SAXSdb — 9e2u

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA damage-binding protein 1

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Protein cereblon × 1 （Q96SW2） Zinc finger protein Helios × 1 ;3-[3-[[1-[(3~{S})-2,6-bis(oxidanylidene)piperidin-3-yl]-2,5-bis(oxidanylidene)pyrrol-3-yl]amino]phenyl]-~{N}-(3-chloranyl-4-methyl-phenyl)propanamide ; × 1 ZINC ION × 4	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Protein cereblon × 1 （Q96SW2） Zinc finger protein Helios × 1 ;3-[3-[[1-[(3~{S})-2,6-bis(oxidanylidene)piperidin-3-yl]-2,5-bis(oxidanylidene)pyrrol-3-yl]amino]phenyl]-~{N}-(3-chloranyl-4-methyl-phenyl)propanamide ; × 1 ZINC ION × 4	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Protein cereblon × 1 （Q96SW2） Zinc finger protein Helios × 1 ;3-[3-[[1-[(3~{S})-2,6-bis(oxidanylidene)piperidin-3-yl]-2,5-bis(oxidanylidene)pyrrol-3-yl]amino]phenyl]-~{N}-(3-chloranyl-4-methyl-phenyl)propanamide ; × 1 ZINC ION × 3	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Protein cereblon × 1 （Q96SW2） Zinc finger protein Helios × 1 ;3-[3-[[1-[(3~{S})-2,6-bis(oxidanylidene)piperidin-3-yl]-2,5-bis(oxidanylidene)pyrrol-3-yl]amino]phenyl]-~{N}-(3-chloranyl-4-methyl-phenyl)propanamide ; × 1 ZINC ION × 4	与蛋白数一致
5	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Protein cereblon × 1 （Q96SW2） Zinc finger protein Helios × 1 ;3-[3-[[1-[(3~{S})-2,6-bis(oxidanylidene)piperidin-3-yl]-2,5-bis(oxidanylidene)pyrrol-3-yl]amino]phenyl]-~{N}-(3-chloranyl-4-methyl-phenyl)propanamide ; × 1 ZINC ION × 3	与蛋白数一致
6	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Protein cereblon × 1 （Q96SW2） Zinc finger protein Helios × 1 ;3-[3-[[1-[(3~{S})-2,6-bis(oxidanylidene)piperidin-3-yl]-2,5-bis(oxidanylidene)pyrrol-3-yl]amino]phenyl]-~{N}-(3-chloranyl-4-methyl-phenyl)propanamide ; × 1 ZINC ION × 3	与蛋白数一致
7	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Protein cereblon × 1 （Q96SW2） Zinc finger protein Helios × 1 ;3-[3-[[1-[(3~{S})-2,6-bis(oxidanylidene)piperidin-3-yl]-2,5-bis(oxidanylidene)pyrrol-3-yl]amino]phenyl]-~{N}-(3-chloranyl-4-methyl-phenyl)propanamide ; × 1 ZINC ION × 4	与蛋白数一致
8	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Protein cereblon × 1 （Q96SW2） Zinc finger protein Helios × 1 ;3-[3-[[1-[(3~{S})-2,6-bis(oxidanylidene)piperidin-3-yl]-2,5-bis(oxidanylidene)pyrrol-3-yl]amino]phenyl]-~{N}-(3-chloranyl-4-methyl-phenyl)propanamide ; × 1 ZINC ION × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	DDB1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 29–423； UniProt 1–395 作者链 A； PDB构建体 430–864； UniProt 706–1140 作者链 C； PDB构建体 29–423； UniProt 1–395 作者链 C； PDB构建体 430–864； UniProt 706–1140 作者链 E； PDB构建体 29–423； UniProt 1–395 作者链 E； PDB构建体 430–864； UniProt 706–1140 作者链 G； PDB构建体 29–423； UniProt 1–395 作者链 G； PDB构建体 430–864； UniProt 706–1140 作者链 I； PDB构建体 29–423； UniProt 1–395 作者链 I； PDB构建体 430–864； UniProt 706–1140 作者链 K； PDB构建体 29–423； UniProt 1–395 作者链 K； PDB构建体 430–864； UniProt 706–1140 作者链 M； PDB构建体 29–423； UniProt 1–395 作者链 M； PDB构建体 430–864； UniProt 706–1140 作者链 O； PDB构建体 29–423； UniProt 1–395 作者链 O； PDB构建体 430–864； UniProt 706–1140

Protein cereblon

Homo sapiens

UniProt Q96SW2

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	DNA damage-binding protein 1 × 1 （Q16531） Zinc finger protein Helios × 1 ;3-[3-[[1-[(3~{S})-2,6-bis(oxidanylidene)piperidin-3-yl]-2,5-bis(oxidanylidene)pyrrol-3-yl]amino]phenyl]-~{N}-(3-chloranyl-4-methyl-phenyl)propanamide ; × 1 ZINC ION × 4	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	DNA damage-binding protein 1 × 1 （Q16531） Zinc finger protein Helios × 1 ;3-[3-[[1-[(3~{S})-2,6-bis(oxidanylidene)piperidin-3-yl]-2,5-bis(oxidanylidene)pyrrol-3-yl]amino]phenyl]-~{N}-(3-chloranyl-4-methyl-phenyl)propanamide ; × 1 ZINC ION × 4	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	DNA damage-binding protein 1 × 1 （Q16531） Zinc finger protein Helios × 1 ;3-[3-[[1-[(3~{S})-2,6-bis(oxidanylidene)piperidin-3-yl]-2,5-bis(oxidanylidene)pyrrol-3-yl]amino]phenyl]-~{N}-(3-chloranyl-4-methyl-phenyl)propanamide ; × 1 ZINC ION × 3	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	DNA damage-binding protein 1 × 1 （Q16531） Zinc finger protein Helios × 1 ;3-[3-[[1-[(3~{S})-2,6-bis(oxidanylidene)piperidin-3-yl]-2,5-bis(oxidanylidene)pyrrol-3-yl]amino]phenyl]-~{N}-(3-chloranyl-4-methyl-phenyl)propanamide ; × 1 ZINC ION × 4	与蛋白数一致
5	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	DNA damage-binding protein 1 × 1 （Q16531） Zinc finger protein Helios × 1 ;3-[3-[[1-[(3~{S})-2,6-bis(oxidanylidene)piperidin-3-yl]-2,5-bis(oxidanylidene)pyrrol-3-yl]amino]phenyl]-~{N}-(3-chloranyl-4-methyl-phenyl)propanamide ; × 1 ZINC ION × 3	与蛋白数一致
6	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	DNA damage-binding protein 1 × 1 （Q16531） Zinc finger protein Helios × 1 ;3-[3-[[1-[(3~{S})-2,6-bis(oxidanylidene)piperidin-3-yl]-2,5-bis(oxidanylidene)pyrrol-3-yl]amino]phenyl]-~{N}-(3-chloranyl-4-methyl-phenyl)propanamide ; × 1 ZINC ION × 3	与蛋白数一致
7	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	DNA damage-binding protein 1 × 1 （Q16531） Zinc finger protein Helios × 1 ;3-[3-[[1-[(3~{S})-2,6-bis(oxidanylidene)piperidin-3-yl]-2,5-bis(oxidanylidene)pyrrol-3-yl]amino]phenyl]-~{N}-(3-chloranyl-4-methyl-phenyl)propanamide ; × 1 ZINC ION × 4	与蛋白数一致
8	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	DNA damage-binding protein 1 × 1 （Q16531） Zinc finger protein Helios × 1 ;3-[3-[[1-[(3~{S})-2,6-bis(oxidanylidene)piperidin-3-yl]-2,5-bis(oxidanylidene)pyrrol-3-yl]amino]phenyl]-~{N}-(3-chloranyl-4-methyl-phenyl)propanamide ; × 1 ZINC ION × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CRBN_HUMAN
Isoform	Q96SW2-2
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 23–463； UniProt 1–441 作者链 D； PDB构建体 23–463； UniProt 1–441 作者链 F； PDB构建体 23–463； UniProt 1–441 作者链 H； PDB构建体 23–463； UniProt 1–441 作者链 J； PDB构建体 23–463； UniProt 1–441 作者链 L； PDB构建体 23–463； UniProt 1–441 作者链 N； PDB构建体 23–463； UniProt 1–441 作者链 P； PDB构建体 23–463； UniProt 1–441

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9e2u
沉积日期 deposition_date	2024-10-23
最后修订 last_revision	2025-09-03
结构标题 title	Crystal structure of DDB1-CRBN-ALV1 complex bound to triple ZnF of Helios (IKZF2 ZF1-3)
关键词 keywords	CRBN, DDB1, IKZF2, ALV1, DEGRADATION, E3 LIGASE, LIGASE, MOLECULAR GLUE; LIGASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

9e2u__assembly_6__model_1

Assembly 6 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

9e2u__assembly_6__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

9e2u__assembly_6__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	35.90 Å
Rg（电子密度）	35.05 Å
总 Rg	35.67 Å
原子数	10107
残基数	1276
排除体积	179940 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`9e2u__assembly_1__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`9e2u__assembly_2__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`9e2u__assembly_3__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`9e2u__assembly_4__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
5	1	`9e2u__assembly_5__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
6	1	`9e2u__assembly_6__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
7	1	`9e2u__assembly_7__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
8	1	`9e2u__assembly_8__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	DNA damage-binding protein 1
分子量 formula_weight	96425.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	8

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C,E,G,I,K,M,O
原子数 atom_count	81784

MGSSHHHHHHSAAHIVMVDAYKPTKGGRMSYNYVVTAQKPTAVNGCVTGHFTSAEDLNLLIAKNTRLEIYVVTAEGLRPVKEVGMYGKIAVMELFRPKGESKDLLFILTAKYNACILEYKQSGESIDIITRAHGNVQDRIGRPSETGIIGIIDPECRMIGLRLYDGLFKVIPLDRDNKELKAFNIRLEELHVIDVKFLYGCQAPTICFVYQDPQGRHVKTYEVSLREKEFNKGPWKQENVEAEASMVIAVPEPFGGAIIIGQESITYHNGDKYLAIAPPIIKQSTIVCHNRVDPNGSRYLLGDMEGRLFMLLLEKEEQMDGTVTLKDLRVELLGETSIAECLTYLDNGVVFVGSRLGDSQLVKLNVDSNEQGSYVVAMETFTNLGPIVDMCVVDLERQGQGQLVTCSGAFKEGSLRIIRNGIGGNGNSGEIQKLHIRTVPLYESPRKICYQEVSQCFGVLSSRIEVQDTSGGTTALRPSASTQALSSSVSSSKLFSSSTAPHETSFGEEVEVHNLLIIDQHTFEVLHAHQFLQNEYALSLVSCKLGKDPNTYFIVGTAMVYPEEAEPKQGRIVVFQYSDGKLQTVAEKEVKGAVYSMVEFNGKLLASINSTVRLYEWTTEKELRTECNHYNNIMALYLKTKGDFILVGDLMRSVLLLAYKPMEGNFEEIARDFNPNWMSAVEILDDDNFLGAENAFNLFVCQKDSAATTDEERQHLQEVGLFHLGEFVNVFCHGSLVMQNLGETSTPTQGSVLFGTVNGMIGLVTSLSESWYNLLLDMQNRLNKVIKSVGKIEHSFWRSFHTERKTEPATGFIDGDLIESFLDISRPKMQEVVANLQYDDGSGMKREATADDLIKVVEELTRIH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Protein cereblon
分子量 formula_weight	53005.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	8

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D,F,H,J,L,N,P

MGSSHHHHHHSAVDENLYFQGGMAGEGDQQDAAHNMGNHLPLLPESEEEDEMEVEDQDSKEAKKPNIINFDTSLPTSHTYLGADMEEFHGRTLHDDDSCQVIPVLPQVMMILIPGQTLPLQLFHPQEVSMVRNLIQKDRTFAVLAYSNVQEREAQFGTTAEIYAYREEQDFGIEIVKVKAIGRQRFKVLELRTQSDGIQQAKVQILPECVLPSTMSAVQLESLNKCQIFPSKPVSREDQCSYKWWQKYQKRKFHCANLTSWPRWLYSLYDAETLMDRIKKQLREWDENLKDDSLPSNPIDFSYRVAACLPIDDVLRIQLLKIGSAIQRLRCELDIMNKCTSLCCKQCQETEITTKNEIFSLSLCGPMAAYVNPHGYVHETLTVYKACNLNLIGRPSTEHSWFPGYAWTVAQCKICASHIGWKFTATKKDMSPQKFWGLTRSALLPTIPDTEDEISPDKVILCL

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Zinc finger protein Helios
分子量 formula_weight	20272.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	8

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	R,S,T,U,V,W,X,Y

MDWSHPQFEKSAVGLNDIFEAQKIEWHEGGGGSGENLYFQGGGRSSLEEPLIESSEVADNRKVQELQGEGGIRLPNGKLKCDVCGMVCIGPNVLMVHKRSHTGERPFHCNQCGASFTQKGNLLRHIKLHSGEKPFKCPFCSYACRRRDALTGHLRTHSMEDCKEQEPIMDNNISLGYPRTAA

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	;3-[3-[[1-[(3~{S})-2,6-bis(oxidanylidene)piperidin-3-yl]-2,5-bis(oxidanylidene)pyrrol-3-yl]amino]phenyl]-~{N}-(3-chloranyl-4-methyl-phenyl)propanamide ;
分子量 formula_weight	494.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	29

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晶胞边长 a length_a	208.590 Å
晶胞边长 b length_b	279.059 Å
晶胞边长 c length_c	286.298 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	32

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	orthorhombic

分辨率 resolution	4.110 Å
最低分辨率 resolution_low	69.330 Å
R 因子 r_factor	0.2376
R_work r_work	0.2349
R_free r_free	0.2889

Crystal structure of DDB1-CRBN-ALV1 complex bound to triple ZnF of Helios (IKZF2 ZF1-3)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA damage-binding protein 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Protein cereblon

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

9e2u__assembly_6__model_1

9e2u__assembly_6__model_1 | I(q)

9e2u__assembly_6__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

7. 引用文献 (2)

Crystal structure of DDB1-CRBN-ALV1 complex bound to triple ZnF of Helios (IKZF2 ZF1-3)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA damage-binding protein 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Protein cereblon

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

9e2u__assembly_6__model_1

9e2u__assembly_6__model_1 | I(q)

9e2u__assembly_6__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

7. 引用文献 (2)