9dex

Crystal structure of human peroxiredoxin 1 in complex with inhibitor WF-097

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 69.5 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9dex
沉积日期 deposition_date	2024-08-29
结构标题 title	Crystal structure of human peroxiredoxin 1 in complex with inhibitor WF-097
关键词 keywords	human peroxiredoxin 1, OXIDOREDUCTASE, covalent inhibitor complex; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	21.05 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	20.34 Å
零角强度 I(0) i0	47508300.00
分子量 molecular_weight	36176.0 kDa
排除体积 excluded_volume	35159 Å³
包络体积 envelope_volume	55644 Å³
水化壳体积 shell_volume	22691 Å³
包络直径 envelope_diameter	72.9 Å
壳层 Rg shell_rg	27.21 Å
包络 Rg envelope_rg	20.71 Å
形状 Rg shape_rg	20.32 Å
总 Rg total_rg	21.01 Å
总原子数 total_atoms	2741
残基数 n_residues	333
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	69.5 Å
Rg (实空间) rg_real	21.01 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.49 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.7510e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	6.4290e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	21.02 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	47510000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8004
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	68.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.373
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.173
角度范围 angular_range	— – 0.3800 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	10510000.0000
实空间数据点数 n_real_points	70
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.801; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.000

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	Peroxiredoxin-1
分子量 formula_weight	21960.0 kDa
EC 编号 ec_number	1.11.1.24
突变 mutation	C71S, C83S, C173S
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	2943

SSGNAKIGHPAPNFKATAVMPDGQFKDISLSDYKGKYVVFFFYPLDFTFVCPTEIIAFSDRAEEFKKLNSQVIGASVDSHFSHLAWVNTPKKQGGLGPMNIPLVSDPKRTIAQDYGVLKADEGISFRGLFIIDDKGILRQITVNDLPVGRSVDETLRLVQAFQFTDKHGEVSPAGWKPGSDTIKPDVQKSKEYFSKQK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	17

Entity 3 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 4 non-polymer

描述 description	DI(HYDROXYETHYL)ETHER
分子量 formula_weight	106.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 5 non-polymer

描述 description	methyl N-(2-{[(2M)-2-(pyridin-3-yl)-1,3-thiazole-4-carbonyl]amino}prop-2-enoyl)-D-alaninate
分子量 formula_weight	360.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	199

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	67.315 Å
晶胞边长 b length_b	78.799 Å
晶胞边长 c length_c	83.071 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.300 Å
最低分辨率 resolution_low	41.570 Å
R 因子 r_factor	0.1633
R_work r_work	0.1619
R_free r_free	0.1924

fit	/app/data/saxs_computation/de/9dex/9dex.fit
pddf	/app/data/pr_computation/de/9dex/9dex.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/de/9dex/9dex.dat