9det

Human V-ATPase Vo subcomplex (containing subunit isoform a4) bound to nanobody and inhibitor

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 159.6 Å Quality: REASONABLE

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

V-type proton ATPase subunit e 1

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 17 PDB 声明：17-meric（17）与蛋白拷贝数一致	链 e； UniProt 1–81	未记录	Ribonuclease kappa × 1 （Q6P5S7） V-type proton ATPase subunit S1 × 1 （Q15904） Renin receptor × 1 （O75787） V-type proton ATPase 21 kDa proteolipid subunit × 1 （Q99437） V-type proton ATPase 16 kDa proteolipid subunit × 9 （P27449） V-type proton ATPase subunit d 1 × 1 （P61421） V-type proton ATPase 116 kDa subunit a 4 × 1 （Q9HBG4） Anti V-ATPase Nanobody 2CAS66 × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8 CLR CHOLESTEROL × 1 POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 3 A1A4Q Cladoniamide A × 9 WJP methyl (3R,6Z,10E,14E)-3,7,11,15,19-pentamethylicosa-6,10,14,18-tetraen-1-yl dihydrogen diphosphate × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.2；20 mM Tris, 150 mM NaCl, 0.5 mM EDTA, 2 mM DTT, pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.00 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 9DET	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
6WLW The Vo region of human V-ATPase in state 1 (focused refinement) 提交 2020-04-20	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric	链 S 1–81（81 aa）	未记录	WSS tri(methyl)-[2-[[(2~{R})-2-[(~{Z})-octadec-9-enoyl]oxy-3-[(~{E})-1-oxidanylideneoctadec-9-enoxy]propoxy]-oxidanyl-phosphoryl]oxyethyl]azanium × 10 PTY PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE × 13 WJS (2~{S})-2-$l^{4}-azanyl-3-[[(2~{R})-3-octadecanoyloxy-2-oxidanyl-propoxy]-oxidanyl-oxidanylidene-$l^{6}-phosphanyl]oxy-propanoic acid × 1 CLR CHOLESTEROL × 4 PSF 1,2-DICAPROYL-SN-PHOSPHATIDYL-L-SERINE × 1 WJP methyl (3R,6Z,10E,14E)-3,7,11,15,19-pentamethylicosa-6,10,14,18-tetraen-1-yl dihydrogen diphosphate × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.00 Å
6WM2 Human V-ATPase in state 1 with SidK and ADP 提交 2020-04-20	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 35 PDB 声明：35-meric	链 S 1–81（81 aa）	未记录	CLR CHOLESTEROL × 4 PSF 1,2-DICAPROYL-SN-PHOSPHATIDYL-L-SERINE × 1 PTY PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE × 13 WSS tri(methyl)-[2-[[(2~{R})-2-[(~{Z})-octadec-9-enoyl]oxy-3-[(~{E})-1-oxidanylideneoctadec-9-enoxy]propoxy]-oxidanyl-phosphoryl]oxyethyl]azanium × 10 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 WJP methyl (3R,6Z,10E,14E)-3,7,11,15,19-pentamethylicosa-6,10,14,18-tetraen-1-yl dihydrogen diphosphate × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 WJS (2~{S})-2-$l^{4}-azanyl-3-[[(2~{R})-3-octadecanoyloxy-2-oxidanyl-propoxy]-oxidanyl-oxidanylidene-$l^{6}-phosphanyl]oxy-propanoic acid × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.10 Å
6WM3 Human V-ATPase in state 2 with SidK and ADP 提交 2020-04-20	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 35 PDB 声明：35-meric	链 S 1–81（81 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å
6WM4 Human V-ATPase in state 3 with SidK and ADP 提交 2020-04-20	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 35 PDB 声明：35-meric	链 S 1–81（81 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.60 Å
7U4T Human V-ATPase in state 2 with SidK and mEAK-7 提交 2022-03-01	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 36 PDB 声明：36-meric	链 S 1–81（81 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.60 Å
7UNF CryoEM structure of a mEAK7 bound human V-ATPase complex 提交 2022-04-10	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 33 PDB 声明：33-meric	链 m 1–81（81 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 9	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.08 Å
9CF8 Cryo-EM structure of human kidney V-ATPase state 1 提交 2024-06-27	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 30 PDB 声明：30-meric	链 S 1–81（81 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.46 Å
9CFC Cryo-EM structure of human kidney V-ATPase state 2 提交 2024-06-27	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 30 PDB 声明：30-meric	链 S 1–81（81 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.47 Å

共 8 个其他 PDB 条目、8 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	VA0E1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 e； PDB构建体 1–81； UniProt 1–81

Ribonuclease kappa

物种未注明

UniProt Q6P5S7

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 17 PDB 声明：17-meric（17）与蛋白拷贝数一致	链 f； UniProt 1–137	未记录	V-type proton ATPase subunit e 1 × 1 （O15342） V-type proton ATPase subunit S1 × 1 （Q15904） Renin receptor × 1 （O75787） V-type proton ATPase 21 kDa proteolipid subunit × 1 （Q99437） V-type proton ATPase 16 kDa proteolipid subunit × 9 （P27449） V-type proton ATPase subunit d 1 × 1 （P61421） V-type proton ATPase 116 kDa subunit a 4 × 1 （Q9HBG4） Anti V-ATPase Nanobody 2CAS66 × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8 CLR CHOLESTEROL × 1 POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 3 A1A4Q Cladoniamide A × 9 WJP methyl (3R,6Z,10E,14E)-3,7,11,15,19-pentamethylicosa-6,10,14,18-tetraen-1-yl dihydrogen diphosphate × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.2；20 mM Tris, 150 mM NaCl, 0.5 mM EDTA, 2 mM DTT, pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.00 Å

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 9DET	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
6WLW The Vo region of human V-ATPase in state 1 (focused refinement) 提交 2020-04-20	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric	链 T 1–137（137 aa）	未记录	WSS tri(methyl)-[2-[[(2~{R})-2-[(~{Z})-octadec-9-enoyl]oxy-3-[(~{E})-1-oxidanylideneoctadec-9-enoxy]propoxy]-oxidanyl-phosphoryl]oxyethyl]azanium × 10 PTY PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE × 13 WJS (2~{S})-2-$l^{4}-azanyl-3-[[(2~{R})-3-octadecanoyloxy-2-oxidanyl-propoxy]-oxidanyl-oxidanylidene-$l^{6}-phosphanyl]oxy-propanoic acid × 1 CLR CHOLESTEROL × 4 PSF 1,2-DICAPROYL-SN-PHOSPHATIDYL-L-SERINE × 1 WJP methyl (3R,6Z,10E,14E)-3,7,11,15,19-pentamethylicosa-6,10,14,18-tetraen-1-yl dihydrogen diphosphate × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.00 Å
6WM2 Human V-ATPase in state 1 with SidK and ADP 提交 2020-04-20	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 35 PDB 声明：35-meric	链 T 1–137（137 aa）	未记录	CLR CHOLESTEROL × 4 PSF 1,2-DICAPROYL-SN-PHOSPHATIDYL-L-SERINE × 1 PTY PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE × 13 WSS tri(methyl)-[2-[[(2~{R})-2-[(~{Z})-octadec-9-enoyl]oxy-3-[(~{E})-1-oxidanylideneoctadec-9-enoxy]propoxy]-oxidanyl-phosphoryl]oxyethyl]azanium × 10 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 WJP methyl (3R,6Z,10E,14E)-3,7,11,15,19-pentamethylicosa-6,10,14,18-tetraen-1-yl dihydrogen diphosphate × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 WJS (2~{S})-2-$l^{4}-azanyl-3-[[(2~{R})-3-octadecanoyloxy-2-oxidanyl-propoxy]-oxidanyl-oxidanylidene-$l^{6}-phosphanyl]oxy-propanoic acid × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.10 Å
6WM3 Human V-ATPase in state 2 with SidK and ADP 提交 2020-04-20	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 35 PDB 声明：35-meric	链 T 1–137（137 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å
6WM4 Human V-ATPase in state 3 with SidK and ADP 提交 2020-04-20	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 35 PDB 声明：35-meric	链 T 1–137（137 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.60 Å
7U4T Human V-ATPase in state 2 with SidK and mEAK-7 提交 2022-03-01	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 36 PDB 声明：36-meric	链 T 1–137（137 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.60 Å
7UNF CryoEM structure of a mEAK7 bound human V-ATPase complex 提交 2022-04-10	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 33 PDB 声明：33-meric	链 n 1–137（137 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 9	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.08 Å
9CF8 Cryo-EM structure of human kidney V-ATPase state 1 提交 2024-06-27	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 30 PDB 声明：30-meric	链 T 1–137（137 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.46 Å
9CFC Cryo-EM structure of human kidney V-ATPase state 2 提交 2024-06-27	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 30 PDB 声明：30-meric	链 T 1–137（137 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.47 Å

共 8 个其他 PDB 条目、8 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RNK_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 f； PDB构建体 1–137； UniProt 1–137

V-type proton ATPase subunit S1

物种未注明

UniProt Q15904

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 17 PDB 声明：17-meric（17）与蛋白拷贝数一致	链 o； UniProt 1–470	未记录	V-type proton ATPase subunit e 1 × 1 （O15342） Ribonuclease kappa × 1 （Q6P5S7） Renin receptor × 1 （O75787） V-type proton ATPase 21 kDa proteolipid subunit × 1 （Q99437） V-type proton ATPase 16 kDa proteolipid subunit × 9 （P27449） V-type proton ATPase subunit d 1 × 1 （P61421） V-type proton ATPase 116 kDa subunit a 4 × 1 （Q9HBG4） Anti V-ATPase Nanobody 2CAS66 × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8 CLR CHOLESTEROL × 1 POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 3 A1A4Q Cladoniamide A × 9 WJP methyl (3R,6Z,10E,14E)-3,7,11,15,19-pentamethylicosa-6,10,14,18-tetraen-1-yl dihydrogen diphosphate × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.2；20 mM Tris, 150 mM NaCl, 0.5 mM EDTA, 2 mM DTT, pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.00 Å

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 9DET	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
6WLW The Vo region of human V-ATPase in state 1 (focused refinement) 提交 2020-04-20	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric	链 U 1–470（470 aa）	未记录	WSS tri(methyl)-[2-[[(2~{R})-2-[(~{Z})-octadec-9-enoyl]oxy-3-[(~{E})-1-oxidanylideneoctadec-9-enoxy]propoxy]-oxidanyl-phosphoryl]oxyethyl]azanium × 10 PTY PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE × 13 WJS (2~{S})-2-$l^{4}-azanyl-3-[[(2~{R})-3-octadecanoyloxy-2-oxidanyl-propoxy]-oxidanyl-oxidanylidene-$l^{6}-phosphanyl]oxy-propanoic acid × 1 CLR CHOLESTEROL × 4 PSF 1,2-DICAPROYL-SN-PHOSPHATIDYL-L-SERINE × 1 WJP methyl (3R,6Z,10E,14E)-3,7,11,15,19-pentamethylicosa-6,10,14,18-tetraen-1-yl dihydrogen diphosphate × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.00 Å
6WM2 Human V-ATPase in state 1 with SidK and ADP 提交 2020-04-20	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 35 PDB 声明：35-meric	链 U 1–470（470 aa）	未记录	CLR CHOLESTEROL × 4 PSF 1,2-DICAPROYL-SN-PHOSPHATIDYL-L-SERINE × 1 PTY PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE × 13 WSS tri(methyl)-[2-[[(2~{R})-2-[(~{Z})-octadec-9-enoyl]oxy-3-[(~{E})-1-oxidanylideneoctadec-9-enoxy]propoxy]-oxidanyl-phosphoryl]oxyethyl]azanium × 10 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 WJP methyl (3R,6Z,10E,14E)-3,7,11,15,19-pentamethylicosa-6,10,14,18-tetraen-1-yl dihydrogen diphosphate × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 WJS (2~{S})-2-$l^{4}-azanyl-3-[[(2~{R})-3-octadecanoyloxy-2-oxidanyl-propoxy]-oxidanyl-oxidanylidene-$l^{6}-phosphanyl]oxy-propanoic acid × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.10 Å
6WM3 Human V-ATPase in state 2 with SidK and ADP 提交 2020-04-20	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 35 PDB 声明：35-meric	链 U 1–470（470 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å
6WM4 Human V-ATPase in state 3 with SidK and ADP 提交 2020-04-20	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 35 PDB 声明：35-meric	链 U 1–470（470 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.60 Å
7U4T Human V-ATPase in state 2 with SidK and mEAK-7 提交 2022-03-01	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 36 PDB 声明：36-meric	链 U 1–470（470 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.60 Å
7UNF CryoEM structure of a mEAK7 bound human V-ATPase complex 提交 2022-04-10	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 33 PDB 声明：33-meric	链 s 1–470（470 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 9	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.08 Å
9CF8 Cryo-EM structure of human kidney V-ATPase state 1 提交 2024-06-27	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 30 PDB 声明：30-meric	链 U 1–470（470 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.46 Å
9CFC Cryo-EM structure of human kidney V-ATPase state 2 提交 2024-06-27	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 30 PDB 声明：30-meric	链 U 1–470（470 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.47 Å

共 8 个其他 PDB 条目、8 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	VAS1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 o； PDB构建体 1–470； UniProt 1–470

Renin receptor

物种未注明

UniProt O75787

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 17 PDB 声明：17-meric（17）与蛋白拷贝数一致	链 p； UniProt 1–350	未记录	V-type proton ATPase subunit e 1 × 1 （O15342） Ribonuclease kappa × 1 （Q6P5S7） V-type proton ATPase subunit S1 × 1 （Q15904） V-type proton ATPase 21 kDa proteolipid subunit × 1 （Q99437） V-type proton ATPase 16 kDa proteolipid subunit × 9 （P27449） V-type proton ATPase subunit d 1 × 1 （P61421） V-type proton ATPase 116 kDa subunit a 4 × 1 （Q9HBG4） Anti V-ATPase Nanobody 2CAS66 × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8 CLR CHOLESTEROL × 1 POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 3 A1A4Q Cladoniamide A × 9 WJP methyl (3R,6Z,10E,14E)-3,7,11,15,19-pentamethylicosa-6,10,14,18-tetraen-1-yl dihydrogen diphosphate × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.2；20 mM Tris, 150 mM NaCl, 0.5 mM EDTA, 2 mM DTT, pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.00 Å

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 9DET	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
3LBS Crystal structure of the cytoplasmic tail of (pro)renin receptor as a MBP fusion (Maltose-bound form) 提交 2010-01-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 332–349（18 aa）片段：Maltose-binding periplasmic protein, residues 29-390, Renin receptor, residues 332-350 链 B 332–349（18 aa）片段：Maltose-binding periplasmic protein, residues 29-390, Renin receptor, residues 332-350	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 6.5；293 K；28% PEG4000, 0.2M Magnesium Chloride, 0.1 M Cacodylate, pH 6.5, EVAPORATION, temperature 293K	分辨率 2.15 Å R-free 0.278
3LC8 Crystal structure of the cytoplasmic tail of (pro)renin receptor as a MBP fusion (Maltose-free form) 提交 2010-01-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 332–349（18 aa）片段：Maltose-binding periplasmic protein, residues 29-390, Renin receptor, residues 332-350 链 B 332–349（18 aa）片段：Maltose-binding periplasmic protein, residues 29-390, Renin receptor, residues 332-350	未记录	PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 2 GOL GLYCEROL × 3 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 8.5；293 K；20% PEG 4000, 0.2M Magnesium Chloride, 0.1M Tris, pH 8.5, EVAPORATION, temperature 293K	分辨率 2.00 Å R-free 0.257
6WLW The Vo region of human V-ATPase in state 1 (focused refinement) 提交 2020-04-20	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric	链 V 1–350（350 aa）	未记录	WSS tri(methyl)-[2-[[(2~{R})-2-[(~{Z})-octadec-9-enoyl]oxy-3-[(~{E})-1-oxidanylideneoctadec-9-enoxy]propoxy]-oxidanyl-phosphoryl]oxyethyl]azanium × 10 PTY PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE × 13 WJS (2~{S})-2-$l^{4}-azanyl-3-[[(2~{R})-3-octadecanoyloxy-2-oxidanyl-propoxy]-oxidanyl-oxidanylidene-$l^{6}-phosphanyl]oxy-propanoic acid × 1 CLR CHOLESTEROL × 4 PSF 1,2-DICAPROYL-SN-PHOSPHATIDYL-L-SERINE × 1 WJP methyl (3R,6Z,10E,14E)-3,7,11,15,19-pentamethylicosa-6,10,14,18-tetraen-1-yl dihydrogen diphosphate × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.00 Å
6WM2 Human V-ATPase in state 1 with SidK and ADP 提交 2020-04-20	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 35 PDB 声明：35-meric	链 V 1–350（350 aa）	未记录	CLR CHOLESTEROL × 4 PSF 1,2-DICAPROYL-SN-PHOSPHATIDYL-L-SERINE × 1 PTY PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE × 13 WSS tri(methyl)-[2-[[(2~{R})-2-[(~{Z})-octadec-9-enoyl]oxy-3-[(~{E})-1-oxidanylideneoctadec-9-enoxy]propoxy]-oxidanyl-phosphoryl]oxyethyl]azanium × 10 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 WJP methyl (3R,6Z,10E,14E)-3,7,11,15,19-pentamethylicosa-6,10,14,18-tetraen-1-yl dihydrogen diphosphate × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 WJS (2~{S})-2-$l^{4}-azanyl-3-[[(2~{R})-3-octadecanoyloxy-2-oxidanyl-propoxy]-oxidanyl-oxidanylidene-$l^{6}-phosphanyl]oxy-propanoic acid × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.10 Å
6WM3 Human V-ATPase in state 2 with SidK and ADP 提交 2020-04-20	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 35 PDB 声明：35-meric	链 V 1–350（350 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å
6WM4 Human V-ATPase in state 3 with SidK and ADP 提交 2020-04-20	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 35 PDB 声明：35-meric	链 V 1–350（350 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.60 Å
7U4T Human V-ATPase in state 2 with SidK and mEAK-7 提交 2022-03-01	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 36 PDB 声明：36-meric	链 V 1–350（350 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.60 Å
9CF8 Cryo-EM structure of human kidney V-ATPase state 1 提交 2024-06-27	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 30 PDB 声明：30-meric	链 V 1–350（350 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.46 Å
9CFC Cryo-EM structure of human kidney V-ATPase state 2 提交 2024-06-27	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 30 PDB 声明：30-meric	链 V 1–350（350 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.47 Å

共 9 个其他 PDB 条目、9 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RENR_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 p； PDB构建体 1–350； UniProt 1–350

V-type proton ATPase 21 kDa proteolipid subunit

物种未注明

UniProt Q99437

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 17 PDB 声明：17-meric（17）与蛋白拷贝数一致	链 b； UniProt 1–205	未记录	V-type proton ATPase subunit e 1 × 1 （O15342） Ribonuclease kappa × 1 （Q6P5S7） V-type proton ATPase subunit S1 × 1 （Q15904） Renin receptor × 1 （O75787） V-type proton ATPase 16 kDa proteolipid subunit × 9 （P27449） V-type proton ATPase subunit d 1 × 1 （P61421） V-type proton ATPase 116 kDa subunit a 4 × 1 （Q9HBG4） Anti V-ATPase Nanobody 2CAS66 × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8 CLR CHOLESTEROL × 1 POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 3 A1A4Q Cladoniamide A × 9 WJP methyl (3R,6Z,10E,14E)-3,7,11,15,19-pentamethylicosa-6,10,14,18-tetraen-1-yl dihydrogen diphosphate × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.2；20 mM Tris, 150 mM NaCl, 0.5 mM EDTA, 2 mM DTT, pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.00 Å

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 9DET	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
6WLW The Vo region of human V-ATPase in state 1 (focused refinement) 提交 2020-04-20	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric	链 0 1–205（205 aa）	未记录	WSS tri(methyl)-[2-[[(2~{R})-2-[(~{Z})-octadec-9-enoyl]oxy-3-[(~{E})-1-oxidanylideneoctadec-9-enoxy]propoxy]-oxidanyl-phosphoryl]oxyethyl]azanium × 10 PTY PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE × 13 WJS (2~{S})-2-$l^{4}-azanyl-3-[[(2~{R})-3-octadecanoyloxy-2-oxidanyl-propoxy]-oxidanyl-oxidanylidene-$l^{6}-phosphanyl]oxy-propanoic acid × 1 CLR CHOLESTEROL × 4 PSF 1,2-DICAPROYL-SN-PHOSPHATIDYL-L-SERINE × 1 WJP methyl (3R,6Z,10E,14E)-3,7,11,15,19-pentamethylicosa-6,10,14,18-tetraen-1-yl dihydrogen diphosphate × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.00 Å
6WM2 Human V-ATPase in state 1 with SidK and ADP 提交 2020-04-20	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 35 PDB 声明：35-meric	链 0 1–205（205 aa）	未记录	CLR CHOLESTEROL × 4 PSF 1,2-DICAPROYL-SN-PHOSPHATIDYL-L-SERINE × 1 PTY PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE × 13 WSS tri(methyl)-[2-[[(2~{R})-2-[(~{Z})-octadec-9-enoyl]oxy-3-[(~{E})-1-oxidanylideneoctadec-9-enoxy]propoxy]-oxidanyl-phosphoryl]oxyethyl]azanium × 10 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 WJP methyl (3R,6Z,10E,14E)-3,7,11,15,19-pentamethylicosa-6,10,14,18-tetraen-1-yl dihydrogen diphosphate × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 WJS (2~{S})-2-$l^{4}-azanyl-3-[[(2~{R})-3-octadecanoyloxy-2-oxidanyl-propoxy]-oxidanyl-oxidanylidene-$l^{6}-phosphanyl]oxy-propanoic acid × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.10 Å
6WM3 Human V-ATPase in state 2 with SidK and ADP 提交 2020-04-20	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 35 PDB 声明：35-meric	链 0 1–205（205 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å
6WM4 Human V-ATPase in state 3 with SidK and ADP 提交 2020-04-20	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 35 PDB 声明：35-meric	链 0 1–205（205 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.60 Å
7U4T Human V-ATPase in state 2 with SidK and mEAK-7 提交 2022-03-01	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 36 PDB 声明：36-meric	链 0 1–205（205 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.60 Å
7UNF CryoEM structure of a mEAK7 bound human V-ATPase complex 提交 2022-04-10	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 33 PDB 声明：33-meric	链 1 1–205（205 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 9	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.08 Å
9CF8 Cryo-EM structure of human kidney V-ATPase state 1 提交 2024-06-27	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 30 PDB 声明：30-meric	链 0 1–205（205 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.46 Å
9CFC Cryo-EM structure of human kidney V-ATPase state 2 提交 2024-06-27	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 30 PDB 声明：30-meric	链 0 1–205（205 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.47 Å

共 8 个其他 PDB 条目、8 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	VATO_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 b； PDB构建体 1–205； UniProt 1–205

V-type proton ATPase 16 kDa proteolipid subunit

物种未注明

UniProt P27449

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 17 PDB 声明：17-meric（17）与蛋白拷贝数一致	链 c； UniProt 1–155 链 g； UniProt 1–155 链 h； UniProt 1–155 链 i； UniProt 1–155 链 j； UniProt 1–155 链 k； UniProt 1–155 链 l； UniProt 1–155 链 m； UniProt 1–155 链 n； UniProt 1–155	未记录	V-type proton ATPase subunit e 1 × 1 （O15342） Ribonuclease kappa × 1 （Q6P5S7） V-type proton ATPase subunit S1 × 1 （Q15904） Renin receptor × 1 （O75787） V-type proton ATPase 21 kDa proteolipid subunit × 1 （Q99437） V-type proton ATPase subunit d 1 × 1 （P61421） V-type proton ATPase 116 kDa subunit a 4 × 1 （Q9HBG4） Anti V-ATPase Nanobody 2CAS66 × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8 CLR CHOLESTEROL × 1 POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 3 A1A4Q Cladoniamide A × 9 WJP methyl (3R,6Z,10E,14E)-3,7,11,15,19-pentamethylicosa-6,10,14,18-tetraen-1-yl dihydrogen diphosphate × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.2；20 mM Tris, 150 mM NaCl, 0.5 mM EDTA, 2 mM DTT, pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.00 Å

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 9DET	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
6WLW The Vo region of human V-ATPase in state 1 (focused refinement) 提交 2020-04-20	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric	链 1 1–155（155 aa）链 2 1–155（155 aa）链 3 1–155（155 aa）链 4 1–155（155 aa）链 5 1–155（155 aa）链 6 1–155（155 aa）链 7 1–155（155 aa）链 8 1–155（155 aa）链 9 1–155（155 aa）	未记录	WSS tri(methyl)-[2-[[(2~{R})-2-[(~{Z})-octadec-9-enoyl]oxy-3-[(~{E})-1-oxidanylideneoctadec-9-enoxy]propoxy]-oxidanyl-phosphoryl]oxyethyl]azanium × 10 PTY PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE × 13 WJS (2~{S})-2-$l^{4}-azanyl-3-[[(2~{R})-3-octadecanoyloxy-2-oxidanyl-propoxy]-oxidanyl-oxidanylidene-$l^{6}-phosphanyl]oxy-propanoic acid × 1 CLR CHOLESTEROL × 4 PSF 1,2-DICAPROYL-SN-PHOSPHATIDYL-L-SERINE × 1 WJP methyl (3R,6Z,10E,14E)-3,7,11,15,19-pentamethylicosa-6,10,14,18-tetraen-1-yl dihydrogen diphosphate × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.00 Å
6WM2 Human V-ATPase in state 1 with SidK and ADP 提交 2020-04-20	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 35 PDB 声明：35-meric	链 1 1–155（155 aa）链 2 1–155（155 aa）链 3 1–155（155 aa）链 4 1–155（155 aa）链 5 1–155（155 aa）链 6 1–155（155 aa）链 7 1–155（155 aa）链 8 1–155（155 aa）链 9 1–155（155 aa）	未记录	CLR CHOLESTEROL × 4 PSF 1,2-DICAPROYL-SN-PHOSPHATIDYL-L-SERINE × 1 PTY PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE × 13 WSS tri(methyl)-[2-[[(2~{R})-2-[(~{Z})-octadec-9-enoyl]oxy-3-[(~{E})-1-oxidanylideneoctadec-9-enoxy]propoxy]-oxidanyl-phosphoryl]oxyethyl]azanium × 10 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 WJP methyl (3R,6Z,10E,14E)-3,7,11,15,19-pentamethylicosa-6,10,14,18-tetraen-1-yl dihydrogen diphosphate × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 WJS (2~{S})-2-$l^{4}-azanyl-3-[[(2~{R})-3-octadecanoyloxy-2-oxidanyl-propoxy]-oxidanyl-oxidanylidene-$l^{6}-phosphanyl]oxy-propanoic acid × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.10 Å
6WM3 Human V-ATPase in state 2 with SidK and ADP 提交 2020-04-20	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 35 PDB 声明：35-meric	链 1 1–155（155 aa）链 2 1–155（155 aa）链 3 1–155（155 aa）链 4 1–155（155 aa）链 5 1–155（155 aa）链 6 1–155（155 aa）链 7 1–155（155 aa）链 8 1–155（155 aa）链 9 1–155（155 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å
6WM4 Human V-ATPase in state 3 with SidK and ADP 提交 2020-04-20	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 35 PDB 声明：35-meric	链 1 1–155（155 aa）链 2 1–155（155 aa）链 3 1–155（155 aa）链 4 1–155（155 aa）链 5 1–155（155 aa）链 6 1–155（155 aa）链 7 1–155（155 aa）链 8 1–155（155 aa）链 9 1–155（155 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.60 Å
7U4T Human V-ATPase in state 2 with SidK and mEAK-7 提交 2022-03-01	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 36 PDB 声明：36-meric	链 1 1–155（155 aa）链 2 1–155（155 aa）链 3 1–155（155 aa）链 4 1–155（155 aa）链 5 1–155（155 aa）链 6 1–155（155 aa）链 7 1–155（155 aa）链 8 1–155（155 aa）链 9 1–155（155 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.60 Å
7UNF CryoEM structure of a mEAK7 bound human V-ATPase complex 提交 2022-04-10	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 33 PDB 声明：33-meric	链 0 1–155（155 aa）链 2 1–155（155 aa）链 3 1–155（155 aa）链 4 1–155（155 aa）链 5 1–155（155 aa）链 6 1–155（155 aa）链 7 1–155（155 aa）链 8 1–155（155 aa）链 9 1–155（155 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 9	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.08 Å
9CF8 Cryo-EM structure of human kidney V-ATPase state 1 提交 2024-06-27	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 30 PDB 声明：30-meric	链 1 1–155（155 aa）链 2 1–155（155 aa）链 3 1–155（155 aa）链 4 1–155（155 aa）链 5 1–155（155 aa）链 6 1–155（155 aa）链 7 1–155（155 aa）链 8 1–155（155 aa）链 9 1–155（155 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.46 Å
9CFC Cryo-EM structure of human kidney V-ATPase state 2 提交 2024-06-27	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 30 PDB 声明：30-meric	链 1 1–155（155 aa）链 2 1–155（155 aa）链 3 1–155（155 aa）链 4 1–155（155 aa）链 5 1–155（155 aa）链 6 1–155（155 aa）链 7 1–155（155 aa）链 8 1–155（155 aa）链 9 1–155（155 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.47 Å

共 8 个其他 PDB 条目、8 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	VATL_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	6
链与序列区间	作者链 c； PDB构建体 1–155； UniProt 1–155 作者链 g； PDB构建体 1–155； UniProt 1–155 作者链 h； PDB构建体 1–155； UniProt 1–155 作者链 i； PDB构建体 1–155； UniProt 1–155 作者链 j； PDB构建体 1–155； UniProt 1–155 作者链 k； PDB构建体 1–155； UniProt 1–155 作者链 l； PDB构建体 1–155； UniProt 1–155 作者链 m； PDB构建体 1–155； UniProt 1–155 作者链 n； PDB构建体 1–155； UniProt 1–155

V-type proton ATPase subunit d 1

物种未注明

UniProt P61421

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 17 PDB 声明：17-meric（17）与蛋白拷贝数一致	链 d； UniProt 1–351	未记录	V-type proton ATPase subunit e 1 × 1 （O15342） Ribonuclease kappa × 1 （Q6P5S7） V-type proton ATPase subunit S1 × 1 （Q15904） Renin receptor × 1 （O75787） V-type proton ATPase 21 kDa proteolipid subunit × 1 （Q99437） V-type proton ATPase 16 kDa proteolipid subunit × 9 （P27449） V-type proton ATPase 116 kDa subunit a 4 × 1 （Q9HBG4） Anti V-ATPase Nanobody 2CAS66 × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8 CLR CHOLESTEROL × 1 POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 3 A1A4Q Cladoniamide A × 9 WJP methyl (3R,6Z,10E,14E)-3,7,11,15,19-pentamethylicosa-6,10,14,18-tetraen-1-yl dihydrogen diphosphate × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.2；20 mM Tris, 150 mM NaCl, 0.5 mM EDTA, 2 mM DTT, pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.00 Å

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 9DET	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
6WLW The Vo region of human V-ATPase in state 1 (focused refinement) 提交 2020-04-20	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric	链 Q 1–351（351 aa）	未记录	WSS tri(methyl)-[2-[[(2~{R})-2-[(~{Z})-octadec-9-enoyl]oxy-3-[(~{E})-1-oxidanylideneoctadec-9-enoxy]propoxy]-oxidanyl-phosphoryl]oxyethyl]azanium × 10 PTY PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE × 13 WJS (2~{S})-2-$l^{4}-azanyl-3-[[(2~{R})-3-octadecanoyloxy-2-oxidanyl-propoxy]-oxidanyl-oxidanylidene-$l^{6}-phosphanyl]oxy-propanoic acid × 1 CLR CHOLESTEROL × 4 PSF 1,2-DICAPROYL-SN-PHOSPHATIDYL-L-SERINE × 1 WJP methyl (3R,6Z,10E,14E)-3,7,11,15,19-pentamethylicosa-6,10,14,18-tetraen-1-yl dihydrogen diphosphate × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.00 Å
6WM2 Human V-ATPase in state 1 with SidK and ADP 提交 2020-04-20	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 35 PDB 声明：35-meric	链 Q 1–351（351 aa）	未记录	CLR CHOLESTEROL × 4 PSF 1,2-DICAPROYL-SN-PHOSPHATIDYL-L-SERINE × 1 PTY PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE × 13 WSS tri(methyl)-[2-[[(2~{R})-2-[(~{Z})-octadec-9-enoyl]oxy-3-[(~{E})-1-oxidanylideneoctadec-9-enoxy]propoxy]-oxidanyl-phosphoryl]oxyethyl]azanium × 10 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 WJP methyl (3R,6Z,10E,14E)-3,7,11,15,19-pentamethylicosa-6,10,14,18-tetraen-1-yl dihydrogen diphosphate × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 WJS (2~{S})-2-$l^{4}-azanyl-3-[[(2~{R})-3-octadecanoyloxy-2-oxidanyl-propoxy]-oxidanyl-oxidanylidene-$l^{6}-phosphanyl]oxy-propanoic acid × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.10 Å
6WM3 Human V-ATPase in state 2 with SidK and ADP 提交 2020-04-20	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 35 PDB 声明：35-meric	链 Q 1–351（351 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å
6WM4 Human V-ATPase in state 3 with SidK and ADP 提交 2020-04-20	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 35 PDB 声明：35-meric	链 Q 1–351（351 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.60 Å
7U4T Human V-ATPase in state 2 with SidK and mEAK-7 提交 2022-03-01	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 36 PDB 声明：36-meric	链 Q 1–351（351 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.60 Å
7UNF CryoEM structure of a mEAK7 bound human V-ATPase complex 提交 2022-04-10	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 33 PDB 声明：33-meric	链 k 1–351（351 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 9	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.08 Å
9CF8 Cryo-EM structure of human kidney V-ATPase state 1 提交 2024-06-27	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 30 PDB 声明：30-meric	链 Q 1–351（351 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.46 Å
9CFC Cryo-EM structure of human kidney V-ATPase state 2 提交 2024-06-27	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 30 PDB 声明：30-meric	链 Q 1–351（351 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.47 Å

共 8 个其他 PDB 条目、8 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	VA0D1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	7
链与序列区间	作者链 d； PDB构建体 1–351； UniProt 1–351

V-type proton ATPase 116 kDa subunit a 4

Homo sapiens

UniProt Q9HBG4

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 17 PDB 声明：17-meric（17）与蛋白拷贝数一致	链 a； UniProt 1–840	未记录	V-type proton ATPase subunit e 1 × 1 （O15342） Ribonuclease kappa × 1 （Q6P5S7） V-type proton ATPase subunit S1 × 1 （Q15904） Renin receptor × 1 （O75787） V-type proton ATPase 21 kDa proteolipid subunit × 1 （Q99437） V-type proton ATPase 16 kDa proteolipid subunit × 9 （P27449） V-type proton ATPase subunit d 1 × 1 （P61421） Anti V-ATPase Nanobody 2CAS66 × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8 CLR CHOLESTEROL × 1 POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 3 A1A4Q Cladoniamide A × 9 WJP methyl (3R,6Z,10E,14E)-3,7,11,15,19-pentamethylicosa-6,10,14,18-tetraen-1-yl dihydrogen diphosphate × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.2；20 mM Tris, 150 mM NaCl, 0.5 mM EDTA, 2 mM DTT, pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.00 Å

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 9DET	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
7UNF CryoEM structure of a mEAK7 bound human V-ATPase complex 提交 2022-04-10	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 33 PDB 声明：33-meric	链 a 1–840（840 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 9	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.08 Å

共 1 个其他 PDB 条目、1 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	VPP4_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	8
链与序列区间	作者链 a； PDB构建体 1–840； UniProt 1–840

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9det
沉积日期 deposition_date	2024-08-29
结构标题 title	Human V-ATPase Vo subcomplex (containing subunit isoform a4) bound to nanobody and inhibitor
关键词 keywords	V-ATPase, lipid nanodisc, Vo subcomplex, inhibitor, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	47.61 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	46.51 Å
零角强度 I(0) i0	1552310000.00
分子量 molecular_weight	356500.0 kDa
排除体积 excluded_volume	457520 Å³
包络体积 envelope_volume	628080 Å³
水化壳体积 shell_volume	107660 Å³
包络直径 envelope_diameter	172.2 Å
壳层 Rg shell_rg	54.94 Å
包络 Rg envelope_rg	45.60 Å
形状 Rg shape_rg	46.39 Å
总 Rg total_rg	47.29 Å
总原子数 total_atoms	50652
残基数 n_residues	3209
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	159.6 Å
Rg (实空间) rg_real	47.35 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.17 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.5520e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.6110e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	47.61 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1553000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6361
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	58.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.227
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.256
角度范围 angular_range	— – 0.1650 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	155100000.0000
实空间数据点数 n_real_points	34
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.776; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.006; Positv: 1.000; Valcen: 0.968; Smooth: 0.952

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (14)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	V-type proton ATPase subunit e 1
分子量 formula_weight	9380.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	e
原子数 atom_count	50652

MAYHGLTVPLIVMSVFWGFVGFLVPWFIPKGPNRGVIITMLVTCSVCCYLFWLIAILAQLNPLFGPQLKNETIWYLKYHWP

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Ribonuclease kappa
分子量 formula_weight	15435.2 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.-.-
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	f

MGWLRPGPRPLCPPARASWAFSHRFPSPLAPRRSPTPFFMASLLCCGPKLAACGIVLSAWGVIMLIMLGIFFNVHSAVLIEDVPFTEKDFENGPQNIYNLYEQVSYNCFIAAGLYLLLGGFSFCQVRLNKRKEYMVR

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	V-type proton ATPase subunit S1
分子量 formula_weight	52067.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	o

MMAAMATARVRMGPRCAQALWRMPWLPVFLSLAAAAAAAAAEQQVPLVLWSSDRDLWAPAADTHEGHITSDLQLSTYLDPALELGPRNVLLFLQDKLSIEDFTAYGGVFGNKQDSAFSNLENALDLAPSSLVLPAVDWYAVSTLTTYLQEKLGASPLHVDLATLRELKLNASLPALLLIRLPYTASSGLMAPREVLTGNDEVIGQVLSTLKSEDVPYTAALTAVRPSRVARDVAVVAGGLGRQLLQKQPVSPVIHPPVSYNDTAPRILFWAQNFSVAYKDQWEDLTPLTFGVQELNLTGSFWNDSFARLSLTYERLFGTTVTFKFILANRLYPVSARHWFTMERLEVHSNGSVAYFNASQVTGPSIYSFHCEYVSSLSKKGSLLVARTQPSPWQMMLQDFQIQAFNVMGEQFSYASDCASFFSPGIWMGLLTSLFMLFIFTYGLHMILSLKTMDRFDDHKGPTISLTQIV

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Renin receptor
分子量 formula_weight	39045.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	p

MAVFVVLLALVAGVLGNEFSILKSPGSVVFRNGNWPIPGERIPDVAALSMGFSVKEDLSWPGLAVGNLFHRPRATVMVMVKGVNKLALPPGSVISYPLENAVPFSLDSVANSIHSLFSEETPVVLQLAPSEERVYMVGKANSVFEDLSVTLRQLRNRLFQENSVLSSLPLNSLSRNNEVDLLFLSELQVLHDISSLLSRHKHLAKDHSPDLYSLELAGLDEIGKRYGEDSEQFRDASKILVDALQKFADDMYSLYGGNAVVELVTVKSFDTSLIRKTRTILEAKQAKNPASPYNLAYKYNFEYSVVFNMVLWIMIALALAVIITSYNIWNMDPGYDSIIYRMTNQKIRMD

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	V-type proton ATPase 21 kDa proteolipid subunit
分子量 formula_weight	21418.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	b

MTGLALLYSGVFVAFWACALAVGVCYTIFDLGFRFDVAWFLTETSPFMWSNLGIGLAISLSVVGAAWGIYITGSSIIGGGVKAPRIKTKNLVSIIFCEAVAIYGIIMAIVISNMAEPFSATDPKAIGHRNYHAGYSMFGAGLTVGLSNLFCGVCVGIVGSGAALADAQNPSLFVKILIVEIFGSAIGLFGVIVAILQTSRVKMGD

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	V-type proton ATPase 16 kDa proteolipid subunit
分子量 formula_weight	15743.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	9

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	c,g,h,i,j,k,l,m,n

MSESKSGPEYASFFAVMGASAAMVFSALGAAYGTAKSGTGIAAMSVMRPEQIMKSIIPVVMAGIIAIYGLVVAVLIANSLNDDISLYKSFLQLGAGLSVGLSGLAAGFAIGIVGDAGVRGTAQQPRLFVGMILILIFAEVLGLYGLIVALILSTK

实体 7 Entity 7 polymer

描述 description	V-type proton ATPase subunit d 1
分子量 formula_weight	40369.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	d

MSFFPELYFNVDNGYLEGLVRGLKAGVLSQADYLNLVQCETLEDLKLHLQSTDYGNFLANEASPLTVSVIDDRLKEKMVVEFRHMRNHAYEPLASFLDFITYSYMIDNVILLITGTLHQRSIAELVPKCHPLGSFEQMEAVNIAQTPAELYNAILVDTPLAAFFQDCISEQDLDEMNIEIIRNTLYKAYLESFYKFCTLLGGTTADAMCPILEFEADRRAFIITINSFGTELSKEDRAKLFPHCGRLYPEGLAQLARADDYEQVKNVADYYPEYKLLFEGAGSNPGDKTLEDRFFEHEVKLNKLAFLNQFHFGVFYAFVKLKEQECRNIVWIAECIAQRHRAKIDNYIPIF

实体 8 Entity 8 polymer

描述 description	V-type proton ATPase 116 kDa subunit a 4
分子量 formula_weight	99168.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	a

MVSVFRSEEMCLSQLFLQVEAAYCCVAELGELGLVQFKDLNMNVNSFQRKFVNEVRRCESLERILRFLEDEMQNEIVVQLLEKSPLTPLPREMITLETVLEKLEGELQEANQNQQALKQSFLELTELKYLLKKTQDFFETETNLADDFFTEDTSGLLELKAVPAYMTGKLGFIAGVINRERMASFERLLWRICRGNVYLKFSEMDAPLEDPVTKEEIQKNIFIIFYQGEQLRQKIKKICDGFRATVYPCPEPAVERREMLESVNVRLEDLITVITQTESHRQRLLQEAAANWHSWLIKVQKMKAVYHILNMCNIDVTQQCVIAEIWFPVADATRIKRALEQGMELSGSSMAPIMTTVQSKTAPPTFNRTNKFTAGFQNIVDAYGVGSYREINPAPYTIITFPFLFAVMFGDCGHGTVMLLAALWMILNERRLLSQKTDNEIWNTFFHGRYLILLMGIFSIYTGLIYNDCFSKSLNIFGSSWSVQPMFRNGTWNTHVMEESLYLQLDPAIPGVYFGNPYPFGIDPIWNLASNKLTFLNSYKMKMSVILGIVQMVFGVILSLFNHIYFRRTLNIILQFIPEMIFILCLFGYLVFMIIFKWCCFDVHVSQHAPSILIHFINMFLFNYSDSSNAPLYKHQQEVQSFFVVMALISVPWMLLIKPFILRASHRKSQLQASRIQEDATENIEGDSSSPSSRSGQRTSADTHGALDDHGEEFNFGDVFVHQAIHTIEYCLGCISNTASYLRLWALSLAHAQLSEVLWTMVMNSGLQTRGWGGIVGVFIIFAVFAVLTVAILLIMEGLSAFLHALRLHWVEFQNKFYVGDGYKFSPFSFKHILDGTAEEGDLDYKDDDDKLDYKDDDDKADL

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 9 Entity 9 polymer

描述 description	Anti V-ATPase Nanobody 2CAS66
分子量 formula_weight	15142.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	q

MGQVQLQESGGGLVQAGGSLRLSCAGSGRTFTYHTMGWFRQAPGKEREFVASINWSDTRLYYTDSVKGRFTISRDNAKSTVYLQMNSLKPEDTAVYYCVATAMTTGATMTVDNVDYWGQGTQVTVSSAAALEVLFQGPK

来源 Source

来源生物 organism	Lama glama
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9844
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 10 Entity 10 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

实体 11 Entity 11 non-polymer

描述 description	CHOLESTEROL
分子量 formula_weight	386.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 12 Entity 12 non-polymer

描述 description	(2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate
分子量 formula_weight	760.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 13 Entity 13 non-polymer

描述 description	Cladoniamide A
分子量 formula_weight	437.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	9

实体 14 Entity 14 non-polymer

描述 description	methyl (3R,6Z,10E,14E)-3,7,11,15,19-pentamethylicosa-6,10,14,18-tetraen-1-yl dihydrogen diphosphate
分子量 formula_weight	534.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.00 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	144439

fit	/app/data/saxs_computation/de/9det/9det.fit
pddf	/app/data/pr_computation/de/9det/9det.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/de/9det/9det.dat

Human V-ATPase Vo subcomplex (containing subunit isoform a4) bound to nanobody and inhibitor

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

V-type proton ATPase subunit e 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Ribonuclease kappa

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

V-type proton ATPase subunit S1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Renin receptor

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

V-type proton ATPase 21 kDa proteolipid subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

V-type proton ATPase 16 kDa proteolipid subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

V-type proton ATPase subunit d 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

V-type proton ATPase 116 kDa subunit a 4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (14)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

实体 6 Entity 6 polymer

聚合物 Polymer

实体 7 Entity 7 polymer

聚合物 Polymer

实体 8 Entity 8 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 9 Entity 9 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 10 Entity 10 non-polymer

实体 11 Entity 11 non-polymer

实体 12 Entity 12 non-polymer

实体 13 Entity 13 non-polymer

实体 14 Entity 14 non-polymer

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)