8zcl

Ambient Temperature Crystal Structure of Fc Fragment of Human IgG1 from Biosimilar VEGF-Trap

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 78.7 Å Quality: EXCELLENT

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Immunoglobulin gamma-1 heavy chain

Homo sapiens

UniProt P0DOX5

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 同源多聚体 蛋白 × 2 其他聚合物 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 239–446 链 B; UniProt 239–446 片段:Fc Fragment ;beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[beta-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 1 ;2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;298 K;0.1M Bis-Tris pH 6.5, 25% w/v Polyethylene glycol 3350 分辨率 2.60 Å R-free 0.236

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 105 个其他 PDB 条目、128 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 IGG1_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–208; UniProt 239–446 作者链 B; PDB构建体 1–208; UniProt 239–446

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8zcl

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8zcl
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id8zcl
沉积日期 deposition_date2024-04-30
结构标题 titleAmbient Temperature Crystal Structure of Fc Fragment of Human IgG1 from Biosimilar VEGF-Trap
关键词 keywordsfusion protein, immunoglobin, N-glycans, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier26.85
回转半径 Rg (电子) rg_electron25.56
零角强度 I(0) i041057600.00
分子量 molecular_weight49810.0 kDa
排除体积 excluded_volume62469 ų
包络体积 envelope_volume82733 ų
水化壳体积 shell_volume26830 ų
包络直径 envelope_diameter80.2
壳层 Rg shell_rg33.06
包络 Rg envelope_rg24.98
形状 Rg shape_rg25.56
总 Rg total_rg26.42
总原子数 total_atoms3507
残基数 n_residues413
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax78.7
Rg (实空间) rg_real26.69
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.51
I(0) (实空间) i0_real4.1060e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error5.7960e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal26.74
I(0) (倒空间) i0_reciprocal41060000.0000
解质量估计 total_estimate0.9191
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary76.0
偏度 Skewness skewness0.022
峰度 Kurtosis kurtosis-0.679
角度范围 angular_range— – 0.2950 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha5359000.0000
实空间数据点数 n_real_points60
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.984; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.994

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)