9axm

Crystal structure of ARAF/MEK1 complex with NST-628 and a RAF dimer

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 111.5 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9axm
沉积日期 deposition_date	2024-03-06
结构标题 title	Crystal structure of ARAF/MEK1 complex with NST-628 and a RAF dimer
关键词 keywords	Inhibitor, complex, SIGNALING PROTEIN, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	35.79 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	35.12 Å
零角强度 I(0) i0	223174000.00
分子量 molecular_weight	118240.0 kDa
排除体积 excluded_volume	147020 Å³
包络体积 envelope_volume	202560 Å³
水化壳体积 shell_volume	47532 Å³
包络直径 envelope_diameter	112.1 Å
壳层 Rg shell_rg	42.40 Å
包络 Rg envelope_rg	33.96 Å
形状 Rg shape_rg	35.13 Å
总 Rg total_rg	35.60 Å
总原子数 total_atoms	8312
残基数 n_residues	1106
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	111.5 Å
Rg (实空间) rg_real	35.62 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.75 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.2320e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.3810e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	35.73 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	223200000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9101
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	48.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.080
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.672
角度范围 angular_range	— – 0.2200 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	41290000.0000
实空间数据点数 n_real_points	45
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.953; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.967

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (8)

Entity 1 polymer

描述 description	Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 1
分子量 formula_weight	34543.8 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.12.2
突变 mutation	S218A S222A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C
原子数 atom_count	8435

GLEELELDEQQRKRLEAFLTQKQKVGELKDDDFEKISELGAGNGGVVFKVSHKPSGLVMARKLIHLEIKPAIRNQIIRELQVLHECNSPYIVGFYGAFYSDGEISICMEHMDGGSLDQVLKKAGRIPEQILGKVSIAVIKGLTYLREKHKIMHRDVKPSNILVNSRGEIKLCDFGVSGQLIDAMANAFVGTRSYMSPERLQGTHYSVQSDIWSMGLSLVEMAVGRYPIGSGSGSMAIFELLDYIVNEPPPKLPSGVFSLEFQDFVNKCLIKNPAERADLKQLMVHAFIKRSDAEEVDFAGWLCSTIGLNQ

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 2 polymer

描述 description	Serine/threonine-protein kinase A-Raf
分子量 formula_weight	31722.6 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.11.1
突变 mutation	Y301D Y302D
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D

GDSGDDWEVPPSEVQLLKRIGTGSFGTVFRGRWHGDVAVKVLKVSQPTAEQAQAFKNEMQVLRKTRHVNILLFMGFMTRPGFAIITQWCEGSSLYHHLHVADTRFDMVQLIDVARQTAQGMDYLHAKNIIHRDLKSNNIFLHEGLTVKIGDFGLATVKTRWSGAQPLEQPSGSVLWMAAEVIRMQDPNPYSFQSDVYAYGVVLYELMTGSLPYSHIGCRDQIIFMVGRGYLSPDLSKISSNCPKAMRRLLSDCLKFQREERPLFPQILATIELLQRSLPK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 3 non-polymer

描述 description	;N-[3-fluoro-4-({7-[(3-fluoropyridin-2-yl)oxy]-4-methyl-2-oxo-2H-1-benzopyran-3-yl}methyl)pyridin-2-yl]-N'-methylsulfuric diamide ;
分子量 formula_weight	488.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 4 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 5 non-polymer

描述 description	PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER
分子量 formula_weight	506.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 6 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 7 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 8 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	117

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	80.209 Å
晶胞边长 b length_b	173.429 Å
晶胞边长 c length_c	187.769 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	C 2 2 21
空间群编号 int_tables_number	20
晶系 crystal_system	orthorhombic

分辨率 resolution	2.420 Å
最低分辨率 resolution_low	47.460 Å
R 因子 r_factor	0.2625
R_work r_work	0.2604
R_free r_free	0.3006

fit	/app/data/saxs_computation/ax/9axm/9axm.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ax/9axm/9axm.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ax/9axm/9axm.dat

Crystal structure of ARAF/MEK1 complex with NST-628 and a RAF dimer

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (8)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 non-polymer

Entity 4 non-polymer

Entity 5 non-polymer

Entity 6 non-polymer

Entity 7 non-polymer

Entity 8 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)