9djl

T4 Lysozyme D127H/V131H co-crystallized with Cu(II)-NTA

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 59.5 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9djl
沉积日期 deposition_date	2024-09-06
结构标题 title	T4 Lysozyme D127H/V131H co-crystallized with Cu(II)-NTA
关键词 keywords	Hydrolase (O-Glycosyl), double histidine mutation, dHis-Cu(II)-NTA motif, lysozyme, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	17.76 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	16.62 Å
零角强度 I(0) i0	7184440.00
分子量 molecular_weight	19103.0 kDa
排除体积 excluded_volume	23738 Å³
包络体积 envelope_volume	27142 Å³
水化壳体积 shell_volume	14258 Å³
包络直径 envelope_diameter	59.7 Å
壳层 Rg shell_rg	21.90 Å
包络 Rg envelope_rg	16.74 Å
形状 Rg shape_rg	16.55 Å
总 Rg total_rg	17.71 Å
总原子数 total_atoms	1329
残基数 n_residues	162
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	59.5 Å
Rg (实空间) rg_real	17.76 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.45 Å
I(0) (实空间) i0_real	7.1840e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	8.5120e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal	17.76 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	7184000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7958
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	20.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.377
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.233
角度范围 angular_range	— – 0.4500 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	1386000.0000
实空间数据点数 n_real_points	76
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.793; Stabil: 0.998; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.969; Smooth: 0.000

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (8)

Entity 1 polymer

描述 description	Endolysin
分子量 formula_weight	18690.4 kDa
EC 编号 ec_number	3.2.1.17
突变 mutation	C54T, C97A, D127H, V131H
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	1656

MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWHEAAHNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL

来源 Source

来源生物 organism	Tequatrovirus T4
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10665
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 3 non-polymer

描述 description	POTASSIUM ION
分子量 formula_weight	39.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 4 non-polymer

描述 description	PHOSPHATE ION
分子量 formula_weight	95.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 non-polymer

描述 description	COPPER (II) ION
分子量 formula_weight	63.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 6 non-polymer

描述 description	NITRILOTRIACETIC ACID
分子量 formula_weight	191.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 7 non-polymer

描述 description	HEXANE-1,6-DIOL
分子量 formula_weight	118.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 8 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	265

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	60.055 Å
晶胞边长 b length_b	60.055 Å
晶胞边长 c length_c	96.032 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	6

空间群 space_group	P 32 2 1
空间群编号 int_tables_number	154
晶系 crystal_system	trigonal

分辨率 resolution	1.180 Å
最低分辨率 resolution_low	28.660 Å
R 因子 r_factor	0.1547
R_work r_work	0.1541
R_free r_free	0.1741

fit	/app/data/saxs_computation/dj/9djl/9djl.fit
pddf	/app/data/pr_computation/dj/9djl/9djl.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/dj/9djl/9djl.dat