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9esa

Aurora-C with SER mutation in complex with INCENP peptide

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 98.4 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Aurora kinase C

Homo sapiens

UniProt Q9UQB9

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 AAA； UniProt 13–309 突变：R195A, R196A, K197A Inner centromere protein × 1 （Q9NQS7） X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；0.1 M Bis-Tris pH5.5, 0.025-0.05 M ammonium sulphate, 9-12% PEG3350 分辨率 2.80 Å R-free 0.294
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 BBB； UniProt 13–309 突变：R195A, R196A, K197A Inner centromere protein × 1 （Q9NQS7） EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；0.1 M Bis-Tris pH5.5, 0.025-0.05 M ammonium sulphate, 9-12% PEG3350 分辨率 2.80 Å R-free 0.294

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 9ESA Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
6GR8 Human AURKC INCENP complex bound to BRD-7880 提交 2018-06-10 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 36–305（270 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） F8Z 1-[(2~{R},3~{S})-2-[[1,3-benzodioxol-5-ylmethyl(methyl)amino]methyl]-3-methyl-6-oxidanylidene-5-[(2~{S})-1-oxidanylpropan-2-yl]-3,4-dihydro-2~{H}-1,5-benzoxazocin-8-yl]-3-(4-methoxyphenyl)urea × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；0.2 M sodium chloride, 25% PEG3350, 0.1 M HEPES pH 7.5
分辨率 1.75 Å R-free 0.216
6GR9 Human AURKC INCENP complex bound to VX-680 提交 2018-06-10 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 2–271（270 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） VX6 CYCLOPROPANECARBOXYLIC ACID {4-[4-(4-METHYL-PIPERAZIN-1-YL)-6-(5-METHYL-2H-PYRAZOL-3-YLAMINO)-PYRIMIDIN-2-YLSULFANYL]-PHENYL}-AMIDE × 1 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；20 % PEG3350, 10 % ethylene glycol, 0.1 M bis-tris-propane pH 7.5, 0.2 M sodium sulfate
分辨率 2.25 Å R-free 0.224

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 AURKC_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 AAA； PDB构建体 7–303； UniProt 13–309 作者链 BBB； PDB构建体 7–303； UniProt 13–309

Inner centromere protein

Homo sapiens

UniProt Q9NQS7

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 CCC； UniProt 834–891 未记录 Aurora kinase C × 1 （Q9UQB9） X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；0.1 M Bis-Tris pH5.5, 0.025-0.05 M ammonium sulphate, 9-12% PEG3350 分辨率 2.80 Å R-free 0.294
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 DDD； UniProt 834–891 未记录 Aurora kinase C × 1 （Q9UQB9） EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；0.1 M Bis-Tris pH5.5, 0.025-0.05 M ammonium sulphate, 9-12% PEG3350 分辨率 2.80 Å R-free 0.294

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 9ESA Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
2QFA Crystal structure of a Survivin-Borealin-INCENP core complex 提交 2007-06-27 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 C 1–47（47 aa） 片段：UNP residues 1-47
未记录 ZN ZINC ION × 1 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；293 K；50mM MES pH6, 10% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K
分辨率 1.40 Å R-free 0.202
4AF3 Human Aurora B Kinase in complex with INCENP and VX-680 提交 2012-01-16 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 835–903（69 aa） 片段：RESIDUES 835-903
未记录 VX6 CYCLOPROPANECARBOXYLIC ACID {4-[4-(4-METHYL-PIPERAZIN-1-YL)-6-(5-METHYL-2H-PYRAZOL-3-YLAMINO)-PYRIMIDIN-2-YLSULFANYL]-PHENYL}-AMIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.15；10% W/V PEG 3350, 0.2 M KSCN, 10% ETHYLENE GLYCOL, 0.1 M BIS-TRISPROPANE PH 6.15
分辨率 2.75 Å R-free 0.264
6GR8 Human AURKC INCENP complex bound to BRD-7880 提交 2018-06-10 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 835–903（69 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） F8Z 1-[(2~{R},3~{S})-2-[[1,3-benzodioxol-5-ylmethyl(methyl)amino]methyl]-3-methyl-6-oxidanylidene-5-[(2~{S})-1-oxidanylpropan-2-yl]-3,4-dihydro-2~{H}-1,5-benzoxazocin-8-yl]-3-(4-methoxyphenyl)urea × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；0.2 M sodium chloride, 25% PEG3350, 0.1 M HEPES pH 7.5
分辨率 1.75 Å R-free 0.216
6GR9 Human AURKC INCENP complex bound to VX-680 提交 2018-06-10 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 835–903（69 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） VX6 CYCLOPROPANECARBOXYLIC ACID {4-[4-(4-METHYL-PIPERAZIN-1-YL)-6-(5-METHYL-2H-PYRAZOL-3-YLAMINO)-PYRIMIDIN-2-YLSULFANYL]-PHENYL}-AMIDE × 1 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；20 % PEG3350, 10 % ethylene glycol, 0.1 M bis-tris-propane pH 7.5, 0.2 M sodium sulfate
分辨率 2.25 Å R-free 0.224
6YIE Structure of a Borealin-INCENP-Survivin complex 提交 2020-04-01 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 C 1–58（58 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；298 K；5 % (w/v) PEG 3,350, 50 mM MES pH 6.0
分辨率 3.49 Å R-free 0.324
6YIE Structure of a Borealin-INCENP-Survivin complex 提交 2020-04-01 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 F 1–58（58 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；298 K；5 % (w/v) PEG 3,350, 50 mM MES pH 6.0
分辨率 3.49 Å R-free 0.324
6YIF Structure of Chromosomal Passenger Complex (CPC) bound to phosphorylated Histone 3 peptide at 1.8 A. 提交 2020-04-01 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 C 7–57（51 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；291 K；20 % (w/v) PEG 4,000, 200 mM Lithium sulphate, 50 mM MES pH 6.5
分辨率 1.81 Å R-free 0.223
6YIH Structure of Chromosomal Passenger Complex (CPC) bound to phosphorylated Histone 3 peptide at 2.6 A. 提交 2020-04-01 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 C 5–80（76 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7；291 K；20 % (w/v) PEG 4,000, 100 mM HEPES pH 7.0, 150 mM ammonium sulphate
分辨率 2.55 Å R-free 0.259
8RUP Chromosome Passenger Complex (CPC) localization module in complex with H3.T3p-nucleosome 提交 2024-01-31 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：13-meric
链 M 1–80（80 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；10 mM TRIS-HCl, pH 7.5, 150 mM NaCl, 2 mM DTT, 0.3% n-octyl-beta-D-glucoside
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；3 s blotting time, -10 force, no wait time.
分辨率 2.42 Å
9N9F Cryo-EM structure of the SAH domain of human INCENP bound to the paclitaxel-stabilized microtubule 提交 2025-02-10 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 S 1–918（918 aa）
未记录 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 3 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 TA1 TAXOL × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 6.8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.91 Å
9SI3 Chromosomal Passenger Complex in complex with H3T3ph Nucleosome 提交 2025-08-28 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：14-meric
链 N 1–918（918 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.83 Å
9SI9 Chromosomal Passenger Complex in complex with H3T3ph Nucleosome (Class0) 提交 2025-08-28 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：14-meric
链 N 1–918（918 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.86 Å
9SJ5 Chromosomal Passenger Complex in complex with H3T3ph Nucleosome (Class1) 提交 2025-08-29 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：14-meric
链 N 1–918（918 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.85 Å
9SLJ Chromosomal Passenger Complex in complex with H3T3ph Nucleosome (Double Occupancy) 提交 2025-09-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：16-meric
链 N 1–918（918 aa）
链 Q 1–918（918 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.80 Å

共 13 个其他 PDB 条目、14 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 INCE_HUMAN
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 CCC； PDB构建体 1–58； UniProt 834–891 作者链 DDD； PDB构建体 1–58； UniProt 834–891

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9esa

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9esa
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id9esa
沉积日期 deposition_date2024-03-26
结构标题 titleAurora-C with SER mutation in complex with INCENP peptide
关键词 keywordssurface entropy reduction, SER, KINASE, TRANSFERASE, TRANSCRIPTION; TRANSCRIPTION
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier30.53 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron29.76 Å
零角强度 I(0) i081213100.00
分子量 molecular_weight73853.0 kDa
排除体积 excluded_volume93873 ų
包络体积 envelope_volume120890 ų
水化壳体积 shell_volume34988 ų
包络直径 envelope_diameter103.5 Å
壳层 Rg shell_rg35.98 Å
包络 Rg envelope_rg29.44 Å
形状 Rg shape_rg29.75 Å
总 Rg total_rg30.44 Å
总原子数 total_atoms5218
残基数 n_residues637
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax98.4 Å
Rg (实空间) rg_real30.59 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.73 Å
I(0) (实空间) i0_real8.1210e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.2690e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal30.56 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal81210000.0000
解质量估计 total_estimate0.8888
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary32.2 Å
偏度 Skewness skewness0.377
峰度 Kurtosis kurtosis-0.484
角度范围 angular_range— – 0.2600 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha34840000.0000
实空间数据点数 n_real_points53
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.900; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.965; Smooth: 0.884
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)