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9cg8

CRYSTAL STRUCTURE OF THE P285S VARIANT OF SERINE HYDROXYMETHYLTRANSFERASE 8 FROM SOYBEAN CULTIVAR FORREST

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 153.3 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Serine hydroxymethyltransferase

Glycine max

UniProt K4FW35

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–471 链 B； UniProt 1–471 链 C； UniProt 1–471 链 D； UniProt 1–471 突变：P285S 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；2 % v/v tacsimate 0.1 M Hepes, pH 7.5 20% w/v PEG 3350 分辨率 1.90 Å R-free 0.266
2 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白拷贝数一致 链 E； UniProt 1–471 链 F； UniProt 1–471 突变：P285S 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；2 % v/v tacsimate 0.1 M Hepes, pH 7.5 20% w/v PEG 3350 分辨率 1.90 Å R-free 0.266

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 9CG8 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
6UXK Structure of serine hydroxymethyltransferase 8 from Glycine max cultivar Forrest complexed with PLP 提交 2019-11-07 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–471（471 aa）
链 B 1–471（471 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.21 M trimethylamine N-oxide, 0.1 M tris pH 8.5, 20% (w/v) PEG MME 2000
分辨率 2.10 Å R-free 0.225
6UXL Structure of serine hydroxymethyltransferase 8 from Glycine max cultivar Forrest complexed with PLP-Glycine 提交 2019-11-07 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–471（471 aa）
链 B 1–471（471 aa）
未记录 PLG N-GLYCINE-[3-HYDROXY-2-METHYL-5-PHOSPHONOOXYMETHYL-PYRIDIN-4-YL-METHANE] × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.18 M trimethylamine N-oxide, 0.1 M Tris pH 8.5, 22.5% PEG MME 2000
分辨率 2.35 Å R-free 0.242
9Y6D CRYSTAL STRUCTURE OF THE A149T VARIANT OF SERINE HYDROXYMETHYLTRANSFERASE 8 FROM SOYBEAN CULTIVAR FORREST IN COMPLEX WITH PLP-GLYCINE 提交 2025-09-08 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–471（471 aa）
链 B 1–471（471 aa）
链 C 1–471（471 aa）
链 D 1–471（471 aa）
突变：A149T 突变：A149T 突变：A149T 突变：A149T PLG N-GLYCINE-[3-HYDROXY-2-METHYL-5-PHOSPHONOOXYMETHYL-PYRIDIN-4-YL-METHANE] × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1 M Ammonium tartrate dibasic pH 7.0 12% w/v Polyethylene glycol 3,350
分辨率 2.25 Å R-free 0.311
9Y7G CRYSTAL STRUCTURE OF THE A149T VARIANT OF SERINE HYDROXYMETHYLTRANSFERASE 8 FROM SOYBEAN CULTIVAR FORREST IN COMPLEX WITH PLP 提交 2025-09-10 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–471（471 aa）
链 B 1–471（471 aa）
链 C 1–471（471 aa）
链 D 1–471（471 aa）
突变：A149T 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：A149T 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：A149T 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：A149T 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1 M Sodium acetate trihydrate pH 7.0 12% w/v Polyethylene glycol 3,350
分辨率 1.87 Å R-free 0.252
9Y7G CRYSTAL STRUCTURE OF THE A149T VARIANT OF SERINE HYDROXYMETHYLTRANSFERASE 8 FROM SOYBEAN CULTIVAR FORREST IN COMPLEX WITH PLP 提交 2025-09-10 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 E 1–471（471 aa）
链 F 1–471（471 aa）
突变：A149T 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：A149T 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1 M Sodium acetate trihydrate pH 7.0 12% w/v Polyethylene glycol 3,350
分辨率 1.87 Å R-free 0.252

共 4 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 K4FW35_SOYBN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 26–496； UniProt 1–471 作者链 B； PDB构建体 26–496； UniProt 1–471 作者链 C； PDB构建体 26–496； UniProt 1–471 作者链 D； PDB构建体 26–496； UniProt 1–471 作者链 E； PDB构建体 26–496； UniProt 1–471 作者链 F； PDB构建体 26–496； UniProt 1–471

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9cg8

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9cg8
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id9cg8
沉积日期 deposition_date2024-06-28
结构标题 titleCRYSTAL STRUCTURE OF THE P285S VARIANT OF SERINE HYDROXYMETHYLTRANSFERASE 8 FROM SOYBEAN CULTIVAR FORREST
关键词 keywordsenzyme, missense variant, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier49.05 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron48.68 Å
零角强度 I(0) i01235370000.00
分子量 molecular_weight290150.0 kDa
排除体积 excluded_volume361580 ų
包络体积 envelope_volume493770 ų
水化壳体积 shell_volume83301 ų
包络直径 envelope_diameter162.0 Å
壳层 Rg shell_rg53.45 Å
包络 Rg envelope_rg47.87 Å
形状 Rg shape_rg48.70 Å
总 Rg total_rg48.77 Å
总原子数 total_atoms20449
残基数 n_residues2709
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax153.3 Å
Rg (实空间) rg_real48.80 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.14 Å
I(0) (实空间) i0_real1.2350e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.2630e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal49.05 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal1236000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8901
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary67.1 Å
偏度 Skewness skewness0.080
峰度 Kurtosis kurtosis-0.674
角度范围 angular_range— – 0.1600 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha111100000.0000
实空间数据点数 n_real_points33
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.950; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.996; Smooth: 0.722
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)