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9cdw

Crystal structure of HP1alpha chromoshadow domain in complex with KAP1 peptide

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 82.6 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Chromobox protein homolog 5

Homo sapiens

UniProt P45973

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 111–174 链 C； UniProt 111–174 未记录 Transcription intermediary factor 1-beta peptide × 1 （Q13263） PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.1 M Bis-Tris pH 5.8, 0.2 M MgCl2, 20% PEG3350, 30 mM glycyl-glycyl-glycine 分辨率 2.40 Å R-free 0.252
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白拷贝数一致 链 B； UniProt 111–174 链 D； UniProt 111–174 未记录 Transcription intermediary factor 1-beta peptide × 1 （Q13263） PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.1 M Bis-Tris pH 5.8, 0.2 M MgCl2, 20% PEG3350, 30 mM glycyl-glycyl-glycine 分辨率 2.40 Å R-free 0.252

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 9CDW Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
3FDT Crystal structure of the complex of human chromobox homolog 5 (CBX5) with H3K9(me)3 peptide 提交 2008-11-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 18–75（58 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；298 K；35% PEG 400, 0.2M Na Cl, 0.1M Tris (pH 8.5), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.00 Å R-free 0.257
3I3C Crystal Structural of CBX5 Chromo Shadow Domain 提交 2009-06-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 110–173（64 aa）
未记录 NA SODIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；20% PEG3350, 0.2M di-Na Tartrate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 2.48 Å R-free 0.303
3I3C Crystal Structural of CBX5 Chromo Shadow Domain 提交 2009-06-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 110–173（64 aa）
未记录 NA SODIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；20% PEG3350, 0.2M di-Na Tartrate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 2.48 Å R-free 0.303
3I3C Crystal Structural of CBX5 Chromo Shadow Domain 提交 2009-06-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 110–173（64 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；20% PEG3350, 0.2M di-Na Tartrate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 2.48 Å R-free 0.303
3I3C Crystal Structural of CBX5 Chromo Shadow Domain 提交 2009-06-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 D 110–173（64 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；20% PEG3350, 0.2M di-Na Tartrate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 2.48 Å R-free 0.303
8UXQ Structure of Heterochromatin Protein 1 (HP1) alpha in complex with an H2A.Z nucleosome 提交 2023-11-09 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：12-meric
链 A 2–191（190 aa）
链 C 2–191（190 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 6.30 Å
9CEA Crystal structure of HP1alpha chromoshadow domain 提交 2024-06-26 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 113–175（63 aa）
链 B 113–175（63 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.1 M HEPES pH 7, 0.2 M sodium chloride and 20% w/v PEG6000
分辨率 2.15 Å R-free 0.277
9CEA Crystal structure of HP1alpha chromoshadow domain 提交 2024-06-26 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 113–175（63 aa）
链 D 113–175（63 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.1 M HEPES pH 7, 0.2 M sodium chloride and 20% w/v PEG6000
分辨率 2.15 Å R-free 0.277
9CMT The crystal structure of HP1alpha CSD-Agno complex 提交 2024-07-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 112–176（65 aa）
链 B 112–176（65 aa）
链 D 112–176（65 aa）
链 E 112–176（65 aa）
突变：C133S, T145S 突变：C133S, T145S 突变：C133S, T145S 突变：C133S, T145S F6Z 3',6'-DIHYDROXY-3-OXO-3H-SPIRO[2-BENZOFURAN-1,9'-XANTHENE]-5-CARBOXYLIC ACID × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；1 uL protein solution (about 10 mg/ml) and 1 uL reservoir solution containing 0.01 M NiCl2, 0.1 M Tris-HCl, pH 8.5, and 20% PEG2000MME (v/v)
分辨率 3.17 Å R-free 0.286

共 5 个其他 PDB 条目、9 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CBX5_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–64； UniProt 111–174 作者链 B； PDB构建体 1–64； UniProt 111–174 作者链 C； PDB构建体 1–64； UniProt 111–174 作者链 D； PDB构建体 1–64； UniProt 111–174

Transcription intermediary factor 1-beta peptide

Homo sapiens

UniProt Q13263

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白拷贝数一致 链 E； UniProt 485–490 未记录 Chromobox protein homolog 5 × 2 （P45973） PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.1 M Bis-Tris pH 5.8, 0.2 M MgCl2, 20% PEG3350, 30 mM glycyl-glycyl-glycine 分辨率 2.40 Å R-free 0.252
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白拷贝数一致 链 F； UniProt 485–490 未记录 Chromobox protein homolog 5 × 2 （P45973） PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.1 M Bis-Tris pH 5.8, 0.2 M MgCl2, 20% PEG3350, 30 mM glycyl-glycyl-glycine 分辨率 2.40 Å R-free 0.252

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 9CDW Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1FP0 SOLUTION STRUCTURE OF THE PHD DOMAIN FROM THE KAP-1 COREPRESSOR 提交 2000-08-29 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 619–679（61 aa） 片段：PHD DOMAIN
未记录 ZN ZINC ION × 2 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7.5；303 K；压力 AMBIENT
NMR样品组成 1.5-3.0 mM 15N-labelled or unlabelled KAP-1 PHD, 20 mM NaH2PO4, 500 mM NaCl, 5 mM DTT, pH 7.5 | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 1.5-3.0 mM unlabelled KAP-1 PHD, 20 mM NaH2PO4, 500 mM NaCl, 5 mM DTT, pH 7.5 | 100% D2O
分辨率未提供
2RO1 NMR Solution Structures of Human KAP1 PHD finger-bromodomain 提交 2008-03-04 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 624–812（189 aa） 片段：UNP residues 624-812
未记录 ZN ZINC ION × 2 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.5；303 K；离子强度（mmCIF原始值）0.2；压力 ambient
NMR样品组成 0.5mM [U-100% 13C; U-100% 15N] protein, 100% D2O | 100% D2O
分辨率未提供
2YVR Crystal structure of MS1043 提交 2007-04-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 201–250（50 aa） 片段：zf-B_box domain, residues in database 201-250
链 B 201–250（50 aa） 片段：zf-B_box domain, residues in database 201-250
未记录 ZN ZINC ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.6；293 K；HEPES, PEG4000, pH 7.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 1.80 Å R-free 0.218
6H3A Crystal structure of the KAP1 RBCC domain in complex with the SMARCAD1 CUE1 domain. 提交 2018-07-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 53–434（382 aa）
链 F 53–434（382 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；1.2 M Sodium Malonate, 0.5 % Jeffamine ED-2003 and 0.1 M HEPES pH 7.0
分辨率 5.50 Å R-free 0.303
6I9H Solution structure of TRIM28 RING domain 提交 2018-11-23 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 54–145（92 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.2；298 K；离子强度（mmCIF原始值）100；压力 1
NMR测量条件 pH 6.2；298 K；离子强度（mmCIF原始值）100；压力 1
NMR样品组成 1 mM [U-15N] TRIM28 RING, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 1 mM [U-13C; U-15N] TRIM28 RING, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
6QAJ Structure of the tripartite motif of KAP1/TRIM28 提交 2018-12-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 56–413（358 aa）
链 B 56–413（358 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；291 K；15% (w/v) PEG 3350, 75 mM MgCl2, 0.1 M HEPES pH 7.5
分辨率 2.90 Å R-free 0.291
6QU1 Crystal structure of the KAP1 RBCC domain in complex with the SMARCAD1 CUE1 domain at 3.7 angstrom resolution. 提交 2019-02-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 53–142（90 aa）
链 A 203–434（232 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；25 % PEG 3350, 0.1 M HEPES pH 7.5
分辨率 3.70 Å R-free 0.346
7Z36 Crystal structure of the KAP1 tripartite motif in complex with the ZNF93 KRAB domain 提交 2022-03-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 A 56–140（85 aa）
链 B 56–140（85 aa）
突变：KAP1 B-box 1 domain (residues 141-202) deleted 突变：KAP1 B-box 1 domain (residues 141-202) deleted ZN ZINC ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；291 K；11% (w/v) PEG 5000 MME 5% Tacsimate 0.1 M HEPES pH 7
分辨率 2.80 Å R-free 0.274
9OSC Crystal structure of HP1gamma chromoshadow domain in complex with KAP1 peptide 提交 2025-05-23 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 483–493（11 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；1.0 M LiCl2, 0.1 M citrate buffer pH 4.0, and 20% PEG6000
分辨率 1.77 Å R-free 0.236

共 9 个其他 PDB 条目、9 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 TIF1B_HUMAN
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 E； PDB构建体 1–6； UniProt 485–490 作者链 F； PDB构建体 1–6； UniProt 485–490

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9cdw

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9cdw
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id9cdw
沉积日期 deposition_date2024-06-25
最后修订 last_revision2025-06-11
结构标题 titleCrystal structure of HP1alpha chromoshadow domain in complex with KAP1 peptide
关键词 keywordsHP1, CSD domain, KAP1, TRANSCRIPTION, TRANSCRIPTION-PEPTIDE complex; TRANSCRIPTION/PEPTIDE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier22.45 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron22.09 Å
零角强度 I(0) i016433900.00
分子量 molecular_weight30907.0 kDa
排除体积 excluded_volume38901 ų
包络体积 envelope_volume49930 ų
水化壳体积 shell_volume19947 ų
包络直径 envelope_diameter88.0 Å
壳层 Rg shell_rg27.55 Å
包络 Rg envelope_rg22.52 Å
形状 Rg shape_rg22.15 Å
总 Rg total_rg22.71 Å
总原子数 total_atoms2166
残基数 n_residues268
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax82.6 Å
Rg (实空间) rg_real22.51 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.84 Å
I(0) (实空间) i0_real1.6430e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.7610e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal22.49 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal16430000.0000
解质量估计 total_estimate0.7536
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks3
主峰位置 r_peak_primary23.8 Å
偏度 Skewness skewness0.470
峰度 Kurtosis kurtosis-0.027
角度范围 angular_range— – 0.3550 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha4201000.0000
实空间数据点数 n_real_points67
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.636; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.886; Smooth: 0.000
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)