SAXSdb — 9bk6

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cytotoxin 1

Naja pallida

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 1–60	未记录	B10_CYTX binder × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；0.1 M MES pH 6, 0.01 M Zinc chloride, 20% (w/v) PEG 6000 and 10 % (v/v) Ethylene glycol	分辨率 2.00 Å R-free 0.285

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 9BK6	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1CXN REFINED THREE-DIMENSIONAL SOLUTION STRUCTURE OF A SNAKE CARDIOTOXIN: ANALYSIS OF THE SIDE-CHAIN ORGANISATION SUGGESTS THE EXISTENCE OF A POSSIBLE PHOSPHOLIPID BINDING SITE 提交 1994-07-08	聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–60（60 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取条件	分辨率未提供
1CXO REFINED THREE-DIMENSIONAL SOLUTION STRUCTURE OF A SNAKE CARDIOTOXIN: ANALYSIS OF THE SIDE-CHAIN ORGANISATION SUGGESTS THE EXISTENCE OF A POSSIBLE PHOSPHOLIPID BINDING SITE 提交 1994-11-07	聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–60（60 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取条件	分辨率未提供
1TGX X-RAY STRUCTURE AT 1.55 A OF TOXIN GAMMA, A CARDIOTOXIN FROM NAJA NIGRICOLLIS VENOM. CRYSTAL PACKING REVEALS A MODEL FOR INSERTION INTO MEMBRANES 提交 1993-11-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–60（60 aa）链 B 1–60（60 aa）链 C 1–60（60 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 28	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.55 Å
1TGX X-RAY STRUCTURE AT 1.55 A OF TOXIN GAMMA, A CARDIOTOXIN FROM NAJA NIGRICOLLIS VENOM. CRYSTAL PACKING REVEALS A MODEL FOR INSERTION INTO MEMBRANES 提交 1993-11-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–60（60 aa）链 B 1–60（60 aa）链 C 1–60（60 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 28	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.55 Å
1TGX X-RAY STRUCTURE AT 1.55 A OF TOXIN GAMMA, A CARDIOTOXIN FROM NAJA NIGRICOLLIS VENOM. CRYSTAL PACKING REVEALS A MODEL FOR INSERTION INTO MEMBRANES 提交 1993-11-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–60（60 aa）链 B 1–60（60 aa）链 C 1–60（60 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 28	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.55 Å
1TGX X-RAY STRUCTURE AT 1.55 A OF TOXIN GAMMA, A CARDIOTOXIN FROM NAJA NIGRICOLLIS VENOM. CRYSTAL PACKING REVEALS A MODEL FOR INSERTION INTO MEMBRANES 提交 1993-11-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–60（60 aa）链 B 1–60（60 aa）链 C 1–60（60 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 28	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.55 Å
9RIT Co-crystal of broadly neutralizing biparatopic VHH in complex with cardiotoxin (P01468) Naja pallida 提交 2025-06-11	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–60（60 aa）	未记录	ACT ACETATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；293 K；0.2M Ammonium acetate, 0.1M Sodium acetate, pH 4.6, 30% w/v PEG 4000. 25% (v/v) glycerol as cryoprotection.	分辨率 1.60 Å R-free 0.258
9RIT Co-crystal of broadly neutralizing biparatopic VHH in complex with cardiotoxin (P01468) Naja pallida 提交 2025-06-11	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 1–60（60 aa）	未记录	ACT ACETATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；293 K；0.2M Ammonium acetate, 0.1M Sodium acetate, pH 4.6, 30% w/v PEG 4000. 25% (v/v) glycerol as cryoprotection.	分辨率 1.60 Å R-free 0.258

共 4 个其他 PDB 条目、8 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	3SA1_NAJPA
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–60； UniProt 1–60

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9bk6
沉积日期 deposition_date	2024-04-26
结构标题 title	Structure of B10_CYTX binder-complex
关键词 keywords	cytotoxins, protein design, diffusion, deep learning, DE NOVO PROTEIN, DE NOVO PROTEIN-TOXIN complex; DE NOVO PROTEIN/TOXIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	17.78 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	16.76 Å
零角强度 I(0) i0	6200600.00
分子量 molecular_weight	17880.0 kDa
排除体积 excluded_volume	22415 Å³
包络体积 envelope_volume	26850 Å³
水化壳体积 shell_volume	14038 Å³
包络直径 envelope_diameter	60.8 Å
壳层 Rg shell_rg	21.93 Å
包络 Rg envelope_rg	17.02 Å
形状 Rg shape_rg	16.77 Å
总 Rg total_rg	17.67 Å
总原子数 total_atoms	1241
残基数 n_residues	161
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	58.7 Å
Rg (实空间) rg_real	17.74 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.38 Å
I(0) (实空间) i0_real	6.2010e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	7.6840e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal	17.75 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	6201000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8150
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	22.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.269
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.301
角度范围 angular_range	— – 0.4450 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	854500.0000
实空间数据点数 n_real_points	75
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.866; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.996; Smooth: 0.000

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	B10_CYTX binder
分子量 formula_weight	11392.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	1298

MSGGTPEERLAQLEKEIQALYDAADEVVDEVEEKDGKMTVTRTLTIGDGTVTLVETLKIVDGAPVKDGEIEVICNPECEELGKRLKALAKEYEKAQEEVEKAKA

来源 Source

来源生物 organism	synthetic construct
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	32630
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Cytotoxin 1
分子量 formula_weight	6838.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

LKCNQLIPPFWKTCPKGKNLCYKMTMRAAPMVPVKRGCIDVCPKSSLLIKYMCCNTDKCN

来源 Source

来源生物 organism	Naja pallida
通用名 common_name	Red spitting cobra
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	8658
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	57

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	34.564 Å
晶胞边长 b length_b	63.663 Å
晶胞边长 c length_c	77.720 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	orthorhombic

分辨率 resolution	2.000 Å
最低分辨率 resolution_low	33.170 Å
R 因子 r_factor	0.2514
R_work r_work	0.2496
R_free r_free	0.2850

fit	/app/data/saxs_computation/bk/9bk6/9bk6.fit
pddf	/app/data/pr_computation/bk/9bk6/9bk6.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/bk/9bk6/9bk6.dat

Structure of B10_CYTX binder-complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cytotoxin 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 water

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)