9c8f

Cryo-EM Structure of EV-D68 B3 A-Particle

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 92.7 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

VP1

Human enterovirus D68

UniProt A0A5B9NJ24

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 180 PDB 声明:180-meric(180) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 565–859 未记录 VP2 × 60 (A0A6B7FIF3) VP3 × 60 (A0A1L7H9D2) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.86 Å
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 565–859 未记录 VP2 × 1 (A0A6B7FIF3) VP3 × 1 (A0A1L7H9D2) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.86 Å
3 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 15 PDB 声明:pentadecameric(15) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 565–859 未记录 VP2 × 5 (A0A6B7FIF3) VP3 × 5 (A0A1L7H9D2) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.86 Å
4 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 18 PDB 声明:octadecameric(18) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 565–859 未记录 VP2 × 6 (A0A6B7FIF3) VP3 × 6 (A0A1L7H9D2) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.86 Å
5 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 565–859 未记录 VP2 × 1 (A0A6B7FIF3) VP3 × 1 (A0A1L7H9D2) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.86 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 1 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 A0A5B9NJ24_HED68
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–295; UniProt 565–859

VP2

Human enterovirus D68

UniProt A0A6B7FIF3

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 180 PDB 声明:180-meric(180) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 70–317 未记录 VP1 × 60 (A0A5B9NJ24) VP3 × 60 (A0A1L7H9D2) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.86 Å
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 70–317 未记录 VP1 × 1 (A0A5B9NJ24) VP3 × 1 (A0A1L7H9D2) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.86 Å
3 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 15 PDB 声明:pentadecameric(15) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 70–317 未记录 VP1 × 5 (A0A5B9NJ24) VP3 × 5 (A0A1L7H9D2) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.86 Å
4 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 18 PDB 声明:octadecameric(18) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 70–317 未记录 VP1 × 6 (A0A5B9NJ24) VP3 × 6 (A0A1L7H9D2) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.86 Å
5 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 70–317 未记录 VP1 × 1 (A0A5B9NJ24) VP3 × 1 (A0A1L7H9D2) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.86 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 1 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 A0A6B7FIF3_HED68
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–248; UniProt 70–317

VP3

Human enterovirus D68

UniProt A0A1L7H9D2

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 180 PDB 声明:180-meric(180) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 318–564 未记录 VP1 × 60 (A0A5B9NJ24) VP2 × 60 (A0A6B7FIF3) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.86 Å
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 318–564 未记录 VP1 × 1 (A0A5B9NJ24) VP2 × 1 (A0A6B7FIF3) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.86 Å
3 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 15 PDB 声明:pentadecameric(15) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 318–564 未记录 VP1 × 5 (A0A5B9NJ24) VP2 × 5 (A0A6B7FIF3) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.86 Å
4 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 18 PDB 声明:octadecameric(18) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 318–564 未记录 VP1 × 6 (A0A5B9NJ24) VP2 × 6 (A0A6B7FIF3) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.86 Å
5 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 318–564 未记录 VP1 × 1 (A0A5B9NJ24) VP2 × 1 (A0A6B7FIF3) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.86 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 3 个其他 PDB 条目、7 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 A0A1L7H9D2_HED68
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 1–247; UniProt 318–564

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9c8f

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9c8f
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id9c8f
沉积日期 deposition_date2024-06-12
结构标题 titleCryo-EM Structure of EV-D68 B3 A-Particle
关键词 keywordsEV-D68, B3 subclade, VLP, VIRUS LIKE PARTICLE; VIRUS LIKE PARTICLE
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier28.78
回转半径 Rg (电子) rg_electron27.98
零角强度 I(0) i098899200.00
分子量 molecular_weight78748.0 kDa
排除体积 excluded_volume98528 ų
包络体积 envelope_volume119870 ų
水化壳体积 shell_volume35431 ų
包络直径 envelope_diameter98.8
壳层 Rg shell_rg35.54
包络 Rg envelope_rg28.91
形状 Rg shape_rg27.96
总 Rg total_rg28.74
总原子数 total_atoms5541
残基数 n_residues708
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax92.7
Rg (实空间) rg_real28.78
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.73
I(0) (实空间) i0_real9.8900e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.7080e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal28.78
I(0) (倒空间) i0_reciprocal98900000.0000
解质量估计 total_estimate0.8880
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary33.7
偏度 Skewness skewness0.385
峰度 Kurtosis kurtosis-0.270
角度范围 angular_range— – 0.2750 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha19350000.0000
实空间数据点数 n_real_points56
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.898; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.988; Smooth: 0.858

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)