9bjk

Inactive mu opioid receptor bound to Nb6, naloxone and NAM

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 96.8 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Mu-type opioid receptor

Mus musculus

UniProt P42866

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 R; UniProt 6–398 未记录 kappa opioid receptor Nanobody 6 × 1 A1APV Naloxone × 1 A1APU Nalpha-[({(1M)-1-[5-(benzyloxy)pyridin-3-yl]naphthalen-2-yl}sulfanyl)acetyl]-3-methoxy-N,4-dimethyl-L-phenylalaninamide × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.26 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 26 个其他 PDB 条目、26 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 OPRM_MOUSE
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 R; PDB构建体 26–418; UniProt 6–398

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9bjk

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9bjk
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id9bjk
沉积日期 deposition_date2024-04-25
结构标题 titleInactive mu opioid receptor bound to Nb6, naloxone and NAM
关键词 keywordsG-protein coupled receptor, inactive, opioid, allosteric modulator, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier25.18
回转半径 Rg (电子) rg_electron24.23
零角强度 I(0) i019198900.00
分子量 molecular_weight35755.0 kDa
排除体积 excluded_volume45663 ų
包络体积 envelope_volume57901 ų
水化壳体积 shell_volume21390 ų
包络直径 envelope_diameter100.7
壳层 Rg shell_rg29.27
包络 Rg envelope_rg25.51
形状 Rg shape_rg24.31
总 Rg total_rg24.62
总原子数 total_atoms2525
残基数 n_residues338
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax96.8
Rg (实空间) rg_real25.47
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.13
I(0) (实空间) i0_real1.9200e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.0600e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal25.38
I(0) (倒空间) i0_reciprocal19200000.0000
解质量估计 total_estimate0.7475
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary24.6
偏度 Skewness skewness0.682
峰度 Kurtosis kurtosis0.138
角度范围 angular_range— – 0.3150 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha2777000.0000
实空间数据点数 n_real_points64
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.474; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.358; Smooth: 0.934

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)