SAXSdb — 9ec1

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Dystrophin

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 2933–3046	片段：spectrin repeat 24	SO4 SULFATE ION × 2 CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；0.1 M Sodium citrate tribasic dihydrate, pH 5.6, 0.5 M Ammonium sulfate , 1 M Lithium sulfate monohydrate	分辨率 2.14 Å R-free 0.255
2	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 2933–3046	片段：spectrin repeat 24	SO4 SULFATE ION × 2 CL CHLORIDE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；0.1 M Sodium citrate tribasic dihydrate, pH 5.6, 0.5 M Ammonium sulfate , 1 M Lithium sulfate monohydrate	分辨率 2.14 Å R-free 0.255
3	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 2933–3046	片段：spectrin repeat 24	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；0.1 M Sodium citrate tribasic dihydrate, pH 5.6, 0.5 M Ammonium sulfate , 1 M Lithium sulfate monohydrate	分辨率 2.14 Å R-free 0.255
4	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 D； UniProt 2933–3046	片段：spectrin repeat 24	SO4 SULFATE ION × 1 CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；0.1 M Sodium citrate tribasic dihydrate, pH 5.6, 0.5 M Ammonium sulfate , 1 M Lithium sulfate monohydrate	分辨率 2.14 Å R-free 0.255
5	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 E； UniProt 2933–3046	片段：spectrin repeat 24	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；0.1 M Sodium citrate tribasic dihydrate, pH 5.6, 0.5 M Ammonium sulfate , 1 M Lithium sulfate monohydrate	分辨率 2.14 Å R-free 0.255
6	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 F； UniProt 2933–3046	片段：spectrin repeat 24	SO4 SULFATE ION × 2 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；0.1 M Sodium citrate tribasic dihydrate, pH 5.6, 0.5 M Ammonium sulfate , 1 M Lithium sulfate monohydrate	分辨率 2.14 Å R-free 0.255
7	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 G； UniProt 2933–3046	片段：spectrin repeat 24	SO4 SULFATE ION × 4 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；0.1 M Sodium citrate tribasic dihydrate, pH 5.6, 0.5 M Ammonium sulfate , 1 M Lithium sulfate monohydrate	分辨率 2.14 Å R-free 0.255
8	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 H； UniProt 2933–3046	片段：spectrin repeat 24	CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；0.1 M Sodium citrate tribasic dihydrate, pH 5.6, 0.5 M Ammonium sulfate , 1 M Lithium sulfate monohydrate	分辨率 2.14 Å R-free 0.255

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 9EC1	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1DXX N-terminal Actin-binding Domain of Human Dystrophin 提交 2000-01-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–246（246 aa）片段：ACTIN-BINDING 链 B 1–246（246 aa）片段：ACTIN-BINDING	突变：YES 突变：YES	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.4；1.55M AMMONIUM FORMATE, 0.1M HEPES 7.4, pH 7.40	分辨率 2.60 Å R-free 0.268
1DXX N-terminal Actin-binding Domain of Human Dystrophin 提交 2000-01-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–246（246 aa）片段：ACTIN-BINDING 链 D 1–246（246 aa）片段：ACTIN-BINDING	突变：YES 突变：YES	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.4；1.55M AMMONIUM FORMATE, 0.1M HEPES 7.4, pH 7.40	分辨率 2.60 Å R-free 0.268
1EG3 STRUCTURE OF A DYSTROPHIN WW DOMAIN FRAGMENT IN COMPLEX WITH A BETA-DYSTROGLYCAN PEPTIDE 提交 2000-02-11	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 3046–3306（261 aa）片段：WW DOMAIN	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；ammonium sulfate, glycerol, DTT, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K	分辨率 2.00 Å R-free 0.257
1EG4 STRUCTURE OF A DYSTROPHIN WW DOMAIN FRAGMENT IN COMPLEX WITH A BETA-DYSTROGLYCAN PEPTIDE 提交 2000-02-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 3046–3306（261 aa）片段：WW DOMAIN	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；ammonium sulfate, glycerol, DTT, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.00 Å R-free 0.249
3UUN Crystal Structure of N-terminal first spectrin repeat of dystrophin 提交 2011-11-28	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 338–456（119 aa）片段：Spectrin Repeat, UNP residues 338-456	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；294.15 K；0.1M Tris HCl, 2.0M Ammonium sulphate, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294.15K	分辨率 2.30 Å R-free 0.260
3UUN Crystal Structure of N-terminal first spectrin repeat of dystrophin 提交 2011-11-28	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 338–456（119 aa）片段：Spectrin Repeat, UNP residues 338-456	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；294.15 K；0.1M Tris HCl, 2.0M Ammonium sulphate, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294.15K	分辨率 2.30 Å R-free 0.260
3UUN Crystal Structure of N-terminal first spectrin repeat of dystrophin 提交 2011-11-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 338–456（119 aa）片段：Spectrin Repeat, UNP residues 338-456 链 B 338–456（119 aa）片段：Spectrin Repeat, UNP residues 338-456	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；294.15 K；0.1M Tris HCl, 2.0M Ammonium sulphate, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294.15K	分辨率 2.30 Å R-free 0.260
9D58 Human Dystrophin tandem calponin homology actin-binding domain crystallized in a closed-state conformation 提交 2024-08-13	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–246（245 aa）片段：actin-binding domain/calponin homology domains 1 and 2	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.1 M Bis-Tris pH 6.7, 30% w/v Polyethylene monomethyl ether (MPEG) 5,000	分辨率 1.94 Å R-free 0.262
9D58 Human Dystrophin tandem calponin homology actin-binding domain crystallized in a closed-state conformation 提交 2024-08-13	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 2–246（245 aa）片段：actin-binding domain/calponin homology domains 1 and 2	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.1 M Bis-Tris pH 6.7, 30% w/v Polyethylene monomethyl ether (MPEG) 5,000	分辨率 1.94 Å R-free 0.262
9D58 Human Dystrophin tandem calponin homology actin-binding domain crystallized in a closed-state conformation 提交 2024-08-13	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 2–246（245 aa）片段：actin-binding domain/calponin homology domains 1 and 2	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.1 M Bis-Tris pH 6.7, 30% w/v Polyethylene monomethyl ether (MPEG) 5,000	分辨率 1.94 Å R-free 0.262
9D58 Human Dystrophin tandem calponin homology actin-binding domain crystallized in a closed-state conformation 提交 2024-08-13	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 2–246（245 aa）片段：actin-binding domain/calponin homology domains 1 and 2	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.1 M Bis-Tris pH 6.7, 30% w/v Polyethylene monomethyl ether (MPEG) 5,000	分辨率 1.94 Å R-free 0.262

共 5 个其他 PDB 条目、11 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	DMD_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 4–117； UniProt 2933–3046 作者链 B； PDB构建体 4–117； UniProt 2933–3046 作者链 C； PDB构建体 4–117； UniProt 2933–3046 作者链 D； PDB构建体 4–117； UniProt 2933–3046 作者链 E； PDB构建体 4–117； UniProt 2933–3046 作者链 F； PDB构建体 4–117； UniProt 2933–3046 作者链 G； PDB构建体 4–117； UniProt 2933–3046 作者链 H； PDB构建体 4–117； UniProt 2933–3046

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9ec1
沉积日期 deposition_date	2024-11-13
结构标题 title	The Structure of Human Dystrophin Spectrin Repeat 24
关键词 keywords	Spectrin Repeat, Spectrin, Dystrophin, Duchenne Muscular Dystrophy, DMD, Cytoskeleton, STRUCTURAL PROTEIN; STRUCTURAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	36.44 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	36.00 Å
零角强度 I(0) i0	191270000.00
分子量 molecular_weight	107250.0 kDa
排除体积 excluded_volume	133060 Å³
包络体积 envelope_volume	186180 Å³
水化壳体积 shell_volume	44100 Å³
包络直径 envelope_diameter	133.3 Å
壳层 Rg shell_rg	41.07 Å
包络 Rg envelope_rg	35.36 Å
形状 Rg shape_rg	36.00 Å
总 Rg total_rg	36.38 Å
总原子数 total_atoms	7530
残基数 n_residues	929
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	129.7 Å
Rg (实空间) rg_real	36.52 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.29 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.9130e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.5290e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	36.47 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	191300000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8594
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	39.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.401
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.294
角度范围 angular_range	— – 0.2150 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	24480000.0000
实空间数据点数 n_real_points	44
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.763; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.901; Smooth: 0.979

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Dystrophin
分子量 formula_weight	13347.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	8

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H
原子数 atom_count	7630

STGLERLQELQEATDELDLKLRQAEVIKGSWQPVGDLLIDSLQDHLEKVKALRGEIAPLKENVSHVNDLARQLTTLGIQLSPYNLSTLEDLNTRWKLLQVAVEDRVRQLHEAHRDFG

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	13

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	10

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	100

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	106.003 Å
晶胞边长 b length_b	106.003 Å
晶胞边长 c length_c	614.847 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	96

空间群 space_group	P 65 2 2
空间群编号 int_tables_number	179
晶系 crystal_system	hexagonal

分辨率 resolution	2.140 Å
最低分辨率 resolution_low	34.480 Å
R 因子 r_factor	0.2187
R_work r_work	0.2168
R_free r_free	0.2545

fit	/app/data/saxs_computation/ec/9ec1/9ec1.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ec/9ec1/9ec1.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ec/9ec1/9ec1.dat

The Structure of Human Dystrophin Spectrin Repeat 24

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Dystrophin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction