9e6t

BCL11A ZF4-6 in Complex with a DNA Sequence Observed in the Human Globin Locus Containing Motif TGCCCA

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 76.5 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

B-cell lymphoma/leukemia 11A

Homo sapiens

UniProt Q9H165

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–DNA 同源多聚体 蛋白 × 2 DNA 2 PDB 声明:tetrameric(4) 与全部聚合物数一致 链 A; UniProt 730–835 链 B; UniProt 730–835 片段:Zinc finger domains 4-6 DNA Strand I × 1 DNA Strand II × 1 ZN ZINC ION × 6 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7;292 K;15 % w/v PEG 1000, 30 % v/v PEG 300, 0.1 M Bis-Tris Propane 7.0 分辨率 2.78 Å R-free 0.281

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 16 个其他 PDB 条目、25 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 BC11A_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 3–108; UniProt 730–835 作者链 B; PDB构建体 3–108; UniProt 730–835

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9e6t

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9e6t
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id9e6t
沉积日期 deposition_date2024-10-30
结构标题 titleBCL11A ZF4-6 in Complex with a DNA Sequence Observed in the Human Globin Locus Containing Motif TGCCCA
关键词 keywords;TRANSCRIPTION FACTOR, DNA BINDING, TRANSCRIPTION, TRANSCRIPTION-DNA COMPLEX, GLOBIN LOCUS, DNA BINDING PROTEIN, DNA BINDING PROTEIN-DNA complex ;; DNA BINDING PROTEIN/DNA
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier21.72
回转半径 Rg (电子) rg_electron21.61
零角强度 I(0) i027626700.00
分子量 molecular_weight30561.0 kDa
排除体积 excluded_volume33863 ų
包络体积 envelope_volume45715 ų
水化壳体积 shell_volume18618 ų
包络直径 envelope_diameter80.6
壳层 Rg shell_rg27.05
包络 Rg envelope_rg21.67
形状 Rg shape_rg21.60
总 Rg total_rg22.19
总原子数 total_atoms2064
残基数 n_residues209
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax76.5
Rg (实空间) rg_real21.76
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.56
I(0) (实空间) i0_real2.7630e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.6580e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal21.76
I(0) (倒空间) i0_reciprocal27630000.0000
解质量估计 total_estimate0.7852
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary22.9
偏度 Skewness skewness0.374
峰度 Kurtosis kurtosis-0.317
角度范围 angular_range— – 0.3650 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha3094000.0000
实空间数据点数 n_real_points68
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.794; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.821; Smooth: 0.000

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

8. 引用文献 (2)

9. 文件与曲线 (10)