SAXSdb — 9eke

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Salivary anti-complement protein

Lutzomyia longipalpis

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 23–115	突变：Y51F	Complement C1r subcomponent × 1 （P00736）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.2 M ammonium citrate tribasic (pH 7.0), 20% (w/v) PEG-3350	分辨率 3.10 Å R-free 0.278
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 23–115	突变：Y51F	Complement C1r subcomponent × 1 （P00736）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.2 M ammonium citrate tribasic (pH 7.0), 20% (w/v) PEG-3350	分辨率 3.10 Å R-free 0.278

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 9EKE	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
5KX4 Structure of SALO 提交 2016-07-20	突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 23–115（93 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；298 K；0.02M calcium chloride, 30% v/v MPD and 0.1 M sodium acetate pH 4.6.	分辨率 1.94 Å R-free 0.189
5KX4 Structure of SALO 提交 2016-07-20	突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 23–115（93 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；298 K；0.02M calcium chloride, 30% v/v MPD and 0.1 M sodium acetate pH 4.6.	分辨率 1.94 Å R-free 0.189
5KX4 Structure of SALO 提交 2016-07-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 23–115（93 aa）链 B 23–115（93 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；298 K；0.02M calcium chloride, 30% v/v MPD and 0.1 M sodium acetate pH 4.6.	分辨率 1.94 Å R-free 0.189
9EKD Structure of a C1r Zymogen Fragment Bound to SALO 提交 2024-12-02	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 23–115（93 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M BIS-TRIS (pH 5.6), 0.2 M ammonium sulfate, 20% (w/v) PEG-3350	分辨率 3.28 Å R-free 0.286
9EKD Structure of a C1r Zymogen Fragment Bound to SALO 提交 2024-12-02	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 23–115（93 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M BIS-TRIS (pH 5.6), 0.2 M ammonium sulfate, 20% (w/v) PEG-3350	分辨率 3.28 Å R-free 0.286

共 2 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SALO_LUTLO
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–93； UniProt 23–115 作者链 B； PDB构建体 1–93； UniProt 23–115

Complement C1r subcomponent

Homo sapiens

UniProt P00736

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 308–705	突变：S654A	Salivary anti-complement protein × 1 （Q5WPZ4）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.2 M ammonium citrate tribasic (pH 7.0), 20% (w/v) PEG-3350	分辨率 3.10 Å R-free 0.278
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 D； UniProt 308–705	突变：S654A	Salivary anti-complement protein × 1 （Q5WPZ4）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.2 M ammonium citrate tribasic (pH 7.0), 20% (w/v) PEG-3350	分辨率 3.10 Å R-free 0.278

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 9EKE	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1APQ STRUCTURE OF THE EGF-LIKE MODULE OF HUMAN C1R, NMR, 19 STRUCTURES 提交 1997-07-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 140–192（53 aa）片段：EGF-LIKE MODULE	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.7；288 K	分辨率未提供
1GPZ THE CRYSTAL STRUCTURE OF THE ZYMOGEN CATALYTIC DOMAIN OF COMPLEMENT PROTEASE C1R 提交 2001-11-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 307–705（399 aa）片段：CATALYTIC DOMAIN OF HUMAN C1R, RESIDUES 307-705	突变：YES	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；293 K；1.5 M AMMONIUM SULFATE, 0.1M TAPS, PH 8.5, AT 20 DEG C.	分辨率 2.90 Å R-free 0.290
1GPZ THE CRYSTAL STRUCTURE OF THE ZYMOGEN CATALYTIC DOMAIN OF COMPLEMENT PROTEASE C1R 提交 2001-11-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 307–705（399 aa）片段：CATALYTIC DOMAIN OF HUMAN C1R, RESIDUES 307-705	突变：YES	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；293 K；1.5 M AMMONIUM SULFATE, 0.1M TAPS, PH 8.5, AT 20 DEG C.	分辨率 2.90 Å R-free 0.290
1MD7 Monomeric structure of the zymogen of complement protease C1r 提交 2002-08-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 375–702（328 aa）片段：C-terminal CCP-SP domain	突变：S637A	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.4；293 K；ammonium sulfate, TAPS, pH 8.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.20 Å R-free 0.285
1MD8 Monomeric structure of the active catalytic domain of complement protease C1r 提交 2002-08-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 375–703（329 aa）片段：C-terminal CCP-SP domain	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.4；293 K；ammonium sulfate, TAPS, pH 8.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.80 Å R-free 0.269
2QY0 Active dimeric structure of the catalytic domain of C1r reveals enzyme-product like contacts 提交 2007-08-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 309–463（155 aa）片段：Sushi-1 and Sushi-2 domains, CCP1-CCP2 链 B 464–705（242 aa）片段：Peptidase S1 domain 链 C 309–463（155 aa）片段：Sushi-1 and Sushi-2 domains, CCP1-CCP2 链 D 464–705（242 aa）片段：Peptidase S1 domain	未记录	GOL GLYCEROL × 7	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；288 K；14% (w/v) PEG 6000, 0.2 M NaCl, 10% (v/v) glycerol, 0.1 M Tris HCl, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288K	分辨率 2.60 Å R-free 0.259
6F1C C1rC1s complex 提交 2017-11-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 18–308（291 aa）链 C 18–308（291 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 12 NA SODIUM ION × 6 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；12-18% PEG 8000, 100 mM Imidazole at pH 8.0	分辨率 4.20 Å R-free 0.305
6F1D CUB2 domain of C1r 提交 2017-11-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 191–307（117 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；298 K；50 mM Tris-HCl at pH 8.5 containing 25% PEG-8K, 2 mM CaCl2 and 3% 1,6-diaminohexane	分辨率 1.95 Å R-free 0.202
6F1H C1rC1s complex 提交 2017-11-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 18–308（291 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 6 NA SODIUM ION × 3 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；298 K；12-18% PEG 8000, 100 mM Imidazole at pH 8.0	分辨率 4.50 Å R-free 0.340
6F1H C1rC1s complex 提交 2017-11-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 18–308（291 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 6 NA SODIUM ION × 3 LYS LYSINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；298 K；12-18% PEG 8000, 100 mM Imidazole at pH 8.0	分辨率 4.50 Å R-free 0.340
6F39 C1r homodimer CUB1-EGF-CUB2 提交 2017-11-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 22–306（285 aa）链 B 22–306（285 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 6 NA SODIUM ION × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；12-18% PEG 8000, 100 mM Imidazole at pH 8.0	分辨率 5.80 Å R-free 0.338
7MZT Borrelia burgdorferi BBK32-C in complex with an autolytic fragment of human C1r at 4.1A 提交 2021-05-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 300–463（164 aa）链 B 464–705（242 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M Sodium formate, 27.5% Polyethylene glycol 3,350	分辨率 4.07 Å R-free 0.372
9EKD Structure of a C1r Zymogen Fragment Bound to SALO 提交 2024-12-02	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 308–705（398 aa）片段：residues 308-705	突变：S654A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M BIS-TRIS (pH 5.6), 0.2 M ammonium sulfate, 20% (w/v) PEG-3350	分辨率 3.28 Å R-free 0.286
9EKD Structure of a C1r Zymogen Fragment Bound to SALO 提交 2024-12-02	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 308–705（398 aa）片段：residues 308-705	突变：S654A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M BIS-TRIS (pH 5.6), 0.2 M ammonium sulfate, 20% (w/v) PEG-3350	分辨率 3.28 Å R-free 0.286

共 11 个其他 PDB 条目、14 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	C1R_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–398； UniProt 308–705 作者链 D； PDB构建体 1–398； UniProt 308–705

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9eke
沉积日期 deposition_date	2024-12-02
结构标题 title	Structure of a C1r Zymogen Fragment Bound to SALO, Y51F Mutant
关键词 keywords	complement system, C1r, zymogen, inhibitor, IMMUNE SYSTEM, HYDROLASE; IMMUNE SYSTEM,HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	41.43 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	41.67 Å
零角强度 I(0) i0	183408000.00
分子量 molecular_weight	106990.0 kDa
排除体积 excluded_volume	132670 Å³
包络体积 envelope_volume	189750 Å³
水化壳体积 shell_volume	42270 Å³
包络直径 envelope_diameter	152.6 Å
壳层 Rg shell_rg	41.63 Å
包络 Rg envelope_rg	42.46 Å
形状 Rg shape_rg	41.65 Å
总 Rg total_rg	41.77 Å
总原子数 total_atoms	7515
残基数 n_residues	938
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	143.5 Å
Rg (实空间) rg_real	41.79 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.88 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.8340e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.7450e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	41.43 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	183300000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8257
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	49.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.573
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.091
角度范围 angular_range	— – 0.1900 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	13000000.0000
实空间数据点数 n_real_points	39
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.800; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.882; Smooth: 0.453

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Salivary anti-complement protein
分子量 formula_weight	12109.3 kDa
突变 mutation	Y51F
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	7515

SEDCENIFHDNAYLLKLDCEAGRVDPVEFDDISDEEIYEITVDVGVSSEDQEKVAKIIRECIAQVSTQDCTKFSEIYDCYMKKKICNYYPENMGSGHHHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Lutzomyia longipalpis
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	7200
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Complement C1r subcomponent
分子量 formula_weight	46617.5 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.21.41
突变 mutation	S654A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,D

KCPQPKTLDEFTIIQNLQPQYQFRDYFIATCKQGYQLIEGNQVLHSFTAVCQDDGTWHRAMPRCKIKDCGQPRNLPNGDFRYTTTMGVNTYKARIQYYCHEPYYKMQTRAGSRESEQGVYTCTAQGIWKNEQKGEKIPRCLPVCGKPVNPVEQRQRIIGGQKAKMGNFPWQVFTNIHGRGGGALLGDRWILTAAHTLYPKEHEAQSNASLDVFLGHTNVEELMKLGNHPIRRVSVHPDYRQDESYNFEGDIALLELENSVTLGPNLLPICLPDNDTFYDLGLMGYVSGFGVMEEKIAHDLRFVRLPVANPQACENWLRGKNRMDVFSQNMFCAGHPSLKQDACQGDAGGVFAVRDPNTDRWVATGIVSWGIGCSRGYGFYTKVLNYVDWIKKEMEEEDGSGHHHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	117.810 Å
晶胞边长 b length_b	117.810 Å
晶胞边长 c length_c	195.586 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 32 2 1
空间群编号 int_tables_number	154
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.100 Å
最低分辨率 resolution_low	49.360 Å
R 因子 r_factor	0.2344
R_work r_work	0.2305
R_free r_free	0.2781

fit	/app/data/saxs_computation/ek/9eke/9eke.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ek/9eke/9eke.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ek/9eke/9eke.dat

Structure of a C1r Zymogen Fragment Bound to SALO, Y51F Mutant

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Salivary anti-complement protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Complement C1r subcomponent

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)