8zxr

Crystal structure of Ssr1698 in complex with heme c

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 52.6 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8zxr
沉积日期 deposition_date	2024-06-14
结构标题 title	Crystal structure of Ssr1698 in complex with heme c
关键词 keywords	Ssr1698, heme b, heme c, METAL BINDING PROTEIN; METAL BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	15.26 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	13.98 Å
零角强度 I(0) i0	3459650.00
分子量 molecular_weight	12289.0 kDa
排除体积 excluded_volume	15085 Å³
包络体积 envelope_volume	18323 Å³
水化壳体积 shell_volume	11444 Å³
包络直径 envelope_diameter	52.5 Å
壳层 Rg shell_rg	19.38 Å
包络 Rg envelope_rg	14.37 Å
形状 Rg shape_rg	13.95 Å
总 Rg total_rg	15.21 Å
总原子数 total_atoms	848
残基数 n_residues	106
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	52.6 Å
Rg (实空间) rg_real	15.19 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.33 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.4600e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.6980e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal	15.20 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	3460000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7824
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	19.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.224
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.161
角度范围 angular_range	— – 0.5000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	602300.0000
实空间数据点数 n_real_points	80
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.725; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.992; Smooth: 0.000

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

描述 description	Ssr1698 protein
分子量 formula_weight	11643.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	1002

MMADPLTPAISDRICKHMNEDHASAIALYAQVFGQQTDVTMAQMQAIDPTGMDLVVESEGGSKTIRIEFEQPLKDSEDAHQVLIAMAKQARSVGKNSLEHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Synechocystis sp. (strain PCC 6803 / Kazusa)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1111708
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	Cytochrome c
分子量 formula_weight	1246.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

VQKCAQCHTVQ

Entity 3 non-polymer

描述 description	NICKEL (II) ION
分子量 formula_weight	58.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 4 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 5 non-polymer

描述 description	HEME C
分子量 formula_weight	618.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	139

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	83.597 Å
晶胞边长 b length_b	83.597 Å
晶胞边长 c length_c	69.300 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 63 2 2
空间群编号 int_tables_number	182
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.600 Å
最低分辨率 resolution_low	36.200 Å
R 因子 r_factor	0.1873
R_work r_work	0.1857
R_free r_free	0.2177

fit	/app/data/saxs_computation/zx/8zxr/8zxr.fit
pddf	/app/data/pr_computation/zx/8zxr/8zxr.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/zx/8zxr/8zxr.dat

Crystal structure of Ssr1698 in complex with heme c

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 non-polymer

Entity 4 non-polymer

Entity 5 non-polymer

Entity 6 non-polymer

Entity 7 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)