SAXSdb — 9e7t

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Dot/Icm T4SS effector PieF

Legionella pneumophila

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	异源复合物	蛋白 3	CCR4-NOT transcription complex subunit 1 × 1 （A5YKK6） SDH7p Mitochondrial protein involved in assembly of succinate dehydrogenase,CCR4-NOT transcription complex subunit 7 × 1 （A0A0L8VUM0,Q9UIV1） MAGNESIUM ION × 1 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0AAN5PHN6_LEGPN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 26–150； UniProt 1–125

CCR4-NOT transcription complex subunit 1

Homo sapiens

UniProt A5YKK6

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	异源复合物	蛋白 3	Dot/Icm T4SS effector PieF × 1 （A0AAN5PHN6） SDH7p Mitochondrial protein involved in assembly of succinate dehydrogenase,CCR4-NOT transcription complex subunit 7 × 1 （A0A0L8VUM0,Q9UIV1） MAGNESIUM ION × 1 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CNOT1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 30–254； UniProt 1093–1317

SDH7p Mitochondrial protein involved in assembly of succinate dehydrogenase,CCR4-NOT transcription complex subunit 7

Homo sapiens

UniProt A0A0L8VUM0

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	异源复合物	蛋白 3	Dot/Icm T4SS effector PieF × 1 （A0AAN5PHN6） CCR4-NOT transcription complex subunit 1 × 1 （A5YKK6） MAGNESIUM ION × 1 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A0L8VUM0_9SACH
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 21–115； UniProt 1–95

SDH7p Mitochondrial protein involved in assembly of succinate dehydrogenase,CCR4-NOT transcription complex subunit 7

Homo sapiens

UniProt Q9UIV1

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	异源复合物	蛋白 3	Dot/Icm T4SS effector PieF × 1 （A0AAN5PHN6） CCR4-NOT transcription complex subunit 1 × 1 （A5YKK6） MAGNESIUM ION × 1 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CNOT7_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 127–411； UniProt 1–285

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9e7t
沉积日期 deposition_date	2024-11-04
最后修订 last_revision	2025-07-23
结构标题 title	Cryo-EM structure of NOT1:NOT7:PieF
关键词 keywords	PieF, mRNA decay, deadenylation, CCR4-NOT, host-pathogen interactions, GENE REGULATION; GENE REGULATION
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

9e7t__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

9e7t__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

9e7t__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	28.81 Å
Rg（电子密度）	27.91 Å
总 Rg	28.65 Å
原子数	4840
残基数	597
排除体积	86937 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`9e7t__assembly_1__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Dot/Icm T4SS effector PieF
分子量 formula_weight	16568.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	4842

MGSSHHHHHHSSGTGSGENLYFQGHMKRLIICNGNKLTVCTQAISSGGIVEKYTPIFSLTKESDNELTLELSGVARGYYIIPSELTSSQARAAHLITLLTRAEESQTTDMHKILNSFVSGKITSGSMFNFENDGSFKREPEEAYNLINKI

来源 Source

来源生物 organism	Legionella pneumophila
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	446
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	CCR4-NOT transcription complex subunit 1
分子量 formula_weight	29237.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MGSSHHHHHHSSGTGSGLEVLFQGPHMLEENIQEKIAFIFNNLSQSNMTQKVEELKETVKEEFMPWVSQYLVMKRVSIEPNFHSLYSNFLDTLKNPEFNKMVLNETYRNIKVLLTSDKAAANFSDRSLLKNLGHWLGMITLAKNKPILHTDLDVKSLLLEAYVKGQQELLYVVPFVAKVLESSIRSVVFRPPNPWTMAIMNVLAELHQEHDLKLNLKFEIEVLCKNLALDINELKPGNLLKDKDRLKNLDEQLS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	SDH7p Mitochondrial protein involved in assembly of succinate dehydrogenase,CCR4-NOT transcription complex subunit 7
分子量 formula_weight	47134.9 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.13.4
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MGSSHHHHHHSSGLVPRGSHMSDSEVNQEAKPEVKPEVKPETHINLKVSDGSSEIFFKIKKTTPLRRLMEAFAKRQGKEMDSLRFLYDGIRIQADQTPEDLDMEDNDIIEAHREQTGGSENLYFQGMPAATVDHSQRICEVWACNLDEEMKKIRQVIRKYNYVAMDTEFPGVVARPIGEFRSNADYQYQLLRCNVDLLKIIQLGLTFMNEQGEYPPGTSTWQFNFKFNLTEDMYAQDSIELLTTSGIQFKKHEEEGIETQYFAELLMTSGVVLCEGVKWLSFHSGYDFGYLIKILTNSNLPEEELDFFEILRLFFPVIYDVKYLMKSCKNLKGGLQEVAEQLELERIGPQHQAGSDSLLTGMAFFKMREMFFEDHIDDAKYCGHLYGLGSGSSYVQNGTGNAYEEEANKQS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.80 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	417581

Cryo-EM structure of NOT1:NOT7:PieF

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Dot/Icm T4SS effector PieF

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

CCR4-NOT transcription complex subunit 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SDH7p Mitochondrial protein involved in assembly of succinate dehydrogenase,CCR4-NOT transcription complex subunit 7

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SDH7p Mitochondrial protein involved in assembly of succinate dehydrogenase,CCR4-NOT transcription complex subunit 7

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

9e7t__assembly_1__model_1

9e7t__assembly_1__model_1 | I(q)

9e7t__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

7. 引用文献 (1)

Cryo-EM structure of NOT1:NOT7:PieF

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Dot/Icm T4SS effector PieF

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

CCR4-NOT transcription complex subunit 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

SDH7p Mitochondrial protein involved in assembly of succinate dehydrogenase,CCR4-NOT transcription complex subunit 7

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

SDH7p Mitochondrial protein involved in assembly of succinate dehydrogenase,CCR4-NOT transcription complex subunit 7

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

9e7t__assembly_1__model_1

9e7t__assembly_1__model_1 | I(q)

9e7t__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

7. 引用文献 (1)