9b9q

Cargo-loaded Myxococcus xanthus EncA encapsulin engineered pore mutant with T=3 icosahedral symmetry

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 131.9 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Type 1 encapsulin shell protein EncA

Myxococcus xanthus DK 1622

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 360 PDB 声明：360-meric（360）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–287 链 B； UniProt 1–287 链 C； UniProt 1–287	突变：I203G, Y204G, del(205-210)	Encapsulin nanocompartment cargo protein EncC × 180 （Q1D3Y8）	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5；150 mM NaCl, 20 mM Tris pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE；Blot force: 20 Blot time: 4 seconds Wait time: 0 seconds	分辨率 3.14 Å
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–287 链 B； UniProt 1–287 链 C； UniProt 1–287	突变：I203G, Y204G, del(205-210)	Encapsulin nanocompartment cargo protein EncC × 3 （Q1D3Y8）	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5；150 mM NaCl, 20 mM Tris pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE；Blot force: 20 Blot time: 4 seconds Wait time: 0 seconds	分辨率 3.14 Å
3	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 30 PDB 声明：30-meric（30）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–287 链 B； UniProt 1–287 链 C； UniProt 1–287	突变：I203G, Y204G, del(205-210)	Encapsulin nanocompartment cargo protein EncC × 15 （Q1D3Y8）	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5；150 mM NaCl, 20 mM Tris pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE；Blot force: 20 Blot time: 4 seconds Wait time: 0 seconds	分辨率 3.14 Å
4	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 36 PDB 声明：36-meric（36）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–287 链 B； UniProt 1–287 链 C； UniProt 1–287	突变：I203G, Y204G, del(205-210)	Encapsulin nanocompartment cargo protein EncC × 18 （Q1D3Y8）	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5；150 mM NaCl, 20 mM Tris pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE；Blot force: 20 Blot time: 4 seconds Wait time: 0 seconds	分辨率 3.14 Å
5	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–287 链 B； UniProt 1–287 链 C； UniProt 1–287	突变：I203G, Y204G, del(205-210)	Encapsulin nanocompartment cargo protein EncC × 3 （Q1D3Y8）	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5；150 mM NaCl, 20 mM Tris pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE；Blot force: 20 Blot time: 4 seconds Wait time: 0 seconds	分辨率 3.14 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 9B9Q	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
4PT2 Myxococcus xanthus encapsulin protein (EncA) 提交 2014-03-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 180 PDB 声明：180-MERIC	链 A 8–294（287 aa）片段：UNP residues 8-294 链 B 8–294（287 aa）片段：UNP residues 8-294 链 P 8–294（287 aa）片段：UNP residues 8-294	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 10 mM Tris, 10 mM MgCl2；pH 7.6；10 mM Tris, 10 mM MgCl2 cryo-EM玻璃化条件 83 K；冷冻剂 ETHANE；Plunged into liquid ethane (LEICA KF80)	分辨率 4.60 Å
4PT2 Myxococcus xanthus encapsulin protein (EncA) 提交 2014-03-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 8–294（287 aa）片段：UNP residues 8-294 链 B 8–294（287 aa）片段：UNP residues 8-294 链 P 8–294（287 aa）片段：UNP residues 8-294	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 10 mM Tris, 10 mM MgCl2；pH 7.6；10 mM Tris, 10 mM MgCl2 cryo-EM玻璃化条件 83 K；冷冻剂 ETHANE；Plunged into liquid ethane (LEICA KF80)	分辨率 4.60 Å
4PT2 Myxococcus xanthus encapsulin protein (EncA) 提交 2014-03-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric	链 A 8–294（287 aa）片段：UNP residues 8-294 链 B 8–294（287 aa）片段：UNP residues 8-294 链 P 8–294（287 aa）片段：UNP residues 8-294	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 10 mM Tris, 10 mM MgCl2；pH 7.6；10 mM Tris, 10 mM MgCl2 cryo-EM玻璃化条件 83 K；冷冻剂 ETHANE；Plunged into liquid ethane (LEICA KF80)	分辨率 4.60 Å
4PT2 Myxococcus xanthus encapsulin protein (EncA) 提交 2014-03-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric	链 A 8–294（287 aa）片段：UNP residues 8-294 链 B 8–294（287 aa）片段：UNP residues 8-294 链 P 8–294（287 aa）片段：UNP residues 8-294	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 10 mM Tris, 10 mM MgCl2；pH 7.6；10 mM Tris, 10 mM MgCl2 cryo-EM玻璃化条件 83 K；冷冻剂 ETHANE；Plunged into liquid ethane (LEICA KF80)	分辨率 4.60 Å
4PT2 Myxococcus xanthus encapsulin protein (EncA) 提交 2014-03-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 8–294（287 aa）片段：UNP residues 8-294 链 B 8–294（287 aa）片段：UNP residues 8-294 链 P 8–294（287 aa）片段：UNP residues 8-294	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 10 mM Tris, 10 mM MgCl2；pH 7.6；10 mM Tris, 10 mM MgCl2 cryo-EM玻璃化条件 83 K；冷冻剂 ETHANE；Plunged into liquid ethane (LEICA KF80)	分辨率 4.60 Å
7S20 M. xanthus encapsulin shell protein EncA with T=3 symmetry 提交 2021-09-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 180 PDB 声明：180-meric	链 A 1–294（294 aa）链 B 1–294（294 aa）链 C 1–294（294 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.3；20 mM HEPES, pH 7.3, 150 mM NaCl cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å
7S20 M. xanthus encapsulin shell protein EncA with T=3 symmetry 提交 2021-09-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–294（294 aa）链 B 1–294（294 aa）链 C 1–294（294 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.3；20 mM HEPES, pH 7.3, 150 mM NaCl cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å
7S20 M. xanthus encapsulin shell protein EncA with T=3 symmetry 提交 2021-09-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric	链 A 1–294（294 aa）链 B 1–294（294 aa）链 C 1–294（294 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.3；20 mM HEPES, pH 7.3, 150 mM NaCl cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å
7S20 M. xanthus encapsulin shell protein EncA with T=3 symmetry 提交 2021-09-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric	链 A 1–294（294 aa）链 B 1–294（294 aa）链 C 1–294（294 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.3；20 mM HEPES, pH 7.3, 150 mM NaCl cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å
7S20 M. xanthus encapsulin shell protein EncA with T=3 symmetry 提交 2021-09-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–294（294 aa）链 B 1–294（294 aa）链 C 1–294（294 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.3；20 mM HEPES, pH 7.3, 150 mM NaCl cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å
7S21 M. xanthus encapsulin shell protein EncA with T=1 symmetry 提交 2021-09-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 60 PDB 声明：60-meric	链 A 1–294（294 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.3；20 mM HEPES, pH 7.3, 150 mM NaCl cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å
7S21 M. xanthus encapsulin shell protein EncA with T=1 symmetry 提交 2021-09-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–294（294 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.3；20 mM HEPES, pH 7.3, 150 mM NaCl cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å
7S21 M. xanthus encapsulin shell protein EncA with T=1 symmetry 提交 2021-09-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 1–294（294 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.3；20 mM HEPES, pH 7.3, 150 mM NaCl cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å
7S21 M. xanthus encapsulin shell protein EncA with T=1 symmetry 提交 2021-09-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–294（294 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.3；20 mM HEPES, pH 7.3, 150 mM NaCl cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å
7S21 M. xanthus encapsulin shell protein EncA with T=1 symmetry 提交 2021-09-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–294（294 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.3；20 mM HEPES, pH 7.3, 150 mM NaCl cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å
7S2T M. xanthus encapsulin EncA bound to EncB targeting peptide 提交 2021-09-03	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 360 PDB 声明：360-meric	链 A 1–294（294 aa）链 B 1–294（294 aa）链 C 1–294（294 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.3；20 mM HEPES, pH 7.3, 150 mM NaCl cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.45 Å
7S2T M. xanthus encapsulin EncA bound to EncB targeting peptide 提交 2021-09-03	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–294（294 aa）链 B 1–294（294 aa）链 C 1–294（294 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.3；20 mM HEPES, pH 7.3, 150 mM NaCl cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.45 Å
7S2T M. xanthus encapsulin EncA bound to EncB targeting peptide 提交 2021-09-03	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 30 PDB 声明：30-meric	链 A 1–294（294 aa）链 B 1–294（294 aa）链 C 1–294（294 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.3；20 mM HEPES, pH 7.3, 150 mM NaCl cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.45 Å
7S2T M. xanthus encapsulin EncA bound to EncB targeting peptide 提交 2021-09-03	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 36 PDB 声明：36-meric	链 A 1–294（294 aa）链 B 1–294（294 aa）链 C 1–294（294 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.3；20 mM HEPES, pH 7.3, 150 mM NaCl cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.45 Å
7S2T M. xanthus encapsulin EncA bound to EncB targeting peptide 提交 2021-09-03	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–294（294 aa）链 B 1–294（294 aa）链 C 1–294（294 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.3；20 mM HEPES, pH 7.3, 150 mM NaCl cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.45 Å
7S4Q M. xanthus encapsulin EncA bound to EncC targeting peptide 提交 2021-09-09	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 360 PDB 声明：360-meric	链 A 1–294（294 aa）链 B 1–294（294 aa）链 C 1–294（294 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.3；20 mM HEPES, pH 7.3, 150 mM NaCl cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.12 Å
7S4Q M. xanthus encapsulin EncA bound to EncC targeting peptide 提交 2021-09-09	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–294（294 aa）链 B 1–294（294 aa）链 C 1–294（294 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.3；20 mM HEPES, pH 7.3, 150 mM NaCl cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.12 Å
7S4Q M. xanthus encapsulin EncA bound to EncC targeting peptide 提交 2021-09-09	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 30 PDB 声明：30-meric	链 A 1–294（294 aa）链 B 1–294（294 aa）链 C 1–294（294 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.3；20 mM HEPES, pH 7.3, 150 mM NaCl cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.12 Å
7S4Q M. xanthus encapsulin EncA bound to EncC targeting peptide 提交 2021-09-09	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 36 PDB 声明：36-meric	链 A 1–294（294 aa）链 B 1–294（294 aa）链 C 1–294（294 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.3；20 mM HEPES, pH 7.3, 150 mM NaCl cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.12 Å
7S4Q M. xanthus encapsulin EncA bound to EncC targeting peptide 提交 2021-09-09	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–294（294 aa）链 B 1–294（294 aa）链 C 1–294（294 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.3；20 mM HEPES, pH 7.3, 150 mM NaCl cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.12 Å
8TK7 Myxococcus xanthus EncA protein shell with compartmentalized SNAP-tag cargo protein 提交 2023-07-25	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 360 PDB 声明：360-meric	链 A 1–287（287 aa）链 B 1–287（287 aa）链 C 1–287（287 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；150 mM NaCl, 20 mM Tris pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.53 Å
8TK7 Myxococcus xanthus EncA protein shell with compartmentalized SNAP-tag cargo protein 提交 2023-07-25	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–287（287 aa）链 B 1–287（287 aa）链 C 1–287（287 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；150 mM NaCl, 20 mM Tris pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.53 Å
8TK7 Myxococcus xanthus EncA protein shell with compartmentalized SNAP-tag cargo protein 提交 2023-07-25	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 30 PDB 声明：30-meric	链 A 1–287（287 aa）链 B 1–287（287 aa）链 C 1–287（287 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；150 mM NaCl, 20 mM Tris pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.53 Å
8TK7 Myxococcus xanthus EncA protein shell with compartmentalized SNAP-tag cargo protein 提交 2023-07-25	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 36 PDB 声明：36-meric	链 A 1–287（287 aa）链 B 1–287（287 aa）链 C 1–287（287 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；150 mM NaCl, 20 mM Tris pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.53 Å
8TK7 Myxococcus xanthus EncA protein shell with compartmentalized SNAP-tag cargo protein 提交 2023-07-25	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–287（287 aa）链 B 1–287（287 aa）链 C 1–287（287 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；150 mM NaCl, 20 mM Tris pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.53 Å
8V4N Myxococcus xanthus EncA 3xHis pore mutant with T=1 icosahedral symmetry 提交 2023-11-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–287（287 aa）	突变：K199H, T200H, G201H	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8；50 mM Tris pH 8.0, 200 mM NaCl cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Blot force: 5 Blot time: 2 seconds	分辨率 2.43 Å
8V4Q Myxococcus xanthus EncA 3xHis pore mutant with tetrahedral symmetry 提交 2023-11-29	突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–287（287 aa）链 B 1–287（287 aa）链 C 1–287（287 aa）	突变：K199H, T200H, G201H 突变：K199H, T200H, G201H 突变：K199H, T200H, G201H	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8；50 mM Tris pH 8.0, 200 mM NaCl cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Blot force: 5 Blot time: 2 seconds	分辨率 2.71 Å
8VJO Cryo-EM structure of Myxococcus xanthus EncA encapsulin shell loaded with EncD cargo 提交 2024-01-07	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 360 PDB 声明：360-meric	链 A 1–294（294 aa）链 B 1–294（294 aa）链 C 1–294（294 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.3；20mM HEPES, 150mM NaCl cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.40 Å
8VJO Cryo-EM structure of Myxococcus xanthus EncA encapsulin shell loaded with EncD cargo 提交 2024-01-07	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–294（294 aa）链 B 1–294（294 aa）链 C 1–294（294 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.3；20mM HEPES, 150mM NaCl cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.40 Å
8VJO Cryo-EM structure of Myxococcus xanthus EncA encapsulin shell loaded with EncD cargo 提交 2024-01-07	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 30 PDB 声明：30-meric	链 A 1–294（294 aa）链 B 1–294（294 aa）链 C 1–294（294 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.3；20mM HEPES, 150mM NaCl cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.40 Å
8VJO Cryo-EM structure of Myxococcus xanthus EncA encapsulin shell loaded with EncD cargo 提交 2024-01-07	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 36 PDB 声明：36-meric	链 A 1–294（294 aa）链 B 1–294（294 aa）链 C 1–294（294 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.3；20mM HEPES, 150mM NaCl cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.40 Å
8VJO Cryo-EM structure of Myxococcus xanthus EncA encapsulin shell loaded with EncD cargo 提交 2024-01-07	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–294（294 aa）链 B 1–294（294 aa）链 C 1–294（294 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.3；20mM HEPES, 150mM NaCl cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.40 Å
9B9I Myxococcus xanthus EncA encapsulin engineered pore mutant with T=1 icosahedral symmetry 提交 2024-04-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 60 PDB 声明：60-meric	链 A 1–287（287 aa）片段：I203G, Y204G, del(205-210)	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；150 mM NaCl, 20 mM Tris pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Blot force: 20 Blot time: 4 seconds Wait time: 0 seconds	分辨率 2.86 Å
9B9I Myxococcus xanthus EncA encapsulin engineered pore mutant with T=1 icosahedral symmetry 提交 2024-04-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–287（287 aa）片段：I203G, Y204G, del(205-210)	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；150 mM NaCl, 20 mM Tris pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Blot force: 20 Blot time: 4 seconds Wait time: 0 seconds	分辨率 2.86 Å
9B9I Myxococcus xanthus EncA encapsulin engineered pore mutant with T=1 icosahedral symmetry 提交 2024-04-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 1–287（287 aa）片段：I203G, Y204G, del(205-210)	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；150 mM NaCl, 20 mM Tris pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Blot force: 20 Blot time: 4 seconds Wait time: 0 seconds	分辨率 2.86 Å
9B9I Myxococcus xanthus EncA encapsulin engineered pore mutant with T=1 icosahedral symmetry 提交 2024-04-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–287（287 aa）片段：I203G, Y204G, del(205-210)	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；150 mM NaCl, 20 mM Tris pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Blot force: 20 Blot time: 4 seconds Wait time: 0 seconds	分辨率 2.86 Å
9B9I Myxococcus xanthus EncA encapsulin engineered pore mutant with T=1 icosahedral symmetry 提交 2024-04-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–287（287 aa）片段：I203G, Y204G, del(205-210)	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；150 mM NaCl, 20 mM Tris pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Blot force: 20 Blot time: 4 seconds Wait time: 0 seconds	分辨率 2.86 Å
9BC8 Cargo-loaded Myxococcus xanthus EncA encapsulin engineered pore mutant with T=4 icosahedral symmetry 提交 2024-04-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 480 PDB 声明：480-meric	链 A 1–287（287 aa）链 B 1–287（287 aa）链 C 1–287（287 aa）链 D 1–287（287 aa）	突变：I203G, Y204G 突变：I203G, Y204G 突变：I203G, Y204G 突变：I203G, Y204G	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；150 mM NaCl, 20 mM Tris pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Blot force: 20 Blot time: 4 seconds Wait time: 0 seconds	分辨率 3.46 Å
9BC8 Cargo-loaded Myxococcus xanthus EncA encapsulin engineered pore mutant with T=4 icosahedral symmetry 提交 2024-04-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 1–287（287 aa）链 B 1–287（287 aa）链 C 1–287（287 aa）链 D 1–287（287 aa）	突变：I203G, Y204G 突变：I203G, Y204G 突变：I203G, Y204G 突变：I203G, Y204G	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；150 mM NaCl, 20 mM Tris pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Blot force: 20 Blot time: 4 seconds Wait time: 0 seconds	分辨率 3.46 Å
9BC8 Cargo-loaded Myxococcus xanthus EncA encapsulin engineered pore mutant with T=4 icosahedral symmetry 提交 2024-04-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 40 PDB 声明：40-meric	链 A 1–287（287 aa）链 B 1–287（287 aa）链 C 1–287（287 aa）链 D 1–287（287 aa）	突变：I203G, Y204G 突变：I203G, Y204G 突变：I203G, Y204G 突变：I203G, Y204G	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；150 mM NaCl, 20 mM Tris pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Blot force: 20 Blot time: 4 seconds Wait time: 0 seconds	分辨率 3.46 Å
9BC8 Cargo-loaded Myxococcus xanthus EncA encapsulin engineered pore mutant with T=4 icosahedral symmetry 提交 2024-04-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 48 PDB 声明：48-meric	链 A 1–287（287 aa）链 B 1–287（287 aa）链 C 1–287（287 aa）链 D 1–287（287 aa）	突变：I203G, Y204G 突变：I203G, Y204G 突变：I203G, Y204G 突变：I203G, Y204G	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；150 mM NaCl, 20 mM Tris pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Blot force: 20 Blot time: 4 seconds Wait time: 0 seconds	分辨率 3.46 Å
9BC8 Cargo-loaded Myxococcus xanthus EncA encapsulin engineered pore mutant with T=4 icosahedral symmetry 提交 2024-04-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 1–287（287 aa）链 B 1–287（287 aa）链 C 1–287（287 aa）链 D 1–287（287 aa）	突变：I203G, Y204G 突变：I203G, Y204G 突变：I203G, Y204G 突变：I203G, Y204G	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；150 mM NaCl, 20 mM Tris pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Blot force: 20 Blot time: 4 seconds Wait time: 0 seconds	分辨率 3.46 Å

共 11 个其他 PDB 条目、47 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ENCAP_MYXXD
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–281； UniProt 1–287 作者链 B； PDB构建体 1–281； UniProt 1–287 作者链 C； PDB构建体 1–281； UniProt 1–287

Encapsulin nanocompartment cargo protein EncC

Myxococcus xanthus DK 1622

UniProt Q1D3Y8

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 360 PDB 声明：360-meric（360）与蛋白拷贝数一致	链 F； UniProt 119–130 链 G； UniProt 119–130 链 H； UniProt 119–130	片段：C-terminal targeting peptide (UNP residues 119-130)	Type 1 encapsulin shell protein EncA × 180 （Q1D6H4）	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5；150 mM NaCl, 20 mM Tris pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE；Blot force: 20 Blot time: 4 seconds Wait time: 0 seconds	分辨率 3.14 Å
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6）与蛋白拷贝数一致	链 F； UniProt 119–130 链 G； UniProt 119–130 链 H； UniProt 119–130	片段：C-terminal targeting peptide (UNP residues 119-130)	Type 1 encapsulin shell protein EncA × 3 （Q1D6H4）	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5；150 mM NaCl, 20 mM Tris pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE；Blot force: 20 Blot time: 4 seconds Wait time: 0 seconds	分辨率 3.14 Å
3	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 30 PDB 声明：30-meric（30）与蛋白拷贝数一致	链 F； UniProt 119–130 链 G； UniProt 119–130 链 H； UniProt 119–130	片段：C-terminal targeting peptide (UNP residues 119-130)	Type 1 encapsulin shell protein EncA × 15 （Q1D6H4）	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5；150 mM NaCl, 20 mM Tris pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE；Blot force: 20 Blot time: 4 seconds Wait time: 0 seconds	分辨率 3.14 Å
4	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 36 PDB 声明：36-meric（36）与蛋白拷贝数一致	链 F； UniProt 119–130 链 G； UniProt 119–130 链 H； UniProt 119–130	片段：C-terminal targeting peptide (UNP residues 119-130)	Type 1 encapsulin shell protein EncA × 18 （Q1D6H4）	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5；150 mM NaCl, 20 mM Tris pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE；Blot force: 20 Blot time: 4 seconds Wait time: 0 seconds	分辨率 3.14 Å
5	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6）与蛋白拷贝数一致	链 F； UniProt 119–130 链 G； UniProt 119–130 链 H； UniProt 119–130	片段：C-terminal targeting peptide (UNP residues 119-130)	Type 1 encapsulin shell protein EncA × 3 （Q1D6H4）	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5；150 mM NaCl, 20 mM Tris pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE；Blot force: 20 Blot time: 4 seconds Wait time: 0 seconds	分辨率 3.14 Å

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 9B9Q	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
7S4Q M. xanthus encapsulin EncA bound to EncC targeting peptide 提交 2021-09-09	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 360 PDB 声明：360-meric	链 F 105–116（12 aa）链 G 105–116（12 aa）链 H 105–116（12 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.3；20 mM HEPES, pH 7.3, 150 mM NaCl cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.12 Å
7S4Q M. xanthus encapsulin EncA bound to EncC targeting peptide 提交 2021-09-09	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 F 105–116（12 aa）链 G 105–116（12 aa）链 H 105–116（12 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.3；20 mM HEPES, pH 7.3, 150 mM NaCl cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.12 Å
7S4Q M. xanthus encapsulin EncA bound to EncC targeting peptide 提交 2021-09-09	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 30 PDB 声明：30-meric	链 F 105–116（12 aa）链 G 105–116（12 aa）链 H 105–116（12 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.3；20 mM HEPES, pH 7.3, 150 mM NaCl cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.12 Å
7S4Q M. xanthus encapsulin EncA bound to EncC targeting peptide 提交 2021-09-09	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 36 PDB 声明：36-meric	链 F 105–116（12 aa）链 G 105–116（12 aa）链 H 105–116（12 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.3；20 mM HEPES, pH 7.3, 150 mM NaCl cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.12 Å
7S4Q M. xanthus encapsulin EncA bound to EncC targeting peptide 提交 2021-09-09	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 F 105–116（12 aa）链 G 105–116（12 aa）链 H 105–116（12 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.3；20 mM HEPES, pH 7.3, 150 mM NaCl cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.12 Å
9BC8 Cargo-loaded Myxococcus xanthus EncA encapsulin engineered pore mutant with T=4 icosahedral symmetry 提交 2024-04-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 480 PDB 声明：480-meric	链 E 119–130（12 aa）片段：C-terminal targeting peptide (UNP residues 119-130) 链 F 119–130（12 aa）片段：C-terminal targeting peptide (UNP residues 119-130) 链 G 119–130（12 aa）片段：C-terminal targeting peptide (UNP residues 119-130) 链 H 119–130（12 aa）片段：C-terminal targeting peptide (UNP residues 119-130)	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；150 mM NaCl, 20 mM Tris pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Blot force: 20 Blot time: 4 seconds Wait time: 0 seconds	分辨率 3.46 Å
9BC8 Cargo-loaded Myxococcus xanthus EncA encapsulin engineered pore mutant with T=4 icosahedral symmetry 提交 2024-04-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 E 119–130（12 aa）片段：C-terminal targeting peptide (UNP residues 119-130) 链 F 119–130（12 aa）片段：C-terminal targeting peptide (UNP residues 119-130) 链 G 119–130（12 aa）片段：C-terminal targeting peptide (UNP residues 119-130) 链 H 119–130（12 aa）片段：C-terminal targeting peptide (UNP residues 119-130)	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；150 mM NaCl, 20 mM Tris pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Blot force: 20 Blot time: 4 seconds Wait time: 0 seconds	分辨率 3.46 Å
9BC8 Cargo-loaded Myxococcus xanthus EncA encapsulin engineered pore mutant with T=4 icosahedral symmetry 提交 2024-04-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 40 PDB 声明：40-meric	链 E 119–130（12 aa）片段：C-terminal targeting peptide (UNP residues 119-130) 链 F 119–130（12 aa）片段：C-terminal targeting peptide (UNP residues 119-130) 链 G 119–130（12 aa）片段：C-terminal targeting peptide (UNP residues 119-130) 链 H 119–130（12 aa）片段：C-terminal targeting peptide (UNP residues 119-130)	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；150 mM NaCl, 20 mM Tris pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Blot force: 20 Blot time: 4 seconds Wait time: 0 seconds	分辨率 3.46 Å
9BC8 Cargo-loaded Myxococcus xanthus EncA encapsulin engineered pore mutant with T=4 icosahedral symmetry 提交 2024-04-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 48 PDB 声明：48-meric	链 E 119–130（12 aa）片段：C-terminal targeting peptide (UNP residues 119-130) 链 F 119–130（12 aa）片段：C-terminal targeting peptide (UNP residues 119-130) 链 G 119–130（12 aa）片段：C-terminal targeting peptide (UNP residues 119-130) 链 H 119–130（12 aa）片段：C-terminal targeting peptide (UNP residues 119-130)	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；150 mM NaCl, 20 mM Tris pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Blot force: 20 Blot time: 4 seconds Wait time: 0 seconds	分辨率 3.46 Å
9BC8 Cargo-loaded Myxococcus xanthus EncA encapsulin engineered pore mutant with T=4 icosahedral symmetry 提交 2024-04-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 E 119–130（12 aa）片段：C-terminal targeting peptide (UNP residues 119-130) 链 F 119–130（12 aa）片段：C-terminal targeting peptide (UNP residues 119-130) 链 G 119–130（12 aa）片段：C-terminal targeting peptide (UNP residues 119-130) 链 H 119–130（12 aa）片段：C-terminal targeting peptide (UNP residues 119-130)	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；150 mM NaCl, 20 mM Tris pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Blot force: 20 Blot time: 4 seconds Wait time: 0 seconds	分辨率 3.46 Å

共 2 个其他 PDB 条目、10 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ENCC_MYXXD
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 F； PDB构建体 1–12； UniProt 119–130 作者链 G； PDB构建体 1–12； UniProt 119–130 作者链 H； PDB构建体 1–12； UniProt 119–130

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9b9q
沉积日期 deposition_date	2024-04-03
结构标题 title	Cargo-loaded Myxococcus xanthus EncA encapsulin engineered pore mutant with T=3 icosahedral symmetry
关键词 keywords	encapsulin, nanocompartment, pore mutant, VIRUS LIKE PARTICLE; VIRUS LIKE PARTICLE
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	40.94 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	40.68 Å
零角强度 I(0) i0	136204000.00
分子量 molecular_weight	93268.0 kDa
排除体积 excluded_volume	116330 Å³
包络体积 envelope_volume	170440 Å³
水化壳体积 shell_volume	36708 Å³
包络直径 envelope_diameter	144.2 Å
壳层 Rg shell_rg	43.37 Å
包络 Rg envelope_rg	40.28 Å
形状 Rg shape_rg	40.69 Å
总 Rg total_rg	40.78 Å
总原子数 total_atoms	6569
残基数 n_residues	848
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	131.9 Å
Rg (实空间) rg_real	41.10 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.35 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.3620e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.2880e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	40.94 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	136200000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8444
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	50.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.350
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.450
角度范围 angular_range	— – 0.1950 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	8230000.0000
实空间数据点数 n_real_points	40
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.929; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.866; Smooth: 0.321

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Type 1 encapsulin shell protein EncA
分子量 formula_weight	30901.0 kDa
突变 mutation	I203G, Y204G, del(205-210)
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C
原子数 atom_count	6569

MPDFLGHAENPLREEEWARLNETVIQVARRSLVGRRILDIYGPLGAGVQTVPYDEFQGVSPGAVDIVGEQETAMVFTDARKFKTIPIIYKDFLLHWRDIEAARTHNMPLDVSAAAGAAALCAQQEDELIFYGDARLGYEGLMTANGRLTVPLGDWTSPGGGFQAIVEATRKLNEQGHFGPYAVVLSPRLYSQLHRGGEIETIRQLASDGVYQSNRLRGESGVVVSTGRENMDLAVSMDMVAAYLGASRMNHPFRVLEALLLRIKHPDAICTLEGAGATERR

来源 Source

来源生物 organism	Myxococcus xanthus DK 1622
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	246197
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Encapsulin nanocompartment cargo protein EncC
分子量 formula_weight	1415.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F,G,H

PEKRLTVGSLRR

来源 Source

来源生物 organism	Myxococcus xanthus DK 1622
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	246197
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.14 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	12967

fit	/app/data/saxs_computation/b9/9b9q/9b9q.fit
pddf	/app/data/pr_computation/b9/9b9q/9b9q.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/b9/9b9q/9b9q.dat

Cargo-loaded Myxococcus xanthus EncA encapsulin engineered pore mutant with T=3 icosahedral symmetry

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Type 1 encapsulin shell protein EncA

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Encapsulin nanocompartment cargo protein EncC

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)