B-cell lymphoma/leukemia 11A
Homo sapiens
当前结构中的状态
| Assembly | 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与共同组分 | 实验方法与环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 蛋白–DNA 同源多聚体 蛋白 × 2 DNA 2 PDB 声明:tetrameric(4) 与全部聚合物数一致 | 链 A; UniProt 730–835 链 D; UniProt 730–835 | 片段:Zinc finger domains 4-6 突变:K784T | DNA Strand I × 1 DNA Strand II × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 ZN ZINC ION × 6 | X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 9;292 K;18 % w/v PEG 3350, 17 % v/v PEG 400, 4.8 % v/v 2-Propanol, 0.1 M CAPSO 9.0 | 分辨率 2.20 Å R-free 0.275 |
数据库中的同蛋白其他状态
以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。
| 其他 PDB | 相对当前条目 9E6S | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法与环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 5VTB Crystal structure of RBBP4 bound to BCL11a peptide 提交 2017-05-16 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric |
链 B
2–16(15 aa)
片段:UNP residues 2-16
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;293 K;25% PEG2000 MME, 0.1 M potassium thiocyanate
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.244 |
| 6KI6 Crystal structure of BCL11A in complex with gamma-globin -115 HPFH region 提交 2019-07-17 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:trimeric |
链 A
731–835(105 aa)
|
未记录 | ZN ZINC ION × 3 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;293 K;0.2 M calcium acetate hydrate, 0.1 M sodium cacodylate trihydrate (pH6.5), 18% w/v polyethylene glycol 8,000
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.251 |
| 6KI6 Crystal structure of BCL11A in complex with gamma-globin -115 HPFH region 提交 2019-07-17 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白–DNA 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:trimeric |
链 B
731–835(105 aa)
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;293 K;0.2 M calcium acetate hydrate, 0.1 M sodium cacodylate trihydrate (pH6.5), 18% w/v polyethylene glycol 8,000
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.251 |
| 6U9Q Crystal Structure Analysis of DNA-BCL11A Znf domain complex 提交 2019-09-09 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:trimeric |
链 A
730–835(106 aa)
|
未记录 | ZN ZINC ION × 3 PO4 PHOSPHATE ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;293 K;NaMalate~8.0
|
分辨率 1.83 Å R-free 0.195 |
| 8DTN The complex of nanobody 6101 with BCL11A ZF6 提交 2022-07-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 8 PDB 声明:octameric |
链 B
797–826(30 aa)
链 D
797–826(30 aa)
链 F
797–826(30 aa)
链 H
797–826(30 aa)
|
非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) | MG MAGNESIUM ION × 4 ZN ZINC ION × 4 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;281.15 K;0.1 M Bis-Tris propane, pH 6.0-7.0, 0.2 M NaKPO4 and 18%-20% PEG 3350
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.232 |
| 8DTN The complex of nanobody 6101 with BCL11A ZF6 提交 2022-07-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric |
链 B
797–826(30 aa)
|
非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) | MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;281.15 K;0.1 M Bis-Tris propane, pH 6.0-7.0, 0.2 M NaKPO4 and 18%-20% PEG 3350
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.232 |
| 8DTN The complex of nanobody 6101 with BCL11A ZF6 提交 2022-07-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric |
链 D
797–826(30 aa)
|
非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) | ZN ZINC ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;281.15 K;0.1 M Bis-Tris propane, pH 6.0-7.0, 0.2 M NaKPO4 and 18%-20% PEG 3350
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.232 |
| 8DTN The complex of nanobody 6101 with BCL11A ZF6 提交 2022-07-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric |
链 F
797–826(30 aa)
|
非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) | MG MAGNESIUM ION × 3 ZN ZINC ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;281.15 K;0.1 M Bis-Tris propane, pH 6.0-7.0, 0.2 M NaKPO4 and 18%-20% PEG 3350
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.232 |
| 8DTN The complex of nanobody 6101 with BCL11A ZF6 提交 2022-07-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 5 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric |
链 H
797–826(30 aa)
|
非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) | ZN ZINC ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;281.15 K;0.1 M Bis-Tris propane, pH 6.0-7.0, 0.2 M NaKPO4 and 18%-20% PEG 3350
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.232 |
| 8DTU The complex of nanobody 5344N74D with BCL11A ZF6. 提交 2022-07-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric |
链 C
799–826(28 aa)
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;281.15 K;0.1 M HEPES, pH 7.5-8.2, 2.2M Li2SO4.
|
分辨率 2.45 Å R-free 0.288 |
| 8THO Solution structure of the zinc finger repeat domain of BCL11A (ZnF456) 提交 2023-07-17 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric |
链 A
737–835(99 aa)
片段:residues 737-835
|
未记录 | ZN ZINC ION × 3 |
SOLUTION NMR
NMR测量条件
pH 6;298 K;离子强度(mmCIF原始值)163;压力 1
NMR样品组成
137 mM sodium chloride, 2.7 mM potassium chloride, 10 mM sodium phosphate, 1.8 mM potassium phosphate, 1 mM dithiothreitol, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
|
分辨率未提供 |
| 8TLO Crystal Structure Analysis of BCL11A in complex with DNA 提交 2023-07-27 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:trimeric |
链 A
730–835(106 aa)
|
未记录 | ZN ZINC ION × 3 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;277 K;30% PEG6K and 0.1M Na Citrate pH 5.0
|
分辨率 2.76 Å R-free 0.269 |
| 9B4P Tetramer Formation of the BCL11A ZF0 Domain 提交 2024-03-21 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体;蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric |
链 B
45–71(27 aa)
片段:ZF0 domain
链 C
45–71(27 aa)
片段:ZF0 domain
|
未记录 | ZN ZINC ION × 4 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
EVAPORATION;pH 7.3;291.15 K;0.2M potassium nitrate, 0.1M Tris-HCl pH 7.3, 20% PEG3350
|
分辨率 2.56 Å R-free 0.294 |
| 9B4P Tetramer Formation of the BCL11A ZF0 Domain 提交 2024-03-21 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体;蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric |
链 A
45–71(27 aa)
片段:ZF0 domain
链 D
45–71(27 aa)
片段:ZF0 domain
链 E
45–71(27 aa)
片段:ZF0 domain
链 F
45–71(27 aa)
片段:ZF0 domain
|
未记录 | ZN ZINC ION × 4 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
EVAPORATION;pH 7.3;291.15 K;0.2M potassium nitrate, 0.1M Tris-HCl pH 7.3, 20% PEG3350
|
分辨率 2.56 Å R-free 0.294 |
| 9B4P Tetramer Formation of the BCL11A ZF0 Domain 提交 2024-03-21 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体;蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric |
链 G
45–71(27 aa)
片段:ZF0 domain
链 H
45–71(27 aa)
片段:ZF0 domain
链 I
45–71(27 aa)
片段:ZF0 domain
链 J
45–71(27 aa)
片段:ZF0 domain
|
未记录 | ZN ZINC ION × 4 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
EVAPORATION;pH 7.3;291.15 K;0.2M potassium nitrate, 0.1M Tris-HCl pH 7.3, 20% PEG3350
|
分辨率 2.56 Å R-free 0.294 |
| 9BV0 NMR structure of the Z0 CCHC zinc-finger of transcription repressor Bcl11A 提交 2024-05-18 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric |
链 A
46–72(27 aa)
片段:B0 atypical C2HC zinc-finger domain, residues 46-72
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 |
SOLUTION NMR
NMR测量条件
pH 6.3;298 K;离子强度(mmCIF原始值)0.6;压力 1
NMR测量条件
pH 5.8;298 K;离子强度(mmCIF原始值)0.6;压力 1
NMR样品组成
40 uM Bcl11A-Z0, 600 uM Zn2+, 90% H2O/10% D20 | 90% H2O/10% D20
NMR样品组成
40 uM Bcl11A-Z0, 600 uM Zn2+, 100% D20 | 100% D2O
|
分辨率未提供 |
| 9E6R BCL11A ZF4-6 in Complex with a DNA Sequence Observed in the Human Globin Locus Containing Motif TGACCA 提交 2024-10-30 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:trimeric |
链 A
730–835(106 aa)
片段:Zinc finger domains 4-6
|
未记录 | ZN ZINC ION × 4 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 MG MAGNESIUM ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7.8;292 K;24 % v/v Ethanol, 0.1 M HEPES 7.8, 40 mM Magnesium chloride hexahydrate
|
分辨率 2.09 Å R-free 0.238 |
| 9E6R BCL11A ZF4-6 in Complex with a DNA Sequence Observed in the Human Globin Locus Containing Motif TGACCA 提交 2024-10-30 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric |
链 D
730–835(106 aa)
片段:Zinc finger domains 4-6
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7.8;292 K;24 % v/v Ethanol, 0.1 M HEPES 7.8, 40 mM Magnesium chloride hexahydrate
|
分辨率 2.09 Å R-free 0.238 |
| 9E6R BCL11A ZF4-6 in Complex with a DNA Sequence Observed in the Human Globin Locus Containing Motif TGACCA 提交 2024-10-30 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric |
链 Y
730–835(106 aa)
片段:Zinc finger domains 4-6
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7.8;292 K;24 % v/v Ethanol, 0.1 M HEPES 7.8, 40 mM Magnesium chloride hexahydrate
|
分辨率 2.09 Å R-free 0.238 |
| 9E6T BCL11A ZF4-6 in Complex with a DNA Sequence Observed in the Human Globin Locus Containing Motif TGCCCA 提交 2024-10-30 | 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体;蛋白 × 2 PDB 声明:tetrameric |
链 A
730–835(106 aa)
片段:Zinc finger domains 4-6
链 B
730–835(106 aa)
片段:Zinc finger domains 4-6
|
未记录 | ZN ZINC ION × 6 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7;292 K;15 % w/v PEG 1000, 30 % v/v PEG 300, 0.1 M Bis-Tris Propane 7.0
|
分辨率 2.78 Å R-free 0.281 |
| 9YLL BCL11A ZF4-6 in Complex with a DNA Sequence Observed in the Human Globin Locus Containing Motif TGTCCA (20-mer) 提交 2025-10-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:trimeric |
链 A
730–835(106 aa)
片段:Zinc finger domains 4-6
|
未记录 | ZN ZINC ION × 3 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 6.9;292 K;20% w/v Polyethylene glycol 3,350
0.2M sodium chloride
|
分辨率 2.38 Å R-free 0.247 |
| 9YLM BCL11A ZF4-6 in Complex with a DNA Sequence Observed in the Human Globin Locus Containing Motif TGTCCA (12-mer) 提交 2025-10-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:trimeric |
链 A
730–835(106 aa)
片段:Zinc finger domains 4-6
|
未记录 | ZN ZINC ION × 3 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 5.2;292 K;28 % w/v PEG 4000, 0.1 M Sodium citrate (pH 5.2), 0.2 M Ammonium acetate
|
分辨率 1.91 Å R-free 0.244 |
| 9YLN BCL11A ZF4-6 in Complex with a DNA Sequence Observed in the Human Globin Locus Containing Motif TGGCCA (12-mer) 提交 2025-10-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:trimeric |
链 A
730–835(106 aa)
片段:Zinc finger domains 4-6
|
未记录 | ZN ZINC ION × 3 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 5.2;292 K;28 % w/v PEG 4000, 0.1 M Sodium citrate (pH 5.2), 0.2 M Ammonium acetate
|
分辨率 2.15 Å R-free 0.247 |
| 9YLO BCL11A ZF2-3 in Complex with a DNA Sequence Observed in the Human Globin Locus Containing Motif TGTCCA (P21212 crystal form) 提交 2025-10-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:trimeric |
链 A
373–433(61 aa)
片段:C2H2 zinc finger domains 2 and 3
|
未记录 | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 ZN ZINC ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 8.5;292 K;10% w/v PEG 20 000, 20% v/v PEG MME 500, 60mM sodium fluoride, 60mM sodium bromide, 60mM sodium iodide, 0.1M Bicine- TRIS-base (pH 8.5)
|
分辨率 1.97 Å R-free 0.241 |
| 9YLP BCL11A ZF2-3 in Complex with a DNA Sequence Observed in the Human Globin Locus Containing Motif TGTCCA (C2221 Crystal Form) 提交 2025-10-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:trimeric |
链 A
373–433(61 aa)
片段:C2H2 zinc finger domains 2 and 3
|
未记录 | ZN ZINC ION × 4 MG MAGNESIUM ION × 1 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 6.5;278 K;28 % w/v PEG 4000,
0.1 M Sodium citrate (pH 6.5), 0.1 M Magnesium acetate tetrahydrate, 0.1 M Ammonium sulfate
|
分辨率 2.04 Å R-free 0.245 |
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| UniProt名称 | BC11A_HUMAN |
| Isoform | — |
| PDB实体 | 1 |
| 链与序列区间 | 作者链 A; PDB构建体 3–108; UniProt 730–835 作者链 D; PDB构建体 3–108; UniProt 730–835 |