SAXSdb — 9bhh

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

E1 glycoprotein

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 24	Light chain of IM-CKV063 × 4 Heavy Chain of IM-CKV063 × 4 E3 glycoprotein × 4 （D2KBQ2）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q88628_CHIKV
Isoform	—
PDB实体	1, 2, 3
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–438； UniProt 810–1247 作者链 B； PDB构建体 1–438； UniProt 810–1247 作者链 C； PDB构建体 1–438； UniProt 810–1247 作者链 D； PDB构建体 1–438； UniProt 810–1247 作者链 E； PDB构建体 1–418； UniProt 330–747 作者链 F； PDB构建体 1–418； UniProt 330–747 作者链 G； PDB构建体 1–418； UniProt 330–747 作者链 H； PDB构建体 1–418； UniProt 330–747 作者链 I； PDB构建体 1–151； UniProt 111–261 作者链 J； PDB构建体 1–151； UniProt 111–261 作者链 K； PDB构建体 1–151； UniProt 111–261 作者链 L； PDB构建体 1–151； UniProt 111–261

E3 glycoprotein

物种未注明

UniProt D2KBQ2

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 24	E1 glycoprotein × 4 （Q88628） E2 glycoprotein × 4 （Q88628） Capsid protein × 4 （Q88628） Light chain of IM-CKV063 × 4 Heavy Chain of IM-CKV063 × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	D2KBQ2_CHIKV
Isoform	—
PDB实体	6
链与序列区间	作者链 U； PDB构建体 1–60； UniProt 266–325 作者链 V； PDB构建体 1–60； UniProt 266–325 作者链 W； PDB构建体 1–60； UniProt 266–325 作者链 X； PDB构建体 1–60； UniProt 266–325

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9bhh
沉积日期 deposition_date	2024-04-20
结构标题 title	Cryo-EM structure of Chikungunya virus asymmetric unit with Fab IM-CKV063
关键词 keywords	CHIKV, Fab IM-CKV063, VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex; VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

9bhh__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

9bhh__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

9bhh__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	72.54 Å
Rg（电子密度）	72.66 Å
总 Rg	72.73 Å
原子数	92756
残基数	6088
排除体积	830040 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`9bhh__assembly_1__model_1`	24-meric （24）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	E1 glycoprotein
分子量 formula_weight	47359.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	92756

YEHVTVIPNTVGVPYKTLVNRPGYSPMVLEMELLSVTLEPTLSLDYITCEYKTVIPSPYVKCCGTAECKDKSLPDYSCKVFTGVYPFMWGGAYCFCDTENTQLSEAHVEKSESCKTEFASAYRAHTASASAKLRVLYQGNNVTVSAYANGDHAVTVKDAKFIVGPMSSAWTPFDNKIVVYKGDVYNMDYPPFGAGRPGQFGDIQSRTPESEDVYANTQLVLQRPSAGTVHVPYSQAPSGFKYWLKERGASLQHTAPFGCQIATNPVRAMNCAVGNMPISIDIPDAAFTRVVDAPSLTDMSCEVPACTHSSDFGGVAIIKYAASKKGKCAVHSMTNAVTIREAEIEVEGNSQLQISFSTALASAEFRVQVCSTQVHCAAECHPPKDHIVNYPASHTTLGVQDISVTAMSWVQKITGGVGLVVAVAALILIVVLCVSFSR

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	E2 glycoprotein
分子量 formula_weight	47006.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,F,G,H

NFNVYKAIRPYLAHCPDCGEGHSCHSPVALERIRNEATDGTLKIQVSLQIGIKTDDSHDWTKLRYMDNHMPADAERARLFVRTSAPCTITGTMGHFILARCPKGETLTVGFTDGRKISHSCTHPFHHDPPVIGREKFHSRPQHGRELPCSTYAQSTAATAEEIEVHMPPDTPDRTLMSQQSGNVKITVNSQTVRYKCNCGDSNEGLTTTDKVINNCKVDQCHAAVTNHKKWQYNSPLVPRNAELGDRKGKVHIPFPLANVTCRVPKARNPTVTYGKNQVIMLLYPDHPTLLSYRNMGEEPNYQEEWVTHKKEIRLTVPTEGLEVTWGNNEPYKYWPQLSTNGTAHGHPHEIILYYYELYPTMTVVVVSVASFVLLSMVGVAVGMCMCARRRCITPYELTPGATVPFLLSLICCIRTAK

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Capsid protein
分子量 formula_weight	16428.6 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.21.90
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	J,I,K,L

NDCIFEVKHEGKVTGYACLVGDKVMKPAHVKGTIDNADLAKLAFKRSSKYDLECAQIPVHMKSDASKFTHEKPEGYYNWHHGAVQYSGGRFTIPTGAGKPGDSGRPIFDNKGRVVAIVLGGANEGARTALSVVTWNKDIVTKITPEGAEEW

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Light chain of IM-CKV063
分子量 formula_weight	23446.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	M,O,Q,S

EIVMTQSPATLSLSPGERATLSCRASQSVSSYLAWYQQKPGQAPRLLIYDASNRATGIPDRFSGSGSGTDFTLTISRLEPEDFAVYYCQQYANSRRTFGQGTKVEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGE

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	house mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	Heavy Chain of IM-CKV063
分子量 formula_weight	25712.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	N,P,R,T

QVQLVQSGAEVKKPGSAVKVSCKASGGTLRKYAISWLRQAPGQGLEWMGGIIPIFGTANYAQKFQGRVTITADESTTTPYTTTPYTSTAYIELTSLRSEDTAVYYCARDLGPLTGYSYSYFDYWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSCDKTHT

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	house mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	E3 glycoprotein
分子量 formula_weight	6955.1 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.21.90
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	U,V,W,X

PVMCLLANTTFPCSQPPCTPCCYEKEPEETLRMLEDNVMRPGYYQLLQASLTCSPHRQRR

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.50 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	401348

Cryo-EM structure of Chikungunya virus asymmetric unit with Fab IM-CKV063

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

E1 glycoprotein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

E3 glycoprotein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

9bhh__assembly_1__model_1

9bhh__assembly_1__model_1 | I(q)

9bhh__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 6 Entity 6 polymer

聚合物 Polymer

7. 引用文献 (1)

Cryo-EM structure of Chikungunya virus asymmetric unit with Fab IM-CKV063

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

E1 glycoprotein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

E3 glycoprotein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

9bhh__assembly_1__model_1

9bhh__assembly_1__model_1 | I(q)

9bhh__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 6 Entity 6 polymer

聚合物 Polymer

7. 引用文献 (1)