SAXSdb — 9dkz

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Bone marrow proteoglycan

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 107–222	未记录	无其他共同聚合物	ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY cryo-EM缓冲液：pH 7；secretory granule matrix cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE；Blot time of 6~8 sec, single-side back blotting	分辨率 3.20 Å R-free 0.311

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 9DKZ	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1H8U Crystal Structure of the Eosinophil Major Basic Protein at 1.8A: An Atypical Lectin with a Paradigm Shift in Specificity 提交 2001-02-15	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 106–222（117 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 5 GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6；100MM MALONIC ACID PH6, 140MM POTTASIUM DIHYDROGEN PHOSPHATE., pH 6.00	分辨率 1.80 Å R-free 0.264
1H8U Crystal Structure of the Eosinophil Major Basic Protein at 1.8A: An Atypical Lectin with a Paradigm Shift in Specificity 提交 2001-02-15	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 106–222（117 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6；100MM MALONIC ACID PH6, 140MM POTTASIUM DIHYDROGEN PHOSPHATE., pH 6.00	分辨率 1.80 Å R-free 0.264
2BRS EMBP Heparin complex 提交 2005-05-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 106–222（117 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 5	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.20 Å R-free 0.291
2BRS EMBP Heparin complex 提交 2005-05-11	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 106–222（117 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.20 Å R-free 0.291
4QXX Structure of the amyloid forming peptide GNLVS (residues 26-30) from the eosinophil major basic protein (EMBP) 提交 2014-07-22	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 Z 131–135（5 aa）片段：GNLVS peptide (UNP residues 131-135)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.2；291 K；2 M ammonium sulfate, 0.1 M phosphate/citrate, pH 4.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 1.45 Å R-free 0.192
7Y5N Structure of 1:1 PAPP-A.ProMBP complex(half map) 提交 2022-06-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–222（222 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 10 ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 7	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.45 Å
8HGG Structure of 2:2 PAPP-A.ProMBP complex 提交 2022-11-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–222（222 aa）链 B 1–222（222 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.64 Å
9PPV In situ MicroED structure of human eosinophil major basic protein-1 提交 2025-07-22	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 106–222（117 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 1	ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.00 Å R-free 0.313
9PPV In situ MicroED structure of human eosinophil major basic protein-1 提交 2025-07-22	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 106–222（117 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 1	ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.00 Å R-free 0.313
9PSE In situ MicroED structure of IL-5 activated human eosinophil major basic protein-1 提交 2025-07-25	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 107–222（116 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 1	ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY cryo-EM缓冲液 pH 7.4；Harvested from human donor peripheral blood and rested in 1640 RPMI medium supplemented with 0.1% human serum albumin (HSA) cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.18 Å R-free 0.320
9PSE In situ MicroED structure of IL-5 activated human eosinophil major basic protein-1 提交 2025-07-25	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 107–222（116 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 1	ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY cryo-EM缓冲液 pH 7.4；Harvested from human donor peripheral blood and rested in 1640 RPMI medium supplemented with 0.1% human serum albumin (HSA) cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.18 Å R-free 0.320
9PSK In situ MicroED structure of IL-33 activated human eosinophil major basic protein-1 提交 2025-07-25	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 106–222（117 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY cryo-EM缓冲液 pH 7.4；Harvested eosinophiles resting in 1640 RPMI medium (Sigma-Aldrich) supplemented with 0.1% human serum albumin (HSA) (Sigma-Aldrich) cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.18 Å R-free 0.340
9PSK In situ MicroED structure of IL-33 activated human eosinophil major basic protein-1 提交 2025-07-25	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 106–222（117 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 1	ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY cryo-EM缓冲液 pH 7.4；Harvested eosinophiles resting in 1640 RPMI medium (Sigma-Aldrich) supplemented with 0.1% human serum albumin (HSA) (Sigma-Aldrich) cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.18 Å R-free 0.340

共 8 个其他 PDB 条目、13 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PRG2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–116； UniProt 107–222

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9dkz
沉积日期 deposition_date	2024-09-10
结构标题 title	In situ microED structure of the Eosinophil major basic protein-1
关键词 keywords	Effector, Nanocrystal, In-situ, Intracellular, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	15.13 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	13.51 Å
零角强度 I(0) i0	4174830.00
分子量 molecular_weight	13689.0 kDa
排除体积 excluded_volume	16841 Å³
包络体积 envelope_volume	19172 Å³
水化壳体积 shell_volume	11966 Å³
包络直径 envelope_diameter	51.1 Å
壳层 Rg shell_rg	19.51 Å
包络 Rg envelope_rg	14.06 Å
形状 Rg shape_rg	13.44 Å
总 Rg total_rg	14.93 Å
总原子数 total_atoms	1889
残基数 n_residues	116
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	50.7 Å
Rg (实空间) rg_real	15.03 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.30 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.1750e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.9830e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal	15.04 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	4175000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8597
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	20.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.186
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.185
角度范围 angular_range	— – 0.5000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	1219000.0000
实空间数据点数 n_real_points	80
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.729; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.986

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	31.240 Å
晶胞边长 b length_b	57.870 Å
晶胞边长 c length_c	59.060 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 2 21 21
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	orthorhombic

分辨率 resolution	3.200 Å
最低分辨率 resolution_low	28.930 Å
R 因子 r_factor	0.2727
R_work r_work	0.2679
R_free r_free	0.3110

分辨率 resolution	3.20 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	—

描述 description	Bone marrow proteoglycan
分子量 formula_weight	13694.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

In situ microED structure of the Eosinophil major basic protein-1

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Bone marrow proteoglycan

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 water

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	1890

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

fit	/app/data/saxs_computation/dk/9dkz/9dkz.fit
pddf	/app/data/pr_computation/dk/9dkz/9dkz.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/dk/9dkz/9dkz.dat