Growth/differentiation factor 2
Homo sapiens
当前结构中的状态
| Assembly | 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与共同组分 | 实验方法与环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 | 链 A; UniProt 320–429 | 突变:A321S, G389S | CL CHLORIDE ION × 10 NA SODIUM ION × 2 GOL GLYCEROL × 4 | X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 4;293 K;1M NaCl, 0.1M Acetic Acid pH 4, 27% Glycerol | 分辨率 2.10 Å R-free 0.224 |
数据库中的同蛋白其他状态
以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。
| 其他 PDB | 相对当前条目 9DPU | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法与环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1ZKZ Crystal Structure of BMP9 提交 2005-05-04 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体;蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric |
链 A
320–429(110 aa)
片段:Growth/differentiation factor 2, residues 320-429
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.5;296 K;1-1.2 M Sodium Chloride, 7-10 mM Hexadecyltrimethylammonium Bromide 10 mM Magnesium Chloride, pH 7.5, temperature 296K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
|
分辨率 2.33 Å R-free 0.272 |
| 4FAO Specificity and Structure of a high affinity Activin-like 1 (ALK1) signaling complex 提交 2012-05-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric |
链 A
320–429(110 aa)
链 B
320–429(110 aa)
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 NA SODIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 6.5;293 K;20% PEG 3350, 0.2 M sodium malonate, 0.1 M Bis-Tris propane, pH 6.5, vapor diffusion, temperature 293K
|
分辨率 3.36 Å R-free 0.261 |
| 4FAO Specificity and Structure of a high affinity Activin-like 1 (ALK1) signaling complex 提交 2012-05-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric |
链 G
320–429(110 aa)
链 H
320–429(110 aa)
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 NA SODIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 6.5;293 K;20% PEG 3350, 0.2 M sodium malonate, 0.1 M Bis-Tris propane, pH 6.5, vapor diffusion, temperature 293K
|
分辨率 3.36 Å R-free 0.261 |
| 4FAO Specificity and Structure of a high affinity Activin-like 1 (ALK1) signaling complex 提交 2012-05-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric |
链 M
320–429(110 aa)
链 N
320–429(110 aa)
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 NA SODIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 6.5;293 K;20% PEG 3350, 0.2 M sodium malonate, 0.1 M Bis-Tris propane, pH 6.5, vapor diffusion, temperature 293K
|
分辨率 3.36 Å R-free 0.261 |
| 4FAO Specificity and Structure of a high affinity Activin-like 1 (ALK1) signaling complex 提交 2012-05-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric |
链 S
320–429(110 aa)
链 T
320–429(110 aa)
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 NA SODIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 6.5;293 K;20% PEG 3350, 0.2 M sodium malonate, 0.1 M Bis-Tris propane, pH 6.5, vapor diffusion, temperature 293K
|
分辨率 3.36 Å R-free 0.261 |
| 4FAO Specificity and Structure of a high affinity Activin-like 1 (ALK1) signaling complex 提交 2012-05-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 5 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric |
链 a
320–429(110 aa)
链 b
320–429(110 aa)
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 NA SODIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 6.5;293 K;20% PEG 3350, 0.2 M sodium malonate, 0.1 M Bis-Tris propane, pH 6.5, vapor diffusion, temperature 293K
|
分辨率 3.36 Å R-free 0.261 |
| 4FAO Specificity and Structure of a high affinity Activin-like 1 (ALK1) signaling complex 提交 2012-05-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 6 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric |
链 g
320–429(110 aa)
链 h
320–429(110 aa)
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 NA SODIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 6.5;293 K;20% PEG 3350, 0.2 M sodium malonate, 0.1 M Bis-Tris propane, pH 6.5, vapor diffusion, temperature 293K
|
分辨率 3.36 Å R-free 0.261 |
| 4MPL Crystal structure of BMP9 at 1.90 Angstrom 提交 2013-09-13 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体;蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric |
链 A
321–429(109 aa)
片段:UNP residues 321-429
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.4;298 K;0.12M magnesium nitrate, 12% PEG3350, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.224 |
| 4YCG Pro-bone morphogenetic protein 9 提交 2015-02-20 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物;蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric |
链 C
320–429(110 aa)
链 D
320–429(110 aa)
|
未记录 | ZN ZINC ION × 10 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 5.8;277 K;0.15 M zinc acetate, 0.1 M sodium cacodylate pH 5.8, 4% isopropanol, 0.15 M nondetergent sulfobetaine (NDSB-211)
|
分辨率 3.30 Å R-free 0.230 |
| 4YCI non-latent pro-bone morphogenetic protein 9 提交 2015-02-20 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物;蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric |
链 C
320–429(110 aa)
链 D
320–429(110 aa)
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 ZN ZINC ION × 10 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 5.8;277 K;0.15 M zinc acetate, 0.1 M sodium cacodylate pH 5.8, 4% isopropanol, 0.15 M nondetergent sulfobetaine (NDSB-211)
|
分辨率 3.25 Å R-free 0.260 |
| 5HZW Crystal structure of the orphan region of human endoglin/CD105 in complex with BMP9 提交 2016-02-03 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 信息不足 异源复合物;蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric |
链 B
320–429(110 aa)
片段:UNP residues 320-429
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7;293 K;1.1 M AMMONIUM TARTRATE
|
分辨率 4.45 Å R-free 0.318 |
| 5I05 Crystal structure of human BMP9 at 1.87 A resolution 提交 2016-02-03 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体;蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric |
链 A
320–429(110 aa)
片段:UNP residues 320-429
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 4 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 3.5;293 K;1.0 M LiCl, 4% (v/v) PEG6000, 0.1 M NA-CITRATE
|
分辨率 1.87 Å R-free 0.233 |
| 6SF2 Ternary complex of human bone morphogenetic protein 9 (BMP9) growth factor domain, its prodomain and extracellular domain of activin receptor-like kinase 1 (ALK1). 提交 2019-07-31 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric |
链 B
320–429(110 aa)
链 C
23–319(297 aa)
链 E
320–429(110 aa)
链 F
23–319(297 aa)
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;295 K;0.14 M potassium sodium tartrate, 14% PEG 3350
|
分辨率 3.30 Å R-free 0.274 |
| 9DPM BMP-9 Monomer Growth Factor with Cysteinylation 提交 2024-09-22 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric |
链 A
320–429(110 aa)
|
突变:A321S | CYS CYSTEINE × 1 NA SODIUM ION × 3 CL CHLORIDE ION × 3 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7;289.15 K;0.9 M sodium chloride, 133 mM HEPES, 166 mM MES
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.242 |
| 9DPN BMP-9 Wild-Type Dimer Without Radiation Damage in Neutral pH 提交 2024-09-23 | 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体;蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric |
链 A
320–429(110 aa)
|
突变:A321S | GOL GLYCEROL × 2 CL CHLORIDE ION × 10 NA SODIUM ION × 8 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.5;289.15 K;1M NaCl, 17% Glycerol, 0.1 M HEPEs pH 7.5
|
分辨率 2.24 Å R-free 0.206 |
| 9DPO BMP-9 Wild-Type Dimer With Radiation Damage in Neutral pH 提交 2024-09-23 | 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体;蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric |
链 A
320–429(110 aa)
|
突变:A321S | CL CHLORIDE ION × 10 NA SODIUM ION × 8 GOL GLYCEROL × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.5;289.15 K;1M NaCl, 17% Glycerol, 0.1 M HEPEs pH 7.5
|
分辨率 2.34 Å R-free 0.245 |
| 9DPP BMP-9 Wild-Type Dimer in Acidic pH 提交 2024-09-23 | 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体;蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric |
链 A
320–429(110 aa)
|
突变:A321S | GOL GLYCEROL × 4 CL CHLORIDE ION × 18 NA SODIUM ION × 10 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 3.5;289.15 K;1M NaCl, 3.5% PEG8K, 0.3M Citrate pH 3.5
|
分辨率 2.12 Å R-free 0.258 |
| 9DPQ BMP-9 Wild-Type Dimer without Radiation Damage in Acidic pH 提交 2024-09-23 | 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体;蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric |
链 A
320–429(110 aa)
|
突变:A321S | GOL GLYCEROL × 4 CL CHLORIDE ION × 20 NA SODIUM ION × 12 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 3.5;289.15 K;1M NaCl, 3.5% PEG8K, 0.3M Sodium Citrate pH 3.5
|
分辨率 2.35 Å R-free 0.249 |
| 9DPR BMP-9 Wild-Type Dimer with Radiation Damage in Acidic pH 提交 2024-09-23 | 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体;蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric |
链 A
320–429(110 aa)
|
突变:A321S | GOL GLYCEROL × 2 CL CHLORIDE ION × 20 NA SODIUM ION × 6 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 3.5;289.15 K;1M NaCl, 3.5% PEG8K, 0.3M Sodium Citrate pH 3.5
|
分辨率 2.61 Å R-free 0.266 |
| 9DPS BMP-9 G389S Dimer Without Radiation Damage in Neutral pH 提交 2024-09-23 | 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体;蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric |
链 A
320–429(110 aa)
|
突变:A321S, G389S | CL CHLORIDE ION × 12 NA SODIUM ION × 8 GOL GLYCEROL × 4 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.5;289.15 K;1M NaCl, 22-26% glycerol, 0.1 M HEPES pH 7.5
|
分辨率 2.06 Å R-free 0.249 |
| 9DPT BMP-9 G389S Dimer With Radiation Damage in Neutral pH 提交 2024-09-23 | 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体;蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric |
链 A
320–429(110 aa)
|
突变:A321S, G389S | CL CHLORIDE ION × 10 NA SODIUM ION × 8 GOL GLYCEROL × 4 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.5;289.15 K;1M NaCl, 22-26% glycerol, 0.1 M HEPEs pH 7.5
|
分辨率 2.49 Å R-free 0.279 |
| 9DPV BMP-9 K357R G389S Dimer Without Radiation Damage in Neutral pH 提交 2024-09-23 | 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体;蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric |
链 A
320–429(110 aa)
|
突变:A321S, K357R, G389S | GOL GLYCEROL × 2 CL CHLORIDE ION × 10 NA SODIUM ION × 8 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.5;289.15 K;1M NaCl, 22-26% glycerol, 0.1 M HEPES pH 7.5
|
分辨率 1.99 Å R-free 0.265 |
| 9DPW BMP-9 K357R G389S Dimer With Radiation Damage in Neutral pH 提交 2024-09-23 | 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体;蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric |
链 A
320–429(110 aa)
|
突变:A321S, K357R, G389S | GOL GLYCEROL × 4 CL CHLORIDE ION × 18 NA SODIUM ION × 6 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.5;289.15 K;1M NaCl, 22-26% glycerol, 0.1 M HEPES pH 7.5
|
分辨率 2.71 Å R-free 0.299 |
| 9DPX BMP-9 G389S K357R Dimer in Acidic pH 提交 2024-09-23 | 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体;蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric |
链 A
320–429(110 aa)
|
突变:A321S, K357R, G389S | GOL GLYCEROL × 4 CL CHLORIDE ION × 12 NA SODIUM ION × 6 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 4;293 K;1M NaCl , 0.1M Acetic Acid pH 4, 32% Glycerol
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.268 |
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| UniProt名称 | GDF2_HUMAN |
| Isoform | — |
| PDB实体 | 1 |
| 链与序列区间 | 作者链 A; PDB构建体 1–110; UniProt 320–429 |