8zt5

Structure of calcium preference ATP-gated channel P2X1 in the Desensitized state 2 in the presence of 1mM Calcium ion

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 110.2 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8zt5
沉积日期 deposition_date	2024-06-06
结构标题 title	Structure of calcium preference ATP-gated channel P2X1 in the Desensitized state 2 in the presence of 1mM Calcium ion
关键词 keywords	ion channel, TRANSPORT PROTEIN; TRANSPORT PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	32.92 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	32.82 Å
零角强度 I(0) i0	196945000.00
分子量 molecular_weight	113630.0 kDa
排除体积 excluded_volume	142840 Å³
包络体积 envelope_volume	190090 Å³
水化壳体积 shell_volume	48575 Å³
包络直径 envelope_diameter	116.7 Å
壳层 Rg shell_rg	39.27 Å
包络 Rg envelope_rg	33.17 Å
形状 Rg shape_rg	32.75 Å
总 Rg total_rg	33.55 Å
总原子数 total_atoms	7989
残基数 n_residues	990
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	110.2 Å
Rg (实空间) rg_real	32.99 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.86 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.9690e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.2200e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	32.96 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	196900000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8548
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	39.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.502
峰度 Kurtosis kurtosis	0.065
角度范围 angular_range	— – 0.2400 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	29670000.0000
实空间数据点数 n_real_points	49
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.768; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.804

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	P2X purinoceptor 1
分子量 formula_weight	44908.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,C,A
原子数 atom_count	7996

MARRLQDELSAFFFEYDTPRMVLVRNKKVGVIFRLIQLVVLVYVIGWVFVYEKGYQTSSGLISSVSVKLKGLAVTQLQGLGPQVWDVADYVFPAHGDSSFVVMTNFIMTPQQAQGHCAENPEGGICQDDSGCTPGKAERKAQGIRTGNCVPFNGTVKTCEIFGWCPVEVDDKIPSPALLHEAENFTLFIKNSISFPRFKVNRRNLVEEVNGTYMKKCLYHKILHPLCPVFSLGYVVRESGQDFRSLAEKGGVVGITIDWECDLDWHVRHCKPIYQFHGLYGEKNLSPGFNFRFARHFVQNGTNRRHLFKVFGIRFDILVDGKAGKFDIIPTMTTIGSGIGIFGVATVLCDLLLLHILPKRHYYKQKKFKYAEDMGPGEGERDPAATSSTLGLQENMRTS

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	house mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

Entity 2 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	507.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 3 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	9

Entity 4 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 5 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	7

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.35 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	245073

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