9azk

Macrocyclic inhibitors targeting the prime site of the fibrinolytic serine protease plasmin

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 115.0 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Plasminogen

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 561–810	片段：serine protease domain (UNP residues 561-810)	A1AHR (1r,4S)-4-(aminomethyl)-N-[(24S)-5-methyl-8,11,16,23-tetraoxo-7,10,15,22-tetraazatetracyclo[24.2.2.2~18,21~.1~2,6~]tritriaconta-1(28),2(33),3,5,18,20,26,29,31-nonaen-24-yl]cyclohexane-1-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；0.1 M Tris-HCl, 0.2 M ammonium phosphate monobasic	分辨率 2.10 Å R-free 0.255
2	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 561–810	片段：serine protease domain (UNP residues 561-810)	A1AHR (1r,4S)-4-(aminomethyl)-N-[(24S)-5-methyl-8,11,16,23-tetraoxo-7,10,15,22-tetraazatetracyclo[24.2.2.2~18,21~.1~2,6~]tritriaconta-1(28),2(33),3,5,18,20,26,29,31-nonaen-24-yl]cyclohexane-1-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；0.1 M Tris-HCl, 0.2 M ammonium phosphate monobasic	分辨率 2.10 Å R-free 0.255
3	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 561–810	片段：serine protease domain (UNP residues 561-810)	A1AHR (1r,4S)-4-(aminomethyl)-N-[(24S)-5-methyl-8,11,16,23-tetraoxo-7,10,15,22-tetraazatetracyclo[24.2.2.2~18,21~.1~2,6~]tritriaconta-1(28),2(33),3,5,18,20,26,29,31-nonaen-24-yl]cyclohexane-1-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；0.1 M Tris-HCl, 0.2 M ammonium phosphate monobasic	分辨率 2.10 Å R-free 0.255
4	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 D； UniProt 561–810	片段：serine protease domain (UNP residues 561-810)	A1AHR (1r,4S)-4-(aminomethyl)-N-[(24S)-5-methyl-8,11,16,23-tetraoxo-7,10,15,22-tetraazatetracyclo[24.2.2.2~18,21~.1~2,6~]tritriaconta-1(28),2(33),3,5,18,20,26,29,31-nonaen-24-yl]cyclohexane-1-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；0.1 M Tris-HCl, 0.2 M ammonium phosphate monobasic	分辨率 2.10 Å R-free 0.255
5	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 E； UniProt 561–810	片段：serine protease domain (UNP residues 561-810)	A1AHR (1r,4S)-4-(aminomethyl)-N-[(24S)-5-methyl-8,11,16,23-tetraoxo-7,10,15,22-tetraazatetracyclo[24.2.2.2~18,21~.1~2,6~]tritriaconta-1(28),2(33),3,5,18,20,26,29,31-nonaen-24-yl]cyclohexane-1-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；0.1 M Tris-HCl, 0.2 M ammonium phosphate monobasic	分辨率 2.10 Å R-free 0.255
6	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 F； UniProt 561–810	片段：serine protease domain (UNP residues 561-810)	A1AHR (1r,4S)-4-(aminomethyl)-N-[(24S)-5-methyl-8,11,16,23-tetraoxo-7,10,15,22-tetraazatetracyclo[24.2.2.2~18,21~.1~2,6~]tritriaconta-1(28),2(33),3,5,18,20,26,29,31-nonaen-24-yl]cyclohexane-1-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；0.1 M Tris-HCl, 0.2 M ammonium phosphate monobasic	分辨率 2.10 Å R-free 0.255

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 9AZK	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1B2I KRINGLE 2 DOMAIN OF HUMAN PLASMINOGEN: NMR SOLUTION STRUCTURE OF TRANS-4-AMINOMETHYLCYCLOHEXANE-1-CARBOXYLIC ACID (AMCHA) COMPLEX 提交 1999-09-24	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 181–263（83 aa）片段：KRINGLE 2 DOMAIN	突变：C181T, E182S, C188G	AMH TRANS-4-AMINOMETHYLCYCLOHEXANE-1-CARBOXYLIC ACID × 1	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 5.1；310 K；离子强度（mmCIF原始值）SEE PAPER；压力 AMBIENT NMR样品组成 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
1BML COMPLEX OF THE CATALYTIC DOMAIN OF HUMAN PLASMIN AND STREPTOKINASE 提交 1999-05-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 561–810（250 aa）片段：CATALYTIC DOMAIN 链 B 561–810（250 aa）片段：CATALYTIC DOMAIN	突变：S741A 突变：S741A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8；pH 8.0	分辨率 2.90 Å R-free 0.291
1BML COMPLEX OF THE CATALYTIC DOMAIN OF HUMAN PLASMIN AND STREPTOKINASE 提交 1999-05-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 561–810（250 aa）片段：CATALYTIC DOMAIN	突变：S741A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8；pH 8.0	分辨率 2.90 Å R-free 0.291
1BML COMPLEX OF THE CATALYTIC DOMAIN OF HUMAN PLASMIN AND STREPTOKINASE 提交 1999-05-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 561–810（250 aa）片段：CATALYTIC DOMAIN	突变：S741A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8；pH 8.0	分辨率 2.90 Å R-free 0.291
1BUI Structure of the ternary microplasmin-staphylokinase-microplasmin complex: a proteinase-cofactor-substrate complex in action 提交 1998-09-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 561–810（250 aa）片段：Peptidase S1 catalytic domain 链 B 561–810（250 aa）片段：Peptidase S1 catalytic domain	未记录	0GJ L-alpha-glutamyl-N-{(1S)-4-{[amino(iminio)methyl]amino}-1-[(1S)-2-chloro-1-hydroxyethyl]butyl}glycinamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；pH 7.5	分辨率 2.65 Å R-free 0.287
1CEA THE STRUCTURE OF THE NON-COVALENT COMPLEX OF RECOMBINANT KRINGLE 1 DOMAIN OF HUMAN PLASMINOGEN WITH EACA (EPSILON-AMINOCAPROIC ACID) 提交 1995-12-03	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 100–187（88 aa）片段：KRINGLE 1	未记录	ACA 6-AMINOHEXANOIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.06 Å
1CEA THE STRUCTURE OF THE NON-COVALENT COMPLEX OF RECOMBINANT KRINGLE 1 DOMAIN OF HUMAN PLASMINOGEN WITH EACA (EPSILON-AMINOCAPROIC ACID) 提交 1995-12-03	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 100–187（88 aa）片段：KRINGLE 1	未记录	ACA 6-AMINOHEXANOIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.06 Å
1CEB THE STRUCTURE OF THE NON-COVALENT COMPLEX OF RECOMBINANT KRINGLE 1 DOMAIN OF HUMAN PLASMINOGEN WITH AMCHA (TRANS-4-AMINOMETHYLCYCLOHEXANE-1-CARBOXYLIC ACID) 提交 1995-12-03	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 100–187（88 aa）片段：KRINGLE 1	未记录	AMH TRANS-4-AMINOMETHYLCYCLOHEXANE-1-CARBOXYLIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.07 Å
1CEB THE STRUCTURE OF THE NON-COVALENT COMPLEX OF RECOMBINANT KRINGLE 1 DOMAIN OF HUMAN PLASMINOGEN WITH AMCHA (TRANS-4-AMINOMETHYLCYCLOHEXANE-1-CARBOXYLIC ACID) 提交 1995-12-03	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 100–187（88 aa）片段：KRINGLE 1	未记录	AMH TRANS-4-AMINOMETHYLCYCLOHEXANE-1-CARBOXYLIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.07 Å
1DDJ CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN PLASMINOGEN CATALYTIC DOMAIN 提交 1999-11-10	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 564–810（247 aa）片段：CATALYTIC DOMAIN	突变：S741A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；PEG 4000, SODIUM CHLORIDE, ISOPROPANOL, ADA, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.00 Å R-free 0.267
1DDJ CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN PLASMINOGEN CATALYTIC DOMAIN 提交 1999-11-10	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 564–810（247 aa）片段：CATALYTIC DOMAIN	突变：S741A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；PEG 4000, SODIUM CHLORIDE, ISOPROPANOL, ADA, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.00 Å R-free 0.267
1DDJ CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN PLASMINOGEN CATALYTIC DOMAIN 提交 1999-11-10	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 564–810（247 aa）片段：CATALYTIC DOMAIN	突变：S741A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；PEG 4000, SODIUM CHLORIDE, ISOPROPANOL, ADA, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.00 Å R-free 0.267
1DDJ CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN PLASMINOGEN CATALYTIC DOMAIN 提交 1999-11-10	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 564–810（247 aa）片段：CATALYTIC DOMAIN	突变：S741A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；PEG 4000, SODIUM CHLORIDE, ISOPROPANOL, ADA, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.00 Å R-free 0.267
1HPJ SOLUTION NMR STRUCTURE OF THE HUMAN PLASMINOGEN KRINGLE 1 DOMAIN COMPLEXED WITH 6-AMINOHEXANOIC ACID AT PH 5.3, 310K, DERIVED FROM RANDOMLY GENERATED STRUCTURES USING SIMULATED ANNEALING, 12 STRUCTURES 提交 1996-08-14	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 103–181（79 aa）片段：KRINGLE 1 DOMAIN	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 5.3；310 K	分辨率未提供
1HPK SOLUTION NMR STRUCTURE OF THE HUMAN PLASMINOGEN KRINGLE 1 DOMAIN COMPLEXED WITH 6-AMINOHEXANOIC ACID AT PH 5.3, 310K, DERIVED FROM RANDOMLY GENERATED STRUCTURES USING SIMULATED ANNEALING, MINIMIZED AVERAGE STRUCTURE 提交 1996-08-14	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 103–181（79 aa）片段：KRINGLE 1 DOMAIN	未记录	ACA 6-AMINOHEXANOIC ACID × 1	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 5.3；310 K	分辨率未提供
1I5K STRUCTURE AND BINDING DETERMINANTS OF THE RECOMBINANT KRINGLE-2 DOMAIN OF HUMAN PLASMINOGEN TO AN INTERNAL PEPTIDE FROM A GROUP A STREPTOCOCCAL SURFACE PROTEIN 提交 2001-02-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 183–262（80 aa）片段：MODIFIED RECOMBINANT KRINGLE-2 DOMAIN 链 B 183–262（80 aa）片段：MODIFIED RECOMBINANT KRINGLE-2 DOMAIN	突变：C4G/E56D/L72Y 突变：C4G/E56D/L72Y	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；23%(w/v) PEG 3350, 0.1 M Mes, 0.2 M Li2SO4, 2mM CaCl2, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.70 Å R-free 0.262
1KI0 The X-ray Structure of Human Angiostatin 提交 2001-12-02	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 100–352（253 aa）	突变：N289E	BCN BICINE × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；277 K；PEG 20,000, bicine, dioxane, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.75 Å R-free 0.263
1KRN STRUCTURE OF KRINGLE 4 AT 4C TEMPERATURE AND 1.67 ANGSTROMS RESOLUTION 提交 1995-06-21	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 374–461（88 aa）片段：KRINGLE 4 DOMAIN	未记录	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 CRYSTALLIZED FROM BASA (BENZYL AMIN SULFONIC ACID) BUT ONLY SULFATE VISIBLE IN THE STRUCTURE.	分辨率 1.67 Å R-free 0.232
1L4D CRYSTAL STRUCTURE OF MICROPLASMINOGEN-STREPTOKINASE ALPHA DOMAIN COMPLEX 提交 2002-03-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 562–810（249 aa）片段：CATALYTIC DOMAIN, Residues 543-791	突变：S741A	SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；Li2SO4, Hepes, Mg Acetate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.K	分辨率 2.30 Å R-free 0.263
1L4D CRYSTAL STRUCTURE OF MICROPLASMINOGEN-STREPTOKINASE ALPHA DOMAIN COMPLEX 提交 2002-03-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 562–810（249 aa）片段：CATALYTIC DOMAIN, Residues 543-791	突变：S741A	SO4 SULFATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；Li2SO4, Hepes, Mg Acetate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.K	分辨率 2.30 Å R-free 0.263
1L4D CRYSTAL STRUCTURE OF MICROPLASMINOGEN-STREPTOKINASE ALPHA DOMAIN COMPLEX 提交 2002-03-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 562–810（249 aa）片段：CATALYTIC DOMAIN, Residues 543-791	突变：S741A	SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；Li2SO4, Hepes, Mg Acetate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.K	分辨率 2.30 Å R-free 0.263
1L4Z X-RAY CRYSTAL STRUCTURE OF THE COMPLEX OF MICROPLASMINOGEN WITH ALPHA DOMAIN OF STREPTOKINASE IN THE PRESENCE CADMIUM IONS 提交 2002-03-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 563–810（248 aa）片段：Catalytic domain, Residues 544-791	突变：S741A	CD CADMIUM ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；Na acetate, cadmium sulfate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.80 Å R-free 0.262
1L4Z X-RAY CRYSTAL STRUCTURE OF THE COMPLEX OF MICROPLASMINOGEN WITH ALPHA DOMAIN OF STREPTOKINASE IN THE PRESENCE CADMIUM IONS 提交 2002-03-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 563–810（248 aa）片段：Catalytic domain, Residues 544-791	突变：S741A	CD CADMIUM ION × 12	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；Na acetate, cadmium sulfate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.80 Å R-free 0.262
1PK4 CRYSTAL AND MOLECULAR STRUCTURE OF HUMAN PLASMINOGEN KRINGLE 4 REFINED AT 1.9-ANGSTROMS RESOLUTION 提交 1991-07-18	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 376–454（79 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.90 Å
1PKR THE STRUCTURE OF RECOMBINANT PLASMINOGEN KRINGLE 1 AND THE FIBRIN BINDING SITE 提交 1993-08-03	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 101–181（81 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.48 Å
1PMK KRINGLE-KRINGLE INTERACTIONS IN MULTIMER KRINGLE STRUCTURES 提交 1994-04-25	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 374–461（88 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.25 Å
1PMK KRINGLE-KRINGLE INTERACTIONS IN MULTIMER KRINGLE STRUCTURES 提交 1994-04-25	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 374–461（88 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.25 Å
1QRZ CATALYTIC DOMAIN OF PLASMINOGEN 提交 1999-06-16	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 565–810（246 aa）片段：CATALYTIC DOMAIN	突变：M585Q, V673M, M788L	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；277 K；PEG 4000, ISOPROPANOL, CITRATE, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.00 Å R-free 0.294
1QRZ CATALYTIC DOMAIN OF PLASMINOGEN 提交 1999-06-16	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 565–810（246 aa）片段：CATALYTIC DOMAIN	突变：M585Q, V673M, M788L	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；277 K；PEG 4000, ISOPROPANOL, CITRATE, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.00 Å R-free 0.294
1QRZ CATALYTIC DOMAIN OF PLASMINOGEN 提交 1999-06-16	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 565–810（246 aa）片段：CATALYTIC DOMAIN	突变：M585Q, V673M, M788L	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；277 K；PEG 4000, ISOPROPANOL, CITRATE, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.00 Å R-free 0.294
1QRZ CATALYTIC DOMAIN OF PLASMINOGEN 提交 1999-06-16	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 565–810（246 aa）片段：CATALYTIC DOMAIN	突变：M585Q, V673M, M788L	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；277 K；PEG 4000, ISOPROPANOL, CITRATE, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.00 Å R-free 0.294
1RJX Human PLASMINOGEN CATALYTIC DOMAIN, K698M MUTANT 提交 2003-11-20	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 564–810（247 aa）片段：Serine Protease CATALYTIC DOMAIN	突变：K698M, R561A	SO4 SULFATE ION × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 hanging drop；pH 5.6；293 K；Li2SO4, Na citrate, pH 5.6, hanging drop, temperature 293K	分辨率 2.30 Å R-free 0.245
1RJX Human PLASMINOGEN CATALYTIC DOMAIN, K698M MUTANT 提交 2003-11-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric	链 B 564–810（247 aa）片段：Serine Protease CATALYTIC DOMAIN	突变：K698M, R561A	SO4 SULFATE ION × 192	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 hanging drop；pH 5.6；293 K；Li2SO4, Na citrate, pH 5.6, hanging drop, temperature 293K	分辨率 2.30 Å R-free 0.245
1RJX Human PLASMINOGEN CATALYTIC DOMAIN, K698M MUTANT 提交 2003-11-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 B 564–810（247 aa）片段：Serine Protease CATALYTIC DOMAIN	突变：K698M, R561A	SO4 SULFATE ION × 48	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 hanging drop；pH 5.6；293 K；Li2SO4, Na citrate, pH 5.6, hanging drop, temperature 293K	分辨率 2.30 Å R-free 0.245
2DOH The X-ray crystallographic structure of the angiogenesis inhibitor, angiostatin, bound a to a peptide from the group A streptococcal surface protein PAM 提交 2006-04-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 X 100–333（234 aa）片段：Kringle 1,Kringle 2 and Kringle 3	突变：N289E	DIO 1,4-DIETHYLENE DIOXIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；20% PEG 8000, 0.1M potassium phosphate (dihydrate), 5% dioxane, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.30 Å R-free 0.260
2DOI The X-ray crystallographic structure of the angiogenesis inhibitor, angiostatin, bound to a peptide from the group A streptococcus protein PAM 提交 2006-04-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 X 100–333（234 aa）片段：Kringle 1,Kringle 2 and Kringle 3	突变：N289E	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；20% PEG 8000, 0.1M potassium phophate (dihydrate), 5% dioxane, soaked in 5mM Pt(C5H5N)2Cl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 3.10 Å R-free 0.296
2DOI The X-ray crystallographic structure of the angiogenesis inhibitor, angiostatin, bound to a peptide from the group A streptococcus protein PAM 提交 2006-04-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 100–333（234 aa）片段：Kringle 1,Kringle 2 and Kringle 3	突变：N289E	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；20% PEG 8000, 0.1M potassium phophate (dihydrate), 5% dioxane, soaked in 5mM Pt(C5H5N)2Cl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 3.10 Å R-free 0.296
2KNF Solution structure and functional characterization of human plasminogen kringle 5 提交 2009-08-21	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 480–562（83 aa）	突变：A14V	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 298 K；离子强度（mmCIF原始值）0.1；压力 ambient NMR样品组成 50 mM sodium phosphate, 11 mM AMCHA, 2.2 mM rK5, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2L0S Solution Structure of Human Plasminogen Kringle 3 提交 2010-07-15	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 272–354（83 aa）片段：UNP residues 272-354, Kringle 3 Domain	突变：C43S	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 298 K；离子强度（mmCIF原始值）0；压力 ambient NMR测量条件 298 K；离子强度（mmCIF原始值）0；压力 ambient NMR样品组成 1.0 mM [U-97% 15N] hPgn rK3-1, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2PK4 THE REFINED STRUCTURE OF THE EPSILON-AMINOCAPROIC ACID COMPLEX OF HUMAN PLASMINOGEN KRINGLE 提交 1991-07-18	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 375–454（80 aa）	未记录	ACA 6-AMINOHEXANOIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.25 Å
3UIR Crystal structure of the plasmin-textilinin-1 complex 提交 2011-11-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 564–810（247 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；0.17M ammonium sulfate, 25.5% PEG 4000, 15% glycerol, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.78 Å R-free 0.258
3UIR Crystal structure of the plasmin-textilinin-1 complex 提交 2011-11-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 564–810（247 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；0.17M ammonium sulfate, 25.5% PEG 4000, 15% glycerol, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.78 Å R-free 0.258
4A5T STRUCTURAL BASIS FOR THE CONFORMATIONAL MODULATION 提交 2011-10-28	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 S 20–810（791 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.49 Å R-free 0.250
4CIK plasminogen kringle 1 in complex with inhibitor 提交 2013-12-10	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 101–181（81 aa）片段：KRINGLE 1, RESIDUES 101-181	未记录	XO3 5-[(2R,4S)-2-(phenylmethyl)piperidin-4-yl]-1,2-oxazol-3-one × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.78 Å R-free 0.292
4DCB Y. pestis Plasminogen Activator Pla in Complex with Human Plasminogen Activation Loop Peptide ALP11 提交 2012-01-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 F 576–585（10 aa）	未记录	MRD (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL × 4 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 2 C8E (HYDROXYETHYLOXY)TRI(ETHYLOXY)OCTANE × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；45% (v/v) 2-methyl-2,4-pentanediol (MPD), 0.2 M NH4KH2PO4 and 0.1M NaOAc, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 2.03 Å R-free 0.232
4DUR The X-ray Crystal Structure of Full-Length type II Human Plasminogen 提交 2012-02-22	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 20–810（791 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 4 K POTASSIUM ION × 1 BCT BICARBONATE ION × 1 ACT ACETATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；277 K；0.1M sodium citrate, 0.2M sodium acetate, polyethylene glycol 1000, polyethylene glycol 8000, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.45 Å R-free 0.215
4DUR The X-ray Crystal Structure of Full-Length type II Human Plasminogen 提交 2012-02-22	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 20–810（791 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 3 K POTASSIUM ION × 1 BCT BICARBONATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；277 K；0.1M sodium citrate, 0.2M sodium acetate, polyethylene glycol 1000, polyethylene glycol 8000, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.45 Å R-free 0.215
4DUU The X-ray Crystal Structure of Full-Length type I Human Plasminogen 提交 2012-02-22	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 20–810（791 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；293 K；2M sodium formate, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 5.20 Å R-free 0.312
5HPG STRUCTURE AND LIGAND DETERMINANTS OF THE RECOMBINANT KRINGLE 5 DOMAIN OF HUMAN PLASMINOGEN 提交 1997-09-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 480–563（84 aa）片段：KRINGLE 5 链 B 480–563（84 aa）片段：KRINGLE 5	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；24% (W/V) PEG 8000, 0.1 M NA-HEPES, PH 7.0, 0.15 M LI2(SO4)	分辨率 1.66 Å
5UGD Protease Inhibitor 提交 2017-01-08	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 562–810（249 aa）片段：UNP residues 562-810	未记录	89S Nalpha-[trans-4-(aminomethyl)cyclohexane-1-carbonyl]-N-octyl-O-[(pyridin-4-yl)methyl]-L-tyrosinamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；293 K；10 % (w/v) polyethylene glycol 6,000, 4 % (v/v) 2-methyl-2,4-pentanediol, 0.1M (2-(N-morpholino)ethanesulfonic acid)	分辨率 1.38 Å R-free 0.182
5UGG Protease Inhibitor 提交 2017-01-08	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 562–810（249 aa）片段：UNP residues 562-810	未记录	89M Nalpha-[trans-4-(aminomethyl)cyclohexane-1-carbonyl]-N-octyl-O-[(quinolin-2-yl)methyl]-L-tyrosinamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；293 K；10 % (w/v) polyethylene glycol 6,000, 4 % (v/v) 2-methyl-2,4-pentanediol, 0.1M (2-(N-morpholino)ethanesulfonic acid)	分辨率 1.20 Å R-free 0.176
6D3X Highly Potent and Selective Plasmin Inhibitors Based on the Sunflower Trypsin Inhibitor-1 Scaffold Attenuate Fibrinolysis in Plasma 提交 2018-04-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 565–810（246 aa）片段：UNP residues 565-810	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；293 K；21% PEG4000, 0.1 M magnesium chloride, 0.1 M sodium citrate	分辨率 1.80 Å R-free 0.216
6D3X Highly Potent and Selective Plasmin Inhibitors Based on the Sunflower Trypsin Inhibitor-1 Scaffold Attenuate Fibrinolysis in Plasma 提交 2018-04-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 565–810（246 aa）片段：UNP residues 565-810	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；293 K；21% PEG4000, 0.1 M magnesium chloride, 0.1 M sodium citrate	分辨率 1.80 Å R-free 0.216
6D3Y Highly Potent and Selective Plasmin Inhibitors Based on the Sunflower Trypsin Inhibitor-1 Scaffold Attenuate Fibrinolysis in Plasma 提交 2018-04-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 564–810（247 aa）片段：UNP residues 564-810	未记录	SO4 SULFATE ION × 1 GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；0.1 M 2-ethanesulfonic acid, 0.15 M ammonium sulfate, 13% PEG4000	分辨率 1.32 Å R-free 0.213
6D3Z Protease SFTI complex 提交 2018-04-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 565–810（246 aa）片段：UNP residues 565-810	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；293 K；0.1 M sodium acetate, 1 M sodium formate	分辨率 2.00 Å R-free 0.203
6D40 Highly Potent and Selective Plasmin Inhibitors Based on the Sunflower Trypsin Inhibitor-1 Scaffold Attenuate Fibrinolysis in Plasma 提交 2018-04-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 563–810（248 aa）片段：UNP residues 563-810	未记录	SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；15% PEG4000, 0.1 M MES, 0.15 M ammonium sulfate	分辨率 1.43 Å R-free 0.210
6OG4 plasminogen binding group A streptococcal M protein 提交 2019-04-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 183–264（82 aa）片段：Kringle 2 domain (UNP residues 183-264) 链 B 183–264（82 aa）片段：Kringle 2 domain (UNP residues 183-264)	突变：C169A 突变：C169A	SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；0.1 M HEPES, pH 7.0, 2 M ammonium sulfate	分辨率 1.70 Å R-free 0.220
6Q1U Structure of plasmin and peptide complex 提交 2019-08-06	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 562–810（249 aa）	未记录	WMH 1-methyl-1H-1,2,3-triazole × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；293 K；100 mM Sodium Citrate, 100 mM MgCl2, 18% PEG 4000	分辨率 2.35 Å R-free 0.287
6Q1U Structure of plasmin and peptide complex 提交 2019-08-06	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 562–810（249 aa）	未记录	WMH 1-methyl-1H-1,2,3-triazole × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；293 K；100 mM Sodium Citrate, 100 mM MgCl2, 18% PEG 4000	分辨率 2.35 Å R-free 0.287
6UZ4 Solution structure of AGL55-Kringle 2 complex 提交 2019-11-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 185–262（78 aa）	突变：C11G, E63D, L79Y	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）20；压力 1 NMR样品组成 1.0 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] AGL55, 1.2 mM Kringle 2, 20 mM [U-2H] Bis-Tris-d19, 2 ug/mL DSS, 2 ug/mL sodium azide, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O NMR样品组成 1.0 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] Kringle 2, 1.2 mM AGL55, 20 mM [U-2H] Bis-Tris-d19, 2 ug/mL DSS, 2 ug/mL sodium azide, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O	分辨率未提供
6UZ5 Solution structure of KTI55-Kringle 2 complex 提交 2019-11-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 185–262（78 aa）	突变：C11G, E63D, L79Y	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）20；压力 1 NMR样品组成 1.0 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] KTI55, 1.2 mM Kringle 2, 20 mM [U-2H] Bis-Tris-d19, 2 ug/mL DSS, 2 ug/mL sodium azide, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O NMR样品组成 1.0 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] Kringle 2, 1.2 mM KTI55, 20 mM [U-2H] Bis-Tris-d19, 2 ug/mL DSS, 2 ug/mL sodium azide, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O	分辨率未提供
7E50 Crystal structure of human microplasmin in complex with kazal-type inhibitor AaTI 提交 2021-02-16	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 564–810（247 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 1 NA SODIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；296 K；0.2 M Ammonium formate, 20 % polyethylene glycol 3350 pH 6.6	分辨率 1.95 Å R-free 0.275
7THS Macrocyclic plasmin inhibitor 提交 2022-01-12	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 561–810（250 aa）	突变：S760A	I5Y (6S,9R,20R,23S)-N-{[4-(aminomethyl)phenyl]methyl}-20-[(benzenesulfonyl)amino]-3,13,21-trioxo-2,6,9,14,22-pentaazatetracyclo[23.2.2.2~6,9~.2~15,18~]tritriaconta-1(27),15,17,25,28,30-hexaene-23-carboxamide × 1 SO4 SULFATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；293 K；13-18% PEG 4000, 150 mM Ammonium sulfate, 100 mM MES	分辨率 1.80 Å R-free 0.208
7THS Macrocyclic plasmin inhibitor 提交 2022-01-12	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 561–810（250 aa）	突变：S760A	I5Y (6S,9R,20R,23S)-N-{[4-(aminomethyl)phenyl]methyl}-20-[(benzenesulfonyl)amino]-3,13,21-trioxo-2,6,9,14,22-pentaazatetracyclo[23.2.2.2~6,9~.2~15,18~]tritriaconta-1(27),15,17,25,28,30-hexaene-23-carboxamide × 1 SO4 SULFATE ION × 3 I5Q (2S)-butane-1,2-diol × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；293 K；13-18% PEG 4000, 150 mM Ammonium sulfate, 100 mM MES	分辨率 1.80 Å R-free 0.208
7UAH Macrocyclic plasmin inhibitor 提交 2022-03-12	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 561–810（250 aa）	突变：S760A	M63 (6S,9R,19S,22R)-N-{[4-(aminomethyl)phenyl]methyl}-22-[(3-chlorobenzene-1-sulfonyl)amino]-3,12,21-trioxo-2,6,9,13,20-pentaazatetracyclo[22.2.2.2~6,9~.2~14,17~]dotriaconta-1(26),14,16,24,27,29-hexaene-19-carboxamide × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；293 K；13-18% PEG 4000, 150 mM Ammonium sulfate, 100 mM MES, 10% 1,2-butanediol	分辨率 1.57 Å R-free 0.192
7UAH Macrocyclic plasmin inhibitor 提交 2022-03-12	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 561–810（250 aa）	突变：S760A	M63 (6S,9R,19S,22R)-N-{[4-(aminomethyl)phenyl]methyl}-22-[(3-chlorobenzene-1-sulfonyl)amino]-3,12,21-trioxo-2,6,9,13,20-pentaazatetracyclo[22.2.2.2~6,9~.2~14,17~]dotriaconta-1(26),14,16,24,27,29-hexaene-19-carboxamide × 1 SO4 SULFATE ION × 2 NZ5 (2~{R})-butane-1,2-diol × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；293 K；13-18% PEG 4000, 150 mM Ammonium sulfate, 100 mM MES, 10% 1,2-butanediol	分辨率 1.57 Å R-free 0.192
8F7U Macrocyclic Plasmin Inhibitor 提交 2022-11-20	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 561–810（250 aa）	突变：S760A	GGI (5S,8R,18S,21R)-N-{[4-(aminomethyl)phenyl]methyl}-21-[(benzenesulfonyl)amino]-3,11,20-trioxo-2,5,8,12,19-pentaazatetracyclo[21.2.2.2~5,8~.2~13,16~]hentriaconta-1(25),13,15,23,26,28-hexaene-18-carboxamide × 1 SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.7；293 K；14% PEG 4000, 90-140 mM Ammonium sulfate, 100 mM MES	分辨率 1.47 Å R-free 0.189
8F7U Macrocyclic Plasmin Inhibitor 提交 2022-11-20	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 561–810（250 aa）	突变：S760A	GGI (5S,8R,18S,21R)-N-{[4-(aminomethyl)phenyl]methyl}-21-[(benzenesulfonyl)amino]-3,11,20-trioxo-2,5,8,12,19-pentaazatetracyclo[21.2.2.2~5,8~.2~13,16~]hentriaconta-1(25),13,15,23,26,28-hexaene-18-carboxamide × 1 SO4 SULFATE ION × 4 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.7；293 K；14% PEG 4000, 90-140 mM Ammonium sulfate, 100 mM MES	分辨率 1.47 Å R-free 0.189
8F7V Macrocyclic plasmin inhibitor 提交 2022-11-20	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 561–810（250 aa）	未记录	EUA (6S,9R,19S,22R)-N-{[4-(aminomethyl)phenyl]methyl}-22-[(benzenesulfonyl)amino]-3,12,21-trioxo-2,6,9,13,20-pentaazatetracyclo[22.2.2.2~6,9~.2~14,17~]dotriaconta-1(26),14,16,24,27,29-hexaene-19-carboxamide × 1 SO4 SULFATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；293 K；13-18% PEG 4000, 150 mM Ammonium sulfate, 100 mM MES	分辨率 1.65 Å R-free 0.187
8F7V Macrocyclic plasmin inhibitor 提交 2022-11-20	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 561–810（250 aa）	未记录	EUA (6S,9R,19S,22R)-N-{[4-(aminomethyl)phenyl]methyl}-22-[(benzenesulfonyl)amino]-3,12,21-trioxo-2,6,9,13,20-pentaazatetracyclo[22.2.2.2~6,9~.2~14,17~]dotriaconta-1(26),14,16,24,27,29-hexaene-19-carboxamide × 1 SO4 SULFATE ION × 6 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；293 K；13-18% PEG 4000, 150 mM Ammonium sulfate, 100 mM MES	分辨率 1.65 Å R-free 0.187
8UQ6 Human Plasminogen bound to streptococcal surface enolase 提交 2023-10-23	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 20–810（791 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.60 Å

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查看构建体与数据证据

UniProt名称	PLMN_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–250； UniProt 561–810 作者链 B； PDB构建体 1–250； UniProt 561–810 作者链 C； PDB构建体 1–250； UniProt 561–810 作者链 D； PDB构建体 1–250； UniProt 561–810 作者链 E； PDB构建体 1–250； UniProt 561–810 作者链 F； PDB构建体 1–250； UniProt 561–810

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SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9azk
沉积日期 deposition_date	2024-03-11
结构标题 title	Macrocyclic inhibitors targeting the prime site of the fibrinolytic serine protease plasmin
关键词 keywords	protease inhibitor, fibrinolysis, HYDROLASE-INHIBITOR complex; HYDROLASE/INHIBITOR
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	37.07 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	36.48 Å
零角强度 I(0) i0	398933000.00
分子量 molecular_weight	163770.0 kDa
排除体积 excluded_volume	205560 Å³
包络体积 envelope_volume	259360 Å³
水化壳体积 shell_volume	58438 Å³
包络直径 envelope_diameter	124.4 Å
壳层 Rg shell_rg	43.47 Å
包络 Rg envelope_rg	35.87 Å
形状 Rg shape_rg	36.48 Å
总 Rg total_rg	36.91 Å
总原子数 total_atoms	11793
残基数 n_residues	1464
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	115.0 Å
Rg (实空间) rg_real	36.86 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.66 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.9890e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	6.0470e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	36.99 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	399000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8952
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	50.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.125
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.452
角度范围 angular_range	— – 0.2150 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	128900000.0000
实空间数据点数 n_real_points	44
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.916; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.994; Smooth: 0.890

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Plasminogen
分子量 formula_weight	27335.4 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.21.7
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F
原子数 atom_count	12542

AAPSFDCGKPQVEPKKCPGRVVGGCVAHPHSWPWQVSLRTRFGMHFCGGTLISPEWVLTAAHCLEKSPRPSSYKVILGAHQEVNLEPHVQEIEVSRLFLEPTRKDIALLKLSSPAVITDKVIPACLPSPNYVVADRTECFITGWGETQGTFGAGLLKEAQLPVIENKVCNRYEFLNGRVQSTELCAGHLAGGTDSCQGDSGGPLVCFEKDKYILQGVTSWGLGCARPNKPGVYVRVSRFVTWIEGVMRNN

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	;(1r,4S)-4-(aminomethyl)-N-[(24S)-5-methyl-8,11,16,23-tetraoxo-7,10,15,22-tetraazatetracyclo[24.2.2.2~18,21~.1~2,6~]tritriaconta-1(28),2(33),3,5,18,20,26,29,31-nonaen-24-yl]cyclohexane-1-carboxamide ;
分子量 formula_weight	666.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	6

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	609

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	74.851 Å
晶胞边长 b length_b	128.875 Å
晶胞边长 c length_c	79.081 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	108.06 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	monoclinic

分辨率 resolution	2.100 Å
最低分辨率 resolution_low	47.760 Å
R 因子 r_factor	0.2379
R_work r_work	0.2370
R_free r_free	0.2549

fit	/app/data/saxs_computation/az/9azk/9azk.fit
pddf	/app/data/pr_computation/az/9azk/9azk.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/az/9azk/9azk.dat