9b6u

Envelope protein ASU of YFV-17D in complex with 2C9 Fab

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 178.6 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9b6u
沉积日期 deposition_date	2024-03-26
结构标题 title	Envelope protein ASU of YFV-17D in complex with 2C9 Fab
关键词 keywords	Flavivirus, Envelope protein, Yellow fever virus, Fab, VIRUS, VIRUS-IMMUNE SYSTEM complex; VIRUS/IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	50.00 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	50.98 Å
零角强度 I(0) i0	635160000.00
分子量 molecular_weight	204830.0 kDa
排除体积 excluded_volume	255060 Å³
包络体积 envelope_volume	393530 Å³
水化壳体积 shell_volume	68479 Å³
包络直径 envelope_diameter	192.7 Å
壳层 Rg shell_rg	49.71 Å
包络 Rg envelope_rg	50.46 Å
形状 Rg shape_rg	50.93 Å
总 Rg total_rg	51.08 Å
总原子数 total_atoms	14385
残基数 n_residues	1854
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	178.6 Å
Rg (实空间) rg_real	50.51 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	2.35 Å
I(0) (实空间) i0_real	6.3520e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.3300e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	50.00 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	634700000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8252
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	57.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.588
峰度 Kurtosis kurtosis	0.150
角度范围 angular_range	— – 0.1550 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	42430000.0000
实空间数据点数 n_real_points	32
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.765; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.898; Smooth: 0.533

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	Envelope protein E
分子量 formula_weight	42861.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C
原子数 atom_count	14385

AHCIGITDRDFIEGVHGGTWVSATLEQDKCVTVMAPDKPSLDISLETVAIDRPAEVRKVCYNAVLTHVKINDKCPSTGEAHLAEENEGDNACKRTYSDRGWGNGCGLFGKGSIVACAKFTCAKSMSLFEVDQTKIQYVIRAQLHVGAKQENWTTDIKTLKFDALSGSQEVEFIGYGKATLECQVQTAVDFGNSYIAEMETESWIVDRQWAQDLTLPWQSGSGGVWREMHHLVEFEPPHAATIRVLALGNQEGSLKTALTGAMRVTKDTNDNNLYKLHGGHVSCRVKLSALTLKGTSYKICTDKMFFVKNPTDTGHGTVVMQVKVSKGAPCRIPVIVADDLTAAINKGILVTVNPIASTNDDEVLIEVNPPFGDSYIIVGRGDSRLTYQWHK

来源 Source

来源生物 organism	Yellow fever virus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	11090
宿主生物 host_organism	Binjari virus

Entity 2 polymer

描述 description	2C9 Fab heavy chain
分子量 formula_weight	13278.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,F,H

EVKLVESGGGLVKPGGSLKLSCAASGFTFTNYAMSWVRQTPEKRLEWVASISSGHTPYYPDSVKGRFTISRDNARNILFLQMSSLRSEDTAMYYCARGDYYGSVYSAMDYWGQGTSLTVS

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Cricetulus griseus

Entity 3 polymer

描述 description	2C9 Fab light chain
分子量 formula_weight	12045.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,G,I

EIRMTQSPSSMYASLGERVTVTCKASQDINSYLSWLQQKPGKSPKTLIYRANRLFDGVPSRFSGSGSGQDYSLTISSLEYEDMGIFYCLQYDEFPFTFGSGTKLELK

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Cricetulus griseus

Entity 4 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	4.00 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	560280

fit	/app/data/saxs_computation/b6/9b6u/9b6u.fit
pddf	/app/data/pr_computation/b6/9b6u/9b6u.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/b6/9b6u/9b6u.dat

Envelope protein ASU of YFV-17D in complex with 2C9 Fab

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)