9axm

Crystal structure of ARAF/MEK1 complex with NST-628 and a RAF dimer

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 1

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Serine/threonine-protein kinase A-Raf × 2 （P10398） ;N-[3-fluoro-4-({7-[(3-fluoropyridin-2-yl)oxy]-4-methyl-2-oxo-2H-1-benzopyran-3-yl}methyl)pyridin-2-yl]-N'-methylsulfuric diamide ; × 2 MAGNESIUM ION × 2 PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 2 1,2-ETHANEDIOL × 1 GLYCEROL × 3 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	MP2K1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–228； UniProt 37–263 作者链 A； PDB构建体 235–310； UniProt 308–383 作者链 C； PDB构建体 2–228； UniProt 37–263 作者链 C； PDB构建体 235–310； UniProt 308–383

Serine/threonine-protein kinase A-Raf

Homo sapiens

UniProt P10398

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 1 × 2 （Q02750） ;N-[3-fluoro-4-({7-[(3-fluoropyridin-2-yl)oxy]-4-methyl-2-oxo-2H-1-benzopyran-3-yl}methyl)pyridin-2-yl]-N'-methylsulfuric diamide ; × 2 MAGNESIUM ION × 2 PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 2 1,2-ETHANEDIOL × 1 GLYCEROL × 3 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ARAF_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 2–280； UniProt 298–576 作者链 D； PDB构建体 2–280； UniProt 298–576

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9axm
沉积日期 deposition_date	2024-03-06
结构标题 title	Crystal structure of ARAF/MEK1 complex with NST-628 and a RAF dimer
关键词 keywords	Inhibitor, complex, SIGNALING PROTEIN, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

9axm__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

9axm__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

9axm__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	41.34 Å
Rg（电子密度）	41.63 Å
总 Rg	41.53 Å
原子数	8312
残基数	1106
排除体积	147020 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`9axm__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 1
分子量 formula_weight	34543.8 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.12.2
突变 mutation	S218A S222A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C
原子数 atom_count	8435

GLEELELDEQQRKRLEAFLTQKQKVGELKDDDFEKISELGAGNGGVVFKVSHKPSGLVMARKLIHLEIKPAIRNQIIRELQVLHECNSPYIVGFYGAFYSDGEISICMEHMDGGSLDQVLKKAGRIPEQILGKVSIAVIKGLTYLREKHKIMHRDVKPSNILVNSRGEIKLCDFGVSGQLIDAMANAFVGTRSYMSPERLQGTHYSVQSDIWSMGLSLVEMAVGRYPIGSGSGSMAIFELLDYIVNEPPPKLPSGVFSLEFQDFVNKCLIKNPAERADLKQLMVHAFIKRSDAEEVDFAGWLCSTIGLNQ

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Serine/threonine-protein kinase A-Raf
分子量 formula_weight	31722.6 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.11.1
突变 mutation	Y301D Y302D
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D

GDSGDDWEVPPSEVQLLKRIGTGSFGTVFRGRWHGDVAVKVLKVSQPTAEQAQAFKNEMQVLRKTRHVNILLFMGFMTRPGFAIITQWCEGSSLYHHLHVADTRFDMVQLIDVARQTAQGMDYLHAKNIIHRDLKSNNIFLHEGLTVKIGDFGLATVKTRWSGAQPLEQPSGSVLWMAAEVIRMQDPNPYSFQSDVYAYGVVLYELMTGSLPYSHIGCRDQIIFMVGRGYLSPDLSKISSNCPKAMRRLLSDCLKFQREERPLFPQILATIELLQRSLPK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	;N-[3-fluoro-4-({7-[(3-fluoropyridin-2-yl)oxy]-4-methyl-2-oxo-2H-1-benzopyran-3-yl}methyl)pyridin-2-yl]-N'-methylsulfuric diamide ;
分子量 formula_weight	488.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER
分子量 formula_weight	506.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 8 Entity 8 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	117

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晶胞边长 a length_a	80.209 Å
晶胞边长 b length_b	173.429 Å
晶胞边长 c length_c	187.769 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	C 2 2 21
空间群编号 int_tables_number	20
晶系 crystal_system	orthorhombic

分辨率 resolution	2.420 Å
最低分辨率 resolution_low	47.460 Å
R 因子 r_factor	0.2625
R_work r_work	0.2604
R_free r_free	0.3006

Crystal structure of ARAF/MEK1 complex with NST-628 and a RAF dimer

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Serine/threonine-protein kinase A-Raf

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

9axm__assembly_1__model_1

9axm__assembly_1__model_1 | I(q)

9axm__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 water

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of ARAF/MEK1 complex with NST-628 and a RAF dimer

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Serine/threonine-protein kinase A-Raf

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

9axm__assembly_1__model_1

9axm__assembly_1__model_1 | I(q)

9axm__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 water

7. 引用文献 (1)