9ed6

CryoEM map of the mLST8-Rag-Ragultor subcomplex

Method: ELECTRON MICROSCOPY

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ras-related GTP-binding protein A

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 8	Ragulator complex protein LAMTOR2 × 1 （Q9Y2Q5） Ragulator complex protein LAMTOR3 × 1 （Q9UHA4） Ragulator complex protein LAMTOR5 × 1 （O43504） Target of rapamycin complex subunit LST8 × 1 （Q9BVC4） Ras-related GTP-binding protein C × 1 （Q9HB90） Ragulator complex protein LAMTOR1 × 1 （Q6IAA8） Ragulator complex protein LAMTOR4 × 1 （Q0VGL1） GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MAGNESIUM ION × 1 GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RRAGA_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–313； UniProt 1–313

Ragulator complex protein LAMTOR2

Homo sapiens

UniProt Q9Y2Q5

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 8	Ras-related GTP-binding protein A × 1 （Q7L523） Ragulator complex protein LAMTOR3 × 1 （Q9UHA4） Ragulator complex protein LAMTOR5 × 1 （O43504） Target of rapamycin complex subunit LST8 × 1 （Q9BVC4） Ras-related GTP-binding protein C × 1 （Q9HB90） Ragulator complex protein LAMTOR1 × 1 （Q6IAA8） Ragulator complex protein LAMTOR4 × 1 （Q0VGL1） GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MAGNESIUM ION × 1 GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	LTOR2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 1–125； UniProt 1–125

Ragulator complex protein LAMTOR3

Homo sapiens

UniProt Q9UHA4

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 8	Ras-related GTP-binding protein A × 1 （Q7L523） Ragulator complex protein LAMTOR2 × 1 （Q9Y2Q5） Ragulator complex protein LAMTOR5 × 1 （O43504） Target of rapamycin complex subunit LST8 × 1 （Q9BVC4） Ras-related GTP-binding protein C × 1 （Q9HB90） Ragulator complex protein LAMTOR1 × 1 （Q6IAA8） Ragulator complex protein LAMTOR4 × 1 （Q0VGL1） GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MAGNESIUM ION × 1 GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	LTOR3_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 F； PDB构建体 1–124； UniProt 1–124

Ragulator complex protein LAMTOR5

Homo sapiens

UniProt O43504

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 8	Ras-related GTP-binding protein A × 1 （Q7L523） Ragulator complex protein LAMTOR2 × 1 （Q9Y2Q5） Ragulator complex protein LAMTOR3 × 1 （Q9UHA4） Target of rapamycin complex subunit LST8 × 1 （Q9BVC4） Ras-related GTP-binding protein C × 1 （Q9HB90） Ragulator complex protein LAMTOR1 × 1 （Q6IAA8） Ragulator complex protein LAMTOR4 × 1 （Q0VGL1） GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MAGNESIUM ION × 1 GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	LTOR5_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 H； PDB构建体 1–91； UniProt 1–91

Target of rapamycin complex subunit LST8

Homo sapiens

UniProt Q9BVC4

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 8	Ras-related GTP-binding protein A × 1 （Q7L523） Ragulator complex protein LAMTOR2 × 1 （Q9Y2Q5） Ragulator complex protein LAMTOR3 × 1 （Q9UHA4） Ragulator complex protein LAMTOR5 × 1 （O43504） Ras-related GTP-binding protein C × 1 （Q9HB90） Ragulator complex protein LAMTOR1 × 1 （Q6IAA8） Ragulator complex protein LAMTOR4 × 1 （Q0VGL1） GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MAGNESIUM ION × 1 GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	LST8_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 I； PDB构建体 1–326； UniProt 1–326

Ras-related GTP-binding protein C

Homo sapiens

UniProt Q9HB90

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 8	Ras-related GTP-binding protein A × 1 （Q7L523） Ragulator complex protein LAMTOR2 × 1 （Q9Y2Q5） Ragulator complex protein LAMTOR3 × 1 （Q9UHA4） Ragulator complex protein LAMTOR5 × 1 （O43504） Target of rapamycin complex subunit LST8 × 1 （Q9BVC4） Ragulator complex protein LAMTOR1 × 1 （Q6IAA8） Ragulator complex protein LAMTOR4 × 1 （Q0VGL1） GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MAGNESIUM ION × 1 GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	RRAGC_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	6
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–399； UniProt 1–399

Ragulator complex protein LAMTOR1

Homo sapiens

UniProt Q6IAA8

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 8	Ras-related GTP-binding protein A × 1 （Q7L523） Ragulator complex protein LAMTOR2 × 1 （Q9Y2Q5） Ragulator complex protein LAMTOR3 × 1 （Q9UHA4） Ragulator complex protein LAMTOR5 × 1 （O43504） Target of rapamycin complex subunit LST8 × 1 （Q9BVC4） Ras-related GTP-binding protein C × 1 （Q9HB90） Ragulator complex protein LAMTOR4 × 1 （Q0VGL1） GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MAGNESIUM ION × 1 GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	LTOR1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	7
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161

Ragulator complex protein LAMTOR4

Homo sapiens

UniProt Q0VGL1

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 8	Ras-related GTP-binding protein A × 1 （Q7L523） Ragulator complex protein LAMTOR2 × 1 （Q9Y2Q5） Ragulator complex protein LAMTOR3 × 1 （Q9UHA4） Ragulator complex protein LAMTOR5 × 1 （O43504） Target of rapamycin complex subunit LST8 × 1 （Q9BVC4） Ras-related GTP-binding protein C × 1 （Q9HB90） Ragulator complex protein LAMTOR1 × 1 （Q6IAA8） GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MAGNESIUM ION × 1 GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	LTOR4_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	8
链与序列区间	作者链 G； PDB构建体 1–99； UniProt 1–99

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9ed6
沉积日期 deposition_date	2024-11-15
结构标题 title	CryoEM map of the mLST8-Rag-Ragultor subcomplex
关键词 keywords	mTORC1, cell growth, singaling protein, membrane, SIGNALING PROTEIN; SIGNALING PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

9ed6__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

9ed6__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

9ed6__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	43.26 Å
Rg（电子密度）	43.03 Å
总 Rg	43.14 Å
原子数	11246
残基数	1421
排除体积	199950 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`9ed6__assembly_1__model_1`	octameric （8）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (11)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Ras-related GTP-binding protein A
分子量 formula_weight	36600.2 kDa
EC 编号 ec_number	3.6.5.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B
原子数 atom_count	11246

MPNTAMKKKVLLMGKSGSGKTSMRSIIFANYIARDTRRLGATIDVEHSHVRFLGNLVLNLWDCGGLDTFMENYFTSQRDNIFRNVEVLIYVFDVESRELEKDMHYYQSCLEAILQNSPDAKIFCLVHKMDLVQEDQRDLIFKEREEDLRRLSRPLECACFRTSIWDETLYKAWSSIVYQLIPNVQQLEMNLRNFAQIIEADEVLLFERATFLVISHYQCKEQRDVHRFEKISNIIKQFKLSCSKLAASFQSMEVRNSNFAAFIDIFTSNTYVMVVMSDPSIPSAATLINIRNARKHFEKLERVDGPKHSLLMR

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Ragulator complex protein LAMTOR2
分子量 formula_weight	13517.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E

MLRPKALTQVLSQANTGGVQSTLLLNNEGSLLAYSGYGDTDARVTAAIASNIWAAYDRNGNQAFNEDNLKFILMDCMEGRVAITRVANLLLCMYAKETVGFGMLKAKAQALVQYLEEPLTQVAAS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Ragulator complex protein LAMTOR3
分子量 formula_weight	13637.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F

MADDLKRFLYKKLPSVEGLHAIVVSDRDGVPVIKVANDNAPEHALRPGFLSTFALATDQGSKLGLSKNKSIICYYNTYQVVQFNRLPLVVSFIASSSANTGLIVSLEKELAPLFEELRQVVEVS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Ragulator complex protein LAMTOR5
分子量 formula_weight	9622.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

MEATLEQHLEDTMKNPSIVGVLCTDSQGLNLGCRGTLSDEHAGVISVLAQQAAKLTSDPTDIPVVCLESDNGNIMIQKHDGITVAVHKMAS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	Target of rapamycin complex subunit LST8
分子量 formula_weight	35910.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I

MNTSPGTVGSDPVILATAGYDHTVRFWQAHSGICTRTVQHQDSQVNALEVTPDRSMIAAAGYQHIRMYDLNSNNPNPIISYDGVNKNIASVGFHEDGRWMYTGGEDCTARIWDLRSRNLQCQRIFQVNAPINCVCLHPNQAELIVGDQSGAIHIWDLKTDHNEQLIPEPEVSITSAHIDPDASYMAAVNSTGNCYVWNLTGGIGDEVTQLIPKTKIPAHTRYALQCRFSPDSTLLATCSADQTCKIWRTSNFSLMTELSIKSGNPGESSRGWMWGCAFSGDSQYIVTASSDNLARLWCVETGEIKREYGGHQKAVVCLAFNDSVLG

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	Ras-related GTP-binding protein C
分子量 formula_weight	44298.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MSLQYGAEETPLAGSYGAADSFPKDFGYGVEEEEEEAAAAGGGVGAGAGGGCGPGGADSSKPRILLMGLRRSGKNSIQKVVFHKMSPNETLFLESTNKIYKDDISNSSFVNFQIWDFPGQMDFFDPTFDYEMIFRGTGALIYVIDAQDDYMEALTRLHITVSKAYKVNPDMNFEVFIHKVDGLSDDHKIETQRDIHQRANDDLADAGLEKLHLSFYLTSIYDHSIFEAFSKVVQKLIPQLPTLENLLNIFISNSGIEKAFLFDVVSKIYIATDSSPVDMQSYELCCDMIDVVIDVSCIYGLKEDGSGSAYDKESMAIIKLNNTTVLYLKEVTKFLALVCILREESFERKGLIDYNFHCFRKAIHEVFEVGVTSHRSCGHQTSASSLKALTHNGTPRNAI

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 7 Entity 7 polymer

描述 description	Ragulator complex protein LAMTOR1
分子量 formula_weight	17762.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

MGCCYSSENEDSDQDREERKLLLDPSSPPTKALNGAEPNYHSLPSARTDEQALLSSILAKTASNIIDVSAADSQGMEQHEYMDRARQYSTRLAVLSSSLTHWKKLPPLPSLTSQPHQVLASEPIPFSDLQQVSRIAAYAYSALSQIRVDAKEELVVQFGIP

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 8 Entity 8 polymer

描述 description	Ragulator complex protein LAMTOR4
分子量 formula_weight	10753.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G

MTSALTQGLERIPDQLGYLVLSEGAVLASSGDLENDEQAASAISELVSTACGFRLHRGMNVPFKRLSVVFGEHTLLVTVSGQRVFVVKRQNRGREPIDV

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 9 Entity 9 non-polymer

描述 description	GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	523.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 10 Entity 10 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 11 Entity 11 non-polymer

描述 description	GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	443.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	triclinic

分辨率 resolution	3.98 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	190751

CryoEM map of the mLST8-Rag-Ragultor subcomplex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ras-related GTP-binding protein A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Ragulator complex protein LAMTOR2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Ragulator complex protein LAMTOR3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Ragulator complex protein LAMTOR5

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Target of rapamycin complex subunit LST8

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Ras-related GTP-binding protein C

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Ragulator complex protein LAMTOR1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Ragulator complex protein LAMTOR4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

9ed6__assembly_1__model_1

9ed6__assembly_1__model_1 | I(q)

9ed6__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (11)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer