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9ec2

Crystal structure of SAMHD1 dimer bound to an inhibitor obtained from high-throughput chemical tethering to the guanine antiviral acyclovir

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 124.5 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Deoxynucleoside triphosphate triphosphohydrolase SAMHD1

Homo sapiens

UniProt Q9Y3Z3

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 113–626 链 B； UniProt 113–626 链 C； UniProt 113–626 链 D； UniProt 113–626 未记录 A1BHL N-[5-({2-[(2-amino-6-oxo-1,6-dihydro-9H-purin-9-yl)methoxy]ethyl}amino)-5-oxopentyl]-4,7-dibromo-3-hydroxynaphthalene-2-carboxamide × 4 FE FE (III) ION × 4 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293.15 K；Apo DELTA 112- SAMHD1 crystals were obtained by the hanging drop method using 1 micro L of 5 mg/mL Delta 112-SAMHD1 (10 mM Tris-HCl pH 8.0, 150 mM NaCl, 4 mM MgCl2, 0.5 mM TCEP) and 2 L 17% PEG3350, 0.15 M Ammonium citrate pH 7.3. Drops were placed in 20 degrees C for over a week, and large crystal rods and plates were observed 分辨率 2.72 Å R-free 0.234

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 9EC2 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
2E8O Solution structure of the N-terminal SAM-domain of the SAM domain and HD domain containing protein 1 (Dendritic cell-derived IFNG-induced protein) (DCIP) (Monocyte protein 5) (MOP-5) 提交 2007-01-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 23–118（96 aa） 片段：SAM domain
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7；296 K；离子强度（mmCIF原始值）120mM；压力 AMBIENT
NMR样品组成 1.17mM SAM DOMAIN, 20mM d-TRIS-HCL, 100mM NaCl, 1mM d-DTT, 0.02% NaN3; 90% H2O, 10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
3U1N Structure of the catalytic core of human SAMHD1 提交 2011-09-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 120–626（507 aa） 片段：unp residues 120-626
链 D 120–626（507 aa） 片段：unp residues 120-626
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） PO4 PHOSPHATE ION × 2 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 3.10 Å R-free 0.228
3U1N Structure of the catalytic core of human SAMHD1 提交 2011-09-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 120–626（507 aa） 片段：unp residues 120-626
链 C 120–626（507 aa） 片段：unp residues 120-626
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） PO4 PHOSPHATE ION × 2 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 3.10 Å R-free 0.228
4BZB Crystal structure of the tetrameric dGTP-bound SAMHD1 mutant catalytic core 提交 2013-07-25 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 113–626（514 aa） 片段：HD DOMAIN, RESIDUES 113-626
链 B 113–626（514 aa） 片段：HD DOMAIN, RESIDUES 113-626
链 C 113–626（514 aa） 片段：HD DOMAIN, RESIDUES 113-626
链 D 113–626（514 aa） 片段：HD DOMAIN, RESIDUES 113-626
突变：YES 突变：YES 突变：YES 突变：YES DGT 2'-DEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 12 MG MAGNESIUM ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.4；100 MM SPG BUFFER, PH 7.4, 25% PEG 1500
分辨率 1.83 Å R-free 0.206
4BZC Crystal structure of the tetrameric dGTP-bound wild type SAMHD1 catalytic core 提交 2013-07-25 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 113–626（514 aa） 片段：HD DOMAIN, RESIDUES 113-626
链 B 113–626（514 aa） 片段：HD DOMAIN, RESIDUES 113-626
链 C 113–626（514 aa） 片段：HD DOMAIN, RESIDUES 113-626
链 D 113–626（514 aa） 片段：HD DOMAIN, RESIDUES 113-626
未记录 T8T 2'-deoxyguanosine-5'-O-(1-thiotriphosphate) × 12 MN MANGANESE (II) ION × 4 MG MAGNESIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.7；100 MM BIS-TRIS PH 6.7 AND 25% (W/V) PEG1500
分辨率 2.88 Å R-free 0.245
4CC9 Crystal structure of human SAMHD1 (amino acid residues 582-626) bound to Vpx isolated from sooty mangabey and human DCAF1 (amino acid residues 1058-1396) 提交 2013-10-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 C 582–626（45 aa） 片段：RESIDUES 582-626
未记录 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 2 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 0.2 M MAGNESIUM CHLORIDE, 0.1 M HEPES PH 7.5, 15% PEG 400
分辨率 2.47 Å R-free 0.216
4MZ7 Structural insight into dGTP-dependent activation of tetrameric SAMHD1 deoxynucleoside triphosphate triphosphohydrolase 提交 2013-09-29 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 109–626（518 aa） 片段：UNP residues 109-626
链 B 109–626（518 aa） 片段：UNP residues 109-626
突变：C266Y 突变：C266Y ZN ZINC ION × 4 DGT 2'-DEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 10 MG MAGNESIUM ION × 4 DTP 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；289 K；0.1M MES (pH 6.5), 25%(w/v) polyethylene glycol monomethyle ether 550, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K
分辨率 1.80 Å R-free 0.226
4Q7H Crystal structure of SAMHD1 catalytic core with GTP 提交 2014-04-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 109–626（518 aa） 片段：HD-domain, UNP residues 109-626
链 B 109–626（518 aa） 片段：HD-domain, UNP residues 109-626
突变：C266Y 突变：C266Y ZN ZINC ION × 2 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；0.2M Lithium citrate tribasic tetrahydrate, 24% PEG3350, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.59 Å R-free 0.248
4Q7H Crystal structure of SAMHD1 catalytic core with GTP 提交 2014-04-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 109–626（518 aa） 片段：HD-domain, UNP residues 109-626
链 D 109–626（518 aa） 片段：HD-domain, UNP residues 109-626
突变：C266Y 突变：C266Y ZN ZINC ION × 2 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；0.2M Lithium citrate tribasic tetrahydrate, 24% PEG3350, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.59 Å R-free 0.248
4QFX Crystal structure of the tetrameric dGTP/dATP-bound SAMHD1 (RN206) mutant catalytic core 提交 2014-05-21 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 113–626（514 aa） 片段：UNP residues 113-626
链 B 113–626（514 aa） 片段：UNP residues 113-626
链 C 113–626（514 aa） 片段：UNP residues 113-626
链 D 113–626（514 aa） 片段：UNP residues 113-626
突变：H206R/D207N 突变：H206R/D207N 突变：H206R/D207N 突变：H206R/D207N DGT 2'-DEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 8 DTP 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；298 K；0.1 M SPG, pH 6.5, 25% PEG1500, 20% ethylene glycol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
分辨率 2.20 Å R-free 0.270
4QFY Crystal structure of the tetrameric dGTP/dCTP-bound SAMHD1 (RN206) mutant catalytic core 提交 2014-05-22 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 113–626（514 aa） 片段：UNP residues 113-626
链 B 113–626（514 aa） 片段：UNP residues 113-626
链 C 113–626（514 aa） 片段：UNP residues 113-626
链 D 113–626（514 aa） 片段：UNP residues 113-626
突变：H206R/D207N 突变：H206R/D207N 突变：H206R/D207N 突变：H206R/D207N DGT 2'-DEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 8 DCP 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；298 K；0.1 M SPG, pH 6.5, 25% PEG1500, 20% ethylene glycol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
分辨率 2.10 Å R-free 0.269
4QFZ Crystal structure of the tetrameric dGTP/dTTP-bound SAMHD1 (RN206) mutant catalytic core 提交 2014-05-22 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 113–626（514 aa） 片段：UNP residues 113-626
链 B 113–626（514 aa） 片段：UNP residues 113-626
链 C 113–626（514 aa） 片段：UNP residues 113-626
链 D 113–626（514 aa） 片段：UNP residues 113-626
突变：H206R/D207N 突变：H206R/D207N 突变：H206R/D207N 突变：H206R/D207N DGT 2'-DEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 TTP THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 8 MG MAGNESIUM ION × 9 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；298 K；0.1 M SPG, pH 6.5, 25% PEG1500, 20% ethylene glycol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
分辨率 2.30 Å R-free 0.250
4QG0 Crystal structure of the tetrameric dGTP/dUTP-bound SAMHD1 (RN206) mutant catalytic core 提交 2014-05-22 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 113–626（514 aa） 片段：UNP residues 113-626
链 B 113–626（514 aa） 片段：UNP residues 113-626
链 C 113–626（514 aa） 片段：UNP residues 113-626
链 D 113–626（514 aa） 片段：UNP residues 113-626
突变：H206R/D207N 突变：H206R/D207N 突变：H206R/D207N 突变：H206R/D207N DGT 2'-DEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 DUT DEOXYURIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 8 MG MAGNESIUM ION × 7 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；298 K；0.1 M SPG, pH 6.5, 25% PEG1500, 20% ethylene glycol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
分辨率 2.30 Å R-free 0.250
4QG1 Crystal structure of the tetrameric GTP/dATP-bound SAMHD1 (RN206) mutant catalytic core 提交 2014-05-22 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 113–626（514 aa） 片段：UNP residues 113-626
链 B 113–626（514 aa） 片段：UNP residues 113-626
链 C 113–626（514 aa） 片段：UNP residues 113-626
链 D 113–626（514 aa） 片段：UNP residues 113-626
突变：H206R/D207N 突变：H206R/D207N 突变：H206R/D207N 突变：H206R/D207N DTP 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE × 8 MG MAGNESIUM ION × 4 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；298 K；0.1 M SPG, pH 6.5, 25% PEG1500, 20% ethylene glycol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
分辨率 2.20 Å R-free 0.264
4QG2 Crystal structure of the tetrameric GTP/dATP/ATP-bound SAMHD1 (RN206) mutant catalytic core 提交 2014-05-22 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 113–626（514 aa） 片段：UNP residues 113-626
链 B 113–626（514 aa） 片段：UNP residues 113-626
链 C 113–626（514 aa） 片段：UNP residues 113-626
链 D 113–626（514 aa） 片段：UNP residues 113-626
突变：H206R/D207N 突变：H206R/D207N 突变：H206R/D207N 突变：H206R/D207N GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 DTP 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；298 K；0.1 M SPG, pH 6.5, 25% PEG1500, 20% ethylene glycol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
分辨率 2.25 Å R-free 0.271
4QG4 Crystal structure of the tetrameric GTP/dATP/ATP-bound SAMHD1 (H210A) mutant catalytic core 提交 2014-05-22 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 113–626（514 aa） 片段：UNP residues 113-626
链 B 113–626（514 aa） 片段：UNP residues 113-626
链 C 113–626（514 aa） 片段：UNP residues 113-626
链 D 113–626（514 aa） 片段：UNP residues 113-626
突变：H210A 突变：H210A 突变：H210A 突变：H210A GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 DTP 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 4 ZN ZINC ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；298 K；0.1 M SPG, pH 6.5, 25% PEG1500, 20% ethylene glycol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
分辨率 2.10 Å R-free 0.245
4RXO The structure of GTP-bound SAMHD1 提交 2014-12-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 109–626（518 aa）
链 B 109–626（518 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 2 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；295 K；0.2 M sodium chloride, 0.1M Na/K phosphate, and 25% w/v polyethylene glycol 1000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K
分辨率 2.60 Å R-free 0.222
4RXO The structure of GTP-bound SAMHD1 提交 2014-12-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 109–626（518 aa）
链 D 109–626（518 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 2 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；295 K；0.2 M sodium chloride, 0.1M Na/K phosphate, and 25% w/v polyethylene glycol 1000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K
分辨率 2.60 Å R-free 0.222
4RXP The structure of GTP-dATP-bound SAMHD1 提交 2014-12-11 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 109–626（518 aa）
链 B 109–626（518 aa）
未记录 DTP 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE × 8 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；295 K；0.1 M lithium sulfate monohydrate, 0.1M sodium citrate tribasic dihydrate, and 20% w/v polyethylene glycol 1000, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K
分辨率 2.10 Å R-free 0.208
4RXQ The structure of GTP-dUTP-bound SAMHD1 提交 2014-12-11 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 109–626（518 aa）
链 B 109–626（518 aa）
未记录 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 DUT DEOXYURIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 8 MG MAGNESIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；295 K；0.1 M lithium sulfate monohydrate, 0.1M sodium citrate tribasic dihydrate, and 20% w/v polyethylene glycol 1000, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K
分辨率 2.10 Å R-free 0.229
4RXR The structure of GTP-dCTP-bound SAMHD1 提交 2014-12-11 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 109–626（518 aa）
链 B 109–626（518 aa）
未记录 DCP 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 8 MG MAGNESIUM ION × 4 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；295 K；0.1 M lithium sulfate monohydrate, 0.1M sodium citrate tribasic dihydrate, and 20% w/v polyethylene glycol 1000 , pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K
分辨率 2.12 Å R-free 0.213
4RXS The structure of GTP-dTTP-bound SAMHD1 提交 2014-12-11 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 109–626（518 aa）
链 B 109–626（518 aa）
未记录 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 TTP THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 8 MG MAGNESIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；295 K；0.1 M lithium sulfate monohydrate, 0.1M sodium citrate tribasic dihydrate, and 20% w/v polyethylene glycol 1000 , pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K
分辨率 2.20 Å R-free 0.222
4TNP Structural basis of cellular dNTP regulation, SAMHD1-GTP-dCTP-cCTP complex 提交 2014-06-04 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 113–626（514 aa） 片段：UNP residues 113-626
链 B 113–626（514 aa） 片段：UNP residues 113-626
链 C 113–626（514 aa） 片段：UNP residues 113-626
链 D 113–626（514 aa） 片段：UNP residues 113-626
未记录 DCP 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 8 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 BATCH MODE；pH 7.4；298 K；SPG buffer, PEG 1500
分辨率 2.00 Å R-free 0.222
4TNQ Structural basis of cellular dNTP regulation, SAMHD1-GTP-dTTP-dTTP complex 提交 2014-06-04 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 113–626（514 aa） 片段：UNP residues 113-626
链 B 113–626（514 aa） 片段：UNP residues 113-626
链 C 113–626（514 aa） 片段：UNP residues 113-626
链 D 113–626（514 aa） 片段：UNP residues 113-626
未记录 TTP THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 8 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 BATCH MODE；298 K；SPG buffer, PEG 1500
分辨率 2.55 Å R-free 0.198
4TNR Structure basis of cellular dNTP regulation, SAMHD1-GTP-dATP-dATP complex 提交 2014-06-04 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 113–626（514 aa） 片段：UNP residues 113-626
链 B 113–626（514 aa） 片段：UNP residues 113-626
链 C 113–626（514 aa） 片段：UNP residues 113-626
链 D 113–626（514 aa） 片段：UNP residues 113-626
未记录 DTP 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE × 7 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 BATCH MODE；298 K；SPG buffer, PEG 1500
分辨率 2.75 Å R-free 0.242
4TNX Structure basis of cellular dNTP regulation, SAMHD1-GTP-dGTP complex 提交 2014-06-05 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 113–626（514 aa） 片段：UNP residues 113-626
链 B 113–626（514 aa） 片段：UNP residues 113-626
链 C 113–626（514 aa） 片段：UNP residues 113-626
链 D 113–626（514 aa） 片段：UNP residues 113-626
未记录 DGT 2'-DEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 4 3PO TRIPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 BATCH MODE；298 K；SPG buffer, PEG 1500
分辨率 2.31 Å R-free 0.226
4TNY Structural basis of cellular dNTP regulation, SAMHD1-dGTP-dATP-dGTP complex 提交 2014-06-05 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 113–626（514 aa） 片段：UNP residues 113-626
链 B 113–626（514 aa） 片段：UNP residues 113-626
链 C 113–626（514 aa） 片段：UNP residues 113-626
链 D 113–626（514 aa） 片段：UNP residues 113-626
未记录 DGT 2'-DEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 8 DTP 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 BATCH MODE；298 K；SPG buffer, PEG 1500
分辨率 2.60 Å R-free 0.244
4TNZ Structure basis of cellular dNTP regulation, SAMHD1-GTP-dATP-dTTP complex 提交 2014-06-05 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 113–626（514 aa）
链 B 113–626（514 aa）
链 C 113–626（514 aa）
链 D 113–626（514 aa）
未记录 TTP THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 8 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 DTP 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 BATCH MODE；298 K；SPG buffer, PEG 1500
分辨率 2.38 Å R-free 0.243
4TO0 Structure basis of cellular dNTP regulation, SAMHD1-GTP-dATP-dCTP complex 提交 2014-06-05 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 113–626（514 aa） 片段：UNP residues 113-626
链 B 113–626（514 aa） 片段：UNP residues 113-626
链 C 113–626（514 aa） 片段：UNP residues 113-626
链 D 113–626（514 aa） 片段：UNP residues 113-626
未记录 DCP 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 DTP 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 BATCH MODE；298 K；SPG buffer, PEG 1500
分辨率 2.30 Å R-free 0.222
4TO1 Structure basis of cellular dNTP regulation, SAMHD1-GTP-dATP/dCTP-dCTP complex 提交 2014-06-05 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 113–626（514 aa） 片段：UNP residues 113-626
链 B 113–626（514 aa） 片段：UNP residues 113-626
链 C 113–626（514 aa） 片段：UNP residues 113-626
链 D 113–626（514 aa） 片段：UNP residues 113-626
未记录 DCP 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 6 DTP 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 4 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 BATCH MODE；298 K；SPG buffer, PEG 1500
分辨率 2.55 Å R-free 0.235
4TO2 Structure basis of cellular dNTP regulation, SAMHD1-dGTP-dGTP-dGTP/dTTP complex 提交 2014-06-05 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 113–626（514 aa）
链 B 113–626（514 aa）
链 C 113–626（514 aa）
链 D 113–626（514 aa）
未记录 DGT 2'-DEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 11 MG MAGNESIUM ION × 8 TTP THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 BATCH MODE；298 K；SPG buffer, PEG 1500
分辨率 2.27 Å R-free 0.234
4TO3 Structural basis of cellular dNTP regulation, SAMHD1-dGTP-dGTP-dCTP complex 提交 2014-06-05 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 113–626（514 aa）
链 B 113–626（514 aa）
链 C 113–626（514 aa）
链 D 113–626（514 aa）
未记录 DCP 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 8 DGT 2'-DEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 BATCH MODE；298 K；SPG buffer, PEG 1500
分辨率 2.20 Å R-free 0.204
4TO4 Structure basis of cellular dNTP regulation, SAMHD1-GTP-dGTP-dCTP complex 提交 2014-06-05 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 113–626（514 aa）
链 B 113–626（514 aa）
链 C 113–626（514 aa）
链 D 113–626（514 aa）
未记录 DCP 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 8 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 DGT 2'-DEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 BATCH MODE；298 K；SPG buffer, PEG 1500
分辨率 2.10 Å R-free 0.225
4TO5 Structure basis of cellular dNTP regulation, SAMHD1-GTP-dTTP-dCTP complex 提交 2014-06-05 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 113–626（514 aa） 片段：UNP residues 113-626
链 B 113–626（514 aa） 片段：UNP residues 113-626
链 C 113–626（514 aa） 片段：UNP residues 113-626
链 D 113–626（514 aa） 片段：UNP residues 113-626
未记录 DCP 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 TTP THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 BATCH MODE；298 K；SPG buffer, PEG 1500
分辨率 2.80 Å R-free 0.285
4TO6 Structure basis of cellular dNTP regulation, SAMHD1-dGTP-dATP-dTTP/dGTP complex 提交 2014-06-05 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 113–626（514 aa）
链 B 113–626（514 aa）
链 C 113–626（514 aa）
链 D 113–626（514 aa）
未记录 TTP THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 3 DGT 2'-DEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 DTP 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 BATCH MODE；298 K；SPG buffer, PEG 1500
分辨率 2.33 Å R-free 0.244
4ZWE Crystal structure of the dGTP-bound catalytic core of SAMHD1 T592V mutant 提交 2015-05-19 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 113–626（514 aa） 片段：residues 113-626
链 B 113–626（514 aa） 片段：residues 113-626
链 C 113–626（514 aa） 片段：residues 113-626
链 D 113–626（514 aa） 片段：residues 113-626
突变：H206R, D207N, T592V 突变：H206R, D207N, T592V 突变：H206R, D207N, T592V 突变：H206R, D207N, T592V DGT 2'-DEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 12 MG MAGNESIUM ION × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 BATCH MODE；pH 7.4；298 K；SPG buffer, PEG 1500
分辨率 2.81 Å R-free 0.248
4ZWE Crystal structure of the dGTP-bound catalytic core of SAMHD1 T592V mutant 提交 2015-05-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 113–626（514 aa） 片段：residues 113-626
链 D 113–626（514 aa） 片段：residues 113-626
突变：H206R, D207N, T592V 突变：H206R, D207N, T592V DGT 2'-DEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 7 MG MAGNESIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 BATCH MODE；pH 7.4；298 K；SPG buffer, PEG 1500
分辨率 2.81 Å R-free 0.248
4ZWE Crystal structure of the dGTP-bound catalytic core of SAMHD1 T592V mutant 提交 2015-05-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 113–626（514 aa） 片段：residues 113-626
链 C 113–626（514 aa） 片段：residues 113-626
突变：H206R, D207N, T592V 突变：H206R, D207N, T592V DGT 2'-DEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 6 MG MAGNESIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 BATCH MODE；pH 7.4；298 K；SPG buffer, PEG 1500
分辨率 2.81 Å R-free 0.248
4ZWE Crystal structure of the dGTP-bound catalytic core of SAMHD1 T592V mutant 提交 2015-05-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 113–626（514 aa） 片段：residues 113-626
链 C 113–626（514 aa） 片段：residues 113-626
突变：H206R, D207N, T592V 突变：H206R, D207N, T592V DGT 2'-DEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 MG MAGNESIUM ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 BATCH MODE；pH 7.4；298 K；SPG buffer, PEG 1500
分辨率 2.81 Å R-free 0.248
4ZWE Crystal structure of the dGTP-bound catalytic core of SAMHD1 T592V mutant 提交 2015-05-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 5 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 113–626（514 aa） 片段：residues 113-626
链 D 113–626（514 aa） 片段：residues 113-626
突变：H206R, D207N, T592V 突变：H206R, D207N, T592V DGT 2'-DEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 6 MG MAGNESIUM ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 BATCH MODE；pH 7.4；298 K；SPG buffer, PEG 1500
分辨率 2.81 Å R-free 0.248
4ZWG Crystal structure of the GTP-dATP-bound catalytic core of SAMHD1 phosphomimetic T592E mutant 提交 2015-05-19 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 113–626（514 aa） 片段：residues 113-626
链 B 113–626（514 aa） 片段：residues 113-626
链 C 113–626（514 aa） 片段：residues 113-626
链 D 113–626（514 aa） 片段：residues 113-626
突变：H206R, D207N, T592E 突变：H206R, D207N, T592E 突变：H206R, D207N, T592E 突变：H206R, D207N, T592E DTP 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE × 8 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 BATCH MODE；pH 7.4；298 K；SPG buffer, PEG 1500
分辨率 2.30 Å R-free 0.246
4ZWG Crystal structure of the GTP-dATP-bound catalytic core of SAMHD1 phosphomimetic T592E mutant 提交 2015-05-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 113–626（514 aa） 片段：residues 113-626
链 D 113–626（514 aa） 片段：residues 113-626
突变：H206R, D207N, T592E 突变：H206R, D207N, T592E DTP 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE × 4 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 BATCH MODE；pH 7.4；298 K；SPG buffer, PEG 1500
分辨率 2.30 Å R-free 0.246
4ZWG Crystal structure of the GTP-dATP-bound catalytic core of SAMHD1 phosphomimetic T592E mutant 提交 2015-05-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 113–626（514 aa） 片段：residues 113-626
链 C 113–626（514 aa） 片段：residues 113-626
突变：H206R, D207N, T592E 突变：H206R, D207N, T592E DTP 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE × 4 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 BATCH MODE；pH 7.4；298 K；SPG buffer, PEG 1500
分辨率 2.30 Å R-free 0.246
5AO0 Crystal structure of human SAMHD1 (amino acid residues 41-583) bound to ddGTP 提交 2015-09-09 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 41–583（543 aa） 片段：RESIDUES 41-583
链 B 41–583（543 aa） 片段：RESIDUES 41-583
未记录 FE FE (III) ION × 4 DG3 2'-3'-DIDEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 8 MG MAGNESIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 160 MM SUCCINIC ACID, 11% PEG 3350, PH 7
分辨率 3.73 Å R-free 0.268
5AO1 Crystal structure of human SAMHD1 (amino acid residues 115-583) bound to ddGTP 提交 2015-09-09 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 115–583（469 aa） 片段：UNP RESIDUES 115-583
链 B 115–583（469 aa） 片段：UNP RESIDUES 115-583
链 C 115–583（469 aa） 片段：UNP RESIDUES 115-583
链 D 115–583（469 aa） 片段：UNP RESIDUES 115-583
未记录 FE FE (III) ION × 4 DG3 2'-3'-DIDEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 8 SO4 SULFATE ION × 4 MG MAGNESIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 100 MM BIS TRIS PROPANE-HCL, 150 MM NA2SO4, 13.5% PEG 3350 PH 6.5
分辨率 2.54 Å R-free 0.220
5AO2 Crystal structure of human SAMHD1 (amino acid residues 115-583) R164A variant bound to dGTP 提交 2015-09-09 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 115–583（469 aa） 片段：UNP RESIDUES 115-583
链 B 115–583（469 aa） 片段：UNP RESIDUES 115-583
链 C 115–583（469 aa） 片段：UNP RESIDUES 115-583
链 D 115–583（469 aa） 片段：UNP RESIDUES 115-583
突变：YES 突变：YES 突变：YES 突变：YES FE FE (III) ION × 4 DGT 2'-DEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 0.2 M SODIUM CITRATE, 0.1 M BIS TRIS PROPANE-HCL, 20% PEG 3350, PH 8.5
分辨率 2.97 Å R-free 0.234
5AO3 Crystal structure of human SAMHD1 (amino acid residues 115-626) bound to GTP 提交 2015-09-09 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 115–626（512 aa） 片段：UNP RESIDUES 115-626
链 B 115–626（512 aa） 片段：UNP RESIDUES 115-626
链 C 115–626（512 aa） 片段：UNP RESIDUES 115-626
链 D 115–626（512 aa） 片段：UNP RESIDUES 115-626
未记录 FE FE (III) ION × 4 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 SO4 SULFATE ION × 11 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 0.2 M AMMONIUM SULPHATE, 20% PEG 3350
分辨率 3.00 Å R-free 0.247
5AO4 Crystal structure of in vitro phosphorylated human SAMHD1 (amino acid residues 115-626) bound to GTP 提交 2015-09-09 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 115–626（512 aa） 片段：RESIDUES 115-626
链 B 115–626（512 aa） 片段：RESIDUES 115-626
链 C 115–626（512 aa） 片段：RESIDUES 115-626
链 D 115–626（512 aa） 片段：RESIDUES 115-626
未记录 FE FE (III) ION × 4 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 0.2 M SODIUM FORMATE, 20% PEG 3350
分辨率 3.70 Å R-free 0.308
6CM2 SAMHD1 HD domain bound to decitabine triphosphate 提交 2018-03-02 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 113–626（514 aa）
链 B 113–626（514 aa）
链 C 113–626（514 aa）
链 D 113–626（514 aa）
突变：H94R, D95N 突变：H94R, D95N 突变：H94R, D95N 突变：H94R, D95N F6G 6-amino-3-{2-deoxy-5-O-[(R)-hydroxy{[(S)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]oxy}phosphoryl]-beta-D-erythro-pentofuranosyl}-3,4-dihydro-1,3,5-triazin-2(1H)-one × 8 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 BATCH MODE；298 K；SPG buffer, PEG 1500
分辨率 2.14 Å R-free 0.225
6DW3 SAMHD1 Bound to Cytarabine-TP in the Catalytic Pocket 提交 2018-06-26 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 113–626（514 aa）
链 B 113–626（514 aa）
链 C 113–626（514 aa）
链 D 113–626（514 aa）
突变：H206R, D207N 突变：H206R, D207N 突变：H206R, D207N 突变：H206R, D207N HF4 4-amino-1-{5-O-[(S)-hydroxy{[(R)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]oxy}phosphoryl]-beta-D-arabinofuranosyl}pyrimidin-2(1H)-one × 4 DTP 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 8 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 MICROBATCH；298 K；100 MM BIS-TRIS PH 6.7 AND 25% (W/V) PEG1500
分辨率 2.20 Å R-free 0.228
6DW4 SAMHD1 Bound to Cladribine-TP in the Catalytic Pocket and Allosteric Pocket 提交 2018-06-26 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 113–626（514 aa）
链 B 113–626（514 aa）
链 C 113–626（514 aa）
链 D 113–626（514 aa）
突变：H206R, D207N 突变：H206R, D207N 突变：H206R, D207N 突变：H206R, D207N HF7 2'-deoxy-2-methyladenosine 5'-(tetrahydrogen triphosphate) × 8 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 8 NA SODIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 MICROBATCH；298 K；100 MM BIS-TRIS PH 6.7 AND 25% (W/V) PEG1500
分辨率 1.99 Å R-free 0.202
6DW5 SAMHD1 Bound to Gemcitabine-TP in the Catalytic Pocket 提交 2018-06-26 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 113–626（514 aa）
链 B 113–626（514 aa）
链 C 113–626（514 aa）
链 D 113–626（514 aa）
突变：H206R, D207N 突变：H206R, D207N 突变：H206R, D207N 突变：H206R, D207N GTF 2'-deoxy-2',2'-difluorocytidine 5'-(tetrahydrogen triphosphate) × 4 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 DTP 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 10 NA SODIUM ION × 4 NI NICKEL (II) ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 MICROBATCH；298 K；100 MM BIS-TRIS PH 6.7 AND 25% (W/V) PEG1500
分辨率 1.93 Å R-free 0.205
6DW7 SAMHD1 without Catalytic Nucleotides 提交 2018-06-26 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 113–626（514 aa）
链 B 113–626（514 aa）
链 C 113–626（514 aa）
链 D 113–626（514 aa）
突变：H206R, D207N 突变：H206R, D207N 突变：H206R, D207N 突变：H206R, D207N DTP 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 4 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 GLY GLYCINE × 2 NA SODIUM ION × 3 PO4 PHOSPHATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 MICROBATCH；298 K；100 MM BIS-TRIS PH 6.7 AND 25% (W/V) PEG1500
分辨率 2.50 Å R-free 0.250
6DWD SAMHD1 Bound to Clofarabine-TP in the Catalytic Pocket and Allosteric Pocket 提交 2018-06-26 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 113–626（514 aa）
链 B 113–626（514 aa）
链 C 113–626（514 aa）
链 D 113–626（514 aa）
突变：H206R, D207N 突变：H206R, D207N 突变：H206R, D207N 突变：H206R, D207N HDV 9-{2-deoxy-2-fluoro-5-O-[(R)-hydroxy{[(S)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]oxy}phosphoryl]-beta-D-arabinofuranosyl}-2-me thyl-9H-purin-6-amine × 8 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 10 NA SODIUM ION × 23 GLY GLYCINE × 7 SIN SUCCINIC ACID × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 1 TCE 3,3',3''-phosphanetriyltripropanoic acid × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 MICROBATCH；298 K；100 MM BIS-TRIS PH 6.7 AND 25% (W/V) PEG1500
分辨率 1.70 Å R-free 0.202
6DWJ SAMHD1 Bound to Vidarabine-TP in the Catalytic Pocket 提交 2018-06-26 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 113–626（514 aa）
链 B 113–626（514 aa）
链 C 113–626（514 aa）
链 D 113–626（514 aa）
突变：H206R, D207N 突变：H206R, D207N 突变：H206R, D207N 突变：H206R, D207N HEJ 9-{5-O-[(S)-hydroxy{[(R)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]oxy}phosphoryl]-beta-D-arabinofuranosyl}-9H-purin-6-amine × 4 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 DTP 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 10 NA SODIUM ION × 17 GLY GLYCINE × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 MICROBATCH；298 K；100 MM BIS-TRIS PH 6.7 AND 25% (W/V) PEG1500
分辨率 2.50 Å R-free 0.208
6DWK SAMHD1 Bound to Fludarabine-TP in the Catalytic Pocket 提交 2018-06-26 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 113–626（514 aa）
链 B 113–626（514 aa）
链 C 113–626（514 aa）
链 D 113–626（514 aa）
突变：H206R, D207N 突变：H206R, D207N 突变：H206R, D207N 突变：H206R, D207N HFD 2-fluoro-9-{5-O-[(R)-hydroxy{[(R)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]oxy}phosphoryl]-beta-D-arabinofuranosyl}-9H-purin-6-a mine × 4 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 DTP 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 9 NA SODIUM ION × 23 GLY GLYCINE × 12 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 MICROBATCH；298 K；100 MM BIS-TRIS PH 6.7 AND 25% (W/V) PEG1500
分辨率 2.30 Å R-free 0.212
6TX0 Crystal structure of tetrameric human D137N-SAMHD1 (residues 109-626) with XTP, dAMPNPP and Mg 提交 2020-01-13 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 109–626（518 aa）
链 B 109–626（518 aa）
突变：D137N 突变：D137N FE FE (III) ION × 4 MG MAGNESIUM ION × 12 DZ4 2'-deoxy-5'-O-[(R)-hydroxy{[(R)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]amino}phosphoryl]adenosine × 8 CZF [[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-[2,6-bis(oxidanylidene)-3~{H}-purin-9-yl]-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] phosphono hydrogen phosphate × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；0.1 M Bistris methane-HCl pH 6, 16% (w/v) PEG 3350
分辨率 2.01 Å R-free 0.228
6TXA Crystal structure of tetrameric human D137N-SAMHD1 (residues 109-626) with XTP, dGMPNPP and Mg 提交 2020-01-13 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 109–626（518 aa）
链 B 109–626（518 aa）
链 C 109–626（518 aa）
链 D 109–626（518 aa）
突变：D137N 突变：D137N 突变：D137N 突变：D137N FE FE (III) ION × 4 MG MAGNESIUM ION × 12 XG4 2'-deoxy-5'-O-[(R)-hydroxy{[(R)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]amino}phosphoryl]guanosine × 8 CZF [[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-[2,6-bis(oxidanylidene)-3~{H}-purin-9-yl]-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] phosphono hydrogen phosphate × 4 SO4 SULFATE ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；0.1 M Bistris methane-HCl pH 6, 15% (w/v) PEG 3350, 0.15 M Li2SO4.
分辨率 2.85 Å R-free 0.212
6TXA Crystal structure of tetrameric human D137N-SAMHD1 (residues 109-626) with XTP, dGMPNPP and Mg 提交 2020-01-13 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 E 109–626（518 aa）
链 F 109–626（518 aa）
链 G 109–626（518 aa）
链 H 109–626（518 aa）
突变：D137N 突变：D137N 突变：D137N 突变：D137N FE FE (III) ION × 4 MG MAGNESIUM ION × 12 XG4 2'-deoxy-5'-O-[(R)-hydroxy{[(R)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]amino}phosphoryl]guanosine × 8 CZF [[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-[2,6-bis(oxidanylidene)-3~{H}-purin-9-yl]-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] phosphono hydrogen phosphate × 4 SO4 SULFATE ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；0.1 M Bistris methane-HCl pH 6, 15% (w/v) PEG 3350, 0.15 M Li2SO4.
分辨率 2.85 Å R-free 0.212
6TXA Crystal structure of tetrameric human D137N-SAMHD1 (residues 109-626) with XTP, dGMPNPP and Mg 提交 2020-01-13 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 I 109–626（518 aa）
链 J 109–626（518 aa）
链 K 109–626（518 aa）
链 L 109–626（518 aa）
突变：D137N 突变：D137N 突变：D137N 突变：D137N FE FE (III) ION × 4 MG MAGNESIUM ION × 12 XG4 2'-deoxy-5'-O-[(R)-hydroxy{[(R)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]amino}phosphoryl]guanosine × 8 CZF [[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-[2,6-bis(oxidanylidene)-3~{H}-purin-9-yl]-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] phosphono hydrogen phosphate × 4 SO4 SULFATE ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；0.1 M Bistris methane-HCl pH 6, 15% (w/v) PEG 3350, 0.15 M Li2SO4.
分辨率 2.85 Å R-free 0.212
6TXA Crystal structure of tetrameric human D137N-SAMHD1 (residues 109-626) with XTP, dGMPNPP and Mg 提交 2020-01-13 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 M 109–626（518 aa）
链 N 109–626（518 aa）
链 O 109–626（518 aa）
链 P 109–626（518 aa）
突变：D137N 突变：D137N 突变：D137N 突变：D137N FE FE (III) ION × 4 MG MAGNESIUM ION × 12 XG4 2'-deoxy-5'-O-[(R)-hydroxy{[(R)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]amino}phosphoryl]guanosine × 8 CZF [[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-[2,6-bis(oxidanylidene)-3~{H}-purin-9-yl]-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] phosphono hydrogen phosphate × 4 SO4 SULFATE ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；0.1 M Bistris methane-HCl pH 6, 15% (w/v) PEG 3350, 0.15 M Li2SO4.
分辨率 2.85 Å R-free 0.212
6TXC Crystal structure of tetrameric human wt-SAMHD1 (residues 109-626) with GTP, dATP, dCMPNPP and Mg 提交 2020-01-14 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 109–626（518 aa）
链 B 109–626（518 aa）
链 C 109–626（518 aa）
链 D 109–626（518 aa）
未记录 FE FE (III) ION × 4 MG MAGNESIUM ION × 12 0KX 2'-deoxy-5'-O-[(R)-hydroxy{[(R)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]amino}phosphoryl]cytidine × 4 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 SO4 SULFATE ION × 4 DTP 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；0.1 M Bistris methane-HCL pH 6, 17% (w/v) PEG 3350, 0.15 M Li2SO4.
分辨率 2.84 Å R-free 0.249
6TXC Crystal structure of tetrameric human wt-SAMHD1 (residues 109-626) with GTP, dATP, dCMPNPP and Mg 提交 2020-01-14 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 E 109–626（518 aa）
链 F 109–626（518 aa）
链 G 109–626（518 aa）
链 H 109–626（518 aa）
未记录 FE FE (III) ION × 4 MG MAGNESIUM ION × 9 0KX 2'-deoxy-5'-O-[(R)-hydroxy{[(R)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]amino}phosphoryl]cytidine × 4 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 SO4 SULFATE ION × 1 DTP 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；0.1 M Bistris methane-HCL pH 6, 17% (w/v) PEG 3350, 0.15 M Li2SO4.
分辨率 2.84 Å R-free 0.249
6TXC Crystal structure of tetrameric human wt-SAMHD1 (residues 109-626) with GTP, dATP, dCMPNPP and Mg 提交 2020-01-14 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 I 109–626（518 aa）
链 J 109–626（518 aa）
链 K 109–626（518 aa）
链 L 109–626（518 aa）
未记录 FE FE (III) ION × 4 MG MAGNESIUM ION × 11 0KX 2'-deoxy-5'-O-[(R)-hydroxy{[(R)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]amino}phosphoryl]cytidine × 4 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 SO4 SULFATE ION × 3 DTP 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；0.1 M Bistris methane-HCL pH 6, 17% (w/v) PEG 3350, 0.15 M Li2SO4.
分辨率 2.84 Å R-free 0.249
6TXC Crystal structure of tetrameric human wt-SAMHD1 (residues 109-626) with GTP, dATP, dCMPNPP and Mg 提交 2020-01-14 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 M 109–626（518 aa）
链 N 109–626（518 aa）
链 O 109–626（518 aa）
链 P 109–626（518 aa）
未记录 FE FE (III) ION × 4 MG MAGNESIUM ION × 10 0KX 2'-deoxy-5'-O-[(R)-hydroxy{[(R)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]amino}phosphoryl]cytidine × 4 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 SO4 SULFATE ION × 1 DTP 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；0.1 M Bistris methane-HCL pH 6, 17% (w/v) PEG 3350, 0.15 M Li2SO4.
分辨率 2.84 Å R-free 0.249
6TXE Crystal structure of tetrameric human wt-SAMHD1 (residues 109-626) with GTP, dATP, dTMPNPP and Mg 提交 2020-01-14 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 109–626（518 aa）
链 B 109–626（518 aa）
链 C 109–626（518 aa）
链 D 109–626（518 aa）
未记录 FE FE (III) ION × 4 MG MAGNESIUM ION × 8 1FZ 5'-O-[(R)-hydroxy{[(R)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]amino}phosphoryl]thymidine × 4 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 DTP 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE × 4 SO4 SULFATE ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；0.1 M Bistris methane-HCl pH 6, 19% (w/v) PEG 3350, 0.15 M Li2SO4
分辨率 3.19 Å R-free 0.252
6TXE Crystal structure of tetrameric human wt-SAMHD1 (residues 109-626) with GTP, dATP, dTMPNPP and Mg 提交 2020-01-14 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 E 109–626（518 aa）
链 F 109–626（518 aa）
链 G 109–626（518 aa）
链 H 109–626（518 aa）
未记录 FE FE (III) ION × 4 MG MAGNESIUM ION × 8 1FZ 5'-O-[(R)-hydroxy{[(R)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]amino}phosphoryl]thymidine × 4 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 DTP 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE × 4 SO4 SULFATE ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；0.1 M Bistris methane-HCl pH 6, 19% (w/v) PEG 3350, 0.15 M Li2SO4
分辨率 3.19 Å R-free 0.252
6TXE Crystal structure of tetrameric human wt-SAMHD1 (residues 109-626) with GTP, dATP, dTMPNPP and Mg 提交 2020-01-14 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 I 109–626（518 aa）
链 J 109–626（518 aa）
链 K 109–626（518 aa）
链 L 109–626（518 aa）
未记录 FE FE (III) ION × 4 MG MAGNESIUM ION × 8 1FZ 5'-O-[(R)-hydroxy{[(R)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]amino}phosphoryl]thymidine × 4 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 DTP 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE × 4 SO4 SULFATE ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；0.1 M Bistris methane-HCl pH 6, 19% (w/v) PEG 3350, 0.15 M Li2SO4
分辨率 3.19 Å R-free 0.252
6TXE Crystal structure of tetrameric human wt-SAMHD1 (residues 109-626) with GTP, dATP, dTMPNPP and Mg 提交 2020-01-14 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 M 109–626（518 aa）
链 N 109–626（518 aa）
链 O 109–626（518 aa）
链 P 109–626（518 aa）
未记录 FE FE (III) ION × 4 MG MAGNESIUM ION × 8 1FZ 5'-O-[(R)-hydroxy{[(R)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]amino}phosphoryl]thymidine × 4 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 DTP 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE × 4 SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；0.1 M Bistris methane-HCl pH 6, 19% (w/v) PEG 3350, 0.15 M Li2SO4
分辨率 3.19 Å R-free 0.252
6TXF Crystal structure of tetrameric human D137N-SAMHD1 (residues 109-626) with XTP, dAMPNPP and Mn 提交 2020-01-14 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 109–626（518 aa）
链 B 109–626（518 aa）
突变：D137N 突变：D137N FE FE (III) ION × 4 MN MANGANESE (II) ION × 12 DZ4 2'-deoxy-5'-O-[(R)-hydroxy{[(R)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]amino}phosphoryl]adenosine × 8 CZF [[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-[2,6-bis(oxidanylidene)-3~{H}-purin-9-yl]-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] phosphono hydrogen phosphate × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；0.1 M Bistris methane-HCl pH 6, 14% (w/v) PEG 3350
分辨率 2.25 Å R-free 0.239
6U6X Human SAMHD1 bound to deoxyribo(C*G*C*C*T)-oligonucleotide 提交 2019-08-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric
链 A 114–626（513 aa）
链 D 114–626（513 aa）
突变：D311A 突变：D311A ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；0.2 M sodium tartrate dibasic, 20% polyethylene glycol 3350
分辨率 2.58 Å R-free 0.236
6U6X Human SAMHD1 bound to deoxyribo(C*G*C*C*T)-oligonucleotide 提交 2019-08-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric
链 B 114–626（513 aa）
链 C 114–626（513 aa）
突变：D311A 突变：D311A ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；0.2 M sodium tartrate dibasic, 20% polyethylene glycol 3350
分辨率 2.58 Å R-free 0.236
6U6Y Human SAMHD1 bound to ribo(CGCCU)-oligonucleotide 提交 2019-08-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric
链 A 114–626（513 aa）
链 D 114–626（513 aa）
突变：D311A 突变：D311A ZN ZINC ION × 2 DTP 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；20% PEG 4000, 0.6 M NaCl, 0.1 M MES:NaOH pH 6.5
分辨率 2.47 Å R-free 0.235
6U6Y Human SAMHD1 bound to ribo(CGCCU)-oligonucleotide 提交 2019-08-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–RNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric
链 B 114–626（513 aa）
链 C 114–626（513 aa）
突变：D311A 突变：D311A ZN ZINC ION × 2 DTP 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；20% PEG 4000, 0.6 M NaCl, 0.1 M MES:NaOH pH 6.5
分辨率 2.47 Å R-free 0.235
6U6Z Human SAMHD1 bound to deoxyribo(TG*TTCA)-oligonucleotide 提交 2019-08-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric
链 A 116–626（511 aa）
链 D 116–626（511 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；0.26 M sodium malonate, 20% polyethylene glycol 3350, 0.1 M bis-Tris propane pH 8.5
分辨率 2.10 Å R-free 0.206
6U6Z Human SAMHD1 bound to deoxyribo(TG*TTCA)-oligonucleotide 提交 2019-08-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric
链 B 116–626（511 aa）
链 C 116–626（511 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；0.26 M sodium malonate, 20% polyethylene glycol 3350, 0.1 M bis-Tris propane pH 8.5
分辨率 2.10 Å R-free 0.206
6XU1 Crystal structure of tetrameric human H215A-SAMHD1 (residues 109-626) with GTP, dAMPNPP and Mg 提交 2020-01-17 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 109–626（518 aa）
链 B 109–626（518 aa）
链 C 109–626（518 aa）
链 D 109–626（518 aa）
突变：H215A 突变：H215A 突变：H215A 突变：H215A FE FE (III) ION × 4 MG MAGNESIUM ION × 13 DZ4 2'-deoxy-5'-O-[(R)-hydroxy{[(R)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]amino}phosphoryl]adenosine × 8 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；0.1 M Bistris methane-HCl pH 6, 15% (w/v) PEG 3350, 0.1 M MgCl2
分辨率 2.20 Å R-free 0.202
6XU1 Crystal structure of tetrameric human H215A-SAMHD1 (residues 109-626) with GTP, dAMPNPP and Mg 提交 2020-01-17 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 E 109–626（518 aa）
链 F 109–626（518 aa）
链 G 109–626（518 aa）
链 H 109–626（518 aa）
突变：H215A 突变：H215A 突变：H215A 突变：H215A FE FE (III) ION × 4 MG MAGNESIUM ION × 12 DZ4 2'-deoxy-5'-O-[(R)-hydroxy{[(R)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]amino}phosphoryl]adenosine × 8 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；0.1 M Bistris methane-HCl pH 6, 15% (w/v) PEG 3350, 0.1 M MgCl2
分辨率 2.20 Å R-free 0.202
6YOM Crystal structure of tetrameric human D137N-SAMHD1 (residues 109-626) with XTP, dATP, dCMPNPP, Mn and Mg 提交 2020-04-14 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 109–626（518 aa）
链 B 109–626（518 aa）
突变：D137N 突变：D137N FE FE (III) ION × 4 MN MANGANESE (II) ION × 4 MG MAGNESIUM ION × 8 0KX 2'-deoxy-5'-O-[(R)-hydroxy{[(R)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]amino}phosphoryl]cytidine × 4 CZF [[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-[2,6-bis(oxidanylidene)-3~{H}-purin-9-yl]-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] phosphono hydrogen phosphate × 4 DTP 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；0.1 M Bistris methane-HCl pH 6, 15% (w/v) PEG 3350, 0.05 M MgCl2
分辨率 3.25 Å R-free 0.236
7A5Y Crystal structure of tetrameric human H215A-SAMHD1 (residues 109-626) with Rp-dGTP-alphaS (T8T) and Mg 提交 2020-08-24 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 109–626（518 aa）
链 B 109–626（518 aa）
链 C 109–626（518 aa）
链 D 109–626（518 aa）
突变：H215A 突变：H215A 突变：H215A 突变：H215A FE FE (III) ION × 4 MG MAGNESIUM ION × 12 T8T 2'-deoxyguanosine-5'-O-(1-thiotriphosphate) × 12 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；0.1 M Bistris methane-HCl pH 6, 15% (w/v) PEG 3350, 0.15 M Li2SO4
分辨率 2.29 Å R-free 0.240
7A5Y Crystal structure of tetrameric human H215A-SAMHD1 (residues 109-626) with Rp-dGTP-alphaS (T8T) and Mg 提交 2020-08-24 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 E 109–626（518 aa）
链 F 109–626（518 aa）
链 G 109–626（518 aa）
链 H 109–626（518 aa）
突变：H215A 突变：H215A 突变：H215A 突变：H215A FE FE (III) ION × 4 MG MAGNESIUM ION × 12 T8T 2'-deoxyguanosine-5'-O-(1-thiotriphosphate) × 12 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；0.1 M Bistris methane-HCl pH 6, 15% (w/v) PEG 3350, 0.15 M Li2SO4
分辨率 2.29 Å R-free 0.240
7LTT SAMHD1(113-626) H206R D207N R366C 提交 2021-02-20 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 113–626（514 aa）
链 B 113–626（514 aa）
链 C 113–626（514 aa）
链 D 113–626（514 aa）
突变：H206R, D207N, R366C 突变：H206R, D207N, R366C 突变：H206R, D207N, R366C 突变：H206R, D207N, R366C DGT 2'-DEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 8 MG MAGNESIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 MICROBATCH；pH 8.2；293 K；PEG 1500, dGTP, SPG buffer, sodium chloride, magnesium chloride, TCEP
分辨率 1.90 Å R-free 0.212
7LU5 SAMHD1(113-626) H206R D207N R366H 提交 2021-02-20 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 113–626（514 aa）
链 B 113–626（514 aa）
链 C 113–626（514 aa）
链 D 113–626（514 aa）
突变：H206R, D207N, R366H 突变：H206R, D207N, R366H 突变：H206R, D207N, R366H 突变：H206R, D207N, R366H DGT 2'-DEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 MICROBATCH；pH 9；293 K；PEG 1500, dGTP, SPG buffer, sodium chloride, magnesium chloride
分辨率 3.57 Å R-free 0.274
7LU5 SAMHD1(113-626) H206R D207N R366H 提交 2021-02-20 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 E 113–626（514 aa）
链 F 113–626（514 aa）
链 G 113–626（514 aa）
链 H 113–626（514 aa）
突变：H206R, D207N, R366H 突变：H206R, D207N, R366H 突变：H206R, D207N, R366H 突变：H206R, D207N, R366H DGT 2'-DEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 MICROBATCH；pH 9；293 K；PEG 1500, dGTP, SPG buffer, sodium chloride, magnesium chloride
分辨率 3.57 Å R-free 0.274
7LU5 SAMHD1(113-626) H206R D207N R366H 提交 2021-02-20 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 I 113–626（514 aa）
链 J 113–626（514 aa）
链 K 113–626（514 aa）
链 L 113–626（514 aa）
突变：H206R, D207N, R366H 突变：H206R, D207N, R366H 突变：H206R, D207N, R366H 突变：H206R, D207N, R366H DGT 2'-DEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 MICROBATCH；pH 9；293 K；PEG 1500, dGTP, SPG buffer, sodium chloride, magnesium chloride
分辨率 3.57 Å R-free 0.274
7LU5 SAMHD1(113-626) H206R D207N R366H 提交 2021-02-20 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 M 113–626（514 aa）
链 N 113–626（514 aa）
链 O 113–626（514 aa）
链 P 113–626（514 aa）
突变：H206R, D207N, R366H 突变：H206R, D207N, R366H 突变：H206R, D207N, R366H 突变：H206R, D207N, R366H DGT 2'-DEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 MICROBATCH；pH 9；293 K；PEG 1500, dGTP, SPG buffer, sodium chloride, magnesium chloride
分辨率 3.57 Å R-free 0.274
7S2Y SAMHD1 HD domain bound to CNDAC 提交 2021-09-04 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 113–626（514 aa）
链 B 113–626（514 aa）
链 C 113–626（514 aa）
链 D 113–626（514 aa）
未记录 85T 4-amino-1-{2-cyano-2-deoxy-5-O-[(S)-hydroxy{[(S)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]oxy}phosphoryl]-beta-D-arabinofuranosyl}pyrimidin-2(1H)-one × 4 DTP 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 8 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 MICROBATCH；298 K；100 mM succinate phosphate glycine buffer pH 7.4, 25% PEG 1500
分辨率 2.80 Å R-free 0.232
7UJN Structure of Human SAMHD1 with Non-Hydrolysable dGTP Analog 提交 2022-03-31 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–626（626 aa）
链 B 1–626（626 aa）
链 C 1–626（626 aa）
链 D 1–626（626 aa）
未记录 T8T 2'-deoxyguanosine-5'-O-(1-thiotriphosphate) × 12 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.89 Å
8D94 SAMHD1-DNA complex 提交 2022-06-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–626（626 aa）
链 D 1–626（626 aa）
未记录 FE FE (III) ION × 2 CA CALCIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；100 mM Tris-HCl pH 7.5, 150 mM CaCl2, 20% PEG 3350, and 4% 2-methyl-2,4-pentanediol (MPD)
分辨率 2.44 Å R-free 0.243
8D94 SAMHD1-DNA complex 提交 2022-06-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–626（626 aa）
链 C 1–626（626 aa）
未记录 FE FE (III) ION × 2 CA CALCIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；100 mM Tris-HCl pH 7.5, 150 mM CaCl2, 20% PEG 3350, and 4% 2-methyl-2,4-pentanediol (MPD)
分辨率 2.44 Å R-free 0.243
8D9J SAMHD1-DNA complex 提交 2022-06-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–626（626 aa）
链 D 1–626（626 aa）
未记录 FE FE (III) ION × 2 CA CALCIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；100 mM Tris-HCl pH 7.5, 150 mM CaCl2, 20% PEG 3350, and 4% 2-methyl-2,4-pentanediol (MPD)
分辨率 2.82 Å R-free 0.242
8D9J SAMHD1-DNA complex 提交 2022-06-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–626（626 aa）
链 C 1–626（626 aa）
未记录 FE FE (III) ION × 2 CA CALCIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；100 mM Tris-HCl pH 7.5, 150 mM CaCl2, 20% PEG 3350, and 4% 2-methyl-2,4-pentanediol (MPD)
分辨率 2.82 Å R-free 0.242
8GB1 Crystal structure of SAMHD1 dimer bound to deoxyguanosine linked inhibitor 提交 2023-02-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 113–626（514 aa）
链 B 113–626（514 aa）
未记录 YWI 5'-O-[(R)-(3-{[(1M)-3'-bromo[1,1'-biphenyl]-3-carbonyl]amino}propoxy)(hydroxy)phosphoryl]-2'-deoxyguanosine × 2 FE FE (III) ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.3；293 K；17% PEG3350, 0.15 M Ammonium citrate pH 7.3, 293 K, 5 mg/mL, 1 uL protein + 2 uL ML. Soak 1 uL of 1 mM compound
分辨率 2.46 Å R-free 0.236
8GB1 Crystal structure of SAMHD1 dimer bound to deoxyguanosine linked inhibitor 提交 2023-02-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 113–626（514 aa）
链 D 113–626（514 aa）
未记录 YWI 5'-O-[(R)-(3-{[(1M)-3'-bromo[1,1'-biphenyl]-3-carbonyl]amino}propoxy)(hydroxy)phosphoryl]-2'-deoxyguanosine × 2 FE FE (III) ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.3；293 K；17% PEG3350, 0.15 M Ammonium citrate pH 7.3, 293 K, 5 mg/mL, 1 uL protein + 2 uL ML. Soak 1 uL of 1 mM compound
分辨率 2.46 Å R-free 0.236
8GB2 Crystal structure of Apo-SAMHD1 提交 2023-02-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 113–626（514 aa）
链 D 113–626（514 aa）
未记录 FE FE (III) ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.3；293 K；17% PEG3350, 0.15 M Ammonium citrate pH 7.3, 293 K, 5 mg/mL, 1 uL protein + 2 uL ML.
分辨率 3.07 Å R-free 0.250
8GB2 Crystal structure of Apo-SAMHD1 提交 2023-02-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 113–626（514 aa）
链 C 113–626（514 aa）
未记录 FE FE (III) ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.3；293 K；17% PEG3350, 0.15 M Ammonium citrate pH 7.3, 293 K, 5 mg/mL, 1 uL protein + 2 uL ML.
分辨率 3.07 Å R-free 0.250
8QXJ Cryo-EM structure of tetrameric human SAMHD1 with dApNHpp 提交 2023-10-24 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–626（626 aa）
链 B 1–626（626 aa）
链 C 1–626（626 aa）
链 D 1–626（626 aa）
未记录 DZ4 2'-deoxy-5'-O-[(R)-hydroxy{[(R)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]amino}phosphoryl]adenosine × 8 FE FE (III) ION × 4 MG MAGNESIUM ION × 12 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.65 Å
8QXK Cryo-EM structure of tetrameric human SAMHD1 State I - Tense 提交 2023-10-24 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–626（626 aa）
链 B 1–626（626 aa）
链 C 1–626（626 aa）
链 D 1–626（626 aa）
未记录 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 FE FE (III) ION × 4 MG MAGNESIUM ION × 12 DCP 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 DTP 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.66 Å
8QXL Cryo-EM structure of tetrameric human SAMHD1 State II - Hemi-relaxed 提交 2023-10-24 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–626（626 aa）
链 B 1–626（626 aa）
链 C 1–626（626 aa）
链 D 1–626（626 aa）
未记录 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 FE FE (III) ION × 4 MG MAGNESIUM ION × 10 DCZ 2'-DEOXYCYTIDINE × 2 3PO TRIPHOSPHATE × 2 DTP 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE × 4 DCP 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.82 Å
8QXM Cryo-EM structure of tetrameric human SAMHD1 State III - Relaxed 提交 2023-10-24 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–626（626 aa）
链 B 1–626（626 aa）
链 C 1–626（626 aa）
链 D 1–626（626 aa）
未记录 FE FE (III) ION × 4 MG MAGNESIUM ION × 10 DTP 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE × 4 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 DCP 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.94 Å
8QXN Cryo-EM structure of tetrameric human SAMHD1 State IV - Depleted relaxed 提交 2023-10-24 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–626（626 aa）
链 B 1–626（626 aa）
链 C 1–626（626 aa）
链 D 1–626（626 aa）
未记录 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 FE FE (III) ION × 4 MG MAGNESIUM ION × 8 DTP 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE × 4 DCP 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.98 Å
8QXO Cryo-EM structure of tetrameric human SAMHD1 State V - Depleted relaxed 提交 2023-10-24 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–626（626 aa）
链 B 1–626（626 aa）
链 C 1–626（626 aa）
链 D 1–626（626 aa）
未记录 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 FE FE (III) ION × 4 MG MAGNESIUM ION × 2 DTP 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE × 2 DCP 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.43 Å
8TDV ssRNA bound SAMHD1 T closed 提交 2023-07-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric
链 A 1–626（626 aa）
链 B 1–626（626 aa）
链 E 1–626（626 aa）
链 F 1–626（626 aa）
未记录 FE FE (III) ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.44 Å
8TDW ssRNA bound SAMHD1 T open 提交 2023-07-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric
链 A 1–626（626 aa）
链 B 1–626（626 aa）
链 E 1–626（626 aa）
链 F 1–626（626 aa）
未记录 FE FE (III) ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.04 Å
9HIW Cryo-EM structure of CDK2-cyclin A bound to a SAMHD1 peptide 提交 2024-11-27 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 C 614–626（13 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å

共 75 个其他 PDB 条目、105 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 SAMH1_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 3–516； UniProt 113–626 作者链 B； PDB构建体 3–516； UniProt 113–626 作者链 C； PDB构建体 3–516； UniProt 113–626 作者链 D； PDB构建体 3–516； UniProt 113–626

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9ec2

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9ec2
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id9ec2
沉积日期 deposition_date2024-11-13
结构标题 titleCrystal structure of SAMHD1 dimer bound to an inhibitor obtained from high-throughput chemical tethering to the guanine antiviral acyclovir
关键词 keywordsInhibitors of SAMHD1 obtained from high-throughput chemical tethering to the guanine antiviral acyclovir, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier39.62 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron39.25 Å
零角强度 I(0) i0625733000.00
分子量 molecular_weight208040.0 kDa
排除体积 excluded_volume261130 ų
包络体积 envelope_volume341870 ų
水化壳体积 shell_volume69362 ų
包络直径 envelope_diameter126.6 Å
壳层 Rg shell_rg47.77 Å
包络 Rg envelope_rg38.73 Å
形状 Rg shape_rg39.39 Å
总 Rg total_rg39.22 Å
总原子数 total_atoms29063
残基数 n_residues1770
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax124.5 Å
Rg (实空间) rg_real39.41 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.96 Å
I(0) (实空间) i0_real6.2570e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.0640e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal39.55 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal625800000.0000
解质量估计 total_estimate0.8310
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary49.8 Å
偏度 Skewness skewness0.164
峰度 Kurtosis kurtosis-0.567
角度范围 angular_range— – 0.2000 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha131900000.0000
实空间数据点数 n_real_points41
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.936; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.992; Smooth: 0.000
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

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8. 引用文献 (2)

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9. 文件与曲线 (10)