9bcr

Cryo-EM structure of a bacterial prototype ATP-binding cassette transporter MalFGK2.

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 135.9 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Maltose/maltodextrin transport system permease protein MalF

Escherichia coli K-12

UniProt P02916

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 H; UniProt 1–514 未记录 Maltose/maltodextrin transport system permease protein MalG × 1 (P68183) Maltose/maltodextrin import ATP-binding protein MalK × 1 (P68187) Maltose/maltodextrin import ATP-binding protein MalK × 1 (P68187) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 8 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.26 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 10 个其他 PDB 条目、12 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 MALF_ECOLI
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 H; PDB构建体 1–514; UniProt 1–514

Maltose/maltodextrin transport system permease protein MalG

Escherichia coli K-12

UniProt P68183

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 I; UniProt 2–287 未记录 Maltose/maltodextrin transport system permease protein MalF × 1 (P02916) Maltose/maltodextrin import ATP-binding protein MalK × 1 (P68187) Maltose/maltodextrin import ATP-binding protein MalK × 1 (P68187) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 8 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.26 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 8 个其他 PDB 条目、10 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 MALG_ECOLI
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 I; PDB构建体 1–286; UniProt 2–287

Maltose/maltodextrin import ATP-binding protein MalK

Escherichia coli K-12

UniProt P68187

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 2–371 链 D; UniProt 2–371 未记录 Maltose/maltodextrin transport system permease protein MalF × 1 (P02916) Maltose/maltodextrin transport system permease protein MalG × 1 (P68183) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 8 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.26 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 13 个其他 PDB 条目、23 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 MALK_ECOLI
Isoform
PDB实体 3, 4
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 1–370; UniProt 2–371 作者链 D; PDB构建体 1–370; UniProt 2–371

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9bcr

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9bcr
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id9bcr
沉积日期 deposition_date2024-04-09
结构标题 titleCryo-EM structure of a bacterial prototype ATP-binding cassette transporter MalFGK2.
关键词 keywordsbacterial prototype ATP-binding cassette transporter, TRANSPORT PROTEIN; TRANSPORT PROTEIN
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier40.97
回转半径 Rg (电子) rg_electron40.38
零角强度 I(0) i0303174000.00
分子量 molecular_weight150230.0 kDa
排除体积 excluded_volume191640 ų
包络体积 envelope_volume264690 ų
水化壳体积 shell_volume55247 ų
包络直径 envelope_diameter144.5
壳层 Rg shell_rg45.65
包络 Rg envelope_rg39.42
形状 Rg shape_rg40.42
总 Rg total_rg40.52
总原子数 total_atoms10595
残基数 n_residues1368
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax135.9
Rg (实空间) rg_real41.02
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.38
I(0) (实空间) i0_real3.0320e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error5.9180e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal40.97
I(0) (倒空间) i0_reciprocal303200000.0000
解质量估计 total_estimate0.8847
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary48.8
偏度 Skewness skewness0.354
峰度 Kurtosis kurtosis-0.433
角度范围 angular_range— – 0.1950 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha38200000.0000
实空间数据点数 n_real_points40
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.890; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.969; Smooth: 0.859

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)