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9d58

Human Dystrophin tandem calponin homology actin-binding domain crystallized in a closed-state conformation

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 102.0 Å Quality: EXCELLENT
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Dystrophin

Homo sapiens

UniProt P11532

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 2–246 片段：actin-binding domain/calponin homology domains 1 and 2 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.1 M Bis-Tris pH 6.7, 30% w/v Polyethylene monomethyl ether (MPEG) 5,000 分辨率 1.94 Å R-free 0.262
2 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 B； UniProt 2–246 片段：actin-binding domain/calponin homology domains 1 and 2 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.1 M Bis-Tris pH 6.7, 30% w/v Polyethylene monomethyl ether (MPEG) 5,000 分辨率 1.94 Å R-free 0.262
3 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 C； UniProt 2–246 片段：actin-binding domain/calponin homology domains 1 and 2 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.1 M Bis-Tris pH 6.7, 30% w/v Polyethylene monomethyl ether (MPEG) 5,000 分辨率 1.94 Å R-free 0.262
4 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 D； UniProt 2–246 片段：actin-binding domain/calponin homology domains 1 and 2 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.1 M Bis-Tris pH 6.7, 30% w/v Polyethylene monomethyl ether (MPEG) 5,000 分辨率 1.94 Å R-free 0.262

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 9D58 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1DXX N-terminal Actin-binding Domain of Human Dystrophin 提交 2000-01-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–246（246 aa） 片段：ACTIN-BINDING
链 B 1–246（246 aa） 片段：ACTIN-BINDING
突变：YES 突变：YES 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.4；1.55M AMMONIUM FORMATE, 0.1M HEPES 7.4, pH 7.40
分辨率 2.60 Å R-free 0.268
1DXX N-terminal Actin-binding Domain of Human Dystrophin 提交 2000-01-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 1–246（246 aa） 片段：ACTIN-BINDING
链 D 1–246（246 aa） 片段：ACTIN-BINDING
突变：YES 突变：YES 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.4；1.55M AMMONIUM FORMATE, 0.1M HEPES 7.4, pH 7.40
分辨率 2.60 Å R-free 0.268
1EG3 STRUCTURE OF A DYSTROPHIN WW DOMAIN FRAGMENT IN COMPLEX WITH A BETA-DYSTROGLYCAN PEPTIDE 提交 2000-02-11 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 3046–3306（261 aa） 片段：WW DOMAIN
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；ammonium sulfate, glycerol, DTT, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K
分辨率 2.00 Å R-free 0.257
1EG4 STRUCTURE OF A DYSTROPHIN WW DOMAIN FRAGMENT IN COMPLEX WITH A BETA-DYSTROGLYCAN PEPTIDE 提交 2000-02-11 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 3046–3306（261 aa） 片段：WW DOMAIN
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；ammonium sulfate, glycerol, DTT, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.00 Å R-free 0.249
3UUN Crystal Structure of N-terminal first spectrin repeat of dystrophin 提交 2011-11-28 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 338–456（119 aa） 片段：Spectrin Repeat, UNP residues 338-456
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；294.15 K；0.1M Tris HCl, 2.0M Ammonium sulphate, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294.15K
分辨率 2.30 Å R-free 0.260
3UUN Crystal Structure of N-terminal first spectrin repeat of dystrophin 提交 2011-11-28 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 338–456（119 aa） 片段：Spectrin Repeat, UNP residues 338-456
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；294.15 K；0.1M Tris HCl, 2.0M Ammonium sulphate, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294.15K
分辨率 2.30 Å R-free 0.260
3UUN Crystal Structure of N-terminal first spectrin repeat of dystrophin 提交 2011-11-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 338–456（119 aa） 片段：Spectrin Repeat, UNP residues 338-456
链 B 338–456（119 aa） 片段：Spectrin Repeat, UNP residues 338-456
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；294.15 K；0.1M Tris HCl, 2.0M Ammonium sulphate, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294.15K
分辨率 2.30 Å R-free 0.260
9EC1 The Structure of Human Dystrophin Spectrin Repeat 24 提交 2024-11-13 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 2933–3046（114 aa） 片段：spectrin repeat 24
未记录 SO4 SULFATE ION × 2 CL CHLORIDE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；0.1 M Sodium citrate tribasic dihydrate, pH 5.6, 0.5 M Ammonium sulfate , 1 M Lithium sulfate monohydrate
分辨率 2.14 Å R-free 0.255
9EC1 The Structure of Human Dystrophin Spectrin Repeat 24 提交 2024-11-13 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 2933–3046（114 aa） 片段：spectrin repeat 24
未记录 SO4 SULFATE ION × 2 CL CHLORIDE ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；0.1 M Sodium citrate tribasic dihydrate, pH 5.6, 0.5 M Ammonium sulfate , 1 M Lithium sulfate monohydrate
分辨率 2.14 Å R-free 0.255
9EC1 The Structure of Human Dystrophin Spectrin Repeat 24 提交 2024-11-13 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 2933–3046（114 aa） 片段：spectrin repeat 24
未记录 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；0.1 M Sodium citrate tribasic dihydrate, pH 5.6, 0.5 M Ammonium sulfate , 1 M Lithium sulfate monohydrate
分辨率 2.14 Å R-free 0.255
9EC1 The Structure of Human Dystrophin Spectrin Repeat 24 提交 2024-11-13 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 D 2933–3046（114 aa） 片段：spectrin repeat 24
未记录 SO4 SULFATE ION × 1 CL CHLORIDE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；0.1 M Sodium citrate tribasic dihydrate, pH 5.6, 0.5 M Ammonium sulfate , 1 M Lithium sulfate monohydrate
分辨率 2.14 Å R-free 0.255
9EC1 The Structure of Human Dystrophin Spectrin Repeat 24 提交 2024-11-13 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 5 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 E 2933–3046（114 aa） 片段：spectrin repeat 24
未记录 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；0.1 M Sodium citrate tribasic dihydrate, pH 5.6, 0.5 M Ammonium sulfate , 1 M Lithium sulfate monohydrate
分辨率 2.14 Å R-free 0.255
9EC1 The Structure of Human Dystrophin Spectrin Repeat 24 提交 2024-11-13 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 6 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 F 2933–3046（114 aa） 片段：spectrin repeat 24
未记录 SO4 SULFATE ION × 2 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；0.1 M Sodium citrate tribasic dihydrate, pH 5.6, 0.5 M Ammonium sulfate , 1 M Lithium sulfate monohydrate
分辨率 2.14 Å R-free 0.255
9EC1 The Structure of Human Dystrophin Spectrin Repeat 24 提交 2024-11-13 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 7 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 G 2933–3046（114 aa） 片段：spectrin repeat 24
未记录 SO4 SULFATE ION × 4 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；0.1 M Sodium citrate tribasic dihydrate, pH 5.6, 0.5 M Ammonium sulfate , 1 M Lithium sulfate monohydrate
分辨率 2.14 Å R-free 0.255
9EC1 The Structure of Human Dystrophin Spectrin Repeat 24 提交 2024-11-13 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 8 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 H 2933–3046（114 aa） 片段：spectrin repeat 24
未记录 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；0.1 M Sodium citrate tribasic dihydrate, pH 5.6, 0.5 M Ammonium sulfate , 1 M Lithium sulfate monohydrate
分辨率 2.14 Å R-free 0.255

共 5 个其他 PDB 条目、15 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 DMD_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 4–248； UniProt 2–246 作者链 B； PDB构建体 4–248； UniProt 2–246 作者链 C； PDB构建体 4–248； UniProt 2–246 作者链 D； PDB构建体 4–248； UniProt 2–246

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9d58

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9d58
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id9d58
沉积日期 deposition_date2024-08-13
最后修订 last_revision2025-03-12
结构标题 titleHuman Dystrophin tandem calponin homology actin-binding domain crystallized in a closed-state conformation
关键词 keywords;Actin-binding domain, tandem calponin homology domain, Dystrophin, Duchenne Muscular Dystrophy, DMD, Cytoskeleton, STRUCTURAL PROTEIN ;; STRUCTURAL PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier33.74 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron32.62 Å
零角强度 I(0) i0160157000.00
分子量 molecular_weight102170.0 kDa
排除体积 excluded_volume128530 ų
包络体积 envelope_volume168810 ų
水化壳体积 shell_volume42943 ų
包络直径 envelope_diameter110.0 Å
壳层 Rg shell_rg39.77 Å
包络 Rg envelope_rg31.68 Å
形状 Rg shape_rg32.63 Å
总 Rg total_rg33.17 Å
总原子数 total_atoms7230
残基数 n_residues926
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax102.0 Å
Rg (实空间) rg_real33.55 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.80 Å
I(0) (实空间) i0_real1.6020e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.5150e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal33.67 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal160200000.0000
解质量估计 total_estimate0.9054
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary47.8 Å
偏度 Skewness skewness0.053
峰度 Kurtosis kurtosis-0.543
角度范围 angular_range— – 0.2350 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha29250000.0000
实空间数据点数 n_real_points48
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.945; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.992; Smooth: 0.942
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)