9cph

Structural basis of BAK sequestration by MCL-1 and consequences for apoptosis initiation

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 126.1 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9cph
沉积日期 deposition_date	2024-07-18
最后修订 last_revision	2025-06-04
结构标题 title	Structural basis of BAK sequestration by MCL-1 and consequences for apoptosis initiation
关键词 keywords	Anti-apoptosis, Mitochondrial poration, BCL-2 family, Cell fate, APOPTOSIS; APOPTOSIS
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	36.79 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	36.76 Å
零角强度 I(0) i0	172162000.00
分子量 molecular_weight	106390.0 kDa
排除体积 excluded_volume	133420 Å³
包络体积 envelope_volume	170400 Å³
水化壳体积 shell_volume	41515 Å³
包络直径 envelope_diameter	133.4 Å
壳层 Rg shell_rg	39.51 Å
包络 Rg envelope_rg	36.97 Å
形状 Rg shape_rg	36.69 Å
总 Rg total_rg	37.15 Å
总原子数 total_atoms	14853
残基数 n_residues	974
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	126.1 Å
Rg (实空间) rg_real	37.20 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.10 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.7220e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.9460e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	36.95 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	172100000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6230
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	35.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.611
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.132
角度范围 angular_range	— – 0.2150 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	26880000.0000
实空间数据点数 n_real_points	44
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.747; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.159; Positv: 1.000; Valcen: 0.754; Smooth: 0.625

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1
分子量 formula_weight	57152.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	14889

KIEEGKLVIWINGDKGYNGLAEVGKKFEKDTGIKVTVEHPDKLEEKFPQVAATGDGPDIIFWAHDRFGGYAQSGLLAEITPDKAFQDKLYPFTWDAVRYNGKLIAYPIAVEALSLIYNKDLLPNPPKTWEEIPALDKELKAKGKSALMFNLQEPYFTWPLIAADGGYAFKYENGKYDIKDVGVDNAGAKAGLTFLVDLIKNKHMNADTDYSIAEAAFNKGETAMTINGPWAWSNIDTSKVNYGVTVLPTFKGQPSKPFVGVLSAGINAASPNKELAKEFLENYLLTDEGLEAVNKDKPLGAVALKSYEEELAKDPRIAATMENAQKGEIMPNIPQMSAFWYAVRTAVINAASGRQTVDEALKDAQTIIELYRQSLEIISRYLREQATGAADTAPMGRSGATSRKALETLRRVGDGVQRNHETAFQGMLRKLDIKNEDDVKSLSRVMIHVFSDGVTNWGRIVTLISFGAFVAKHLKTINQESAIEPLAESITDVLVRTKRDWLVKQRGWDGFVEFF

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	Bcl-2 homologous antagonist/killer
分子量 formula_weight	2366.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

STMGQVGRQLAIIGDDINRRY

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 3 polymer

描述 description	Synthetic antibody, Fab fragment, Heavy Chain
分子量 formula_weight	24534.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

EVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFNLSSSSIHWVRQAPGKGLEWVASIYSYYGSTSYADSVKGRFTISADTSKNTAYLQMNSLRAEDTAVYYCAREYHSYWSYSWWPRVGLDYWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPASKSAAAATAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSC

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 4 polymer

描述 description	Synthetic antibody, Fab fragment, Light Chain
分子量 formula_weight	23109.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L

AQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQSVSSAVAWYQQKPGKAPKLLIYSASSLYSGVPSRFSGSRSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQASLTALLTFGQGTKVEIKRTVAAPSVFIFPPSDSQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 5 branched

描述 description	alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	342.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.34 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	150154

fit	/app/data/saxs_computation/cp/9cph/9cph.fit
pddf	/app/data/pr_computation/cp/9cph/9cph.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/cp/9cph/9cph.dat

Structural basis of BAK sequestration by MCL-1 and consequences for apoptosis initiation

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 branched

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)