SAXSdb — 9dp4

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9dp4
沉积日期 deposition_date	2024-09-20
结构标题 title	APE1 N174Q Product Complex with Abasic DNA
关键词 keywords	APE1, APEX1, Endonuclease, DNA Repair, HYDROLASE-DNA complex; HYDROLASE/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	36.54 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	34.07 Å
零角强度 I(0) i0	169621000.00
分子量 molecular_weight	87896.0 kDa
排除体积 excluded_volume	102790 Å³
包络体积 envelope_volume	137760 Å³
水化壳体积 shell_volume	35577 Å³
包络直径 envelope_diameter	133.1 Å
壳层 Rg shell_rg	38.23 Å
包络 Rg envelope_rg	34.47 Å
形状 Rg shape_rg	33.90 Å
总 Rg total_rg	34.76 Å
总原子数 total_atoms	6111
残基数 n_residues	634
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	128.8 Å
Rg (实空间) rg_real	36.85 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.48 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.6960e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.1010e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	36.66 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	169600000.0000
解质量估计 total_estimate	0.5917
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	29.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.449
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.457
角度范围 angular_range	— – 0.2150 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	14100000.0000
实空间数据点数 n_real_points	44
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.700; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.048; Positv: 1.000; Valcen: 0.546; Smooth: 0.898

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

描述 description	DNA repair nuclease/redox regulator APEX1
分子量 formula_weight	31170.5 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.11.2,3.1.21.-
突变 mutation	tr1-42, C138A, N174Q
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	6371

ALYEDPPDQKTSPSGKPATLKICSWNVDGLRAWIKKKGLDWVKEEAPDILCLQETKCSENKLPAELQELPGLSHQYWSAPSDKEGYSGVGLLSRQAPLKVSYGIGDEEHDQEGRVIVAEFDSFVLVTAYVPQAGRGLVRLEYRQRWDEAFRKFLKGLASRKPLVLCGDLNVAHEEIDLRNPKGNKKNAGFTPQERQGFGELLQAVPLADSFRHLYPNTPYAYTFWTYMMNARSKNVGWRLDYFLLSHSLLPALCDSKIRSKALGSDHCPITLYLAL

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(P(3DR)PCPGPAPCPGPGPAPTPCP*C)-3') ;
分子量 formula_weight	3210.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	D,G

NCGACGGATCC

Entity 3 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(GPCPTPGPAPTPGPCPGPC)-3') ;
分子量 formula_weight	3061.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	E,H

GCTGATGCGC

Entity 4 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(GPGPAPTPCPCPGPTPCPGPGPGPCPGPCPAPTPCPAPGP*C)-3') ;
分子量 formula_weight	6465.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	F,I

GGATCCGTCGGGCGCATCAGC

Entity 5 non-polymer

描述 description	DI(HYDROXYETHYL)ETHER
分子量 formula_weight	106.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 6 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	249

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	153.423 Å
晶胞边长 b length_b	153.423 Å
晶胞边长 c length_c	45.373 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 43
空间群编号 int_tables_number	78
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.250 Å
最低分辨率 resolution_low	48.520 Å
R 因子 r_factor	0.2208
R_work r_work	0.2152
R_free r_free	0.2485

fit	/app/data/saxs_computation/dp/9dp4/9dp4.fit
pddf	/app/data/pr_computation/dp/9dp4/9dp4.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/dp/9dp4/9dp4.dat

APE1 N174Q Product Complex with Abasic DNA

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

Entity 5 non-polymer

Entity 6 non-polymer

Entity 7 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)