9dp1

APE1 N174A Substrate Complex with Abasic DNA

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 107.8 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9dp1
沉积日期 deposition_date	2024-09-20
结构标题 title	APE1 N174A Substrate Complex with Abasic DNA
关键词 keywords	APE1, APEX1, Endonuclease, DNA Repair, HYDROLASE-DNA complex; HYDROLASE/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	30.67 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	29.56 Å
零角强度 I(0) i0	99934000.00
分子量 molecular_weight	71693.0 kDa
排除体积 excluded_volume	86426 Å³
包络体积 envelope_volume	109570 Å³
水化壳体积 shell_volume	31914 Å³
包络直径 envelope_diameter	117.0 Å
壳层 Rg shell_rg	35.42 Å
包络 Rg envelope_rg	29.80 Å
形状 Rg shape_rg	29.50 Å
总 Rg total_rg	30.20 Å
总原子数 total_atoms	5006
残基数 n_residues	571
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	107.8 Å
Rg (实空间) rg_real	30.85 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.08 Å
I(0) (实空间) i0_real	9.9930e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.7600e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	30.78 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	99930000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8489
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	31.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.492
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.158
角度范围 angular_range	— – 0.2600 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	13010000.0000
实空间数据点数 n_real_points	53
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.779; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.812; Smooth: 0.883

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	DNA repair nuclease/redox regulator APEX1, mitochondrial
分子量 formula_weight	31113.5 kDa
突变 mutation	tr1-42, C138A, N174A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	5277

ALYEDPPDQKTSPSGKPATLKICSWNVDGLRAWIKKKGLDWVKEEAPDILCLQETKCSENKLPAELQELPGLSHQYWSAPSDKEGYSGVGLLSRQAPLKVSYGIGDEEHDQEGRVIVAEFDSFVLVTAYVPAAGRGLVRLEYRQRWDEAFRKFLKGLASRKPLVLCGDLNVAHEEIDLRNPKGNKKNAGFTPQERQGFGELLQAVPLADSFRHLYPNTPYAYTFWTYMMNARSKNVGWRLDYFLLSHSLLPALCDSKIRSKALGSDHCPITLYLAL

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(PGPCPTPGPAPTPGPCPGPCP(3DR)PCPGPAPCPGPGPAPTPCP*C)-3') ;
分子量 formula_weight	6316.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	D

GCTGATGCGCNCGACGGATCC

Entity 3 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(GPGPAPTPCPCPGPTPCPGPGPGPCPGPCPAPTPCPAPGP*C)-3') ;
分子量 formula_weight	6465.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	E

GGATCCGTCGGGCGCATCAGC

Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	271

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	43.943 Å
晶胞边长 b length_b	60.498 Å
晶胞边长 c length_c	73.075 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	81.81 °
晶胞夹角 β angle_beta	75.60 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	88.73 °
晶胞分子数 Z z_pdb	2

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.290 Å
最低分辨率 resolution_low	25.060 Å
R 因子 r_factor	0.2312
R_work r_work	0.2298
R_free r_free	0.2506

fit	/app/data/saxs_computation/dp/9dp1/9dp1.fit
pddf	/app/data/pr_computation/dp/9dp1/9dp1.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/dp/9dp1/9dp1.dat

APE1 N174A Substrate Complex with Abasic DNA

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)