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9es8

Cryo-EM structure of Spinacia oleracea cytochrome b6f with decylplastoquinone bound at plastoquionol reduction site

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 142.7 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cytochrome b6

物种未注明

UniProt P00165

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric（18） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–215 链 I； UniProt 1–215 未记录 Cytochrome b6-f complex subunit 4 × 2 （P00166） Cytochrome f × 2 （P16013） Cytochrome b6-f complex iron-sulfur subunit, chloroplastic × 2 （P08980） Cytochrome b6-f complex subunit 6 × 2 （Q9M3L0） Cytochrome b6-f complex subunit 7 × 2 （A0A9R0IV89） Cytochrome b6-f complex subunit 5 × 2 （P69461） Cytochrome b6-f complex subunit 8 × 2 （P61045） Thylakoid soluble phosphoprotein × 2 （Q8GT36） HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4 HEC HEME C × 4 A1H65 Decylplastoquinone × 2 LMG 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE × 2 CLA CHLOROPHYLL A × 2 UMQ UNDECYL-MALTOSIDE × 4 SQD 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL × 2 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 BCR BETA-CAROTENE × 2 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7；final concentration of plastocyanin was 0.34 mM cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.24 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 9ES8 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
6RQF 3.6 Angstrom cryo-EM structure of the dimeric cytochrome b6f complex from Spinacia oleracea with natively bound thylakoid lipids and plastoquinone molecules 提交 2019-05-15 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric
链 A 1–215（215 aa）
链 I 1–215（215 aa）
未记录 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4 HEC HEME C × 4 CLA CHLOROPHYLL A × 2 BCR BETA-CAROTENE × 2 PL9 2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,22,26,30,34-HEXATRIACONTANONAENYL-2,5-CYCLOHEXADIENE-1,4-DIONE-2,3-DIMETHYL-5-SOLANESYL-1,4-BENZOQUINONE × 3 6PL (4S,7R)-4-HYDROXY-N,N,N-TRIMETHYL-9-OXO-7-[(PALMITOYLOXY)METHYL]-3,5,8-TRIOXA-4-PHOSPHAHEXACOSAN-1-AMINIUM 4-OXIDE × 3 LMG 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE × 2 PGV (1R)-2-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL (11E)-OCTADEC-11-ENOATE × 4 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 SQD 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.58 Å
7QRM Cryo-EM structure of catalytically active Spinacia oleracea cytochrome b6f in complex with endogenous plastoquinones at 2.7 A resolution 提交 2022-01-11 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric
链 A 1–215（215 aa）
链 I 1–215（215 aa）
未记录 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4 HEC HEME C × 4 CLA CHLOROPHYLL A × 2 PL9 2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,22,26,30,34-HEXATRIACONTANONAENYL-2,5-CYCLOHEXADIENE-1,4-DIONE-2,3-DIMETHYL-5-SOLANESYL-1,4-BENZOQUINONE × 7 UMQ UNDECYL-MALTOSIDE × 10 PGT (1S)-2-{[{[(2R)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL STEARATE × 4 SQD 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL × 2 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 BCR BETA-CAROTENE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.70 Å
7ZYV Cryo-EM structure of catalytically active Spinacia oleracea cytochrome b6f in complex with endogenous plastoquinones at 2.13 A resolution 提交 2022-05-25 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric
链 A 1–215（215 aa）
链 I 1–215（215 aa）
未记录 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4 HEC HEME C × 4 CLA CHLOROPHYLL A × 2 UMQ UNDECYL-MALTOSIDE × 10 PL9 2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,22,26,30,34-HEXATRIACONTANONAENYL-2,5-CYCLOHEXADIENE-1,4-DIONE-2,3-DIMETHYL-5-SOLANESYL-1,4-BENZOQUINONE × 6 SQD 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL × 2 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 BCR BETA-CAROTENE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8；Buffer and the diluted protein sample were filtered through a 0.22 um syringe filter. Prior to freezing, protein sample was concentrated on centrifugal filter units with 50K MWCO.
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；blot time 2 s, wait time 0 s, blot force -1
分辨率 2.13 Å
9ES7 Cryo-EM structure of Spinacia oleracea cytochrome b6f complex with water molecules at 1.94 A resolution 提交 2024-03-25 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：18-meric
链 A 1–215（215 aa）
链 I 1–215（215 aa）
未记录 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4 HEC HEME C × 4 UMQ UNDECYL-MALTOSIDE × 4 LMG 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE × 2 CLA CHLOROPHYLL A × 2 SQD 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL × 2 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 BCR BETA-CAROTENE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 1.94 Å
9ES9 Cryo-EM structure of Spinacia oleracea cytochrome b6f complex with inhibitor DBMIB bound at plastoquinol oxidation site 提交 2024-03-25 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：18-meric
链 A 1–215（215 aa）
链 I 1–215（215 aa）
未记录 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4 HEC HEME C × 4 UMQ UNDECYL-MALTOSIDE × 4 LMG 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE × 2 BNT 2,5-DIBROMO-3-ISOPROPYL-6-METHYLBENZO-1,4-QUINONE × 2 CLA CHLOROPHYLL A × 2 SQD 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL × 2 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 BCR BETA-CAROTENE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.33 Å
9TGG Cryo-EM structure of Spinacia oleracea cytochrome b6f complex with bound plastocyanin 提交 2025-12-01 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 17 PDB 声明：17-meric
链 A 1–215（215 aa）
链 I 1–215（215 aa）
未记录 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4 HEC HEME C × 4 UMQ UNDECYL-MALTOSIDE × 6 PL9 2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,22,26,30,34-HEXATRIACONTANONAENYL-2,5-CYCLOHEXADIENE-1,4-DIONE-2,3-DIMETHYL-5-SOLANESYL-1,4-BENZOQUINONE × 7 CLA CHLOROPHYLL A × 2 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 SQD 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL × 2 BCR BETA-CAROTENE × 2 CU COPPER (II) ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.18 Å

共 6 个其他 PDB 条目、6 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CYB6_SPIOL
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–215； UniProt 1–215 作者链 I； PDB构建体 1–215； UniProt 1–215

Cytochrome b6-f complex subunit 4

物种未注明

UniProt P00166

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric（18） 与蛋白拷贝数一致 链 B； UniProt 1–160 链 J； UniProt 1–160 未记录 Cytochrome b6 × 2 （P00165） Cytochrome f × 2 （P16013） Cytochrome b6-f complex iron-sulfur subunit, chloroplastic × 2 （P08980） Cytochrome b6-f complex subunit 6 × 2 （Q9M3L0） Cytochrome b6-f complex subunit 7 × 2 （A0A9R0IV89） Cytochrome b6-f complex subunit 5 × 2 （P69461） Cytochrome b6-f complex subunit 8 × 2 （P61045） Thylakoid soluble phosphoprotein × 2 （Q8GT36） HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4 HEC HEME C × 4 A1H65 Decylplastoquinone × 2 LMG 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE × 2 CLA CHLOROPHYLL A × 2 UMQ UNDECYL-MALTOSIDE × 4 SQD 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL × 2 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 BCR BETA-CAROTENE × 2 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7；final concentration of plastocyanin was 0.34 mM cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.24 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 9ES8 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
6RQF 3.6 Angstrom cryo-EM structure of the dimeric cytochrome b6f complex from Spinacia oleracea with natively bound thylakoid lipids and plastoquinone molecules 提交 2019-05-15 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric
链 B 1–160（160 aa）
链 J 1–160（160 aa）
未记录 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4 HEC HEME C × 4 CLA CHLOROPHYLL A × 2 BCR BETA-CAROTENE × 2 PL9 2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,22,26,30,34-HEXATRIACONTANONAENYL-2,5-CYCLOHEXADIENE-1,4-DIONE-2,3-DIMETHYL-5-SOLANESYL-1,4-BENZOQUINONE × 3 6PL (4S,7R)-4-HYDROXY-N,N,N-TRIMETHYL-9-OXO-7-[(PALMITOYLOXY)METHYL]-3,5,8-TRIOXA-4-PHOSPHAHEXACOSAN-1-AMINIUM 4-OXIDE × 3 LMG 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE × 2 PGV (1R)-2-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL (11E)-OCTADEC-11-ENOATE × 4 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 SQD 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.58 Å
7QRM Cryo-EM structure of catalytically active Spinacia oleracea cytochrome b6f in complex with endogenous plastoquinones at 2.7 A resolution 提交 2022-01-11 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric
链 B 1–160（160 aa）
链 J 1–160（160 aa）
未记录 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4 HEC HEME C × 4 CLA CHLOROPHYLL A × 2 PL9 2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,22,26,30,34-HEXATRIACONTANONAENYL-2,5-CYCLOHEXADIENE-1,4-DIONE-2,3-DIMETHYL-5-SOLANESYL-1,4-BENZOQUINONE × 7 UMQ UNDECYL-MALTOSIDE × 10 PGT (1S)-2-{[{[(2R)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL STEARATE × 4 SQD 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL × 2 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 BCR BETA-CAROTENE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.70 Å
7ZYV Cryo-EM structure of catalytically active Spinacia oleracea cytochrome b6f in complex with endogenous plastoquinones at 2.13 A resolution 提交 2022-05-25 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric
链 B 1–160（160 aa）
链 J 1–160（160 aa）
未记录 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4 HEC HEME C × 4 CLA CHLOROPHYLL A × 2 UMQ UNDECYL-MALTOSIDE × 10 PL9 2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,22,26,30,34-HEXATRIACONTANONAENYL-2,5-CYCLOHEXADIENE-1,4-DIONE-2,3-DIMETHYL-5-SOLANESYL-1,4-BENZOQUINONE × 6 SQD 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL × 2 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 BCR BETA-CAROTENE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8；Buffer and the diluted protein sample were filtered through a 0.22 um syringe filter. Prior to freezing, protein sample was concentrated on centrifugal filter units with 50K MWCO.
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；blot time 2 s, wait time 0 s, blot force -1
分辨率 2.13 Å
9ES7 Cryo-EM structure of Spinacia oleracea cytochrome b6f complex with water molecules at 1.94 A resolution 提交 2024-03-25 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：18-meric
链 B 1–160（160 aa）
链 J 1–160（160 aa）
未记录 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4 HEC HEME C × 4 UMQ UNDECYL-MALTOSIDE × 4 LMG 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE × 2 CLA CHLOROPHYLL A × 2 SQD 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL × 2 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 BCR BETA-CAROTENE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 1.94 Å
9ES9 Cryo-EM structure of Spinacia oleracea cytochrome b6f complex with inhibitor DBMIB bound at plastoquinol oxidation site 提交 2024-03-25 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：18-meric
链 B 1–160（160 aa）
链 J 1–160（160 aa）
未记录 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4 HEC HEME C × 4 UMQ UNDECYL-MALTOSIDE × 4 LMG 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE × 2 BNT 2,5-DIBROMO-3-ISOPROPYL-6-METHYLBENZO-1,4-QUINONE × 2 CLA CHLOROPHYLL A × 2 SQD 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL × 2 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 BCR BETA-CAROTENE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.33 Å
9TGG Cryo-EM structure of Spinacia oleracea cytochrome b6f complex with bound plastocyanin 提交 2025-12-01 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 17 PDB 声明：17-meric
链 B 1–160（160 aa）
链 J 1–160（160 aa）
未记录 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4 HEC HEME C × 4 UMQ UNDECYL-MALTOSIDE × 6 PL9 2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,22,26,30,34-HEXATRIACONTANONAENYL-2,5-CYCLOHEXADIENE-1,4-DIONE-2,3-DIMETHYL-5-SOLANESYL-1,4-BENZOQUINONE × 7 CLA CHLOROPHYLL A × 2 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 SQD 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL × 2 BCR BETA-CAROTENE × 2 CU COPPER (II) ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.18 Å

共 6 个其他 PDB 条目、6 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PETD_SPIOL
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B； PDB构建体 1–160； UniProt 1–160 作者链 J； PDB构建体 1–160； UniProt 1–160

Cytochrome f

物种未注明

UniProt P16013

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric（18） 与蛋白拷贝数一致 链 C； UniProt 1–320 链 K； UniProt 1–320 未记录 Cytochrome b6 × 2 （P00165） Cytochrome b6-f complex subunit 4 × 2 （P00166） Cytochrome b6-f complex iron-sulfur subunit, chloroplastic × 2 （P08980） Cytochrome b6-f complex subunit 6 × 2 （Q9M3L0） Cytochrome b6-f complex subunit 7 × 2 （A0A9R0IV89） Cytochrome b6-f complex subunit 5 × 2 （P69461） Cytochrome b6-f complex subunit 8 × 2 （P61045） Thylakoid soluble phosphoprotein × 2 （Q8GT36） HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4 HEC HEME C × 4 A1H65 Decylplastoquinone × 2 LMG 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE × 2 CLA CHLOROPHYLL A × 2 UMQ UNDECYL-MALTOSIDE × 4 SQD 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL × 2 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 BCR BETA-CAROTENE × 2 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7；final concentration of plastocyanin was 0.34 mM cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.24 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 9ES8 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
6RQF 3.6 Angstrom cryo-EM structure of the dimeric cytochrome b6f complex from Spinacia oleracea with natively bound thylakoid lipids and plastoquinone molecules 提交 2019-05-15 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric
链 C 36–320（285 aa）
链 K 36–320（285 aa）
未记录 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4 HEC HEME C × 4 CLA CHLOROPHYLL A × 2 BCR BETA-CAROTENE × 2 PL9 2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,22,26,30,34-HEXATRIACONTANONAENYL-2,5-CYCLOHEXADIENE-1,4-DIONE-2,3-DIMETHYL-5-SOLANESYL-1,4-BENZOQUINONE × 3 6PL (4S,7R)-4-HYDROXY-N,N,N-TRIMETHYL-9-OXO-7-[(PALMITOYLOXY)METHYL]-3,5,8-TRIOXA-4-PHOSPHAHEXACOSAN-1-AMINIUM 4-OXIDE × 3 LMG 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE × 2 PGV (1R)-2-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL (11E)-OCTADEC-11-ENOATE × 4 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 SQD 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.58 Å
7QRM Cryo-EM structure of catalytically active Spinacia oleracea cytochrome b6f in complex with endogenous plastoquinones at 2.7 A resolution 提交 2022-01-11 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric
链 C 1–320（320 aa）
链 K 1–320（320 aa）
未记录 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4 HEC HEME C × 4 CLA CHLOROPHYLL A × 2 PL9 2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,22,26,30,34-HEXATRIACONTANONAENYL-2,5-CYCLOHEXADIENE-1,4-DIONE-2,3-DIMETHYL-5-SOLANESYL-1,4-BENZOQUINONE × 7 UMQ UNDECYL-MALTOSIDE × 10 PGT (1S)-2-{[{[(2R)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL STEARATE × 4 SQD 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL × 2 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 BCR BETA-CAROTENE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.70 Å
7ZYV Cryo-EM structure of catalytically active Spinacia oleracea cytochrome b6f in complex with endogenous plastoquinones at 2.13 A resolution 提交 2022-05-25 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric
链 C 1–320（320 aa）
链 K 1–320（320 aa）
未记录 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4 HEC HEME C × 4 CLA CHLOROPHYLL A × 2 UMQ UNDECYL-MALTOSIDE × 10 PL9 2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,22,26,30,34-HEXATRIACONTANONAENYL-2,5-CYCLOHEXADIENE-1,4-DIONE-2,3-DIMETHYL-5-SOLANESYL-1,4-BENZOQUINONE × 6 SQD 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL × 2 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 BCR BETA-CAROTENE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8；Buffer and the diluted protein sample were filtered through a 0.22 um syringe filter. Prior to freezing, protein sample was concentrated on centrifugal filter units with 50K MWCO.
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；blot time 2 s, wait time 0 s, blot force -1
分辨率 2.13 Å
9ES7 Cryo-EM structure of Spinacia oleracea cytochrome b6f complex with water molecules at 1.94 A resolution 提交 2024-03-25 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：18-meric
链 C 1–320（320 aa）
链 K 1–320（320 aa）
未记录 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4 HEC HEME C × 4 UMQ UNDECYL-MALTOSIDE × 4 LMG 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE × 2 CLA CHLOROPHYLL A × 2 SQD 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL × 2 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 BCR BETA-CAROTENE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 1.94 Å
9ES9 Cryo-EM structure of Spinacia oleracea cytochrome b6f complex with inhibitor DBMIB bound at plastoquinol oxidation site 提交 2024-03-25 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：18-meric
链 C 1–320（320 aa）
链 K 1–320（320 aa）
未记录 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4 HEC HEME C × 4 UMQ UNDECYL-MALTOSIDE × 4 LMG 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE × 2 BNT 2,5-DIBROMO-3-ISOPROPYL-6-METHYLBENZO-1,4-QUINONE × 2 CLA CHLOROPHYLL A × 2 SQD 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL × 2 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 BCR BETA-CAROTENE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.33 Å
9TGG Cryo-EM structure of Spinacia oleracea cytochrome b6f complex with bound plastocyanin 提交 2025-12-01 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 17 PDB 声明：17-meric
链 C 36–320（285 aa）
链 K 36–320（285 aa）
未记录 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4 HEC HEME C × 4 UMQ UNDECYL-MALTOSIDE × 6 PL9 2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,22,26,30,34-HEXATRIACONTANONAENYL-2,5-CYCLOHEXADIENE-1,4-DIONE-2,3-DIMETHYL-5-SOLANESYL-1,4-BENZOQUINONE × 7 CLA CHLOROPHYLL A × 2 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 SQD 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL × 2 BCR BETA-CAROTENE × 2 CU COPPER (II) ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.18 Å

共 6 个其他 PDB 条目、6 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CYF_SPIOL
Isoform —
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 C； PDB构建体 1–320； UniProt 1–320 作者链 K； PDB构建体 1–320； UniProt 1–320

Cytochrome b6-f complex iron-sulfur subunit, chloroplastic

物种未注明

UniProt P08980

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric（18） 与蛋白拷贝数一致 链 D； UniProt 1–230 链 L； UniProt 1–230 未记录 Cytochrome b6 × 2 （P00165） Cytochrome b6-f complex subunit 4 × 2 （P00166） Cytochrome f × 2 （P16013） Cytochrome b6-f complex subunit 6 × 2 （Q9M3L0） Cytochrome b6-f complex subunit 7 × 2 （A0A9R0IV89） Cytochrome b6-f complex subunit 5 × 2 （P69461） Cytochrome b6-f complex subunit 8 × 2 （P61045） Thylakoid soluble phosphoprotein × 2 （Q8GT36） HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4 HEC HEME C × 4 A1H65 Decylplastoquinone × 2 LMG 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE × 2 CLA CHLOROPHYLL A × 2 UMQ UNDECYL-MALTOSIDE × 4 SQD 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL × 2 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 BCR BETA-CAROTENE × 2 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7；final concentration of plastocyanin was 0.34 mM cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.24 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 9ES8 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1RFS RIESKE SOLUBLE FRAGMENT FROM SPINACH 提交 1997-08-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 109–247（139 aa） 片段：SOLUBLE FRAGMENT, C-TERMINAL RESIDUES 41 - 179
未记录 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.83 Å R-free 0.220
6RQF 3.6 Angstrom cryo-EM structure of the dimeric cytochrome b6f complex from Spinacia oleracea with natively bound thylakoid lipids and plastoquinone molecules 提交 2019-05-15 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric
链 D 52–230（179 aa）
链 L 52–230（179 aa）
未记录 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4 HEC HEME C × 4 CLA CHLOROPHYLL A × 2 BCR BETA-CAROTENE × 2 PL9 2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,22,26,30,34-HEXATRIACONTANONAENYL-2,5-CYCLOHEXADIENE-1,4-DIONE-2,3-DIMETHYL-5-SOLANESYL-1,4-BENZOQUINONE × 3 6PL (4S,7R)-4-HYDROXY-N,N,N-TRIMETHYL-9-OXO-7-[(PALMITOYLOXY)METHYL]-3,5,8-TRIOXA-4-PHOSPHAHEXACOSAN-1-AMINIUM 4-OXIDE × 3 LMG 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE × 2 PGV (1R)-2-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL (11E)-OCTADEC-11-ENOATE × 4 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 SQD 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.58 Å
7QRM Cryo-EM structure of catalytically active Spinacia oleracea cytochrome b6f in complex with endogenous plastoquinones at 2.7 A resolution 提交 2022-01-11 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric
链 D 1–230（230 aa）
链 L 1–230（230 aa）
未记录 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4 HEC HEME C × 4 CLA CHLOROPHYLL A × 2 PL9 2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,22,26,30,34-HEXATRIACONTANONAENYL-2,5-CYCLOHEXADIENE-1,4-DIONE-2,3-DIMETHYL-5-SOLANESYL-1,4-BENZOQUINONE × 7 UMQ UNDECYL-MALTOSIDE × 10 PGT (1S)-2-{[{[(2R)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL STEARATE × 4 SQD 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL × 2 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 BCR BETA-CAROTENE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.70 Å
7ZYV Cryo-EM structure of catalytically active Spinacia oleracea cytochrome b6f in complex with endogenous plastoquinones at 2.13 A resolution 提交 2022-05-25 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric
链 D 1–230（230 aa）
链 L 1–230（230 aa）
未记录 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4 HEC HEME C × 4 CLA CHLOROPHYLL A × 2 UMQ UNDECYL-MALTOSIDE × 10 PL9 2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,22,26,30,34-HEXATRIACONTANONAENYL-2,5-CYCLOHEXADIENE-1,4-DIONE-2,3-DIMETHYL-5-SOLANESYL-1,4-BENZOQUINONE × 6 SQD 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL × 2 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 BCR BETA-CAROTENE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8；Buffer and the diluted protein sample were filtered through a 0.22 um syringe filter. Prior to freezing, protein sample was concentrated on centrifugal filter units with 50K MWCO.
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；blot time 2 s, wait time 0 s, blot force -1
分辨率 2.13 Å
9ES7 Cryo-EM structure of Spinacia oleracea cytochrome b6f complex with water molecules at 1.94 A resolution 提交 2024-03-25 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：18-meric
链 D 1–230（230 aa）
链 L 1–230（230 aa）
未记录 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4 HEC HEME C × 4 UMQ UNDECYL-MALTOSIDE × 4 LMG 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE × 2 CLA CHLOROPHYLL A × 2 SQD 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL × 2 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 BCR BETA-CAROTENE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 1.94 Å
9ES9 Cryo-EM structure of Spinacia oleracea cytochrome b6f complex with inhibitor DBMIB bound at plastoquinol oxidation site 提交 2024-03-25 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：18-meric
链 D 1–230（230 aa）
链 L 1–230（230 aa）
未记录 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4 HEC HEME C × 4 UMQ UNDECYL-MALTOSIDE × 4 LMG 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE × 2 BNT 2,5-DIBROMO-3-ISOPROPYL-6-METHYLBENZO-1,4-QUINONE × 2 CLA CHLOROPHYLL A × 2 SQD 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL × 2 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 BCR BETA-CAROTENE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.33 Å
9TGG Cryo-EM structure of Spinacia oleracea cytochrome b6f complex with bound plastocyanin 提交 2025-12-01 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 17 PDB 声明：17-meric
链 D 52–230（179 aa）
链 L 52–230（179 aa）
未记录 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4 HEC HEME C × 4 UMQ UNDECYL-MALTOSIDE × 6 PL9 2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,22,26,30,34-HEXATRIACONTANONAENYL-2,5-CYCLOHEXADIENE-1,4-DIONE-2,3-DIMETHYL-5-SOLANESYL-1,4-BENZOQUINONE × 7 CLA CHLOROPHYLL A × 2 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 SQD 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL × 2 BCR BETA-CAROTENE × 2 CU COPPER (II) ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.18 Å

共 7 个其他 PDB 条目、7 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 UCRIA_SPIOL
Isoform —
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 D； PDB构建体 1–230； UniProt 1–230 作者链 L； PDB构建体 1–230； UniProt 1–230

Cytochrome b6-f complex subunit 6

物种未注明

UniProt Q9M3L0

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric（18） 与蛋白拷贝数一致 链 E； UniProt 1–31 链 M； UniProt 1–31 未记录 Cytochrome b6 × 2 （P00165） Cytochrome b6-f complex subunit 4 × 2 （P00166） Cytochrome f × 2 （P16013） Cytochrome b6-f complex iron-sulfur subunit, chloroplastic × 2 （P08980） Cytochrome b6-f complex subunit 7 × 2 （A0A9R0IV89） Cytochrome b6-f complex subunit 5 × 2 （P69461） Cytochrome b6-f complex subunit 8 × 2 （P61045） Thylakoid soluble phosphoprotein × 2 （Q8GT36） HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4 HEC HEME C × 4 A1H65 Decylplastoquinone × 2 LMG 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE × 2 CLA CHLOROPHYLL A × 2 UMQ UNDECYL-MALTOSIDE × 4 SQD 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL × 2 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 BCR BETA-CAROTENE × 2 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7；final concentration of plastocyanin was 0.34 mM cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.24 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 9ES8 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
6RQF 3.6 Angstrom cryo-EM structure of the dimeric cytochrome b6f complex from Spinacia oleracea with natively bound thylakoid lipids and plastoquinone molecules 提交 2019-05-15 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric
链 E 1–31（31 aa）
链 M 1–31（31 aa）
未记录 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4 HEC HEME C × 4 CLA CHLOROPHYLL A × 2 BCR BETA-CAROTENE × 2 PL9 2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,22,26,30,34-HEXATRIACONTANONAENYL-2,5-CYCLOHEXADIENE-1,4-DIONE-2,3-DIMETHYL-5-SOLANESYL-1,4-BENZOQUINONE × 3 6PL (4S,7R)-4-HYDROXY-N,N,N-TRIMETHYL-9-OXO-7-[(PALMITOYLOXY)METHYL]-3,5,8-TRIOXA-4-PHOSPHAHEXACOSAN-1-AMINIUM 4-OXIDE × 3 LMG 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE × 2 PGV (1R)-2-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL (11E)-OCTADEC-11-ENOATE × 4 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 SQD 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.58 Å
7QRM Cryo-EM structure of catalytically active Spinacia oleracea cytochrome b6f in complex with endogenous plastoquinones at 2.7 A resolution 提交 2022-01-11 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric
链 E 1–31（31 aa）
链 M 1–31（31 aa）
未记录 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4 HEC HEME C × 4 CLA CHLOROPHYLL A × 2 PL9 2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,22,26,30,34-HEXATRIACONTANONAENYL-2,5-CYCLOHEXADIENE-1,4-DIONE-2,3-DIMETHYL-5-SOLANESYL-1,4-BENZOQUINONE × 7 UMQ UNDECYL-MALTOSIDE × 10 PGT (1S)-2-{[{[(2R)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL STEARATE × 4 SQD 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL × 2 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 BCR BETA-CAROTENE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.70 Å
7ZYV Cryo-EM structure of catalytically active Spinacia oleracea cytochrome b6f in complex with endogenous plastoquinones at 2.13 A resolution 提交 2022-05-25 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric
链 E 1–31（31 aa）
链 M 1–31（31 aa）
未记录 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4 HEC HEME C × 4 CLA CHLOROPHYLL A × 2 UMQ UNDECYL-MALTOSIDE × 10 PL9 2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,22,26,30,34-HEXATRIACONTANONAENYL-2,5-CYCLOHEXADIENE-1,4-DIONE-2,3-DIMETHYL-5-SOLANESYL-1,4-BENZOQUINONE × 6 SQD 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL × 2 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 BCR BETA-CAROTENE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8；Buffer and the diluted protein sample were filtered through a 0.22 um syringe filter. Prior to freezing, protein sample was concentrated on centrifugal filter units with 50K MWCO.
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；blot time 2 s, wait time 0 s, blot force -1
分辨率 2.13 Å
9ES7 Cryo-EM structure of Spinacia oleracea cytochrome b6f complex with water molecules at 1.94 A resolution 提交 2024-03-25 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：18-meric
链 E 1–31（31 aa）
链 M 1–31（31 aa）
未记录 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4 HEC HEME C × 4 UMQ UNDECYL-MALTOSIDE × 4 LMG 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE × 2 CLA CHLOROPHYLL A × 2 SQD 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL × 2 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 BCR BETA-CAROTENE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 1.94 Å
9ES9 Cryo-EM structure of Spinacia oleracea cytochrome b6f complex with inhibitor DBMIB bound at plastoquinol oxidation site 提交 2024-03-25 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：18-meric
链 E 1–31（31 aa）
链 M 1–31（31 aa）
未记录 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4 HEC HEME C × 4 UMQ UNDECYL-MALTOSIDE × 4 LMG 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE × 2 BNT 2,5-DIBROMO-3-ISOPROPYL-6-METHYLBENZO-1,4-QUINONE × 2 CLA CHLOROPHYLL A × 2 SQD 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL × 2 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 BCR BETA-CAROTENE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.33 Å
9TGG Cryo-EM structure of Spinacia oleracea cytochrome b6f complex with bound plastocyanin 提交 2025-12-01 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 17 PDB 声明：17-meric
链 E 1–31（31 aa）
链 M 1–31（31 aa）
未记录 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4 HEC HEME C × 4 UMQ UNDECYL-MALTOSIDE × 6 PL9 2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,22,26,30,34-HEXATRIACONTANONAENYL-2,5-CYCLOHEXADIENE-1,4-DIONE-2,3-DIMETHYL-5-SOLANESYL-1,4-BENZOQUINONE × 7 CLA CHLOROPHYLL A × 2 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 SQD 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL × 2 BCR BETA-CAROTENE × 2 CU COPPER (II) ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.18 Å

共 6 个其他 PDB 条目、6 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PETL_SPIOL
Isoform —
PDB实体 5
链与序列区间 作者链 E； PDB构建体 1–31； UniProt 1–31 作者链 M； PDB构建体 1–31； UniProt 1–31

Cytochrome b6-f complex subunit 7

物种未注明

UniProt A0A9R0IV89

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric（18） 与蛋白拷贝数一致 链 F； UniProt 1–131 链 N； UniProt 1–131 未记录 Cytochrome b6 × 2 （P00165） Cytochrome b6-f complex subunit 4 × 2 （P00166） Cytochrome f × 2 （P16013） Cytochrome b6-f complex iron-sulfur subunit, chloroplastic × 2 （P08980） Cytochrome b6-f complex subunit 6 × 2 （Q9M3L0） Cytochrome b6-f complex subunit 5 × 2 （P69461） Cytochrome b6-f complex subunit 8 × 2 （P61045） Thylakoid soluble phosphoprotein × 2 （Q8GT36） HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4 HEC HEME C × 4 A1H65 Decylplastoquinone × 2 LMG 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE × 2 CLA CHLOROPHYLL A × 2 UMQ UNDECYL-MALTOSIDE × 4 SQD 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL × 2 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 BCR BETA-CAROTENE × 2 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7；final concentration of plastocyanin was 0.34 mM cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.24 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 9ES8 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
9ES7 Cryo-EM structure of Spinacia oleracea cytochrome b6f complex with water molecules at 1.94 A resolution 提交 2024-03-25 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：18-meric
链 F 1–131（131 aa）
链 N 1–131（131 aa）
未记录 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4 HEC HEME C × 4 UMQ UNDECYL-MALTOSIDE × 4 LMG 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE × 2 CLA CHLOROPHYLL A × 2 SQD 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL × 2 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 BCR BETA-CAROTENE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 1.94 Å
9ES9 Cryo-EM structure of Spinacia oleracea cytochrome b6f complex with inhibitor DBMIB bound at plastoquinol oxidation site 提交 2024-03-25 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：18-meric
链 F 1–131（131 aa）
链 N 1–131（131 aa）
未记录 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4 HEC HEME C × 4 UMQ UNDECYL-MALTOSIDE × 4 LMG 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE × 2 BNT 2,5-DIBROMO-3-ISOPROPYL-6-METHYLBENZO-1,4-QUINONE × 2 CLA CHLOROPHYLL A × 2 SQD 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL × 2 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 BCR BETA-CAROTENE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.33 Å

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 A0A9R0IV89_SPIOL
Isoform —
PDB实体 6
链与序列区间 作者链 F； PDB构建体 1–131； UniProt 1–131 作者链 N； PDB构建体 1–131； UniProt 1–131

Cytochrome b6-f complex subunit 5

物种未注明

UniProt P69461

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric（18） 与蛋白拷贝数一致 链 G； UniProt 1–37 链 O； UniProt 1–37 未记录 Cytochrome b6 × 2 （P00165） Cytochrome b6-f complex subunit 4 × 2 （P00166） Cytochrome f × 2 （P16013） Cytochrome b6-f complex iron-sulfur subunit, chloroplastic × 2 （P08980） Cytochrome b6-f complex subunit 6 × 2 （Q9M3L0） Cytochrome b6-f complex subunit 7 × 2 （A0A9R0IV89） Cytochrome b6-f complex subunit 8 × 2 （P61045） Thylakoid soluble phosphoprotein × 2 （Q8GT36） HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4 HEC HEME C × 4 A1H65 Decylplastoquinone × 2 LMG 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE × 2 CLA CHLOROPHYLL A × 2 UMQ UNDECYL-MALTOSIDE × 4 SQD 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL × 2 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 BCR BETA-CAROTENE × 2 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7；final concentration of plastocyanin was 0.34 mM cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.24 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 9ES8 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
6RQF 3.6 Angstrom cryo-EM structure of the dimeric cytochrome b6f complex from Spinacia oleracea with natively bound thylakoid lipids and plastoquinone molecules 提交 2019-05-15 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric
链 G 1–37（37 aa）
链 O 1–37（37 aa）
未记录 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4 HEC HEME C × 4 CLA CHLOROPHYLL A × 2 BCR BETA-CAROTENE × 2 PL9 2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,22,26,30,34-HEXATRIACONTANONAENYL-2,5-CYCLOHEXADIENE-1,4-DIONE-2,3-DIMETHYL-5-SOLANESYL-1,4-BENZOQUINONE × 3 6PL (4S,7R)-4-HYDROXY-N,N,N-TRIMETHYL-9-OXO-7-[(PALMITOYLOXY)METHYL]-3,5,8-TRIOXA-4-PHOSPHAHEXACOSAN-1-AMINIUM 4-OXIDE × 3 LMG 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE × 2 PGV (1R)-2-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL (11E)-OCTADEC-11-ENOATE × 4 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 SQD 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.58 Å
7QRM Cryo-EM structure of catalytically active Spinacia oleracea cytochrome b6f in complex with endogenous plastoquinones at 2.7 A resolution 提交 2022-01-11 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric
链 G 1–37（37 aa）
链 O 1–37（37 aa）
未记录 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4 HEC HEME C × 4 CLA CHLOROPHYLL A × 2 PL9 2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,22,26,30,34-HEXATRIACONTANONAENYL-2,5-CYCLOHEXADIENE-1,4-DIONE-2,3-DIMETHYL-5-SOLANESYL-1,4-BENZOQUINONE × 7 UMQ UNDECYL-MALTOSIDE × 10 PGT (1S)-2-{[{[(2R)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL STEARATE × 4 SQD 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL × 2 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 BCR BETA-CAROTENE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.70 Å
7ZYV Cryo-EM structure of catalytically active Spinacia oleracea cytochrome b6f in complex with endogenous plastoquinones at 2.13 A resolution 提交 2022-05-25 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric
链 G 1–37（37 aa）
链 O 1–37（37 aa）
未记录 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4 HEC HEME C × 4 CLA CHLOROPHYLL A × 2 UMQ UNDECYL-MALTOSIDE × 10 PL9 2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,22,26,30,34-HEXATRIACONTANONAENYL-2,5-CYCLOHEXADIENE-1,4-DIONE-2,3-DIMETHYL-5-SOLANESYL-1,4-BENZOQUINONE × 6 SQD 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL × 2 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 BCR BETA-CAROTENE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8；Buffer and the diluted protein sample were filtered through a 0.22 um syringe filter. Prior to freezing, protein sample was concentrated on centrifugal filter units with 50K MWCO.
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；blot time 2 s, wait time 0 s, blot force -1
分辨率 2.13 Å
9ES7 Cryo-EM structure of Spinacia oleracea cytochrome b6f complex with water molecules at 1.94 A resolution 提交 2024-03-25 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：18-meric
链 G 1–37（37 aa）
链 O 1–37（37 aa）
未记录 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4 HEC HEME C × 4 UMQ UNDECYL-MALTOSIDE × 4 LMG 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE × 2 CLA CHLOROPHYLL A × 2 SQD 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL × 2 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 BCR BETA-CAROTENE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 1.94 Å
9ES9 Cryo-EM structure of Spinacia oleracea cytochrome b6f complex with inhibitor DBMIB bound at plastoquinol oxidation site 提交 2024-03-25 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：18-meric
链 G 1–37（37 aa）
链 O 1–37（37 aa）
未记录 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4 HEC HEME C × 4 UMQ UNDECYL-MALTOSIDE × 4 LMG 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE × 2 BNT 2,5-DIBROMO-3-ISOPROPYL-6-METHYLBENZO-1,4-QUINONE × 2 CLA CHLOROPHYLL A × 2 SQD 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL × 2 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 BCR BETA-CAROTENE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.33 Å
9TGG Cryo-EM structure of Spinacia oleracea cytochrome b6f complex with bound plastocyanin 提交 2025-12-01 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 17 PDB 声明：17-meric
链 G 1–37（37 aa）
链 O 1–37（37 aa）
未记录 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4 HEC HEME C × 4 UMQ UNDECYL-MALTOSIDE × 6 PL9 2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,22,26,30,34-HEXATRIACONTANONAENYL-2,5-CYCLOHEXADIENE-1,4-DIONE-2,3-DIMETHYL-5-SOLANESYL-1,4-BENZOQUINONE × 7 CLA CHLOROPHYLL A × 2 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 SQD 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL × 2 BCR BETA-CAROTENE × 2 CU COPPER (II) ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.18 Å

共 6 个其他 PDB 条目、6 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PETG_SPIOL
Isoform —
PDB实体 7
链与序列区间 作者链 G； PDB构建体 1–37； UniProt 1–37 作者链 O； PDB构建体 1–37； UniProt 1–37

Cytochrome b6-f complex subunit 8

物种未注明

UniProt P61045

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric（18） 与蛋白拷贝数一致 链 H； UniProt 1–29 链 P； UniProt 1–29 未记录 Cytochrome b6 × 2 （P00165） Cytochrome b6-f complex subunit 4 × 2 （P00166） Cytochrome f × 2 （P16013） Cytochrome b6-f complex iron-sulfur subunit, chloroplastic × 2 （P08980） Cytochrome b6-f complex subunit 6 × 2 （Q9M3L0） Cytochrome b6-f complex subunit 7 × 2 （A0A9R0IV89） Cytochrome b6-f complex subunit 5 × 2 （P69461） Thylakoid soluble phosphoprotein × 2 （Q8GT36） HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4 HEC HEME C × 4 A1H65 Decylplastoquinone × 2 LMG 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE × 2 CLA CHLOROPHYLL A × 2 UMQ UNDECYL-MALTOSIDE × 4 SQD 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL × 2 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 BCR BETA-CAROTENE × 2 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7；final concentration of plastocyanin was 0.34 mM cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.24 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 9ES8 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
6RQF 3.6 Angstrom cryo-EM structure of the dimeric cytochrome b6f complex from Spinacia oleracea with natively bound thylakoid lipids and plastoquinone molecules 提交 2019-05-15 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric
链 H 1–29（29 aa）
链 P 1–29（29 aa）
未记录 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4 HEC HEME C × 4 CLA CHLOROPHYLL A × 2 BCR BETA-CAROTENE × 2 PL9 2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,22,26,30,34-HEXATRIACONTANONAENYL-2,5-CYCLOHEXADIENE-1,4-DIONE-2,3-DIMETHYL-5-SOLANESYL-1,4-BENZOQUINONE × 3 6PL (4S,7R)-4-HYDROXY-N,N,N-TRIMETHYL-9-OXO-7-[(PALMITOYLOXY)METHYL]-3,5,8-TRIOXA-4-PHOSPHAHEXACOSAN-1-AMINIUM 4-OXIDE × 3 LMG 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE × 2 PGV (1R)-2-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL (11E)-OCTADEC-11-ENOATE × 4 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 SQD 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.58 Å
7QRM Cryo-EM structure of catalytically active Spinacia oleracea cytochrome b6f in complex with endogenous plastoquinones at 2.7 A resolution 提交 2022-01-11 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric
链 H 1–29（29 aa）
链 P 1–29（29 aa）
未记录 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4 HEC HEME C × 4 CLA CHLOROPHYLL A × 2 PL9 2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,22,26,30,34-HEXATRIACONTANONAENYL-2,5-CYCLOHEXADIENE-1,4-DIONE-2,3-DIMETHYL-5-SOLANESYL-1,4-BENZOQUINONE × 7 UMQ UNDECYL-MALTOSIDE × 10 PGT (1S)-2-{[{[(2R)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL STEARATE × 4 SQD 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL × 2 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 BCR BETA-CAROTENE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.70 Å
7ZYV Cryo-EM structure of catalytically active Spinacia oleracea cytochrome b6f in complex with endogenous plastoquinones at 2.13 A resolution 提交 2022-05-25 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric
链 H 1–29（29 aa）
链 P 1–29（29 aa）
未记录 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4 HEC HEME C × 4 CLA CHLOROPHYLL A × 2 UMQ UNDECYL-MALTOSIDE × 10 PL9 2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,22,26,30,34-HEXATRIACONTANONAENYL-2,5-CYCLOHEXADIENE-1,4-DIONE-2,3-DIMETHYL-5-SOLANESYL-1,4-BENZOQUINONE × 6 SQD 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL × 2 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 BCR BETA-CAROTENE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8；Buffer and the diluted protein sample were filtered through a 0.22 um syringe filter. Prior to freezing, protein sample was concentrated on centrifugal filter units with 50K MWCO.
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；blot time 2 s, wait time 0 s, blot force -1
分辨率 2.13 Å
9ES7 Cryo-EM structure of Spinacia oleracea cytochrome b6f complex with water molecules at 1.94 A resolution 提交 2024-03-25 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：18-meric
链 H 1–29（29 aa）
链 P 1–29（29 aa）
未记录 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4 HEC HEME C × 4 UMQ UNDECYL-MALTOSIDE × 4 LMG 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE × 2 CLA CHLOROPHYLL A × 2 SQD 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL × 2 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 BCR BETA-CAROTENE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 1.94 Å
9ES9 Cryo-EM structure of Spinacia oleracea cytochrome b6f complex with inhibitor DBMIB bound at plastoquinol oxidation site 提交 2024-03-25 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：18-meric
链 H 1–29（29 aa）
链 P 1–29（29 aa）
未记录 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4 HEC HEME C × 4 UMQ UNDECYL-MALTOSIDE × 4 LMG 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE × 2 BNT 2,5-DIBROMO-3-ISOPROPYL-6-METHYLBENZO-1,4-QUINONE × 2 CLA CHLOROPHYLL A × 2 SQD 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL × 2 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 BCR BETA-CAROTENE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.33 Å
9TGG Cryo-EM structure of Spinacia oleracea cytochrome b6f complex with bound plastocyanin 提交 2025-12-01 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 17 PDB 声明：17-meric
链 H 1–29（29 aa）
链 P 1–29（29 aa）
未记录 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4 HEC HEME C × 4 UMQ UNDECYL-MALTOSIDE × 6 PL9 2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,22,26,30,34-HEXATRIACONTANONAENYL-2,5-CYCLOHEXADIENE-1,4-DIONE-2,3-DIMETHYL-5-SOLANESYL-1,4-BENZOQUINONE × 7 CLA CHLOROPHYLL A × 2 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 SQD 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL × 2 BCR BETA-CAROTENE × 2 CU COPPER (II) ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.18 Å

共 6 个其他 PDB 条目、6 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PETN_SPIOL
Isoform —
PDB实体 8
链与序列区间 作者链 H； PDB构建体 1–29； UniProt 1–29 作者链 P； PDB构建体 1–29； UniProt 1–29

Thylakoid soluble phosphoprotein

物种未注明

UniProt Q8GT36

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric（18） 与蛋白拷贝数一致 链 Q； UniProt 1–103 链 R； UniProt 1–103 未记录 Cytochrome b6 × 2 （P00165） Cytochrome b6-f complex subunit 4 × 2 （P00166） Cytochrome f × 2 （P16013） Cytochrome b6-f complex iron-sulfur subunit, chloroplastic × 2 （P08980） Cytochrome b6-f complex subunit 6 × 2 （Q9M3L0） Cytochrome b6-f complex subunit 7 × 2 （A0A9R0IV89） Cytochrome b6-f complex subunit 5 × 2 （P69461） Cytochrome b6-f complex subunit 8 × 2 （P61045） HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4 HEC HEME C × 4 A1H65 Decylplastoquinone × 2 LMG 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE × 2 CLA CHLOROPHYLL A × 2 UMQ UNDECYL-MALTOSIDE × 4 SQD 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL × 2 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 BCR BETA-CAROTENE × 2 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7；final concentration of plastocyanin was 0.34 mM cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.24 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 9ES8 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
7ZYV Cryo-EM structure of catalytically active Spinacia oleracea cytochrome b6f in complex with endogenous plastoquinones at 2.13 A resolution 提交 2022-05-25 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric
链 Q 1–103（103 aa）
链 R 1–103（103 aa）
未记录 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4 HEC HEME C × 4 CLA CHLOROPHYLL A × 2 UMQ UNDECYL-MALTOSIDE × 10 PL9 2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,22,26,30,34-HEXATRIACONTANONAENYL-2,5-CYCLOHEXADIENE-1,4-DIONE-2,3-DIMETHYL-5-SOLANESYL-1,4-BENZOQUINONE × 6 SQD 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL × 2 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 BCR BETA-CAROTENE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8；Buffer and the diluted protein sample were filtered through a 0.22 um syringe filter. Prior to freezing, protein sample was concentrated on centrifugal filter units with 50K MWCO.
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；blot time 2 s, wait time 0 s, blot force -1
分辨率 2.13 Å
9ES7 Cryo-EM structure of Spinacia oleracea cytochrome b6f complex with water molecules at 1.94 A resolution 提交 2024-03-25 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：18-meric
链 Q 1–103（103 aa）
链 R 1–103（103 aa）
未记录 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4 HEC HEME C × 4 UMQ UNDECYL-MALTOSIDE × 4 LMG 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE × 2 CLA CHLOROPHYLL A × 2 SQD 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL × 2 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 BCR BETA-CAROTENE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 1.94 Å
9ES9 Cryo-EM structure of Spinacia oleracea cytochrome b6f complex with inhibitor DBMIB bound at plastoquinol oxidation site 提交 2024-03-25 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：18-meric
链 Q 1–103（103 aa）
链 R 1–103（103 aa）
未记录 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4 HEC HEME C × 4 UMQ UNDECYL-MALTOSIDE × 4 LMG 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE × 2 BNT 2,5-DIBROMO-3-ISOPROPYL-6-METHYLBENZO-1,4-QUINONE × 2 CLA CHLOROPHYLL A × 2 SQD 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL × 2 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 BCR BETA-CAROTENE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.33 Å

共 3 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 Q8GT36_SPIOL
Isoform —
PDB实体 9
链与序列区间 作者链 Q； PDB构建体 1–103； UniProt 1–103 作者链 R； PDB构建体 1–103； UniProt 1–103

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9es8

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9es8
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id9es8
沉积日期 deposition_date2024-03-25
结构标题 titleCryo-EM structure of Spinacia oleracea cytochrome b6f with decylplastoquinone bound at plastoquionol reduction site
关键词 keywords;b6f complex, photosynthesis, membrane protein, electron transport, proton transport, quinone catalysis, water channels, OXIDOREDUCTASE ;; OXIDOREDUCTASE
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier44.44 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron43.27 Å
零角强度 I(0) i0616402000.00
分子量 molecular_weight228190.0 kDa
排除体积 excluded_volume295200 ų
包络体积 envelope_volume407630 ų
水化壳体积 shell_volume76952 ų
包络直径 envelope_diameter147.7 Å
壳层 Rg shell_rg49.71 Å
包络 Rg envelope_rg42.88 Å
形状 Rg shape_rg43.26 Å
总 Rg total_rg43.66 Å
总原子数 total_atoms16090
残基数 n_residues1948
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax142.7 Å
Rg (实空间) rg_real44.28 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.21 Å
I(0) (实空间) i0_real6.1640e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.1710e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal44.44 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal616500000.0000
解质量估计 total_estimate0.8285
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary55.5 Å
偏度 Skewness skewness0.183
峰度 Kurtosis kurtosis-0.493
角度范围 angular_range— – 0.1800 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha66760000.0000
实空间数据点数 n_real_points37
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.924; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.994; Smooth: 0.000
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (19)

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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)