9dlz

Bovine Arp2/3 complex with N-WASP CA bound to Arp3

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 146.3 Å Quality: EXCELLENT

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Actin-related protein 3

物种未注明

UniProt P61157

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 9 PDB 声明:nonameric(9) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 3–413 未记录 Actin-related protein 2 × 1 (A7MB62) Actin-related protein 2/3 complex subunit 1A × 1 (Q1JP79) Actin-related protein 2/3 complex subunit 2 × 1 (Q3MHR7) Actin-related protein 2/3 complex subunit 3 × 1 (Q3T035) Actin-related protein 2/3 complex subunit 4 × 1 (Q148J6) Actin-related protein 2/3 complex subunit 5 × 1 (Q3SYX9) WASP like actin nucleation promoting factor × 2 (A0A7J7WN29) ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.40 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 28 个其他 PDB 条目、31 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 ARP3_BOVIN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–411; UniProt 3–413

Actin-related protein 2

物种未注明

UniProt A7MB62

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 9 PDB 声明:nonameric(9) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 1–390 未记录 Actin-related protein 3 × 1 (P61157) Actin-related protein 2/3 complex subunit 1A × 1 (Q1JP79) Actin-related protein 2/3 complex subunit 2 × 1 (Q3MHR7) Actin-related protein 2/3 complex subunit 3 × 1 (Q3T035) Actin-related protein 2/3 complex subunit 4 × 1 (Q148J6) Actin-related protein 2/3 complex subunit 5 × 1 (Q3SYX9) WASP like actin nucleation promoting factor × 2 (A0A7J7WN29) ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.40 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 26 个其他 PDB 条目、28 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 ARP2_BOVIN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–390; UniProt 1–390

Actin-related protein 2/3 complex subunit 1A

物种未注明

UniProt Q1JP79

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 9 PDB 声明:nonameric(9) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 1–370 未记录 Actin-related protein 3 × 1 (P61157) Actin-related protein 2 × 1 (A7MB62) Actin-related protein 2/3 complex subunit 2 × 1 (Q3MHR7) Actin-related protein 2/3 complex subunit 3 × 1 (Q3T035) Actin-related protein 2/3 complex subunit 4 × 1 (Q148J6) Actin-related protein 2/3 complex subunit 5 × 1 (Q3SYX9) WASP like actin nucleation promoting factor × 2 (A0A7J7WN29) ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.40 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 4 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 ARC1A_BOVIN
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 1–370; UniProt 1–370

Actin-related protein 2/3 complex subunit 2

物种未注明

UniProt Q3MHR7

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 9 PDB 声明:nonameric(9) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 1–285 未记录 Actin-related protein 3 × 1 (P61157) Actin-related protein 2 × 1 (A7MB62) Actin-related protein 2/3 complex subunit 1A × 1 (Q1JP79) Actin-related protein 2/3 complex subunit 3 × 1 (Q3T035) Actin-related protein 2/3 complex subunit 4 × 1 (Q148J6) Actin-related protein 2/3 complex subunit 5 × 1 (Q3SYX9) WASP like actin nucleation promoting factor × 2 (A0A7J7WN29) ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.40 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 26 个其他 PDB 条目、28 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 ARPC2_BOVIN
Isoform
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 D; PDB构建体 1–285; UniProt 1–285

Actin-related protein 2/3 complex subunit 3

物种未注明

UniProt Q3T035

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 9 PDB 声明:nonameric(9) 与蛋白拷贝数一致 链 E; UniProt 2–176 未记录 Actin-related protein 3 × 1 (P61157) Actin-related protein 2 × 1 (A7MB62) Actin-related protein 2/3 complex subunit 1A × 1 (Q1JP79) Actin-related protein 2/3 complex subunit 2 × 1 (Q3MHR7) Actin-related protein 2/3 complex subunit 4 × 1 (Q148J6) Actin-related protein 2/3 complex subunit 5 × 1 (Q3SYX9) WASP like actin nucleation promoting factor × 2 (A0A7J7WN29) ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.40 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 26 个其他 PDB 条目、28 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 ARPC3_BOVIN
Isoform
PDB实体 5
链与序列区间 作者链 E; PDB构建体 1–175; UniProt 2–176

Actin-related protein 2/3 complex subunit 4

物种未注明

UniProt Q148J6

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 9 PDB 声明:nonameric(9) 与蛋白拷贝数一致 链 F; UniProt 2–168 未记录 Actin-related protein 3 × 1 (P61157) Actin-related protein 2 × 1 (A7MB62) Actin-related protein 2/3 complex subunit 1A × 1 (Q1JP79) Actin-related protein 2/3 complex subunit 2 × 1 (Q3MHR7) Actin-related protein 2/3 complex subunit 3 × 1 (Q3T035) Actin-related protein 2/3 complex subunit 5 × 1 (Q3SYX9) WASP like actin nucleation promoting factor × 2 (A0A7J7WN29) ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.40 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 26 个其他 PDB 条目、28 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 ARPC4_BOVIN
Isoform
PDB实体 6
链与序列区间 作者链 F; PDB构建体 1–167; UniProt 2–168

Actin-related protein 2/3 complex subunit 5

物种未注明

UniProt Q3SYX9

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 9 PDB 声明:nonameric(9) 与蛋白拷贝数一致 链 G; UniProt 7–151 未记录 Actin-related protein 3 × 1 (P61157) Actin-related protein 2 × 1 (A7MB62) Actin-related protein 2/3 complex subunit 1A × 1 (Q1JP79) Actin-related protein 2/3 complex subunit 2 × 1 (Q3MHR7) Actin-related protein 2/3 complex subunit 3 × 1 (Q3T035) Actin-related protein 2/3 complex subunit 4 × 1 (Q148J6) WASP like actin nucleation promoting factor × 2 (A0A7J7WN29) ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.40 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 24 个其他 PDB 条目、26 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 ARPC5_BOVIN
Isoform
PDB实体 7
链与序列区间 作者链 G; PDB构建体 1–145; UniProt 7–151

WASP like actin nucleation promoting factor

Homo sapiens

UniProt A0A7J7WN29

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 9 PDB 声明:nonameric(9) 与蛋白拷贝数一致 链 H; UniProt 500–540 链 I; UniProt 500–540 未记录 Actin-related protein 3 × 1 (P61157) Actin-related protein 2 × 1 (A7MB62) Actin-related protein 2/3 complex subunit 1A × 1 (Q1JP79) Actin-related protein 2/3 complex subunit 2 × 1 (Q3MHR7) Actin-related protein 2/3 complex subunit 3 × 1 (Q3T035) Actin-related protein 2/3 complex subunit 4 × 1 (Q148J6) Actin-related protein 2/3 complex subunit 5 × 1 (Q3SYX9) ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.40 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

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UniProt名称 A0A7J7WN29_PIPKU
Isoform
PDB实体 8
链与序列区间 作者链 H; PDB构建体 1–41; UniProt 500–540 作者链 I; PDB构建体 1–41; UniProt 500–540

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9dlz

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9dlz
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id9dlz
沉积日期 deposition_date2024-09-11
结构标题 titleBovine Arp2/3 complex with N-WASP CA bound to Arp3
关键词 keywordsactin, arp 2-3 complex, N-WASP, nucleation promoting factor, STRUCTURAL PROTEIN; STRUCTURAL PROTEIN
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier45.86
回转半径 Rg (电子) rg_electron45.25
零角强度 I(0) i0700820000.00
分子量 molecular_weight219650.0 kDa
排除体积 excluded_volume275290 ų
包络体积 envelope_volume396420 ų
水化壳体积 shell_volume72006 ų
包络直径 envelope_diameter145.7
壳层 Rg shell_rg50.73
包络 Rg envelope_rg44.46
形状 Rg shape_rg45.25
总 Rg total_rg45.48
总原子数 total_atoms15455
残基数 n_residues1927
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax146.3
Rg (实空间) rg_real45.69
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.15
I(0) (实空间) i0_real7.0080e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.2040e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal45.86
I(0) (倒空间) i0_reciprocal701000000.0000
解质量估计 total_estimate0.9022
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary56.0
偏度 Skewness skewness0.122
峰度 Kurtosis kurtosis-0.697
角度范围 angular_range— – 0.1700 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha110900000.0000
实空间数据点数 n_real_points35
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.944; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.997; Smooth: 0.894

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (10)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)