9e7l

Yeast V-ATPase Vo proton channel bound to nanobody 2WVA7

Method: ELECTRON MICROSCOPY

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

V-type proton ATPase subunit d

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 23	;V-type proton ATPase subunit c'' ; × 1 （P23968） ;V-type proton ATPase subunit c' ; × 1 （P32842） Nanobody 2WVA7 × 8 V-type proton ATPase subunit c × 8 （P25515） V-type proton ATPase subunit e × 1 （Q3E7B6） V0 assembly protein 1 × 1 （P53262） Yeast V-ATPase subunit f × 1 （P0C5R9） V-type proton ATPase subunit a, vacuolar isoform × 1 （P32563）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	VA0D_YEAST
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–345； UniProt 1–345

;V-type proton ATPase subunit c'' ;

物种未注明

UniProt P23968

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 23	V-type proton ATPase subunit d × 1 （P32366） ;V-type proton ATPase subunit c' ; × 1 （P32842） Nanobody 2WVA7 × 8 V-type proton ATPase subunit c × 8 （P25515） V-type proton ATPase subunit e × 1 （Q3E7B6） V0 assembly protein 1 × 1 （P53262） Yeast V-ATPase subunit f × 1 （P0C5R9） V-type proton ATPase subunit a, vacuolar isoform × 1 （P32563）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	VATO_YEAST
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–213； UniProt 1–213

;V-type proton ATPase subunit c' ;

物种未注明

UniProt P32842

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 23	V-type proton ATPase subunit d × 1 （P32366） ;V-type proton ATPase subunit c'' ; × 1 （P23968） Nanobody 2WVA7 × 8 V-type proton ATPase subunit c × 8 （P25515） V-type proton ATPase subunit e × 1 （Q3E7B6） V0 assembly protein 1 × 1 （P53262） Yeast V-ATPase subunit f × 1 （P0C5R9） V-type proton ATPase subunit a, vacuolar isoform × 1 （P32563）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	VATL2_YEAST
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–164； UniProt 1–164

V-type proton ATPase subunit c

物种未注明

UniProt P25515

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 23	V-type proton ATPase subunit d × 1 （P32366） ;V-type proton ATPase subunit c'' ; × 1 （P23968） ;V-type proton ATPase subunit c' ; × 1 （P32842） Nanobody 2WVA7 × 8 V-type proton ATPase subunit e × 1 （Q3E7B6） V0 assembly protein 1 × 1 （P53262） Yeast V-ATPase subunit f × 1 （P0C5R9） V-type proton ATPase subunit a, vacuolar isoform × 1 （P32563）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	VATL1_YEAST
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 1–160； UniProt 1–160 作者链 F； PDB构建体 1–160； UniProt 1–160 作者链 G； PDB构建体 1–160； UniProt 1–160 作者链 H； PDB构建体 1–160； UniProt 1–160 作者链 I； PDB构建体 1–160； UniProt 1–160 作者链 J； PDB构建体 1–160； UniProt 1–160 作者链 K； PDB构建体 1–160； UniProt 1–160 作者链 L； PDB构建体 1–160； UniProt 1–160

V-type proton ATPase subunit e

物种未注明

UniProt Q3E7B6

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 23	V-type proton ATPase subunit d × 1 （P32366） ;V-type proton ATPase subunit c'' ; × 1 （P23968） ;V-type proton ATPase subunit c' ; × 1 （P32842） Nanobody 2WVA7 × 8 V-type proton ATPase subunit c × 8 （P25515） V0 assembly protein 1 × 1 （P53262） Yeast V-ATPase subunit f × 1 （P0C5R9） V-type proton ATPase subunit a, vacuolar isoform × 1 （P32563）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	VA0E_YEAST
Isoform	—
PDB实体	6
链与序列区间	作者链 M； PDB构建体 1–73； UniProt 1–73

V0 assembly protein 1

物种未注明

UniProt P53262

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 23	V-type proton ATPase subunit d × 1 （P32366） ;V-type proton ATPase subunit c'' ; × 1 （P23968） ;V-type proton ATPase subunit c' ; × 1 （P32842） Nanobody 2WVA7 × 8 V-type proton ATPase subunit c × 8 （P25515） V-type proton ATPase subunit e × 1 （Q3E7B6） Yeast V-ATPase subunit f × 1 （P0C5R9） V-type proton ATPase subunit a, vacuolar isoform × 1 （P32563）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	VOA1_YEAST
Isoform	—
PDB实体	7
链与序列区间	作者链 N； PDB构建体 1–265； UniProt 1–265

Yeast V-ATPase subunit f

物种未注明

UniProt P0C5R9

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 23	V-type proton ATPase subunit d × 1 （P32366） ;V-type proton ATPase subunit c'' ; × 1 （P23968） ;V-type proton ATPase subunit c' ; × 1 （P32842） Nanobody 2WVA7 × 8 V-type proton ATPase subunit c × 8 （P25515） V-type proton ATPase subunit e × 1 （Q3E7B6） V0 assembly protein 1 × 1 （P53262） V-type proton ATPase subunit a, vacuolar isoform × 1 （P32563）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	YP17B_YEAST
Isoform	—
PDB实体	8
链与序列区间	作者链 O； PDB构建体 1–85； UniProt 1–85

V-type proton ATPase subunit a, vacuolar isoform

物种未注明

UniProt P32563

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 23	V-type proton ATPase subunit d × 1 （P32366） ;V-type proton ATPase subunit c'' ; × 1 （P23968） ;V-type proton ATPase subunit c' ; × 1 （P32842） Nanobody 2WVA7 × 8 V-type proton ATPase subunit c × 8 （P25515） V-type proton ATPase subunit e × 1 （Q3E7B6） V0 assembly protein 1 × 1 （P53262） Yeast V-ATPase subunit f × 1 （P0C5R9）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	VPH1_YEAST
Isoform	—
PDB实体	9
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–840； UniProt 1–840

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9e7l
沉积日期 deposition_date	2024-11-02
结构标题 title	Yeast V-ATPase Vo proton channel bound to nanobody 2WVA7
关键词 keywords	Vacuolar ATPase, Vo proton channel, lipid nanodisc, nanobody, PROTON TRANSPORT; PROTON TRANSPORT
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

9e7l__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

9e7l__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

9e7l__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	53.03 Å
Rg（电子密度）	51.96 Å
总 Rg	52.05 Å
原子数	58708
残基数	3839
排除体积	527730 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`9e7l__assembly_1__model_1`	23-meric （23）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	V-type proton ATPase subunit d
分子量 formula_weight	39822.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B
原子数 atom_count	58708

MEGVYFNIDNGFIEGVVRGYRNGLLSNNQYINLTQCDTLEDLKLQLSSTDYGNFLSSVSSESLTTSLIQEYASSKLYHEFNYIRDQSSGSTRKFMDYITYGYMIDNVALMITGTIHDRDKGEILQRCHPLGWFDTLPTLSVATDLESLYETVLVDTPLAPYFKNCFDTAEELDDMNIEIIRNKLYKAYLEDFYNFVTEEIPEPAKECMQTLLGFEADRRSINIALNSLQSSDIDPDLKSDLLPNIGKLYPLATFHLAQAQDFEGVRAALANVYEYRGFLETGNLEDHFYQLEMELCRDAFTQQFAISTVWAWMKSKEQEVRNITWIAECIAQNQRERINNYISVY

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	;V-type proton ATPase subunit c'' ;
分子量 formula_weight	22610.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MNKESKDDDMSLGKFSFSHFLYYLVLIVVIVYGLYKLFTGHGSDINFGKFLLRTSPYMWANLGIALCVGLSVVGAAWGIFITGSSMIGAGVRAPRITTKNLISIIFCEVVAIYGLIIAIVFSSKLTVATAENMYSKSNLYTGYSLFWAGITVGASNLICGIAVGITGATAAISDAADSALFVKILVIEIFGSILGLLGLIVGLLMAGKASEFQ

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	;V-type proton ATPase subunit c' ;
分子量 formula_weight	17046.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

MSTQLASNIYAPLYAPFFGFAGCAAAMVLSCLGAAIGTAKSGIGIAGIGTFKPELIMKSLIPVVMSGILAIYGLVVAVLIAGNLSPTEDYTLFNGFMHLSCGLCVGFACLSSGYAIGMVGDVGVRKYMHQPRLFVGIVLILIFSEVLGLYGMIVALILNTRGSE

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Nanobody 2WVA7
分子量 formula_weight	14916.4 kDa
突变 mutation	N-terminal pelB leader sequence
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	8

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	X,W,V,U,T,S,R,Q

QVQLQESGGGLVEIGGSLRLSCAASGTLFTFNTMAWYRQAPGKQREFIATITSGGNTNYADSVQGRFTISRGNAKNTLYLQMNSLKPEDTAVYYCNARTMTGPFDYWGQGTQVTVSSAAAYPYDVPDYGSHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Lama glama
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9844
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	V-type proton ATPase subunit c
分子量 formula_weight	16357.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	8

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F,G,H,I,J,K,L,E

MTELCPVYAPFFGAIGCASAIIFTSLGAAYGTAKSGVGICATCVLRPDLLFKNIVPVIMAGIIAIYGLVVSVLVCYSLGQKQALYTGFIQLGAGLSVGLSGLAAGFAIGIVGDAGVRGSSQQPRLFVGMILILIFAEVLGLYGLIVALLLNSRATQDVVC

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	V-type proton ATPase subunit e
分子量 formula_weight	8387.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	M

MSSFYTVVGVFIVVSAMSVLFWIMAPKNNQAVWRSTVILTLAMMFLMWAITFLCQLHPLVAPRRSDLRPEFAE

实体 7 Entity 7 polymer

描述 description	V0 assembly protein 1
分子量 formula_weight	29694.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	N

MVFGQLYALFIFTLSCCISKTVQADSSKESSSFISFDKESNWDTISTISSTADVISSVDSAIAVFEFDNFSLLDNLMIDEEYPFFNRFFANDVSLTVHDDSPLNISQSLSPIMEQFTVDELPESASDLLYEYSLDDKSIVLFKFTSDAYDLKKLDEFIDSCLSFLEDKSGDNLTVVINSLGWAFEDEDGDDEYATEETLSHHDNNKGKEGDDDILSSIWTEGLLMCLIVSALLLFILIVALSWISNLDITYGALEKSTNPIKKNN

实体 8 Entity 8 polymer

描述 description	Yeast V-ATPase subunit f
分子量 formula_weight	9369.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	O

MRPVVSTGKAWCCTVLSAFGVVILSVIAHLFNTNHESFVGSINDPEDGPAVAHTVYLAALVYLVFFVFCGFQVYLARRKPSIELR

实体 9 Entity 9 polymer

描述 description	V-type proton ATPase subunit a, vacuolar isoform
分子量 formula_weight	95625.5 kDa
突变 mutation	C-terminal calmodulin binding peptide
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A

MAEKEEAIFRSAEMALVQFYIPQEISRDSAYTLGQLGLVQFRDLNSKVRAFQRTFVNEIRRLDNVERQYRYFYSLLKKHDIKLYEGDTDKYLDGSGELYVPPSGSVIDDYVRNASYLEERLIQMEDATDQIEVQKNDLEQYRFILQSGDEFFLKGDNTDSTSYMDEDMIDANGENIAAAIGASVNYVTGVIARDKVATLEQILWRVLRGNLFFKTVEIEQPVYDVKTREYKHKNAFIVFSHGDLIIKRIRKIAESLDANLYDVDSSNEGRSQQLAKVNKNLSDLYTVLKTTSTTLESELYAIAKELDSWFQDVTREKAIFEILNKSNYDTNRKILIAEGWIPRDELATLQARLGEMIARLGIDVPSIIQVLDTNHTPPTFHRTNKFTAGFQSICDCYGIAQYREINAGLPTIVTFPFMFAIMFGDMGHGFLMTLAALSLVLNEKKINKMKRGEIFDMAFTGRYIILLMGVFSMYTGFLYNDIFSKTMTIFKSGWKWPDHWKKGESITATSVGTYPIGLDWAWHGTENALLFSNSYKMKLSILMGFIHMTYSYFFSLANHLYFNSMIDIIGNFIPGLLFMQGIFGYLSVCIVYKWAVDWVKDGKPAPGLLNMLINMFLSPGTIDDELYPHQAKVQVFLLLMALVCIPWLLLVKPLHFKFTHKKKSHEPLPSTEADASSEDLEAQQLISAMDADDAEEEEVGSGSHGEDFGDIMIHQVIHTIEFCLNCVSHTASYLRLWALSLAHAQLSSVLWTMTIQIAFGFRGFVGVFMTVALFAMWFALTCAVLVLMEGTSAMLHSLRLHWVESMSKFFVGEGLPYEPFAFEYKDMEVAVASASSSASS

▶

晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.33 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	53956

Yeast V-ATPase Vo proton channel bound to nanobody 2WVA7

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

V-type proton ATPase subunit d

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

;V-type proton ATPase subunit c'' ;

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

;V-type proton ATPase subunit c' ;

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

V-type proton ATPase subunit c

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

V-type proton ATPase subunit e

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

V0 assembly protein 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Yeast V-ATPase subunit f

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

V-type proton ATPase subunit a, vacuolar isoform

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

9e7l__assembly_1__model_1

9e7l__assembly_1__model_1 | I(q)

9e7l__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer