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9aym

Cryo-EM Structure of E.coli produced recombinant N-acetyltransferase 10 (NAT10) in complex with cytidine-acetone-CoA bisubstrate probe

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 138.4 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

RNA cytidine acetyltransferase

Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719)

UniProt G0S273

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–1073 链 B； UniProt 1–1073 未记录 A1AHN [[(2~{R},3~{R},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-4-oxidanyl-3-phosphonooxy-oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] [(3~{S})-4-[[3-[2-[3-[1-[(2~{R},3~{R},4~{R},5~{S})-5-(hydroxymethyl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]-2-oxidanylidene-pyrimidin-4-yl]sulfanyl-2-oxidanylidene-propyl]sulfanylethylamino]-3-oxidanylidene-propyl]amino]-2,2-dimethyl-3-oxidanyl-4-oxidanylidene-butyl] hydrogen phosphate × 2 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.29 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 9AYM Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
5JPQ Cryo-EM structure of the 90S pre-ribosome 提交 2016-05-04 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 54 PDB 声明：56-meric
链 i 1–1073（1073 aa）
链 j 1–1073（1073 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 7.30 Å
5OQL Cryo-EM structure of the 90S pre-ribosome from Chaetomium thermophilum 提交 2017-08-12 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 53 PDB 声明：55-meric
链 i 1–1073（1073 aa）
链 j 1–1073（1073 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.20 Å
6RXT Cryo-EM structure of the 90S pre-ribosome (Kre33-Noc4) from Chaetomium thermophilum, state A 提交 2019-06-10 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 55 PDB 声明：57-meric
链 CR 1–1073（1073 aa）
链 CS 1–1073（1073 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 7.00 Å
6RXU Cryo-EM structure of the 90S pre-ribosome (Kre33-Noc4) from Chaetomium thermophilum, state B1 提交 2019-06-10 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 64 PDB 声明：66-meric
链 CR 1–1073（1073 aa）
链 CS 1–1073（1073 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.50 Å
6RXV Cryo-EM structure of the 90S pre-ribosome (Kre33-Noc4) from Chaetomium thermophilum, state B2 提交 2019-06-10 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 66 PDB 声明：68-meric
链 CR 1–1073（1073 aa）
链 CS 1–1073（1073 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.00 Å
6RXX Cryo-EM structure of the 90S pre-ribosome (Kre33-Noc4) from Chaetomium thermophilum, state C, Poly-Ala 提交 2019-06-10 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 66 PDB 声明：68-meric
链 CR 1–1073（1073 aa）
链 CS 1–1073（1073 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 7.10 Å
6RXY Cryo-EM structure of the 90S pre-ribosome (Kre33-Noc4) from Chaetomium thermophilum, state a 提交 2019-06-10 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 57 PDB 声明：59-meric
链 CR 1–1073（1073 aa）
链 CS 1–1073（1073 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.70 Å
6RXZ Cryo-EM structure of the 90S pre-ribosome (Kre33-Noc4) from Chaetomium thermophilum, state b 提交 2019-06-10 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 66 PDB 声明：68-meric
链 CR 1–1073（1073 aa）
链 CS 1–1073（1073 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.40 Å
9B0E Cryo-EM Structure of E.coli produced recombinant N-acetyltransferase 10 (NAT10) in complex with cytidine-amide-CoA bisubstrate probe and ADP 提交 2024-03-12 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–1073（1073 aa）
链 B 1–1073（1073 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 A1AH4 [[(2~{R},3~{S},4~{S},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-4-oxidanyl-3-phosphonooxy-oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] [(3~{R})-4-[[3-[2-[2-[[1-[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(hydroxymethyl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]-2-oxidanylidene-pyrimidin-4-yl]amino]-2-oxidanylidene-ethyl]sulfanylethylamino]-3-oxidanylidene-propyl]amino]-2,2-dimethyl-3-oxidanyl-4-oxidanylidene-butyl] hydrogen phosphate × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.19 Å
9B0I Cryo-EM Structure of Sf9 produced recombinant N-acetyltransferase 10 (NAT10) in complex with cytidine-amide-CoA bisubstrate probe and ADP/Mg2+. 提交 2024-03-12 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–1073（1073 aa）
链 B 1–1073（1073 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 A1AH4 [[(2~{R},3~{S},4~{S},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-4-oxidanyl-3-phosphonooxy-oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] [(3~{R})-4-[[3-[2-[2-[[1-[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(hydroxymethyl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]-2-oxidanylidene-pyrimidin-4-yl]amino]-2-oxidanylidene-ethyl]sulfanylethylamino]-3-oxidanylidene-propyl]amino]-2,2-dimethyl-3-oxidanyl-4-oxidanylidene-butyl] hydrogen phosphate × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.02 Å

共 10 个其他 PDB 条目、10 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 G0S273_CHATD
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 14–1086； UniProt 1–1073 作者链 B； PDB构建体 14–1086； UniProt 1–1073

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9aym

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9aym
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id9aym
沉积日期 deposition_date2024-03-08
最后修订 last_revision2024-09-11
结构标题 titleCryo-EM Structure of E.coli produced recombinant N-acetyltransferase 10 (NAT10) in complex with cytidine-acetone-CoA bisubstrate probe
关键词 keywordsRNA binding protein, ac4C modification, RNA acetyltransferase; RNA BINDING PROTEIN
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier41.91 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron41.60 Å
零角强度 I(0) i0476184000.00
分子量 molecular_weight184020.0 kDa
排除体积 excluded_volume232560 ų
包络体积 envelope_volume311890 ų
水化壳体积 shell_volume61934 ų
包络直径 envelope_diameter141.3 Å
壳层 Rg shell_rg47.36 Å
包络 Rg envelope_rg41.17 Å
形状 Rg shape_rg41.59 Å
总 Rg total_rg41.93 Å
总原子数 total_atoms13044
残基数 n_residues1624
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax138.4 Å
Rg (实空间) rg_real41.93 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.04 Å
I(0) (实空间) i0_real4.7620e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error8.6070e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal41.91 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal476200000.0000
解质量估计 total_estimate0.8853
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary51.0 Å
偏度 Skewness skewness0.335
峰度 Kurtosis kurtosis-0.448
角度范围 angular_range— – 0.1900 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha135100000.0000
实空间数据点数 n_real_points39
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.898; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.814
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)