9dbp

Crystal structure of the LSD1/CoREST histone demethylase in complex with the cofactor FAD and the inhibitor GSK690

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 143.7 Å Quality: SUSPICIOUS

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9dbp
沉积日期 deposition_date	2024-08-23
最后修订 last_revision	2025-09-17
结构标题 title	Crystal structure of the LSD1/CoREST histone demethylase in complex with the cofactor FAD and the inhibitor GSK690
关键词 keywords	LSD1-CoREST, Histone methyltransferase inhibitor, GENE REGULATION; GENE REGULATION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	43.20 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	44.44 Å
零角强度 I(0) i0	118761000.00
分子量 molecular_weight	89101.0 kDa
排除体积 excluded_volume	112010 Å³
包络体积 envelope_volume	161280 Å³
水化壳体积 shell_volume	35314 Å³
包络直径 envelope_diameter	153.7 Å
壳层 Rg shell_rg	40.81 Å
包络 Rg envelope_rg	45.76 Å
形状 Rg shape_rg	44.47 Å
总 Rg total_rg	44.14 Å
总原子数 total_atoms	12538
残基数 n_residues	791
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	143.7 Å
Rg (实空间) rg_real	44.24 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	2.23 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.1880e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.5930e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	43.20 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	118600000.0000
解质量估计 total_estimate	0.4012
解质量评级 solution_quality	SUSPICIOUS a SUSPICIOUS solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	31.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.733
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.477
角度范围 angular_range	— – 0.1850 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	9208000.0000
实空间数据点数 n_real_points	38
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.308; Stabil: 0.998; Sysdev: 0.016; Positv: 1.000; Valcen: 0.242; Smooth: 0.003

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	Lysine-specific histone demethylase 1A
分子量 formula_weight	73305.8 kDa
EC 编号 ec_number	1.14.99.66
突变 mutation	R269A,K469A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	12539

SGVEGAAFQSRLPHDRMTSQEAACFPDIISGPQQTQKVFLFIRNRTLQLWLDNPKIQLTFEATLQQLEAPYNSDTVLVHRVHSYLERHGLINFGIYKAIKPLPTKKTGKVIIIGSGVSGLAAARQLQSFGMDVTLLEARDRVGGRVATFRKGNYVADLGAMVVTGLGGNPMAVVSKQVNMELAKIKQKCPLYEANGQAVPKEKDEMVEQEFNRLLEATSYLSHQLDFNVLNNKPVSLGQALEVVIQLQEKHVKDEQIEHWKKIVKTQEELKELLNKMVNLKEKIKELHQQYKEASEVAPPRDITAEFLVKSKHRDLTALCKEYDELAETQGKLEEKLQELEANPPSDVYLSSRDRQILDWHFANLEFANATPLSTLSLKHWDQDDDFEFTGSHLTVRNGYSCVPVALAEGLDIKLNTAVRQVRYTASGCEVIAVNTRSTSQTFIYKCDAVLCTLPLGVLKQQPPAVQFVPPLPEWKTSAVQRMGFGNLNKVVLCFDRVFWDPSVNLFGHVGSTTASRGELFLFWNLYKAPILLALVAGEAAGIMENISDDVIVGRCLAILKGIFGSSAVPQPKETVVSRWRADPWARGSYSYVAAGSSGNDYDLMAQPITPGPSIPGAPQPIPRLFFAGEHTIRNYPATVHGALLSGLREAGRIADQFLG

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	REST corepressor 1
分子量 formula_weight	14800.8 kDa
突变 mutation	K315A,K381A,V425A,R428A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

KPPAGMFLSQEDVEAVSANATAATTVLRQLDMELVSVKRQIQNIKQTNSALKEKLDGGIEPYRLPEVIQACNARWTTEEQLLAVQAIRKYGRDFQAISDVIGNKSVVQVKNFFANYARRFNIDEVLQEWEA

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 3 non-polymer

描述 description	FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE
分子量 formula_weight	785.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 4 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 5 non-polymer

描述 description	4-[2-(4-methylphenyl)-5-{[(3R)-pyrrolidin-3-yl]methoxy}pyridin-3-yl]benzonitrile
分子量 formula_weight	369.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	121.487 Å
晶胞边长 b length_b	179.407 Å
晶胞边长 c length_c	235.058 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	I 2 2 2
空间群编号 int_tables_number	23
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.660 Å
最低分辨率 resolution_low	36.460 Å
R 因子 r_factor	0.2397
R_work r_work	0.2394
R_free r_free	0.2503

fit	/app/data/saxs_computation/db/9dbp/9dbp.fit
pddf	/app/data/pr_computation/db/9dbp/9dbp.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/db/9dbp/9dbp.dat

Crystal structure of the LSD1/CoREST histone demethylase in complex with the cofactor FAD and the inhibitor GSK690

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 non-polymer

Entity 4 non-polymer

Entity 5 non-polymer

Entity 6 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)