8znl

PD-L1 de novo designed binder with picomolar binding affinity

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 96.0 Å Quality: EXCELLENT

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Programmed cell death 1 ligand 1

Homo sapiens

UniProt Q9NZQ7

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 19–132 未记录 PD-L1 de novo binder × 1 BR BROMIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION;293 K;buffer containing 0.03M Sodium fluoride; 0.03M Sodium bromide; 0.03M Sodium iodide; 0.1 M (Imidazole/MES) pH6.5, 12.5% v/v MPD; 12.5% PEG1000; 12.5% w/v PEG 3350. 分辨率 1.77 Å R-free 0.275
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 19–132 未记录 PD-L1 de novo binder × 1 BR BROMIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION;293 K;buffer containing 0.03M Sodium fluoride; 0.03M Sodium bromide; 0.03M Sodium iodide; 0.1 M (Imidazole/MES) pH6.5, 12.5% v/v MPD; 12.5% PEG1000; 12.5% w/v PEG 3350. 分辨率 1.77 Å R-free 0.275
3 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 F; UniProt 19–132 未记录 PD-L1 de novo binder × 1 BR BROMIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION;293 K;buffer containing 0.03M Sodium fluoride; 0.03M Sodium bromide; 0.03M Sodium iodide; 0.1 M (Imidazole/MES) pH6.5, 12.5% v/v MPD; 12.5% PEG1000; 12.5% w/v PEG 3350. 分辨率 1.77 Å R-free 0.275
4 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 H; UniProt 19–132 未记录 PD-L1 de novo binder × 1 BR BROMIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION;293 K;buffer containing 0.03M Sodium fluoride; 0.03M Sodium bromide; 0.03M Sodium iodide; 0.1 M (Imidazole/MES) pH6.5, 12.5% v/v MPD; 12.5% PEG1000; 12.5% w/v PEG 3350. 分辨率 1.77 Å R-free 0.275

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 74 个其他 PDB 条目、121 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PD1L1_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–114; UniProt 19–132 作者链 D; PDB构建体 1–114; UniProt 19–132 作者链 F; PDB构建体 1–114; UniProt 19–132 作者链 H; PDB构建体 1–114; UniProt 19–132

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8znl

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8znl
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id8znl
沉积日期 deposition_date2024-05-27
最后修订 last_revision2025-06-04
结构标题 titlePD-L1 de novo designed binder with picomolar binding affinity
关键词 keywordsPD-L1, picomolar binding affinity, DE NOVO PROTEIN; DE NOVO PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier31.25
回转半径 Rg (电子) rg_electron30.44
零角强度 I(0) i0103016000.00
分子量 molecular_weight80637.0 kDa
排除体积 excluded_volume101400 ų
包络体积 envelope_volume129950 ų
水化壳体积 shell_volume35828 ų
包络直径 envelope_diameter103.8
壳层 Rg shell_rg37.15
包络 Rg envelope_rg29.89
形状 Rg shape_rg30.43
总 Rg total_rg31.07
总原子数 total_atoms5652
残基数 n_residues688
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax96.0
Rg (实空间) rg_real31.16
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.62
I(0) (实空间) i0_real1.0300e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.6570e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal31.20
I(0) (倒空间) i0_reciprocal103000000.0000
解质量估计 total_estimate0.9013
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary43.3
偏度 Skewness skewness0.173
峰度 Kurtosis kurtosis-0.577
角度范围 angular_range— – 0.2550 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha30970000.0000
实空间数据点数 n_real_points52
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.965; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.996; Smooth: 0.822

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)