SAXSdb — 9b8q

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

V-type proton ATPase subunit C 1

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric（9）与蛋白拷贝数一致	链 G； UniProt 1–382	未记录	V-type proton ATPase subunit E 1 × 3 （Q6PCU2） V-type proton ATPase subunit G × 3 （Q8R2H0） V-type proton ATPase subunit H × 1 （A0A8I5ZQ24） V-type proton ATPase 116 kDa subunit a isoform 1 × 1 （P25286）	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.80 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 9B8Q	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
6VQ6 Mammalian V-ATPase from rat brain - composite model of rotational state 1 bound to ADP and SidK (built from focused refinement models) 提交 2020-02-04	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 34 PDB 声明：34-meric	链 G 1–382（382 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 3.90 Å
6VQ7 Mammalian V-ATPase from rat brain - composite model of rotational state 2 bound to ADP and SidK (built from focused refinement models) 提交 2020-02-04	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 34 PDB 声明：34-meric	链 G 1–382（382 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 4.00 Å
6VQ8 Mammalian V-ATPase from rat brain - composite model of rotational state 3 bound to ADP and SidK (built from focused refinement models) 提交 2020-02-04	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 34 PDB 声明：34-meric	链 G 1–382（382 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 3.90 Å
6VQI Mammalian V-ATPase from rat brain collar and peripheral stalks rotational state 1 (from focused refinement) 提交 2020-02-05	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 G 1–382（382 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 4.30 Å
6VQJ Mammalian V-ATPase from rat brain collar and peripheral stalks rotational state 2 (from focused refinement) 提交 2020-02-05	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 G 1–382（382 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 5.70 Å
6VQK Mammalian V-ATPase from rat brain collar and peripheral stalks rotational state 3 (from focused refinement) 提交 2020-02-05	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 G 1–382（382 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 5.70 Å
7UZF Rat Kidney V-ATPase with SidK, State 1 提交 2022-05-09	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 35 PDB 声明：35-meric	链 G 1–382（382 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 3.80 Å
7UZG Rat Kidney V-ATPase lacking subunit H, with SidK and NCOA7B, State 1 提交 2022-05-09	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 35 PDB 声明：35-meric	链 G 1–382（382 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 3.70 Å
7UZH Rat Kidney V-ATPase with SidK, State 2 提交 2022-05-09	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 35 PDB 声明：35-meric	链 G 1–382（382 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 3.80 Å
7UZI Rat Kidney V-ATPase lacking subunit H, with SidK and NCOA7B, State 2 提交 2022-05-09	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 36 PDB 声明：36-meric	链 G 1–382（382 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 3.90 Å
7UZJ Rat Kidney V1 complex with SidK and NCOA7B, State 1 提交 2022-05-09	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：eicosameric	链 G 1–382（382 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.30 Å
7UZK Rat Kidney V1 complex lacking subunit H with SidK and NCOA7B, State 1 提交 2022-05-09	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 19 PDB 声明：nonadecameric	链 G 1–382（382 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.00 Å
9BRB Synaptic Vesicle V-ATPase with synaptophysin and SidK, State 1 提交 2024-05-11	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 36 PDB 声明：36-meric	链 G 1–382（382 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.60 Å
9BRC Synaptic Vesicle V-ATPase with synaptophysin and SidK, State 2 提交 2024-05-11	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 36 PDB 声明：36-meric	链 G 1–382（382 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.90 Å
9BRD Synaptic Vesicle V-ATPase with synaptophysin and SidK, State 3 提交 2024-05-11	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 36 PDB 声明：36-meric	链 G 1–382（382 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 5 PTY PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE × 9 WJP methyl (3R,6Z,10E,14E)-3,7,11,15,19-pentamethylicosa-6,10,14,18-tetraen-1-yl dihydrogen diphosphate × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 LP3 (7R)-4,7-DIHYDROXY-N,N,N-TRIMETHYL-10-OXO-3,5,9-TRIOXA-4-PHOSPHAHEPTACOSAN-1-AMINIUM 4-OXIDE × 1 CLR CHOLESTEROL × 30	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.50 Å

共 15 个其他 PDB 条目、15 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	VATC1_RAT
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 G； PDB构建体 1–382； UniProt 1–382

V-type proton ATPase subunit E 1

物种未注明

UniProt Q6PCU2

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric（9）与蛋白拷贝数一致	链 I； UniProt 1–226 链 J； UniProt 1–226 链 K； UniProt 1–226	未记录	V-type proton ATPase subunit C 1 × 1 （Q5FVI6） V-type proton ATPase subunit G × 3 （Q8R2H0） V-type proton ATPase subunit H × 1 （A0A8I5ZQ24） V-type proton ATPase 116 kDa subunit a isoform 1 × 1 （P25286）	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.80 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 9B8Q	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
6VQ6 Mammalian V-ATPase from rat brain - composite model of rotational state 1 bound to ADP and SidK (built from focused refinement models) 提交 2020-02-04	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 34 PDB 声明：34-meric	链 I 1–226（226 aa）链 J 1–226（226 aa）链 K 1–226（226 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 3.90 Å
6VQ7 Mammalian V-ATPase from rat brain - composite model of rotational state 2 bound to ADP and SidK (built from focused refinement models) 提交 2020-02-04	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 34 PDB 声明：34-meric	链 I 1–226（226 aa）链 J 1–226（226 aa）链 K 1–226（226 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 4.00 Å
6VQ8 Mammalian V-ATPase from rat brain - composite model of rotational state 3 bound to ADP and SidK (built from focused refinement models) 提交 2020-02-04	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 34 PDB 声明：34-meric	链 I 1–226（226 aa）链 J 1–226（226 aa）链 K 1–226（226 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 3.90 Å
6VQ9 Mammalian V-ATPase from rat brain soluble V1 region rotational state 1 with SidK and ADP (from focused refinement) 提交 2020-02-04	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric	链 I 1–226（226 aa）链 J 1–226（226 aa）链 K 1–226（226 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 3.60 Å
6VQA Mammalian V-ATPase from rat brain soluble V1 region rotational state 2 with SidK and ADP (from focused refinement) 提交 2020-02-04	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric	链 I 1–226（226 aa）链 J 1–226（226 aa）链 K 1–226（226 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 3.70 Å
6VQB Mammalian V-ATPase from rat brain soluble V1 region rotational state 2 with SidK and ADP (from focused refinement) 提交 2020-02-04	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric	链 I 1–226（226 aa）链 J 1–226（226 aa）链 K 1–226（226 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 3.60 Å
6VQI Mammalian V-ATPase from rat brain collar and peripheral stalks rotational state 1 (from focused refinement) 提交 2020-02-05	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 I 1–226（226 aa）链 J 1–226（226 aa）链 K 1–226（226 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 4.30 Å
6VQJ Mammalian V-ATPase from rat brain collar and peripheral stalks rotational state 2 (from focused refinement) 提交 2020-02-05	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 I 1–226（226 aa）链 J 1–226（226 aa）链 K 1–226（226 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 5.70 Å
6VQK Mammalian V-ATPase from rat brain collar and peripheral stalks rotational state 3 (from focused refinement) 提交 2020-02-05	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 I 1–226（226 aa）链 J 1–226（226 aa）链 K 1–226（226 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 5.70 Å
7UZF Rat Kidney V-ATPase with SidK, State 1 提交 2022-05-09	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 35 PDB 声明：35-meric	链 I 1–226（226 aa）链 J 1–226（226 aa）链 K 1–226（226 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 3.80 Å
7UZG Rat Kidney V-ATPase lacking subunit H, with SidK and NCOA7B, State 1 提交 2022-05-09	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 35 PDB 声明：35-meric	链 I 1–226（226 aa）链 J 1–226（226 aa）链 K 1–226（226 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 3.70 Å
7UZH Rat Kidney V-ATPase with SidK, State 2 提交 2022-05-09	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 35 PDB 声明：35-meric	链 I 1–226（226 aa）链 J 1–226（226 aa）链 K 1–226（226 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 3.80 Å
7UZI Rat Kidney V-ATPase lacking subunit H, with SidK and NCOA7B, State 2 提交 2022-05-09	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 36 PDB 声明：36-meric	链 I 1–226（226 aa）链 J 1–226（226 aa）链 K 1–226（226 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 3.90 Å
7UZJ Rat Kidney V1 complex with SidK and NCOA7B, State 1 提交 2022-05-09	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：eicosameric	链 I 1–226（226 aa）链 J 1–226（226 aa）链 K 1–226（226 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.30 Å
7UZK Rat Kidney V1 complex lacking subunit H with SidK and NCOA7B, State 1 提交 2022-05-09	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 19 PDB 声明：nonadecameric	链 I 1–226（226 aa）链 J 1–226（226 aa）链 K 1–226（226 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.00 Å
9B8P Synaptic Vesicle V-ATPase with synaptophysin and SidK, State 3, V1 提交 2024-03-31	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 17 PDB 声明：heptadecameric	链 I 1–226（226 aa）链 J 1–226（226 aa）链 K 1–226（226 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.20 Å
9BRB Synaptic Vesicle V-ATPase with synaptophysin and SidK, State 1 提交 2024-05-11	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 36 PDB 声明：36-meric	链 I 1–226（226 aa）链 J 1–226（226 aa）链 K 1–226（226 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.60 Å
9BRC Synaptic Vesicle V-ATPase with synaptophysin and SidK, State 2 提交 2024-05-11	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 36 PDB 声明：36-meric	链 I 1–226（226 aa）链 J 1–226（226 aa）链 K 1–226（226 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.90 Å
9BRD Synaptic Vesicle V-ATPase with synaptophysin and SidK, State 3 提交 2024-05-11	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 36 PDB 声明：36-meric	链 I 1–226（226 aa）链 J 1–226（226 aa）链 K 1–226（226 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 5 PTY PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE × 9 WJP methyl (3R,6Z,10E,14E)-3,7,11,15,19-pentamethylicosa-6,10,14,18-tetraen-1-yl dihydrogen diphosphate × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 LP3 (7R)-4,7-DIHYDROXY-N,N,N-TRIMETHYL-10-OXO-3,5,9-TRIOXA-4-PHOSPHAHEPTACOSAN-1-AMINIUM 4-OXIDE × 1 CLR CHOLESTEROL × 30	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.50 Å

共 19 个其他 PDB 条目、19 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	VATE1_RAT
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 I； PDB构建体 1–226； UniProt 1–226 作者链 J； PDB构建体 1–226； UniProt 1–226 作者链 K； PDB构建体 1–226； UniProt 1–226

V-type proton ATPase subunit G

物种未注明

UniProt Q8R2H0

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric（9）与蛋白拷贝数一致	链 M； UniProt 1–118 链 N； UniProt 1–118 链 O； UniProt 1–118	未记录	V-type proton ATPase subunit C 1 × 1 （Q5FVI6） V-type proton ATPase subunit E 1 × 3 （Q6PCU2） V-type proton ATPase subunit H × 1 （A0A8I5ZQ24） V-type proton ATPase 116 kDa subunit a isoform 1 × 1 （P25286）	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.80 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 9B8Q	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
6VQ6 Mammalian V-ATPase from rat brain - composite model of rotational state 1 bound to ADP and SidK (built from focused refinement models) 提交 2020-02-04	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 34 PDB 声明：34-meric	链 M 1–118（118 aa）链 N 1–118（118 aa）链 O 1–118（118 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 3.90 Å
6VQ7 Mammalian V-ATPase from rat brain - composite model of rotational state 2 bound to ADP and SidK (built from focused refinement models) 提交 2020-02-04	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 34 PDB 声明：34-meric	链 M 1–118（118 aa）链 N 1–118（118 aa）链 O 1–118（118 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 4.00 Å
6VQ8 Mammalian V-ATPase from rat brain - composite model of rotational state 3 bound to ADP and SidK (built from focused refinement models) 提交 2020-02-04	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 34 PDB 声明：34-meric	链 M 1–118（118 aa）链 N 1–118（118 aa）链 O 1–118（118 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 3.90 Å
6VQ9 Mammalian V-ATPase from rat brain soluble V1 region rotational state 1 with SidK and ADP (from focused refinement) 提交 2020-02-04	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric	链 M 1–118（118 aa）链 N 1–118（118 aa）链 O 1–118（118 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 3.60 Å
6VQA Mammalian V-ATPase from rat brain soluble V1 region rotational state 2 with SidK and ADP (from focused refinement) 提交 2020-02-04	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric	链 M 1–118（118 aa）链 N 1–118（118 aa）链 O 1–118（118 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 3.70 Å
6VQB Mammalian V-ATPase from rat brain soluble V1 region rotational state 2 with SidK and ADP (from focused refinement) 提交 2020-02-04	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric	链 M 1–118（118 aa）链 N 1–118（118 aa）链 O 1–118（118 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 3.60 Å
6VQI Mammalian V-ATPase from rat brain collar and peripheral stalks rotational state 1 (from focused refinement) 提交 2020-02-05	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 M 1–118（118 aa）链 N 1–118（118 aa）链 O 1–118（118 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 4.30 Å
6VQJ Mammalian V-ATPase from rat brain collar and peripheral stalks rotational state 2 (from focused refinement) 提交 2020-02-05	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 M 1–118（118 aa）链 N 1–118（118 aa）链 O 1–118（118 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 5.70 Å
6VQK Mammalian V-ATPase from rat brain collar and peripheral stalks rotational state 3 (from focused refinement) 提交 2020-02-05	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 M 1–118（118 aa）链 N 1–118（118 aa）链 O 1–118（118 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 5.70 Å
9B8P Synaptic Vesicle V-ATPase with synaptophysin and SidK, State 3, V1 提交 2024-03-31	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 17 PDB 声明：heptadecameric	链 M 1–118（118 aa）链 N 1–118（118 aa）链 O 1–118（118 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.20 Å
9BRB Synaptic Vesicle V-ATPase with synaptophysin and SidK, State 1 提交 2024-05-11	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 36 PDB 声明：36-meric	链 M 1–118（118 aa）链 N 1–118（118 aa）链 O 1–118（118 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.60 Å
9BRC Synaptic Vesicle V-ATPase with synaptophysin and SidK, State 2 提交 2024-05-11	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 36 PDB 声明：36-meric	链 M 1–118（118 aa）链 N 1–118（118 aa）链 O 1–118（118 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.90 Å
9BRD Synaptic Vesicle V-ATPase with synaptophysin and SidK, State 3 提交 2024-05-11	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 36 PDB 声明：36-meric	链 M 1–118（118 aa）链 N 1–118（118 aa）链 O 1–118（118 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 5 PTY PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE × 9 WJP methyl (3R,6Z,10E,14E)-3,7,11,15,19-pentamethylicosa-6,10,14,18-tetraen-1-yl dihydrogen diphosphate × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 LP3 (7R)-4,7-DIHYDROXY-N,N,N-TRIMETHYL-10-OXO-3,5,9-TRIOXA-4-PHOSPHAHEPTACOSAN-1-AMINIUM 4-OXIDE × 1 CLR CHOLESTEROL × 30	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.50 Å

共 13 个其他 PDB 条目、13 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q8R2H0_RAT
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 M； PDB构建体 1–118； UniProt 1–118 作者链 N； PDB构建体 1–118； UniProt 1–118 作者链 O； PDB构建体 1–118； UniProt 1–118

V-type proton ATPase subunit H

物种未注明

UniProt A0A8I5ZQ24

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric（9）与蛋白拷贝数一致	链 T； UniProt 1–483	未记录	V-type proton ATPase subunit C 1 × 1 （Q5FVI6） V-type proton ATPase subunit E 1 × 3 （Q6PCU2） V-type proton ATPase subunit G × 3 （Q8R2H0） V-type proton ATPase 116 kDa subunit a isoform 1 × 1 （P25286）	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.80 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 9B8Q	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
9BRB Synaptic Vesicle V-ATPase with synaptophysin and SidK, State 1 提交 2024-05-11	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 36 PDB 声明：36-meric	链 T 1–463（463 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.60 Å
9BRC Synaptic Vesicle V-ATPase with synaptophysin and SidK, State 2 提交 2024-05-11	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 36 PDB 声明：36-meric	链 T 1–463（463 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.90 Å
9BRD Synaptic Vesicle V-ATPase with synaptophysin and SidK, State 3 提交 2024-05-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 36 PDB 声明：36-meric	链 T 1–463（463 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 5 PTY PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE × 9 WJP methyl (3R,6Z,10E,14E)-3,7,11,15,19-pentamethylicosa-6,10,14,18-tetraen-1-yl dihydrogen diphosphate × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 LP3 (7R)-4,7-DIHYDROXY-N,N,N-TRIMETHYL-10-OXO-3,5,9-TRIOXA-4-PHOSPHAHEPTACOSAN-1-AMINIUM 4-OXIDE × 1 CLR CHOLESTEROL × 30	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.50 Å

共 3 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A8I5ZQ24_RAT
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 T； PDB构建体 1–483； UniProt 1–483

V-type proton ATPase 116 kDa subunit a isoform 1

物种未注明

UniProt P25286

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric（9）与蛋白拷贝数一致	链 a； UniProt 1–838	未记录	V-type proton ATPase subunit C 1 × 1 （Q5FVI6） V-type proton ATPase subunit E 1 × 3 （Q6PCU2） V-type proton ATPase subunit G × 3 （Q8R2H0） V-type proton ATPase subunit H × 1 （A0A8I5ZQ24）	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.80 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 9B8Q	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
6VQ6 Mammalian V-ATPase from rat brain - composite model of rotational state 1 bound to ADP and SidK (built from focused refinement models) 提交 2020-02-04	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 34 PDB 声明：34-meric	链 a 1–838（838 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 3.90 Å
6VQ7 Mammalian V-ATPase from rat brain - composite model of rotational state 2 bound to ADP and SidK (built from focused refinement models) 提交 2020-02-04	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 34 PDB 声明：34-meric	链 a 1–838（838 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 4.00 Å
6VQ8 Mammalian V-ATPase from rat brain - composite model of rotational state 3 bound to ADP and SidK (built from focused refinement models) 提交 2020-02-04	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 34 PDB 声明：34-meric	链 a 1–838（838 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 3.90 Å
6VQC Mammalian V-ATPase from rat brain membrane-embedded Vo region rotational state 1 (from focused refinement) 提交 2020-02-04	聚集状态不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric	链 a 1–838（838 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 3.80 Å
6VQG Mammalian V-ATPase from rat brain membrane-embedded Vo region rotational state 2 (from focused refinement) 提交 2020-02-05	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric	链 a 1–838（838 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 4.20 Å
6VQH Mammalian V-ATPase from rat brain membrane-embedded Vo region rotational state 3 (from focused refinement) 提交 2020-02-05	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric	链 a 1–838（838 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 4.40 Å
6VQI Mammalian V-ATPase from rat brain collar and peripheral stalks rotational state 1 (from focused refinement) 提交 2020-02-05	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 a 1–838（838 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 4.30 Å
6VQJ Mammalian V-ATPase from rat brain collar and peripheral stalks rotational state 2 (from focused refinement) 提交 2020-02-05	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 a 1–838（838 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 5.70 Å
6VQK Mammalian V-ATPase from rat brain collar and peripheral stalks rotational state 3 (from focused refinement) 提交 2020-02-05	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 a 1–838（838 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 5.70 Å
7UZF Rat Kidney V-ATPase with SidK, State 1 提交 2022-05-09	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 35 PDB 声明：35-meric	链 a 1–838（838 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 3.80 Å
7UZG Rat Kidney V-ATPase lacking subunit H, with SidK and NCOA7B, State 1 提交 2022-05-09	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 35 PDB 声明：35-meric	链 a 1–838（838 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 3.70 Å
7UZH Rat Kidney V-ATPase with SidK, State 2 提交 2022-05-09	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 35 PDB 声明：35-meric	链 a 1–838（838 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 3.80 Å
7UZI Rat Kidney V-ATPase lacking subunit H, with SidK and NCOA7B, State 2 提交 2022-05-09	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 36 PDB 声明：36-meric	链 a 1–838（838 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 3.90 Å
8XLI Structure of the Vo sector of V-ATPase in the adult cortex and hippocampus 提交 2023-12-26	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric	链 a 4–831（828 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.90 Å
9B8O Synaptic Vesicle V-ATPase with synaptophysin and SidK, State 3, Vo 提交 2024-03-31	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 19 PDB 声明：nonadecameric	链 a 1–826（826 aa）	未记录	PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 5 WJP methyl (3R,6Z,10E,14E)-3,7,11,15,19-pentamethylicosa-6,10,14,18-tetraen-1-yl dihydrogen diphosphate × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 LP3 (7R)-4,7-DIHYDROXY-N,N,N-TRIMETHYL-10-OXO-3,5,9-TRIOXA-4-PHOSPHAHEPTACOSAN-1-AMINIUM 4-OXIDE × 1 PTY PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE × 9 CLR CHOLESTEROL × 30	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.20 Å
9BRB Synaptic Vesicle V-ATPase with synaptophysin and SidK, State 1 提交 2024-05-11	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 36 PDB 声明：36-meric	链 a 1–838（838 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.60 Å
9BRC Synaptic Vesicle V-ATPase with synaptophysin and SidK, State 2 提交 2024-05-11	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 36 PDB 声明：36-meric	链 a 1–838（838 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.90 Å
9BRD Synaptic Vesicle V-ATPase with synaptophysin and SidK, State 3 提交 2024-05-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 36 PDB 声明：36-meric	链 a 1–832（832 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 5 PTY PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE × 9 WJP methyl (3R,6Z,10E,14E)-3,7,11,15,19-pentamethylicosa-6,10,14,18-tetraen-1-yl dihydrogen diphosphate × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 LP3 (7R)-4,7-DIHYDROXY-N,N,N-TRIMETHYL-10-OXO-3,5,9-TRIOXA-4-PHOSPHAHEPTACOSAN-1-AMINIUM 4-OXIDE × 1 CLR CHOLESTEROL × 30	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.50 Å

共 18 个其他 PDB 条目、18 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	VPP1_RAT
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 a； PDB构建体 1–838； UniProt 1–838

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9b8q
沉积日期 deposition_date	2024-03-31
结构标题 title	Synaptic Vesicle V-ATPase with synaptophysin and SidK, State 3, peripheral stalks
关键词 keywords	Complex, Synaptic, Native, PROTON TRANSPORT; PROTON TRANSPORT
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	72.91 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	72.54 Å
零角强度 I(0) i0	515449000.00
分子量 molecular_weight	174930.0 kDa
排除体积 excluded_volume	212240 Å³
包络体积 envelope_volume	554410 Å³
水化壳体积 shell_volume	66483 Å³
包络直径 envelope_diameter	208.3 Å
壳层 Rg shell_rg	73.09 Å
包络 Rg envelope_rg	66.14 Å
形状 Rg shape_rg	72.46 Å
总 Rg total_rg	72.78 Å
总原子数 total_atoms	12348
残基数 n_residues	1886
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	193.1 Å
Rg (实空间) rg_real	72.64 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.60 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.1540e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.1060e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	73.58 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	516300000.0000
解质量估计 total_estimate	0.5653
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	110.4 Å
偏度 Skewness skewness	-0.258
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.883
角度范围 angular_range	— – 0.1050 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	19690000.0000
实空间数据点数 n_real_points	22
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.830; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.020; Positv: 1.000; Valcen: 0.798; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	V-type proton ATPase subunit C 1
分子量 formula_weight	43958.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G
原子数 atom_count	12348

MTEFWLISAPGEKTCQQTWEKLHAATTKNNNLAVSSKFNIPDLKVGTLDVLVGLSDELAKLDAFVEGVVKKVAQYMADVLEDSKDKVQENLLASGVDLVTYITRFQWDMAKYPIKQSLKNISEIIAKGVTQIDNDLKSRASAYNNLKGNLQNLERKNAGSLLTRSLAEIVKKDDFVLDSEYLVTLLVVVPKLNHNDWIKQYETLAEMVVPRSSNVLSEDQDSYLCNVTLFKKAVDDFRHKARENKFIVRDFQYNEEEMRADKEEMNRLSTDKKKQFGPLVRWLKVNFSEAFIAWIHIKALRVFVESVLRYGLPVNFQAMLLQPNKKSVKKLREVLHELYKHLDSSAAAIIDAPMDIPGLNLSQQEYYPYVYYKIDCNLLEFK

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	V-type proton ATPase subunit E 1
分子量 formula_weight	26167.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I,J,K

MALSDADVQKQIKHMMAFIEQEANEKAEEIDAKAEEEFNIEKGRLVQTQRLKIMEYYEKKEKQIEQQKKIQMSNLMNQARLKVLRARDDLITDLLNEAKQRLSKVVKDTTRYQVLLDGLVLQGLYQLLEPRMIVRCRKQDFPLVKAAVQKAIPMYKIATKKDVDVQIDLEAYLPEDIAGGVEIYNGDRKIKVSNTLESRLDLIAQQMMPEVRGALFGANANRKFLD

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	V-type proton ATPase subunit G
分子量 formula_weight	13690.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	M,N,O

MASQSQGIQQLLQAEKRAAEKVADARKRKARRLKQAKEEAQMEVEQYRREREQEFQSKQQAAMGSQGNLSAEVEQATRRQVQGMQSSQQRNRERVLTQLLGMVCDVRPQVHPNYRITV

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	V-type proton ATPase subunit H
分子量 formula_weight	55936.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	T

MTKMDIRGAVDAAVPTNIIAAKAAEVRANKVNWQSYLQGQMISAEDCEFIQRFEMKRCSEEKQEMLQTEGSQCAKTFINLMTHISKEQTVQYILTMVDDMLQENHQRVSIFFDYAKRSKSTAWPYFLPMLNRQDPFTVHMAARIIAKLAAWGKELMEGSDLNYYFNWIKTQLSSQKLRGSGVAVETGTISASDSSQYVQCVAGCLQLMLRVNEYRFAWVEADGVNCIMGVLSNKCGFQLQYQMIFSIWLLAFSPQMCEHLRRYNIIPVLSDILQESVKEKVTRIILAAFRNFLEKSTERETRQEYALAMIQCKVLKQLENLEQQKYDDEDISEDIKFLLEKLGESVQDLSSFDEYSSELKSGRLEWSPVHKSEKFWRENAVRLNEKNYELLKILTKLLEVSDDPQVLAVAAHDVGEYVRHYPRGKRVIEQLGGKQLVMNHMHHEDQQVRYNALLAVQKLMVHNWEYLGKQLQSEQPQTAAARS

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	V-type proton ATPase 116 kDa subunit a isoform 1
分子量 formula_weight	96429.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	a

MGELFRSEEMTLAQLFLQSEAAYCCVSELEELGKVQFRDLNPDVNVFQRKFVNEVRRCEEMDRKLRFVEKEIRKANIPIMDTGENPEVPFPRDMIDLEANFEKIENELKEINTNQEALKRNFLELTELKFILRKTQQFFDEMADPDLLEESSSLLEPNEMGRGAPLRLGFVAGVINRERIPTFERMLWRVCRGNVFLRQAEIENPLEDPVTGDYVHKSVFIIFFQGDQLKNRVKKICEGFRASLYPCPETPQERKEMASGVNTRIDDLQMVLNQTEDHRQRVLQAAAKNIRVWFIKVRKMKAIYHTLNLCNIDVTQKCLIAEVWCPVTDLDSIQFALRRGTEHSGSTVPSILNRMQTNQTPPTYNKTNKFTHGFQNIVDAYGIGTYREINPAPYTVITFPFLFAVMFGDFGHGILMTLFAVWMVLRESRILSQKNENEMFSMVFSGRYIILLMGLFSIYTGLIYNDCFSKSLNIFGSSWSVRPMFTIGNWTEETLLGSSVLQLNPAIPGVFGGPYPFGIDPIWNIATNKLTFLNSFKMKMSVILGIIHMLFGVSLSLFNHIYFKKPLNIYFGFIPEIIFMSSLFGYLVILIFYKWTAYDAHSSRNAPSLLIHFINMFLFSYPESGNAMLYSGQKGIQCFLIVVAMLCVPWMLLFKPLILRHQYLRKKHLGTLNFGGIRVGNGPTEEDAEIIQHDQLSTHSEDAEEPTEDEVFDFGDTMVHQAIHTIEYCLGCISNTASYLRLWALSLAHAQLSEVLWTMVIHIGLHVRSLAGGLGLFFIFAAFATLTVAILLIMEGLSAFLHALRLHWVEFQNKFYTGTGFKFLPFSFEHIREGKFDE

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	triclinic

分辨率 resolution	3.80 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	198533

fit	/app/data/saxs_computation/b8/9b8q/9b8q.fit
pddf	/app/data/pr_computation/b8/9b8q/9b8q.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/b8/9b8q/9b8q.dat

Synaptic Vesicle V-ATPase with synaptophysin and SidK, State 3, peripheral stalks

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

V-type proton ATPase subunit C 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

V-type proton ATPase subunit E 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

V-type proton ATPase subunit G

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

V-type proton ATPase subunit H

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

V-type proton ATPase 116 kDa subunit a isoform 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)