymer

描述 description	FE (II) ION
分子量 formula_weight	55.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 31 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

Entity 32 non-polymer

描述 description	CHLOROPHYLL A
分子量 formula_weight	893.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	374

Entity 33 non-polymer

描述 description	PHEOPHYTIN A
分子量 formula_weight	871.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

Entity 34 non-polymer

描述 description	BETA-CAROTENE
分子量 formula_weight	536.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	44

Entity 35 non-polymer

描述 description	;2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,22,26,30,34-HEXATRIACONTANONAENYL-2,5-CYCLOHEXADIENE-1,4-DIONE-2,3-DIMETHYL-5-SOLANESYL-1,4-BENZOQUINONE ;
分子量 formula_weight	749.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

Entity 36 non-polymer

描述 description	1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE
分子量 formula_weight	723.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	55

Entity 37 non-polymer

描述 description	1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL
分子量 formula_weight	795.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	14

Entity 38 non-polymer

描述 description	1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE
分子量 formula_weight	787.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	22

Entity 39 non-polymer

描述 description	CHLOROPHYLL B
分子量 formula_weight	907.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	140

Entity 40 non-polymer

描述 description	(3R,3'R,6S)-4,5-DIDEHYDRO-5,6-DIHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL
分子量 formula_weight	568.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	38

Entity 41 non-polymer

描述 description	;(3S,5R,6S,3'S,5'R,6'S)-5,6,5',6'-DIEPOXY-5,6,5',6'- TETRAHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL ;
分子量 formula_weight	600.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	18

Entity 42 non-polymer

描述 description	;(1R,3R)-6-{(3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-18-[(1S,4R,6R)-4-HYDROXY-2,2,6-TRIMETHYL-7-OXABICYCLO[4.1.0]HEPT-1-YL]-3,7,12,16-TETRAMETHYLOCTADECA-1,3,5,7,9,11,13,15,17-NONAENYLIDENE}-1,5,5-TRIMETHYLCYCLOHEXANE-1,3-DIOL ;
分子量 formula_weight	600.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	14

Entity 43 non-polymer

描述 description	DODECYL-ALPHA-D-MALTOSIDE
分子量 formula_weight	510.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 44 non-polymer

描述 description	DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)
分子量 formula_weight	949.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	20

Entity 45 non-polymer

描述 description	BICARBONATE ION
分子量 formula_weight	61.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 46 non-polymer

描述 description	PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
分子量 formula_weight	616.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

▶

7. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.22 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	93684

fit	/app/data/saxs_computation/z9/8z9d/8z9d.fit
pddf	/app/data/pr_computation/z9/8z9d/8z9d.pr.out
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cryo-EM structure of PSII-LHCII megacomplex from spinach

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (46)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

Entity 6 polymer

聚合体 Polymer

Entity 7 polymer

聚合体 Polymer

Entity 8 polymer

聚合体 Polymer

Entity 9 polymer

聚合体 Polymer

Entity 10 polymer

聚合体 Polymer

Entity 11 polymer

聚合体 Polymer

Entity 12 polymer

聚合体 Polymer

Entity 13 polymer

聚合体 Polymer

Entity 14 polymer

聚合体 Polymer

Entity 15 polymer

聚合体 Polymer

Entity 16 polymer

聚合体 Polymer

Entity 17 polymer

聚合体 Polymer

Entity 18 polymer

聚合体 Polymer

Entity 19 polymer

聚合体 Polymer

Entity 20 polymer

聚合体 Polymer

Entity 21 polymer

聚合体 Polymer

Entity 22 polymer

聚合体 Polymer

Entity 23 polymer

聚合体 Polymer

Entity 24 polymer

聚合体 Polymer

Entity 25 polymer

聚合体 Polymer

Entity 26 polymer

聚合体 Polymer

Entity 27 polymer

聚合体 Polymer

Entity 28 polymer

聚合体 Polymer

Entity 29 non-polymer

Entity 30 non-polymer

Entity 31 non-polymer

Entity 32 non-polymer

Entity 33 non-polymer

Entity 34 non-polymer

Entity 35 non-polymer

Entity 36 non-polymer

Entity 37 non-polymer

Entity 38 non-polymer

Entity 39 non-polymer

Entity 40 non-polymer

Entity 41 non-polymer